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Lista de obras de Lars Barquist

A comparison of dense transposon insertion libraries in the Salmonella serovars Typhi and Typhimurium

artículo científico publicado en 2013

A decade of advances in transposon-insertion sequencing

artículo científico publicado en 2020

A global genomic approach uncovers novel components for twitching motility-mediated biofilm expansion in Pseudomonas aeruginosa

artículo científico publicado en 2018

A high-resolution transcriptome map identifies small RNA regulation of metabolism in the gut microbe Bacteroides thetaiotaomicron

artículo científico publicado en 2020

A high-resolution view of genome-wide pneumococcal transformation

artículo científico publicado en 2012

A profile-based method for identifying functional divergence of orthologous genes in bacterial genomes.

artículo científico publicado en 2016

Accelerating Discovery and Functional Analysis of Small RNAs with New Technologies

artículo científico

An amphipathic peptide with antibiotic activity against multidrug-resistant Gram-negative bacteria

artículo científico publicado en 2020

An expanded transcriptome atlas for Bacteroides thetaiotaomicron reveals a small RNA that modulates tetracycline sensitivity

artículo científico publicado en 2024

Approaches to querying bacterial genomes with transposon-insertion sequencing

artículo científico publicado en 2013

Cellular RNA Targets of Cold Shock Proteins CspC and CspE and Their Importance for Serum Resistance in Septicemic Escherichia coli

artículo científico publicado en 2022

Characterization of the yehUT two-component regulatory system of Salmonella enterica Serovar Typhi and Typhimurium.

artículo científico publicado en 2013

Conditional Hfq Association with Small Noncoding RNAs in Pseudomonas aeruginosa Revealed through Comparative UV Cross-Linking Immunoprecipitation Followed by High-Throughput Sequencing

scientific article published on 03 December 2019

Correction: Signatures of Adaptation in Human Invasive Salmonella Typhimurium ST313 Populations from Sub-Saharan Africa

artículo científico publicado en 2015

Distinct Salmonella Enteritidis lineages associated with enterocolitis in high-income settings and invasive disease in low-income settings

artículo científico publicado en 2016

Dominant role of nucleotide substitution in the diversification of serotype 3 pneumococci over decades and during a single infection

artículo científico publicado en 2013

Dual RNA-seq of Orientia tsutsugamushi informs on host-pathogen interactions for this neglected intracellular human pathogen

artículo científico publicado en 2020

Dual RNA-seq unveils noncoding RNA functions in host–pathogen interactions

artículo científico publicado en 2016

Erratum: Distinct Salmonella Enteritidis lineages associated with enterocolitis in high-income settings and invasive disease in low-income settings

artículo científico publicado en 2017

Evolutionary modeling and prediction of non-coding RNAs in Drosophila

artículo científico publicado en 2009

Functional analysis of Salmonella Typhi adaptation to survival in water

artículo científico publicado en 2018

Functional analysis of colonization factor antigen I positive enterotoxigenic Escherichia coli identifies genes implicated in survival in water and host colonization

artículo científico publicado en 2021

Functional genomics reveals that Clostridium difficile Spo0A coordinates sporulation, virulence and metabolism

artículo científico publicado en 2014

Genome and transcriptome adaptation accompanying emergence of the definitive type 2 host-restricted Salmonella enterica serovar Typhimurium pathovar

artículo científico publicado en 2013

Global Maps of ProQ Binding In Vivo Reveal Target Recognition via RNA Structure and Stability Control at mRNA 3′ Ends

artículo científico publicado en 2018

Global RNA profiles show target selectivity and physiological effects of peptide-delivered antisense antibiotics

artículo científico publicado en 2021

Global RNA recognition patterns of post-transcriptional regulators Hfq and CsrA revealed by UV crosslinking in vivo

artículo científico publicado en 2016

Global discovery of bacterial RNA-binding proteins by RNase-sensitive gradient profiles reports a new FinO domain protein

artículo científico publicado en 2020

Global identification of RsmA/N binding sites in <i>Pseudomonas aeruginosa</i> by <i>in vivo</i> UV CLIP-seq

scientific article published on 27 April 2021

HandAlign: Bayesian multiple sequence alignment, phylogeny and ancestral reconstruction

artículo científico publicado en 2012

High-throughput analysis of gene essentiality and sporulation in Clostridium difficile

artículo científico publicado en 2015

INRI-seq enables global cell-free analysis of translation initiation and off-target effects of antisense inhibitors

artículo científico publicado en 2022

Machine learning identifies signatures of host adaptation in the bacterial pathogen Salmonella enterica.

artículo científico publicado en 2018

Molecular phenotyping of infection-associated small non-coding RNAs

artículo científico publicado en 2016

Morphological, genomic and transcriptomic responses of Klebsiella pneumoniae to the last-line antibiotic colistin.

artículo científico publicado en 2018

Noncanonical crRNAs derived from host transcripts enable multiplexable RNA detection by Cas9

artículo científico publicado en 2021

Parallel independent evolution of pathogenicity within the genus Yersinia

artículo científico publicado en 2014

Patterns of genome evolution that have accompanied host adaptation in Salmonella

artículo científico publicado en 2014

Plugging Small RNAs into the Network

artículo científico publicado en 2020

RNA target profiles direct the discovery of virulence functions for the cold-shock proteins CspC and CspE.

artículo científico publicado en 2017

RNA-seq reveals the RNA binding proteins, Hfq and RsmA, play various roles in virulence, antibiotic production and genomic flux in Serratia sp. ATCC 39006.

artículo científico publicado en 2013

RNIE: genome-wide prediction of bacterial intrinsic terminators

artículo científico publicado en 2011

Rapid transcriptional responses to serum exposure are associated with sensitivity and resistance to antibody-mediated complement killing in invasive Salmonella Typhimurium ST313.

artículo científico publicado en 2019

Resolving host-pathogen interactions by dual RNA-seq

artículo científico publicado en 2017

Rfam 11.0: 10 years of RNA families

artículo científico publicado en 2013

Robust identification of noncoding RNA from transcriptomes requires phylogenetically-informed sampling

artículo científico publicado en 2014

Role of sapA and yfgA in Susceptibility to Antibody-Mediated Complement-Dependent Killing and Virulence of Salmonella enterica Serovar Typhimurium.

artículo científico publicado en 2017

Signatures of adaptation in human invasive Salmonella Typhimurium ST313 populations from sub-Saharan Africa.

artículo científico publicado en 2015

Studying RNA Homology and Conservation with Infernal: From Single Sequences to RNA Families

artículo científico publicado en 2016

The TraDIS toolkit: sequencing and analysis for dense transposon mutant libraries

artículo científico publicado en 2016

The agr locus regulates virulence and colonization genes in Clostridium difficile 027.

artículo científico publicado en 2013

The in vitro and in vivo effects of constitutive light expression on a bioluminescent strain of the mouse enteropathogen Citrobacter rodentium

artículo científico publicado en 2016

The minimal meningococcal ProQ protein has an intrinsic capacity for structure-based global RNA recognition

scientific article published on 04 June 2020

The primary transcriptome of Neisseria meningitidis and its interaction with the RNA chaperone Hfq.

artículo científico publicado en 2017

Transcriptional noise and exaptation as sources for bacterial sRNAs

artículo científico publicado en 2019

xREI: a phylo-grammar visualization webserver

artículo científico publicado en 2008