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Lista de obras de Patrick S Chain

A novel metatranscriptomic approach to identify gene expression dynamics during extracellular electron transfer.

artículo científico publicado en 2013

A phylogeny-driven genomic encyclopaedia of Bacteria and Archaea

artículo científico publicado en 2009

A programmable droplet-based microfluidic device applied to multiparameter analysis of single microbes and microbial communities

artículo científico publicado en 2012

ADEPT, a dynamic next generation sequencing data error-detection program with trimming

artículo científico publicado en 2016

Accurate read-based metagenome characterization using a hierarchical suite of unique signatures

artículo científico publicado en 2015

Adaptation genomics of a small-colony variant in a Pseudomonas chlororaphis 30-84 biofilm.

artículo científico publicado en 2014

Anoxybacillusgeothermalis sp. nov., a facultatively anaerobic, endospore-forming bacterium isolated from mineral deposits in a geothermal station

artículo científico publicado en 2016

Artificial polyploidy improves bacterial single cell genome recovery

artículo científico publicado en 2012

Author Correction: Roadmap for naming uncultivated Archaea and Bacteria

artículo científico publicado en 2020

Bacterial Genome Annotation ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2012

Burkholderia xenovorans LB400 harbors a multi-replicon, 9.73-Mbp genome shaped for versatility

artículo científico publicado en 2006

CRP-Mediated Carbon Catabolite Regulation of Yersinia pestis Biofilm Formation Is Enhanced by the Carbon Storage Regulator Protein, CsrA.

artículo científico publicado en 2015

Capturing single cell genomes of active polysaccharide degraders: an unexpected contribution of Verrucomicrobia.

artículo científico publicado en 2012

Challenges and opportunities in understanding microbial communities with metagenome assembly (accompanied by IPython Notebook tutorial)

artículo científico publicado en 2015

Combining compositional data sets introduces error in covariance network reconstruction

artículo científico publicado en 2024

Community and gene composition of a human dental plaque microbiota obtained by metagenomic sequencing.

artículo científico publicado en 2010

Comparative Genomics Applied to Systematically Assess Pathogenicity Potential in Shiga Toxin-Producing <i>Escherichia coli</i> O145:H28

artículo científico publicado en 2022

Comparative genomics of enterohemorrhagic Escherichia coli O145:H28 demonstrates a common evolutionary lineage with Escherichia coli O157:H7

scientific article published on 10 January 2014

Comparative metagenomics reveals impact of contaminants on groundwater microbiomes

artículo científico publicado en 2015

Comparison of the complete genome sequences of Pseudomonas syringae pv. syringae B728a and pv. tomato DC3000

artículo científico publicado en 2005

Complete Genome Sequence of Francisella philomiragia ATCC 25017 ⬇️

artículo científico publicado el 1 de junio de 2012

Complete Genome of Enterobacteriaceae Bacterium Strain FGI 57, a Strain Associated with Leaf-Cutter Ant Fungus Gardens

artículo científico publicado en 2013

Complete Genome of Serratia sp. Strain FGI 94, a Strain Associated with Leaf-Cutter Ant Fungus Gardens

artículo científico publicado en 2013

Complete Genome sequence of Burkholderia phymatum STM815(T), a broad host range and efficient nitrogen-fixing symbiont of Mimosa species

artículo científico publicado en 2014

Complete genome sequence of Acidimicrobium ferrooxidans type strain (ICP).

artículo científico publicado en 2009

Complete genome sequence of Actinosynnema mirum type strain (101).

artículo científico publicado en 2009

Complete genome sequence of Alicyclobacillus acidocaldarius type strain (104-IA)

artículo científico publicado en 2010

Complete genome sequence of Anaerococcus prevotii type strain (PC1).

artículo científico publicado en 2009

Complete genome sequence of Archaeoglobus profundus type strain (AV18)

artículo científico publicado en 2010

Complete genome sequence of Atopobium parvulum type strain (IPP 1246)

artículo científico publicado en 2009

Complete genome sequence of Beutenbergia cavernae type strain (HKI 0122).

artículo científico publicado en 2009

Complete genome sequence of Brachybacterium faecium type strain (Schefferle 6-10).

artículo científico publicado en 2009

Complete genome sequence of Capnocytophaga ochracea type strain (VPI 2845).

artículo científico publicado en 2009

Complete genome sequence of Catenulispora acidiphila type strain (ID 139908).

artículo científico publicado en 2009

Complete genome sequence of Chitinophaga pinensis type strain (UQM 2034).

artículo científico publicado en 2010

Complete genome sequence of Conexibacter woesei type strain (ID131577).

artículo científico publicado en 2010

Complete genome sequence of Cryptobacterium curtum type strain (12-3)

artículo científico publicado en 2009

Complete genome sequence of Desulfohalobium retbaense type strain (HR(100)).

artículo científico publicado en 2010

Complete genome sequence of Desulfomicrobium baculatum type strain (X)

artículo científico publicado en 2009

Complete genome sequence of Desulfotomaculum acetoxidans type strain (5575)

artículo científico publicado en 2009

Complete genome sequence of Dyadobacter fermentans type strain (NS114)

artículo científico publicado en 2009

Complete genome sequence of Eggerthella lenta type strain (IPP VPI 0255).

artículo científico publicado en 2009

Complete genome sequence of Enterobacter sp. IIT-BT 08: A potential microbial strain for high rate hydrogen production

artículo científico publicado en 2013

Complete genome sequence of Gordonia bronchialis type strain (3410).

artículo científico publicado en 2010

Complete genome sequence of Halogeometricum borinquense type strain (PR3)

artículo científico publicado en 2009

Complete genome sequence of Halomicrobium mukohataei type strain (arg-2)

artículo científico publicado en 2009

Complete genome sequence of Halorhabdus utahensis type strain (AX-2)

artículo científico publicado en 2009

Complete genome sequence of Haloterrigena turkmenica type strain (4k)

artículo científico publicado en 2010

Complete genome sequence of Jonesia denitrificans type strain (Prevot 55134)

artículo científico publicado en 2009

Complete genome sequence of Kangiella koreensis type strain (SW-125).

artículo científico publicado en 2009

Complete genome sequence of Kribbella flavida type strain (IFO 14399).

artículo científico publicado en 2010

Complete genome sequence of Kytococcus sedentarius type strain (541).

artículo científico publicado en 2009

Complete genome sequence of Leptotrichia buccalis type strain (C-1013-b).

artículo científico publicado en 2009

Complete genome sequence of Nitrosospira multiformis, an ammonia-oxidizing bacterium from the soil environment

artículo científico publicado en 2008

Complete genome sequence of Pirellula staleyi type strain (ATCC 27377)

artículo científico publicado en 2009

Complete genome sequence of Rhizobium leguminosarum bv trifolii strain WSM2304, an effective microsymbiont of the South American clover Trifolium polymorphum

artículo científico publicado en 2010

Complete genome sequence of Rhizobium leguminosarum bv. trifolii strain WSM1325, an effective microsymbiont of annual Mediterranean clovers

artículo científico publicado en 2010

Complete genome sequence of Rhodothermus marinus type strain (R-10).

artículo científico publicado en 2009

Complete genome sequence of Saccharomonospora viridis type strain (P101).

artículo científico publicado en 2009

Complete genome sequence of Sanguibacter keddieii type strain (ST-74)

artículo científico publicado en 2009

Complete genome sequence of Slackia heliotrinireducens type strain (RHS 1)

artículo científico publicado en 2009

Complete genome sequence of Sphaerobacter thermophilus type strain (S 6022)

artículo científico publicado en 2010

Complete genome sequence of Spirosoma linguale type strain (1)

artículo científico publicado en 2010

Complete genome sequence of Stackebrandtia nassauensis type strain (LLR-40K-21).

artículo científico publicado en 2009

Complete genome sequence of Streptobacillus moniliformis type strain (9901)

artículo científico publicado en 2009

Complete genome sequence of Streptosporangium roseum type strain (NI 9100).

artículo científico publicado en 2010

Complete genome sequence of Sulfurospirillum deleyianum type strain (5175).

artículo científico publicado en 2010

Complete genome sequence of Thermanaerovibrio acidaminovorans type strain (Su883).

artículo científico publicado en 2009

Complete genome sequence of Veillonella parvula type strain (Te3)

artículo científico publicado en 2010

Complete genome sequence of Xylanimonas cellulosilytica type strain (XIL07)

artículo científico publicado en 2010

Complete genome sequence of the Medicago microsymbiont Ensifer (Sinorhizobium) medicae strain WSM419

artículo científico publicado en 2010

Complete genome sequence of the ammonia-oxidizing bacterium and obligate chemolithoautotroph Nitrosomonas europaea

artículo científico publicado en 2003

Complete genome sequence of the marine methyl-halide oxidizing Leisingera methylohalidivorans type strain (DSM 14336(T)), a representative of the Roseobacter clade

artículo científico publicado en 2013

Complete genome sequence of the metabolically versatile photosynthetic bacterium Rhodopseudomonas palustris

artículo científico publicado en 2003

Complete genome sequence of the phenanthrene-degrading soil bacterium Delftia acidovorans Cs1-4

artículo científico publicado en 2015

Complete genome sequence of the plant growth-promoting endophyte Burkholderia phytofirmans strain PsJN.

artículo científico publicado en 2011

Complete genome sequences for 35 biothreat assay-relevant bacillus species

artículo científico publicado en 2015

Complete genome sequences for 59 burkholderia isolates, both pathogenic and near neighbor

artículo científico publicado en 2015

Complete genome sequences of Desulfosporosinus orientis DSM765T, Desulfosporosinus youngiae DSM17734T, Desulfosporosinus meridiei DSM13257T, and Desulfosporosinus acidiphilus DSM22704T

artículo científico publicado en 2012

Consent insufficient for data release-Response

artículo científico publicado en 2019

Correction for Johnson et al., Complete Genome Sequences for 59 Burkholderia Isolates, Both Pathogenic and Near Neighbor

artículo científico publicado en 2016

Culture-Independent Diagnostics for Health Security.

artículo científico publicado en 2016

Design and construction of 3D printed devices to investigate active and passive bacterial dispersal on hydrated surfaces

artículo científico publicado en 2022

Draft Genome Assembly of Acinetobacter baumannii ATCC 19606

artículo científico publicado en 2014

Draft Genome Sequence and Description of Janthinobacterium sp. Strain CG3, a Psychrotolerant Antarctic Supraglacial Stream Bacterium

artículo científico publicado en 2013

Draft genome sequence of Frankia sp. strain CN3, an atypical, noninfective (Nod-) ineffective (Fix-) isolate from Coriaria nepalensis

artículo científico publicado en 2013

Draft genome sequence of Frankia sp. strain QA3, a nitrogen-fixing actinobacterium isolated from the root nodule of Alnus nitida

artículo científico publicado en 2013

Ecological roles of dominant and rare prokaryotes in acid mine drainage revealed by metagenomics and metatranscriptomics.

artículo científico publicado en 2014

Erratum to: Complete genome sequence of Atopobium parvulum type strain (IPP 1246).

artículo científico publicado en 2010

Erratum to: Complete genome sequence of Pirellula staleyi type strain (ATCC 27377)

artículo científico publicado en 2010

Facile, high quality sequencing of bacterial genomes from small amounts of DNA.

artículo científico publicado en 2014

Genome analyses of the carboxydotrophic sulfate-reducers Desulfotomaculum nigrificans and Desulfotomaculum carboxydivorans and reclassification of Desulfotomaculum caboxydivorans as a later synonym of Desulfotomaculum nigrificans

artículo científico publicado en 2014

Genome analysis of Desulfotomaculum gibsoniae strain Groll(T) a highly versatile Gram-positive sulfate-reducing bacterium

artículo científico publicado en 2014

Genome analysis of Desulfotomaculum kuznetsovii strain 17(T) reveals a physiological similarity with Pelotomaculum thermopropionicum strain SI(T)

artículo científico publicado en 2013

Genome divergence in two Prochlorococcus ecotypes reflects oceanic niche differentiation

artículo científico publicado en 2003

Genome of the cyanobacterium Microcoleus vaginatus FGP-2, a photosynthetic ecosystem engineer of arid land soil biocrusts worldwide

artículo científico publicado en 2011

Genome sequence and emended description of Leisingera nanhaiensis strain DSM 24252(T) isolated from marine sediment

artículo científico publicado en 2014

Genome sequence of Ensifer medicae strain WSM1115; an acid-tolerant Medicago-nodulating microsymbiont from Samothraki, Greece

artículo científico publicado en 2013

Genome sequence of Kingella kingae septic arthritis isolate PYKK081.

artículo científico publicado en 2012

Genome sequence of Phaeobacter caeruleus type strain (DSM 24564(T)), a surface-associated member of the marine Roseobacter clade

artículo científico publicado en 2013

Genome sequence of Phaeobacter daeponensis type strain (DSM 23529(T)), a facultatively anaerobic bacterium isolated from marine sediment, and emendation of Phaeobacter daeponensis

artículo científico publicado en 2013

Genome sequence of Phaeobacter inhibens type strain (T5(T)), a secondary metabolite producing representative of the marine Roseobacter clade, and emendation of the species description of Phaeobacter inhibens

artículo científico publicado en 2013

Genome sequence of the Leisingera aquimarina type strain (DSM 24565(T)), a member of the marine Roseobacter clade rich in extrachromosomal elements

scientific article published on 30 July 2013

Genome sequence of the Lotus corniculatus microsymbiont Mesorhizobium loti strain R88B

artículo científico publicado en 2014

Genome sequence of the Lotus spp. microsymbiont Mesorhizobium loti strain NZP2037

artículo científico publicado en 2014

Genome sequence of the chemolithoautotrophic nitrite-oxidizing bacterium Nitrobacter winogradskyi Nb-255.

artículo científico publicado en 2006

Genome sequence of the clover-nodulating Rhizobium leguminosarum bv. trifolii strain SRDI565

artículo científico publicado en 2013

Genome sequence of the clover-nodulating Rhizobium leguminosarum bv. trifolii strain SRDI943

artículo científico publicado en 2013

Genome sequence of the phage-gene rich marine Phaeobacter arcticus type strain DSM 23566(T.).

artículo científico publicado en 2013

Genome sequencing of 18 francisella strains to aid in assay development and testing

artículo científico publicado en 2015

Genomic and metabolic diversity of Marine Group I Thaumarchaeota in the mesopelagic of two subtropical gyres

artículo científico publicado en 2014

Genomic encyclopedia of bacteria and archaea: sequencing a myriad of type strains

artículo científico publicado en 2014

Genomic, proteomic, and biochemical analysis of the organohalide respiratory pathway in Desulfitobacterium dehalogenans

artículo científico publicado en 2014

High-Quality Draft Genome Sequences of Four Lignocellulose-Degrading Bacteria Isolated from Puerto Rican Forest Soil: Gordonia sp., Paenibacillus sp., Variovorax sp., and Vogesella sp.

artículo científico publicado en 2017

High-quality genome sequence of the radioresistant bacterium Deinococcus ficus KS 0460.

artículo científico publicado en 2017

Illinois Workshop. Dental Prepayment

artículo científico

Improved assemblies using a source-agnostic pipeline for MetaGenomic Assembly by Merging (MeGAMerge) of contigs.

artículo científico publicado en 2014

Metagenome, metatranscriptome and single-cell sequencing reveal microbial response to Deepwater Horizon oil spill

artículo científico publicado en 2012

Metagenomic investigation of the geologically unique Hellenic Volcanic Arc reveals a distinctive ecosystem with unexpected physiology

artículo científico publicado en 2015

Minimum information about a marker gene sequence (MIMARKS) and minimum information about any (x) sequence (MIxS) specifications

artículo científico publicado en 2011

Molecular Dissection of Induced Platinum Resistance through Functional and Gene Expression Analysis in a Cell Culture Model of Bladder Cancer

artículo científico publicado en 2016

Multidrug-resistant (MDR) Klebsiella pneumoniae clinical isolates: a zone of high heterogeneity (HHZ) as a tool for epidemiological studies

artículo científico publicado en 2012

Multiple genome sequences reveal adaptations of a phototrophic bacterium to sediment microenvironments ⬇️

artículo científico publicado en 2008

Nearly finished genomes produced using gel microdroplet culturing reveal substantial intraspecies genomic diversity within the human microbiome

artículo científico publicado en 2013

Next generation sequencing and bioinformatic bottlenecks: the current state of metagenomic data analysis.

artículo científico publicado en 2011

Non-contiguous finished genome sequence of plant-growth promoting Serratia proteamaculans S4

scientific article published on 30 July 2013

Pathogen comparative genomics in the next-generation sequencing era: genome alignments, pangenomics and metagenomics.

artículo científico publicado en 2011

Permanent draft genome sequences of the symbiotic nitrogen fixing Ensifer meliloti strains BO21CC and AK58

artículo científico publicado en 2013

Polynucleobacter necessarius, a model for genome reduction in both free-living and symbiotic bacteria.

artículo científico publicado en 2013

Rapid evaluation and quality control of next generation sequencing data with FaQCs.

artículo científico publicado en 2014

Recruiting human microbiome shotgun data to site-specific reference genomes

artículo científico publicado en 2014

Roadmap for naming uncultivated Archaea and Bacteria

artículo científico publicado en 2020

Saliva microbiomes distinguish caries-active from healthy human populations ⬇️

artículo científico publicado el 30 de junio de 2011

Soil microbial community responses to a decade of warming as revealed by comparative metagenomics

artículo científico publicado en 2013

Standards for sequencing viral genomes in the era of high-throughput sequencing

artículo científico publicado en 2014

The Gut Microbiome and Alcoholic Liver Disease: Ethanol Consumption Drives Consistent and Reproducible Alteration in Gut Microbiota in Mice

artículo científico publicado en 2020

The United States of America and scientific research

artículo científico publicado en 2010

The genome of Akkermansia muciniphila, a dedicated intestinal mucin degrader, and its use in exploring intestinal metagenomes

artículo científico publicado en 2011

The genome of deep-sea vent chemolithoautotroph Thiomicrospira crunogena XCL-2

artículo científico publicado en 2006

The genome sequence of Psychrobacter arcticus 273-4, a psychroactive Siberian permafrost bacterium, reveals mechanisms for adaptation to low-temperature growth

artículo científico publicado en 2010

The “Minimum Information about an ENvironmental Sequence” (MIENS) specification

The “Minimum Information about an ENvironmental Sequence” (MIENS) specification

Thirty-Two Complete Genome Assemblies of Nine Yersinia Species, Including Y. pestis, Y. pseudotuberculosis, and Y. enterocolitica

artículo científico publicado en 2015

Toward unrestricted use of public genomic data:

artículo científico publicado en 2019

Under-detection of endospore-forming Firmicutes in metagenomic data

artículo científico publicado en 2015

Whole-Genome Sequences of 80 Environmental and Clinical Isolates of Burkholderia pseudomallei

artículo científico publicado en 2015

Widespread bacterial diversity within the bacteriome of fungi

artículo científico publicado en 2021

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