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Lista de obras de Sergei L. Kosakovsky Pond

28-way vertebrate alignment and conservation track in the UCSC Genome Browser

artículo científico publicado en 2007

A Dirichlet process model for detecting positive selection in protein-coding DNA sequences.

artículo científico publicado en 2006

A case for the ancient origin of coronaviruses

artículo científico publicado en 2013

A counting renaissance: combining stochastic mapping and empirical Bayes to quickly detect amino acid sites under positive selection

artículo científico publicado en 2012

A first look at ARFome: dual-coding genes in mammalian genomes

artículo científico publicado en 2007

A genetic algorithm approach to detecting lineage-specific variation in selection pressure.

artículo científico publicado en 2004

A massively parallel sequencing approach uncovers ancient origins and high genetic variability of endangered Przewalski's horses

artículo científico publicado en 2011

A maximum likelihood method for detecting directional evolution in protein sequences and its application to influenza A virus.

artículo científico publicado en 2008

A new method for inferring timetrees from temporally sampled molecular sequences

artículo científico publicado en 2020

A public health model for the molecular surveillance of HIV transmission in San Diego, California

artículo científico publicado en 2009

A random effects branch-site model for detecting episodic diversifying selection.

artículo científico publicado en 2011

A simple hierarchical approach to modeling distributions of substitution rates.

artículo científico publicado en 2004

A structural basis for antibody-mediated neutralization of Nipah virus reveals a site of vulnerability at the fusion glycoprotein apex

scientific article published on 25 November 2019

Active Methamphetamine Use is Associated with Transmitted Drug Resistance to Non-Nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitors in Individuals with HIV Infection of Unknown Duration

article

Active methamphetamine use is associated with transmitted drug resistance to non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors in individuals with HIV infection of unknown duration

artículo científico publicado en 2007

Adaptation to Human Populations Is Revealed by Within-Host Polymorphisms in HIV-1 and Hepatitis C Virus

artículo científico publicado en 2007

Adaptation to different human populations by HIV-1 revealed by codon-based analyses

artículo científico publicado en 2006

Adaptation to different human populations by HIV-1 revealed by codon-based analysis

article

An Evolutionary Portrait of the Progenitor SARS-CoV-2 and Its Dominant Offshoots in COVID-19 Pandemic

artículo científico publicado en 2021

An Evolutionary-Network Model Reveals Stratified Interactions in the V3 Loop of the HIV-1 Envelope

artículo científico publicado en 2007

An evolutionary model-based algorithm for accurate phylogenetic breakpoint mapping and subtype prediction in HIV-1

artículo científico publicado en 2009

An evolutionary portrait of the progenitor SARS-CoV-2 and its dominant offshoots in COVID-19 pandemic

artículo científico publicado en 2020

An evolutionary-network model reveals stratified interactions in the V3 loop of the HIV-1 envelope.

artículo científico publicado en 2007

Analysis of unusual and signature APOBEC-mutations in HIV-1 pol next-generation sequences

artículo científico publicado en 2020

Antiretroviral drug resistance and risk behavior among recently HIV-infected men who have sex with men.

artículo científico publicado en 2008

Are all subtypes created equal? The effectiveness of antiretroviral therapy against non-subtype B HIV-1.

artículo científico publicado en 2009

Assigning and visualizing germline genes in antibody repertoires

artículo científico publicado en 2015

Associations between phylogenetic clustering and HLA profile among HIV-infected individuals in San Diego, California.

artículo científico publicado en 2012

Automated phylogenetic detection of recombination using a genetic algorithm

artículo científico publicado en 2006

Benchmarking multi-rate codon models

artículo científico publicado en 2010

Broadly Neutralizing Antibody Responses in a Large Longitudinal Sub-Saharan HIV Primary Infection Cohort

artículo científico publicado en 2016

Characterization of human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) envelope variation and neutralizing antibody responses during transmission of HIV-1 subtype B.

artículo científico publicado en 2005

Characterizing HIV transmission networks across the United States

artículo científico publicado en 2012

Characterizing the multiplicity of HIV founder variants during sexual transmission among MSM.

artículo científico publicado en 2016

Clinical, virologic, and immunologic correlates of HIV-1 intraclade B dual infection among men who have sex with men.

artículo científico publicado en 2012

Codon volatility does not reflect selective pressure on the HIV-1 genome

article

CodonTest: modeling amino acid substitution preferences in coding sequences

artículo científico publicado en 2010

Column sorting: rapid calculation of the phylogenetic likelihood function

artículo científico publicado en 2004

Combining Phylogenetic and Network Approaches to Identify HIV-1 Transmission Links in San Mateo County, California

article

Comparative Analysis of Cell-Associated HIV DNA Levels in Cerebrospinal Fluid and Peripheral Blood by Droplet Digital PCR

artículo científico publicado en 2015

Comparative study of methods for detecting sequence compartmentalization in human immunodeficiency virus type 1.

artículo científico publicado en 2007

Comparison of immunogen designs that optimize peptide coverage: reply to Fischer et al.

artículo científico publicado en 2008

Comparison of methods to detect HIV dual infection

artículo científico publicado en 2010

Compartmentalized HIV rebound in the central nervous system after interruption of antiretroviral therapy

artículo científico publicado en 2016

Comprehensive sieve analysis of breakthrough HIV-1 sequences in the RV144 vaccine efficacy trial

artículo científico publicado en 2015

Computational analysis and identification of amino acid sites in dengue E proteins relevant to development of diagnostics and vaccines.

artículo científico publicado en 2007

Contrast-FEL - a test for differences in selective pressures at individual sites among clades and sets of branches

artículo científico publicado en 2020

Coping with viral diversity in HIV vaccine design

artículo científico publicado en 2007

Coronavirus Resistance Database (CoV-RDB): SARS-CoV-2 susceptibility to monoclonal antibodies, convalescent plasma, and plasma from vaccinated persons

artículo científico publicado en 2022

Correcting the bias of empirical frequency parameter estimators in codon models

artículo científico publicado en 2010

Correction: Comparison of Immunogen Designs That Optimize Peptide Coverage: Reply to Fischer et al.

artículo científico publicado en 2008

DIVEIN: a web server to analyze phylogenies, sequence divergence, diversity, and informative sites

artículo científico publicado en 2010

Datamonkey 2.0: a modern web application for characterizing selective and other evolutionary processes

artículo científico publicado en 2018

Datamonkey 2010: a suite of phylogenetic analysis tools for evolutionary biology

artículo científico publicado en 2010

Datamonkey: rapid detection of selective pressure on individual sites of codon alignments

artículo científico publicado en 2005

Deep Sequencing Reveals Compartmentalized HIV-1 in the Semen of Men With and Without STI-Associated Urethritis

artículo científico publicado en 2020

Deep sequencing reveals minor protease resistance mutations in patients failing a protease inhibitor regimen.

artículo científico publicado en 2012

Detecting individual sites subject to episodic diversifying selection

artículo científico publicado en 2012

Detecting phylogenetic signal in mutualistic interaction networks using a Markov process model

artículo científico publicado en 2014

Detecting signatures of selection from DNA sequences using Datamonkey.

artículo científico publicado en 2009

Detection in 2009 of the swine origin influenza A (H1N1) virus by a subtyping microarray

artículo científico publicado en 2009

Detection of a SARS-CoV-2 variant of concern in South Africa

artículo científico publicado en 2021

Detection of mammalian virulence determinants in highly pathogenic avian influenza H5N1 viruses: multivariate analysis of published data

artículo científico publicado en 2009

Detection of minority resistance during early HIV-1 infection: natural variation and spurious detection rather than transmission and evolution of multiple viral variants.

artículo científico publicado en 2011

Differences in the Selection Bottleneck between Modes of Sexual Transmission Influence the Genetic Composition of the HIV-1 Founder Virus

artículo científico publicado en 2016

Diversity of Functionally Distinct Clonal Sets of Human Conventional Memory B Cells That Bind Staphylococcal Protein A

artículo científico publicado en 2021

Dynamics of viral evolution and neutralizing antibody response after HIV-1 superinfection

scientific article published on 18 September 2013

Early Antibody Lineage Diversification and Independent Limb Maturation Lead to Broad HIV-1 Neutralization Targeting the Env High-Mannose Patch

artículo científico publicado en 2016

Emergence and rapid spread of a new severe acute respiratory syndrome-related coronavirus 2 (SARS-CoV-2) lineage with multiple spike mutations in South Africa

artículo científico publicado en 2020

Equiprobable discrete models of site-specific substitution rates underestimate the extent of rate variability

artículo científico publicado en 2020

Estimating selection pressures on HIV-1 using phylogenetic likelihood models.

artículo científico publicado en 2008

Evaluation of global HIV/SIV envelope gp120 RNA structure and evolution within and among infected hosts.

artículo científico publicado en 2018

Evidence for positive selection on a sexual reproduction gene in the diatom genus Thalassiosira (Bacillariophyta).

artículo científico publicado en 2006

Evidence of significant natural selection in the evolution of SARS-CoV-2 in bats, not humans

artículo científico publicado en 2020

Evolution and spread of Venezuelan equine encephalitis complex alphavirus in the Americas

artículo científico publicado en 2017

Evolution of Viral Genomes: Interplay Between Selection, Recombination, and Other Forces

scientific article published on 01 January 2019

Evolution of duplicated alpha-tubulin genes in ciliates

artículo científico publicado en 2002

Evolution of gag and gp41 in Patients Receiving Ritonavir-Boosted Protease Inhibitors

artículo científico publicado en 2017

Evolution of the interferon alpha gene family in eutherian mammals

artículo científico publicado en 2007

Evolution of viral genomes: interplay between selection, recombination, and other forces.

artículo científico

Evolutionary and transmission dynamics of reassortant H5N1 influenza virus in Indonesia.

artículo científico publicado en 2008

Evolutionary fingerprinting of genes.

artículo científico publicado en 2009

Evolutionary interactions between N-linked glycosylation sites in the HIV-1 envelope

artículo científico publicado en 2006

Evolutionary interactions between N-linked glycosylation sites in the HIV-1 envelope

artículo científico publicado en 2006

Evolutionary model selection with a genetic algorithm: a case study using stem RNA.

artículo científico publicado en 2006

Evolutionary origins of human herpes simplex viruses 1 and 2

artículo científico publicado en 2014

FUBAR: a fast, unconstrained bayesian approximation for inferring selection

artículo científico publicado en 2013

Freely accessible ready to use global infrastructure for SARS-CoV-2 monitoring

artículo científico publicado en 2021

Full-Length Envelope Analyzer (FLEA): A tool for longitudinal analysis of viral amplicons

GARD: a genetic algorithm for recombination detection

artículo científico publicado en 2006

Gene-wide identification of episodic selection

artículo científico publicado en 2015

Genetic attributes of cerebrospinal fluid-derived HIV-1 env.

artículo científico publicado en 2006

Genomics and epidemiology of the P.1 SARS-CoV-2 lineage in Manaus, Brazil

artículo científico publicado en 2021

Genotype-Specific Evolution of Hepatitis E Virus

artículo científico publicado en 2017

Growth of HIV-1 Molecular Transmission Clusters in New York City

article

HIV Envelope Glycoform Heterogeneity and Localized Diversity Govern the Initiation and Maturation of a V2 Apex Broadly Neutralizing Antibody Lineage

artículo científico publicado en 2017

HIV-1 clade B pol evolution following primary infection

artículo científico publicado en 2013

HIV-1 neutralizing antibody response and viral genetic diversity characterized with next generation sequencing

artículo científico publicado en 2014

HIV-TRACE (Transmission Cluster Engine): a tool for large scale molecular epidemiology of HIV-1 and other rapidly evolving pathogens

artículo científico publicado en 2018

HIV-associated neurocognitive disorder is associated with HIV-1 dual infection

artículo científico publicado en 2016

HIV-specific probabilistic models of protein evolution

artículo científico publicado en 2007

Higher HIV-1 genetic diversity is associated with AIDS and neuropsychological impairment

artículo científico publicado en 2012

HyPhy 2.5-A Customizable Platform for Evolutionary Hypothesis Testing Using Phylogenies

artículo científico publicado en 2020

HyPhy: Hypothesis Testing Using Phylogenies

scholarly article

HyPhy: hypothesis testing using phylogenies

artículo científico publicado en 2004

IDEPI: rapid prediction of HIV-1 antibody epitopes and other phenotypic features from sequence data using a flexible machine learning platform

artículo científico publicado en 2014

Identification of a clade A HIV envelope immunogen from Protocol G that elicits neutralizing antibodies to tier 2 viruses

artículo científico publicado en 2012

Identification of an HIV-1 clade A envelope that exhibits broad antigenicity and neutralization sensitivity and elicits antibodies targeting three distinct epitopes

artículo científico publicado en 2013

Impact of seminal cytomegalovirus replication on HIV-1 dynamics between blood and semen

artículo científico publicado en 2012

In vivo VL-targeted microbial superantigen induced global shifts in the B cell repertoire.

artículo científico publicado en 2012

Incidence and prevalence of intrasubtype HIV-1 dual infection in at-risk men in the United States.

artículo científico publicado en 2013

Inconsistencies in estimating the age of HIV-1 subtypes due to heterotachy

artículo científico publicado en 2011

Intrasubtype B HIV-1 Superinfection Correlates with Delayed Neutralizing Antibody Response

artículo científico publicado en 2017

Less is more: an adaptive branch-site random effects model for efficient detection of episodic diversifying selection

artículo científico publicado en 2015

Lorenzo-Redondo et al. reply

artículo científico publicado en 2017

Maintenance of Nef-mediated modulation of major histocompatibility complex class I and CD4 after sexual transmission of human immunodeficiency virus type 1

artículo científico publicado en 2007

Mapping protease inhibitor resistance to human immunodeficiency virus type 1 sequence polymorphisms within patients.

artículo científico publicado en 2007

Mode and rate of evolution of haemosporidian mitochondrial genomes: timing the radiation of avian parasites

artículo científico publicado en 2018

Modeling HIV-1 drug resistance as episodic directional selection

artículo científico publicado en 2012

Molecular Features of the V1-V4 Coding Region of Sexually Transmitted Human Immunodeficiency Virus Type 1.

artículo científico publicado en 2017

Multiple Recombination Events and Strong Purifying Selection at the Origin of SARS-CoV-2 Spike Glycoprotein Increased Correlated Dynamic Movements

artículo científico publicado en 2020

Multiple emergences of genetically diverse amphibian-infecting chytrids include a globalized hypervirulent recombinant lineage.

artículo científico publicado en 2011

National and International Dimensions of Human Immunodeficiency Virus-1 Sequence Clusters in a Northern California Clinical Cohort

article published in 2019

Natural selection in the evolution of SARS-CoV-2 in bats created a generalist virus and highly capable human pathogen

scholarly article

Neuropathy- and myopathy-associated mutations in human small heat shock proteins: Characteristics and evolutionary history of the mutation sites

artículo científico publicado en 2014

Neutral theory and rapidly evolving viral pathogens.

artículo científico publicado en 2018

Neutralizing antibody responses drive the evolution of human immunodeficiency virus type 1 envelope during recent HIV infection

artículo científico publicado en 2005

Next generation sequencing improves detection of drug resistance mutations in infants after PMTCT failure

artículo científico publicado en 2014

No more business as usual: Agile and effective responses to emerging pathogen threats require open data and open analytics

scientific article published on 13 August 2020

No more business as usual: agile and effective responses to emerging pathogen threats require open data and open analytics

artículo científico publicado en 2020

Not so different after all: a comparison of methods for detecting amino acid sites under selection

artículo científico publicado en 2005

On the validity of evolutionary models with site-specific parameters

artículo científico publicado en 2014

Parsing social network survey data from hidden populations using stochastic context-free grammars

artículo científico publicado en 2009

Partner services in adults with acute and early HIV infection

artículo científico publicado en 2016

Persistence of transmitted drug resistance among subjects with primary human immunodeficiency virus infection.

artículo científico publicado en 2008

Persistent HIV-1 replication maintains the tissue reservoir during therapy

artículo científico publicado en 2016

Phyloanatomic characterization of the distinct T cell and monocyte contributions to the peripheral blood HIV population within the host

artículo científico publicado en 2020

Phylodynamic analysis of ebola virus in the 2014 sierra leone epidemic

artículo científico publicado en 2014

Phylodynamic reconstruction reveals norovirus GII.4 epidemic expansions and their molecular determinants

artículo científico publicado en 2010

Phylodynamics of infectious disease epidemics

artículo científico publicado en 2009

Phylogenetic analysis of population-based and deep sequencing data to identify coevolving sites in the nef gene of HIV-1.

artículo científico publicado en 2009

Phylogenetic relatedness of HIV-1 donor and recipient populations.

artículo científico publicado en 2013

Population structure of the genes encoding the polymorphic Plasmodium falciparum apical membrane antigen 1: implications for vaccine design

artículo científico publicado en 2008

Protease polymorphisms in HIV-1 subtype CRF01_AE represent selection by antiretroviral therapy and host immune pressure

artículo científico publicado en 2010

Purifying Selection Can Obscure the Ancient Age of Viral Lineages ⬇️

artículo científico publicado el 24 de junio de 2011

RELAX: detecting relaxed selection in a phylogenetic framework

artículo científico publicado en 2014

Rapid Sequencing of Complete env Genes from Primary HIV-1 Samples

artículo científico publicado en 2016

Rapid asymmetric evolution of a dual-coding tumor suppressor INK4a/ARF locus contradicts its function

artículo científico publicado en 2007

Rapid epidemic expansion of the SARS-CoV-2 Omicron variant in southern Africa

artículo científico publicado en 2022

Rapid epidemic expansion of the SARS-CoV-2 Omicron variant in southern Africa

artículo científico publicado en 2022

Relative Evolutionary Rates in Proteins Are Largely Insensitive to the Substitution Model

artículo científico publicado en 2018

Relative evolutionary rate inference in HyPhy with LEISR.

artículo científico publicado en 2018

Response to Comment on "The Origins of Sexually Transmitted HIV Among Men Who Have Sex with Men"

artículo científico publicado en 2010

Sampling bias and incorrect rooting make phylogenetic network tracing of SARS-COV-2 infections unreliable

artículo científico publicado en 2020

Selection Analysis Identifies Clusters of Unusual Mutational Changes in Omicron Lineage BA.1 That Likely Impact Spike Function

artículo científico publicado en 2022

Selection analyses of paired HIV-1 gag and gp41 sequences obtained before and after antiretroviral therapy

artículo científico publicado en 2018

Semen-specific genetic characteristics of human immunodeficiency virus type 1 env.

artículo científico publicado en 2005

Sexual transmission of predicted CXCR4-tropic HIV-1 likely originating from the source partner's seminal cells.

artículo científico publicado en 2012

Single-Cell Transcriptomics Reveal a Correlation between Genome Architecture and Gene Family Evolution in Ciliates

artículo científico publicado en 2019

Site-to-site variation of synonymous substitution rates

artículo científico publicado en 2005

Social and Genetic Networks of HIV-1 Transmission in New York City

artículo científico publicado en 2017

Spidermonkey: rapid detection of co-evolving sites using Bayesian graphical models.

artículo científico publicado en 2008

Statistics and truth in phylogenomics

artículo científico publicado en 2011

Structure-function analysis of hepatitis C virus envelope glycoproteins E1 and E2.

artículo científico publicado en 2014

Suppressors of RNAi from plant viruses are subject to episodic positive selection.

artículo científico publicado en 2013

Synonymous Substitution Rates Predict HIV Disease Progression as a Result of Underlying Replication Dynamics

artículo científico publicado en 2007

Synonymous site-to-site substitution rate variation dramatically inflates false positive rates of selection analyses: ignore at your own peril

artículo científico publicado en 2020

Synonymous substitution rates predict HIV disease progression as a result of underlying replication dynamics

artículo científico publicado en 2007

The 2006 NESCent Phyloinformatics Hackathon: A Field Report

article

The Replication-Competent HIV-1 Latent Reservoir is Primarily Established Near the Time of Therapy Initiation: Supplemental Material for Abrahams et al

article

The biological and clinical significance of emerging SARS-CoV-2 variants

artículo científico publicado en 2021

The emergence and ongoing convergent evolution of the SARS-CoV-2 N501Y lineages

The global transmission network of HIV-1

artículo científico publicado en 2013

The origins of sexually transmitted HIV among men who have sex with men.

artículo científico publicado en 2010

The relatedness of HIV epidemics in the United States-Mexico border region

artículo científico publicado en 2010

The replication-competent HIV-1 latent reservoir is primarily established near the time of therapy initiation

artículo científico publicado en 2019

Transmitted HIV type 1 drug resistance among individuals with recent HIV infection in East and Southern Africa

artículo científico publicado en 2010

Trends in the Molecular Epidemiology and Genetic Mechanisms of Transmitted Human Immunodeficiency Virus Type 1 Drug Resistance in a Large US Clinic Population

artículo científico publicado en 2019

Unbiased RACE-Based Massive Parallel Surveys of Human IgA Antibody Repertoires

artículo científico publicado en 2017

Using HIV Sequence and Epidemiologic Data to Assess the Effect of Self-referral Testing for Acute HIV Infection on Incident Diagnoses in San Diego, California

artículo científico publicado en 2016

Using HIV networks to inform real time prevention interventions

artículo científico publicado en 2014

Using HIV transmission networks to investigate community effects in HIV prevention trials

artículo científico publicado en 2011

Using phylogeography to characterize the origins of the HIV-1 subtype F epidemic in Romania ⬇️

artículo científico publicado el 23 de marzo de 2011

Using ultradeep pyrosequencing to study HIV-1 coreceptor usage in primary and dual infection.

artículo científico publicado en 2013

Viral CpG deficiency provides no evidence that dogs were intermediate hosts for SARS-CoV-2

artículo científico publicado en 2020

Viral Evolution and Cytotoxic T Cell Restricted Selection in Acute Infant HIV-1 Infection

scientific article published on 12 July 2016

Waiting for the truth: is reluctance in accepting an early origin hypothesis for SARS-CoV-2 delaying our understanding of viral emergence?

artículo científico publicado en 2022

Windshield splatter analysis with the Galaxy metagenomic pipeline

scientific article published on 09 October 2009

Workshop: Error correction, noise filtering, and phylogenetic analysis of HIV sequences using the 454 platform

scholarly article published February 2012

phylotree.js - a JavaScript library for application development and interactive data visualization in phylogenetics

article

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