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Lista de obras de Patrice Koehl

A brighter future for protein structure prediction

artículo científico publicado en 1999

A quality metric for homology modeling: the H-factor.

artículo científico publicado en 2011

A weighted string kernel for protein fold recognition

artículo científico publicado en 2017

ASTRAL compendium enhancements

artículo científico publicado en 2002

Ab initio sampling of transition paths by conditioned Langevin dynamics.

artículo científico publicado en 2017

Adapting Poisson-Boltzmann to the self-consistent mean field theory: application to protein side-chain modeling.

artículo científico publicado en 2011

Adaptive skin meshes coarsening for biomolecular simulation ⬇️

artículo científico publicado el 1 de junio de 2011

Algorithmic issues in modeling motion

An analytical method for computing atomic contact areas in biomolecules.

artículo científico publicado en 2012

AquaSAXS: a web server for computation and fitting of SAXS profiles with non-uniformally hydrated atomic models

artículo científico publicado en 2011

Combined approaches from physics, statistics, and computer science for ab initio protein structure prediction: ex unitate vires (unity is strength)?

scientific article published on 24 July 2018

Comprehensive evaluation of protein structure alignment methods: scoring by geometric measures.

artículo científico publicado en 2005

Computational assembly of polymorphic amyloid fibrils reveals stable aggregates

artículo científico publicado en 2013

Computing ion solvation free energies using the dipolar Poisson model

artículo científico publicado en 2009

DCG++: A data-driven metric for geometric pattern recognition

scientific article published on 06 June 2019

Electrostatics calculations: latest methodological advances

artículo científico publicado en 2006

Extracting knowledge from protein structure geometry ⬇️

artículo científico publicado el 27 de febrero de 2013

Fast Recursive Computation of 3D Geometric Moments from Surface Meshes ⬇️

artículo científico publicado el 1 de noviembre de 2012

Geometric measures of large biomolecules: Surface, volume, and pockets ⬇️

artículo científico publicado el 8 de agosto de 2011

Improved recognition of native-like protein structures using a family of designed sequences

artículo científico publicado en 2002

Independent saturation of three TrpRS subsites generates a partially assembled state similar to those observed in molecular simulations

artículo científico publicado en 2009

Influence of protein structure databases on the predictive power of statistical pair potentials ⬇️

artículo científico publicado el 1 de mayo de 1998

Large Eigenvalue Problems in Coarse-Grained Dynamic Analyses of Supramolecular Systems

artículo científico publicado en 2018

MAO: a Multiple Alignment Ontology for nucleic acid and protein sequences

artículo científico publicado en 2005

MinActionPath: maximum likelihood trajectory for large-scale structural transitions in a coarse-grained locally harmonic energy landscape

artículo científico publicado en 2007

Minimum action principle and shape dynamics

artículo científico publicado en 2017

Minimum action transition paths connecting minima on an energy surface.

artículo científico publicado en 2016

Modelling the dynamics of an antigenic peptide using NMR relaxation data.

artículo científico publicado en 1992

Multi-scale clustering by building a robust and self correcting ultrametric topology on data points

artículo científico publicado en 2013

NOMAD-Ref: visualization, deformation and refinement of macromolecular structures based on all-atom normal mode analysis

artículo científico publicado en 2006

PDB_Hydro: incorporating dipolar solvents with variable density in the Poisson-Boltzmann treatment of macromolecule electrostatics

artículo científico publicado en 2006

PackHelix: A tool for helix‐sheet packing during protein structure prediction ⬇️

artículo científico publicado el 23 de agosto de 2011

Parameterizing elastic network models to capture the dynamics of proteins

artículo científico publicado en 2021

Plant NBS-LRR proteins: adaptable guards

artículo científico publicado en 2006

Protein topology and stability define the space of allowed sequences.

artículo científico publicado en 2002

Refined crystallographic structure of Pseudomonas aeruginosa exotoxin A and its implications for the molecular mechanism of toxicity

artículo científico publicado en 2001

Relaxed specificity in aromatic prenyltransferases

artículo científico publicado en 2005

Rod-derived Cone Viability Factor-2 is a novel bifunctional-thioredoxin-like protein with therapeutic potential

artículo científico publicado en 2007

Sampling the conformation of protein surface residues for flexible protein docking ⬇️

artículo científico publicado el 23 de noviembre de 2010

Selective and specific ion binding on proteins at physiologically-relevant concentrations

artículo científico publicado en 2011

Sequence variations within protein families are linearly related to structural variations.

artículo científico publicado en 2002

Small libraries of protein fragments model native protein structures accurately.

artículo científico publicado en 2002

Solution structure of PMP-D2, a 35-residue peptide isolated from the insect Locusta migratoria.

artículo científico publicado en 1994

String kernels for protein sequence comparisons: improved fold recognition

artículo científico publicado en 2017

Structural basis for ion permeation mechanism in pentameric ligand-gated ion channels

artículo científico publicado en 2013

Surface‐histogram: A new shape descriptor for protein‐protein docking ⬇️

artículo científico publicado el 9 de noviembre de 2011

The ASTRAL Compendium in 2004

artículo científico publicado en 2004

The Renormalization Group and Its Applications to Generating Coarse-Grained Models of Large Biological Molecular Systems

artículo científico publicado en 2017

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