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Lista de obras de Jacqueline A Keane

ARIBA: rapid antimicrobial resistance genotyping directly from sequencing reads

artículo científico publicado en 2017

ARIBA: rapid antimicrobial resistance genotyping directly from sequencing reads

Artemis: an integrated platform for visualization and analysis of high-throughput sequence-based experimental data

artículo científico publicado en 2012

BamView: visualizing and interpretation of next-generation sequencing read alignments

artículo científico publicado en 2013

Circlator: automated circularization of genome assemblies using long sequencing reads

artículo científico publicado en 2015

Comparison Of Multi-locus Sequence Typing Software For Next Generation Sequencing Data

article published in 2017

Comparison of classical multi-locus sequence typing software for next-generation sequencing data

artículo científico publicado en 2017

Conditional-ready mouse embryonic stem cell derived macrophages enable the study of essential genes in macrophage function

artículo científico publicado en 2015

Corrigendum: SeroBA: rapid high-throughput serotyping of Streptococcus pneumoniae from whole genome sequence data

scholarly article published in Microbial genomics

Epithelial IL-22RA1-mediated fucosylation promotes intestinal colonization resistance to an opportunistic pathogen

artículo científico publicado en 2014

GFF3toEMBL: Preparing annotated assemblies for submission to EMBL

article

GeneDB--an annotation database for pathogens

artículo científico publicado en 2012

IVA: accurate de novo assembly of RNA virus genomes

artículo científico publicado en 2015

Multilocus sequence typing by blast from de novo assemblies against PubMLST

article

Optimal enzymes for amplifying sequencing libraries

artículo científico publicado en 2011

Phylogenetic Analysis of Klebsiella pneumoniae from Hospitalized Children, Pakistan

artículo científico publicado en 2017

Phylogeographical analysis of the dominant multidrug-resistant H58 clade of Salmonella Typhi identifies inter- and intracontinental transmission events

artículo científico publicado en 2015

PlasmidTron: assembling the cause of phenotypes and genotypes from NGS data.

artículo científico publicado en 2018

PlasmidTron: assembling the cause of phenotypes from NGS data

Rapid multi-locus sequence typing direct from uncorrected long reads using

artículo científico publicado en 2018

Rapid multi-locus sequence typing direct from uncorrected long reads using Krocus

Rapid phylogenetic analysis of large samples of recombinant bacterial whole genome sequences using Gubbins.

artículo científico publicado en 2014

Roary: rapid large-scale prokaryote pan genome analysis

artículo científico publicado en 2015

Robust high-throughput prokaryote de novo assembly and improvement pipeline for Illumina data

artículo científico publicado en 2016

SNP-sites: rapid efficient extraction of SNPs from multi-FASTA alignments.

artículo científico publicado en 2016

SaffronTree: Fast, reference-free pseudo-phylogenomic trees from reads or contigs

artículo científico publicado en 2017

SeroBA: rapid high-throughput serotyping of Streptococcus pneumoniae from whole genome sequence data

SeroBA: rapid high-throughput serotyping of Streptococcus pneumoniae from whole genome sequence data

artículo científico publicado en 2018

The TraDIS toolkit: sequencing and analysis for dense transposon mutant libraries

artículo científico publicado en 2016

The genomes of four tapeworm species reveal adaptations to parasitism

artículo científico publicado en 2013

The phylogeography and incidence of multi-drug resistant typhoid fever in sub-Saharan Africa

artículo científico publicado en 2018