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Lista de obras de Wouter de Laat

3C technology: analyzing the spatial organization of genomic loci in vivo

artículo científico publicado en 2004

3C-based technologies to study the shape of the genome

artículo científico publicado en 2012

3D chromatin conformation correlates with replication timing and is conserved in resting cells

artículo científico publicado en 2012

4C technology: protocols and data analysis.

artículo científico publicado en 2012

4C-seq from beginning to end: A detailed protocol for sample preparation and data analysis

artículo científico publicado en 2019

A Genetic Variant Associated with Five Vascular Diseases Is a Distal Regulator of Endothelin-1 Gene Expression.

artículo científico publicado en 2017

A Long-Distance Chromatin Affair

artículo científico publicado en 2015

A common genetic variant within SCN10A modulates cardiac SCN5A expression

artículo científico publicado en 2014

A decade of 3C technologies: insights into nuclear organization

artículo científico publicado en 2012

A large permissive regulatory domain exclusively controls Tbx3 expression in the cardiac conduction system.

artículo científico publicado en 2014

A p53-bound enhancer region controls a long intergenic noncoding RNA required for p53 stress response.

artículo científico publicado en 2016

A regulatory archipelago controls Hox genes transcription in digits

artículo científico publicado en 2011

A single oncogenic enhancer rearrangement causes concomitant EVI1 and GATA2 deregulation in leukemia

artículo científico publicado en 2014

Allelic exclusion of the immunoglobulin heavy chain locus is independent of its nuclear localization in mature B cells.

artículo científico publicado en 2013

An enhancer cluster controls gene activity and topology of the SCN5A-SCN10A locus in vivo

scientific article published on 30 October 2019

An evaluation of 3C-based methods to capture DNA interactions

artículo científico publicado en 2007

An evolutionarily conserved three-dimensional structure in the vertebrate Irx clusters facilitates enhancer sharing and coregulation.

artículo científico publicado en 2011

Architectural hallmarks of the pluripotent genome.

artículo científico

Beta-globin active chromatin Hub formation in differentiating erythroid cells and in p45 NF-E2 knock-out mice

artículo científico publicado en 2007

Beta-globin regulation and long-range interactions

artículo científico publicado en 2008

CTCF Binding Polarity Determines Chromatin Looping.

artículo científico publicado en 2015

CTCF mediates long-range chromatin looping and local histone modification in the beta-globin locus

scientific journal article

CTCF: the protein, the binding partners, the binding sites and their chromatin loops ⬇️

artículo científico publicado el 6 de mayo de 2013

Can We Just Say: Transcription Second?

artículo científico publicado en 2017

Cause and Consequence of Tethering a SubTAD to Different Nuclear Compartments.

artículo científico publicado en 2016

Cell-of-Origin-Specific 3D Genome Structure Acquired during Somatic Cell Reprogramming

artículo científico publicado en 2016

Characterization and dynamics of pericentromere-associated domains in mice

artículo científico publicado en 2015

Chromatin loops, gene positioning, and gene expression

artículo científico publicado en 2012

DNA methylation dynamics during intestinal stem cell differentiation reveals enhancers driving gene expression in the villus

artículo científico publicado en 2013

DNA structural elements required for ERCC1-XPF endonuclease activity.

artículo científico publicado en 1998

DNA-binding polarity of human replication protein A positions nucleases in nucleotide excision repair ⬇️

artículo científico publicado el 15 de agosto de 1998

Determining long-range chromatin interactions for selected genomic sites using 4C-seq technology: from fixation to computation.

artículo científico publicado en 2012

Discovery and validation of sub-threshold genome-wide association study loci using epigenomic signatures

artículo científico publicado en 2016

Diverse gene reprogramming events occur in the same spatial clusters of distal regulatory elements

artículo científico publicado en 2011

Domain organization of human chromosomes revealed by mapping of nuclear lamina interactions

artículo científico publicado en 2008

Dynamics of gene silencing during X inactivation using allele-specific RNA-seq.

artículo científico publicado en 2015

Enhancer hubs and loop collisions identified from single-allele topologies

artículo científico publicado en 2018

Enhancer-Mediated Oncogenic Function of the Menin Tumor Suppressor in Breast Cancer.

artículo científico publicado en 2017

Enhancers reside in a unique epigenetic environment during early zebrafish development

artículo científico publicado en 2016

Epigenetic Analyses of Human Left Atrial Tissue Identifies Gene Networks Underlying Atrial Fibrillation

artículo científico publicado en 2020

Epigenetic and Transcriptional Networks Underlying Atrial Fibrillation

artículo científico publicado en 2020

Epigenomic annotation of gene regulatory alterations during evolution of the primate brain.

artículo científico publicado en 2016

Erratum to: Dynamics of gene silencing during X inactivation using allele-specific RNA-seq.

artículo científico publicado en 2016

Erratum: Corrigendum: Domain organization of human chromosomes revealed by mapping of nuclear lamina interactions

scholarly article published in Nature

FISH-eyed and genome-wide views on the spatial organisation of gene expression

artículo científico publicado en 2008

For genomes to stay in shape, insulators must be up to PAR.

artículo científico publicado en 2013

Genetic Dissection of a Super Enhancer Controlling the Nppa-Nppb Cluster in the Heart

artículo científico publicado en 2020

Genome organization influences partner selection for chromosomal rearrangements

artículo científico publicado en 2010

Genome-wide analysis of FOXO3 mediated transcription regulation through RNA polymerase II profiling

artículo científico publicado en 2013

Genome-wide profiling of p53-regulated enhancer RNAs uncovers a subset of enhancers controlled by a lncRNA.

artículo científico publicado en 2015

Getting the genome in shape: the formation of loops, domains and compartments

artículo científico publicado en 2015

High-Affinity Sites Form an Interaction Network to Facilitate Spreading of the MSL Complex across the X Chromosome in Drosophila

artículo científico publicado en 2015

High-resolution identification of balanced and complex chromosomal rearrangements by 4C technology

artículo científico publicado en 2009

Identical cells with different 3D genomes; cause and consequences?

artículo científico

Integrated transcript and genome analyses reveal NKX2-1 and MEF2C as potential oncogenes in T cell acute lymphoblastic leukemia

artículo científico publicado en 2011

Inter-chromosomal gene regulation in the mammalian cell nucleus

artículo científico publicado en 2007

Interactions among Polycomb domains are guided by chromosome architecture

artículo científico publicado en 2011

Joining the loops: beta-globin gene regulation

artículo científico publicado en 2008

Large-scale identification of coregulated enhancer networks in the adult human brain

artículo científico publicado en 2014

Local compartment changes and regulatory landscape alterations in histone H1-depleted cells

artículo científico publicado en 2015

Long-range DNA contacts: romance in the nucleus?

artículo científico publicado en 2007

Looping and interaction between hypersensitive sites in the active beta-globin locus

artículo científico publicado en 2002

Maintenance of long-range DNA interactions after inhibition of ongoing RNA polymerase II transcription

artículo científico publicado en 2008

Mapping of interaction domains between human repair proteins ERCC1 and XPF

artículo científico publicado en 1998

Molecular mechanism of nucleotide excision repair.

artículo científico publicado en 1999

Multi-contact 4C: long-molecule sequencing of complex proximity ligation products to uncover local cooperative and competitive chromatin topologies

scientific article published on 13 January 2020

Multiple interactions between regulatory regions are required to stabilize an active chromatin hub.

artículo científico publicado en 2004

Nuclear organization of active and inactive chromatin domains uncovered by chromosome conformation capture-on-chip (4C).

artículo científico publicado en 2006

Polarized regulatory landscape and Wnt responsiveness underlie Hox activation in embryos

artículo científico publicado en 2016

Quantitative analysis of chromatin interaction changes upon a 4.3 Mb deletion at mouse 4E2

artículo científico publicado en 2015

Quantitative analysis of chromosome conformation capture assays (3C-qPCR).

artículo científico publicado en 2007

Regulation of disease-associated gene expression in the 3D genome

artículo científico publicado en 2016

Reversible contraction by looping of the Tcra and Tcrb loci in rearranging thymocytes

artículo científico publicado en 2007

Robust 4C-seq data analysis to screen for regulatory DNA interactions.

artículo científico publicado en 2012

Robust detection of translocations in lymphoma FFPE samples using targeted locus capture-based sequencing

artículo científico publicado en 2021

Sensitive Monogenic Noninvasive Prenatal Diagnosis by Targeted Haplotyping

artículo científico publicado en 2017

Small chromosomal regions position themselves autonomously according to their chromatin class.

artículo científico publicado en 2017

Solution structure of the Oct-1 POU homeodomain determined by NMR and restrained molecular dynamics ⬇️

artículo científico publicado el 1 de julio de 1995

Spatial organization of gene expression: the active chromatin hub.

artículo científico publicado en 2003

Studying physical chromatin interactions in plants using Chromosome Conformation Capture (3C).

artículo científico publicado en 2009

Targeted sequencing by proximity ligation for comprehensive variant detection and local haplotyping.

artículo científico publicado en 2014

The active spatial organization of the beta-globin locus requires the transcription factor EKLF

scientific journal article

The beta-globin nuclear compartment in development and erythroid differentiation

artículo científico publicado en 2003

The complex transcription regulatory landscape of our genome: control in three dimensions

artículo científico publicado en 2011

The dynamic architecture of Hox gene clusters

artículo científico publicado en 2011

The inactive X chromosome adopts a unique three-dimensional conformation that is dependent on Xist RNA.

artículo científico publicado en 2011

The pluripotent genome in three dimensions is shaped around pluripotency factors

artículo científico publicado en 2013

The second decade of 3C technologies: detailed insights into nuclear organization

artículo científico publicado en 2016

Three-dimensional organization of gene expression in erythroid cells

artículo científico publicado en 2008

Tissue- and expression level-specific chromatin looping at maize b1 epialleles

artículo científico publicado en 2009

Topology of mammalian developmental enhancers and their regulatory landscapes

artículo científico publicado en 2013

Transcription and chromatin organization of a housekeeping gene cluster containing an integrated beta-globin locus control region

artículo científico publicado en 2008

Transcription of Mammalian cis-Regulatory Elements Is Restrained by Actively Enforced Early Termination.

artículo científico publicado en 2015

Transcription-factor-dependent enhancer transcription defines a gene regulatory network for cardiac rhythm

artículo científico publicado en 2017

Variegated gene expression caused by cell-specific long-range DNA interactions

artículo científico publicado en 2011

YAP Drives Growth by Controlling Transcriptional Pause Release from Dynamic Enhancers

artículo científico publicado en 2015

YAP Partially Reprograms Chromatin Accessibility to Directly Induce Adult Cardiogenesis In Vivo

artículo científico publicado en 2019

eRNAs are required for p53-dependent enhancer activity and gene transcription

artículo científico publicado en 2012

peakC: a flexible, non-parametric peak calling package for 4C and Capture-C data

scientific article published on 01 September 2018

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