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Lista de obras de Nathan C. Sheffield

A comparative analysis of mitochondrial genomes in Coleoptera (Arthropoda: Insecta) and genome descriptions of six new beetles

artículo científico publicado en 2008

Analytical Approaches for ATAC-seq Data Analysis

artículo científico publicado en 2020

Augmented Interval List: a novel data structure for efficient genomic interval search

scientific article published on 01 December 2019

BART: a transcription factor prediction tool with query gene sets or epigenomic profiles

artículo científico publicado en 2018

BART: a transcription factor prediction tool with query gene sets or epigenomic profiles

article

Bedshift: perturbation of genomic interval sets

artículo científico publicado en 2020

COCOA: coordinate covariation analysis of epigenetic heterogeneity

artículo científico publicado en 2020

Calculating expected DNA remnants from ancient founding events in human population genetics

artículo científico publicado en 2008

ChIPmentation: fast, robust, low-input ChIP-seq for histones and transcription factors.

artículo científico publicado en 2015

Chromatin accessibility reveals insights into androgen receptor activation and transcriptional specificity

artículo científico publicado en 2012

Chromatin conformation capture (Hi-C) sequencing of patient-derived xenografts: analysis guidelines

artículo científico publicado en 2020

Coloc-stats: a unified web interface to perform colocalization analysis of genomic features.

artículo científico publicado en 2018

DNA methylation heterogeneity defines a disease spectrum in Ewing sarcoma.

artículo científico publicado en 2017

Data Integration with SUMO Detects Latent Relationships Between Patients in Lower-Grade Gliomas

artículo científico publicado en 2020

Differential DNA Methylation Analysis without a Reference Genome

artículo científico publicado en 2015

Epigenome mapping reveals distinct modes of gene regulation and widespread enhancer reprogramming by the oncogenic fusion protein EWS-FLI1.

artículo científico publicado en 2015

Expanding the Galaxy’s reference data

artículo científico publicado en 2020

Extensive evolutionary changes in regulatory element activity during human origins are associated with altered gene expression and positive selection

artículo científico publicado en 2012

From biomedical cloud platforms to microservices: next steps in FAIR data and analysis

artículo científico publicado en 2022

GA4GH: International policies and standards for data sharing across genomic research and healthcare

artículo científico publicado en 2021

GEOfetch: a command-line tool for downloading data and standardized metadata from GEO and SRA

artículo científico publicado en 2023

IGD: high-performance search for large-scale genomic interval datasets

artículo científico publicado en 2020

Identifying and characterizing regulatory sequences in the human genome with chromatin accessibility assays

scientific article published on 15 October 2012

Identity and compatibility of reference genome resources

artículo científico publicado en 2021

LOLA: enrichment analysis for genomic region sets and regulatory elements in R and Bioconductor

artículo científico publicado en 2015

LOLAweb: a containerized web server for interactive genomic locus overlap enrichment analysis.

artículo científico publicado en 2018

Linking big biomedical datasets to modular analysis with Portable Encapsulated Projects

artículo científico publicado en 2020

MIRA: An R package for DNA methylation-based inference of regulatory activity

artículo científico publicado en 2018

Mitochondrial genomics in Orthoptera using MOSAS.

artículo científico publicado en 2010

Multi-Omics of Single Cells: Strategies and Applications

artículo científico publicado en 2016

Nonstationary evolution and compositional heterogeneity in beetle mitochondrial phylogenomics

artículo científico publicado en 2009

Open chromatin defined by DNaseI and FAIRE identifies regulatory elements that shape cell-type identity

artículo científico publicado en 2011

PEPATAC: An optimized pipeline for ATAC-seq data analysis with serial alignments

artículo científico publicado en 2020

PEPATAC: an optimized pipeline for ATAC-seq data analysis with serial alignments

scientific article published on 23 November 2021

PEPPRO: quality control and processing of nascent RNA profiling data

artículo científico publicado en 2021

Patterns of regulatory activity across diverse human cell types predict tissue identity, transcription factor binding, and long-range interactions

artículo científico publicado en 2013

Predicting cell-type-specific gene expression from regions of open chromatin

artículo científico publicado en 2012

Quality control and processing of nascent RNA profiling data

artículo científico publicado en 2020

Refgenie: a reference genome resource manager

scientific article published on 01 February 2020

Single-cell DNA methylome sequencing and bioinformatic inference of epigenomic cell-state dynamics

artículo científico publicado en 2015

Single-cell epigenomic variability reveals functional cancer heterogeneity

artículo científico publicado en 2017

The DNA methylation landscape of glioblastoma disease progression shows extensive heterogeneity in time and space

The Interaction between Base Compositional Heterogeneity and Among-Site Rate Variation in Models of Molecular Evolution

article

The accessible chromatin landscape of the human genome

artículo científico publicado en 2012

The chromatin accessibility landscape of primary human cancers

artículo científico publicado en 2018

The second European interdisciplinary Ewing sarcoma research summit--A joint effort to deconstructing the multiple layers of a complex disease

artículo científico publicado en 2016

When phylogenetic assumptions are violated: base compositional heterogeneity and among-site rate variation in beetle mitochondrial phylogenomics

article

simpleCache: R caching for reproducible, distributed, large-scale projects

artículo científico publicado en 2018

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