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Lista de obras de Martijn A Huynen

A Prioritized and Validated Resource of Mitochondrial Proteins in <i>Plasmodium</i> Identifies Unique Biology

artículo científico publicado en 2021

A complex V ATP5A1 defect causes fatal neonatal mitochondrial encephalopathy

artículo científico publicado en 2013

A functional peptidyl-tRNA hydrolase, ICT1, has been recruited into the human mitochondrial ribosome

artículo científico publicado en 2010

A global definition of expression context is conserved between orthologs, but does not correlate with sequence conservation

artículo científico publicado en 2006

A homozygous FITM2 mutation causes a deafness-dystonia syndrome with motor regression and signs of ichthyosis and sensory neuropathy

scientific article published on 15 December 2016

A hydrogenosomal [Fe]-hydrogenase from the anaerobic chytrid Neocallimastix sp. L2.

artículo científico publicado en 2002

A mutation in C2orf64 causes impaired cytochrome c oxidase assembly and mitochondrial cardiomyopathy

artículo científico publicado en 2011

A mutation in the FAM36A gene, the human ortholog of COX20, impairs cytochrome c oxidase assembly and is associated with ataxia and muscle hypotonia.

artículo científico publicado en 2012

A mutation in the human CBP4 ortholog UQCC3 impairs complex III assembly, activity and cytochrome b stability

artículo científico publicado en 2014

A three-dimensional topology of complex I inferred from evolutionary correlations.

artículo científico publicado en 2012

ATP6AP1 deficiency causes an immunodeficiency with hepatopathy, cognitive impairment and abnormal protein glycosylation

artículo científico publicado en 2016

Acyl-CoA dehydrogenase 9 is required for the biogenesis of oxidative phosphorylation complex I

artículo científico publicado en 2010

An anaerobic mitochondrion that produces hydrogen

artículo científico publicado en 2005

An organelle-specific protein landscape identifies novel diseases and molecular mechanisms

scientific journal article

An siRNA-based functional genomics screen for the identification of regulators of ciliogenesis and ciliopathy genes ⬇️

scientific journal article

Analysis of genes regulated by the transcription factor LUMAN identifies ApoA4 as a target gene in dendritic cells.

artículo científico publicado en 2011

Asymmetric relationships between proteins shape genome evolution.

artículo científico publicado en 2009

BCG-induced trained immunity enhances acellular pertussis vaccination responses in an explorative randomized clinical trial

scientific article published in 2022

BOLA1 is an aerobic protein that prevents mitochondrial morphology changes induced by glutathione depletion

scientific journal article

Base pairing probabilities in a complete HIV-1 RNA.

artículo científico publicado en 1996

Benchmarking ortholog identification methods using functional genomics data

artículo científico publicado en 2006

C7orf30 specifically associates with the large subunit of the mitochondrial ribosome and is involved in translation

artículo científico publicado en 2012

CATCHprofiles: clustering and alignment tool for ChIP profiles.

artículo científico publicado en 2012

CCDC115 Deficiency Causes a Disorder of Golgi Homeostasis with Abnormal Protein Glycosylation

scientific journal article

CEP89 is required for mitochondrial metabolism and neuronal function in man and fly.

artículo científico publicado en 2013

COmplexome Profiling ALignment (COPAL) reveals remodeling of mitochondrial protein complexes in Barth syndrome

scientific article published on 01 September 2019

CTCF-mediated chromatin loops enclose inducible gene regulatory domains.

artículo científico publicado en 2016

Chromatin accessibility, p300, and histone acetylation define PML-RARα and AML1-ETO binding sites in acute myeloid leukemia

artículo científico publicado en 2012

CiliaCarta: An Integrated And Validated Compendium Of Ciliary Genes

article

CiliaCarta: An integrated and validated compendium of ciliary genes

artículo científico publicado en 2019

Clustering of codons with rare cognate tRNAs in human genes suggests an extra level of expression regulation

artículo científico publicado en 2009

Combinatorial gene regulation in Plasmodium falciparum

artículo científico publicado en 2005

Combining data from genomes, Y2H and 3D structure indicates that BolA is a reductase interacting with a glutaredoxin

artículo científico publicado en 2005

Comparative genomics for reliable protein-function prediction from genomic data

artículo científico publicado en 2004

Complex fate of paralogs

artículo científico publicado en 2008

Composition and stage dynamics of mitochondrial complexes in Plasmodium falciparum.

artículo científico publicado en 2021

Conservation of divergent transcription in fungi.

scientific article published on 28 March 2008

Conservation of gene co-regulation in prokaryotes and eukaryotes

article

Conserved co-expression for candidate disease gene prioritization

artículo científico publicado en 2008

Correction for Quainoo et al., "Whole-Genome Sequencing of Bacterial Pathogens: the Future of Nosocomial Outbreak Analysis".

artículo científico publicado en 2017

Correlation between sequence conservation and the genomic context after gene duplication

artículo científico publicado en 2005

Correlation between sequence conservation and the genomic context after gene duplication.

artículo científico publicado en 2005

Deciphering the evolution and metabolism of an anammox bacterium from a community genome

artículo científico publicado en 2006

Development of the first marmoset-specific DNA microarray (EUMAMA): a new genetic tool for large-scale expression profiling in a non-human primate

artículo científico publicado en 2007

Discovery of a HapE mutation that causes azole resistance in Aspergillus fumigatus through whole genome sequencing and sexual crossing

artículo científico publicado en 2012

Does mitochondrial DNA evolution in metazoa drive the origin of new mitochondrial proteins?

artículo científico publicado en 2018

Dominant processes during human dendritic cell maturation revealed by integration of proteome and transcriptome at the pathway level

artículo científico publicado en 2010

Equal G and C contents in histone genes indicate selection pressures on mRNA secondary structure

artículo científico publicado el 1 de abril de 1992

Estimating Metabolic Fluxes Using a Maximum Network Flexibility Paradigm

artículo científico publicado en 2015

Evidence for short-time divergence and long-time conservation of tissue-specific expression after gene duplication

artículo científico publicado en 2011

Evolution and diversification of the organellar release factor family.

artículo científico publicado en 2012

Evolution and structural organization of the mitochondrial contact site (MICOS) complex and the mitochondrial intermembrane space bridging (MIB) complex.

artículo científico publicado en 2015

Evolution of closely linked gene pairs in vertebrate genomes

artículo científico publicado en 2008

Evolution of modular intraflagellar transport from a coatomer-like progenitor.

artículo científico publicado en 2013

Evolutionary diversity of vertebrate small heat shock proteins.

artículo científico publicado en 2004

Expansion of the human mitochondrial proteome by intra- and inter-compartmental protein duplication

artículo científico publicado en 2009

Exploration of the omics evidence landscape: adding qualitative labels to predicted protein-protein interactions

artículo científico publicado en 2007

FACIL: Fast and Accurate Genetic Code Inference and Logo

artículo científico publicado en 2011

Fifteen years of research on oral-facial-digital syndromes: from 1 to 16 causal genes ⬇️

artículo científico publicado en 2017

Formation of peroxisomes: present and past.

artículo científico publicado en 2006

From endosymbiont to host-controlled organelle: the hijacking of mitochondrial protein synthesis and metabolism

artículo científico publicado en 2007

Function prediction and protein networks

artículo científico publicado en 2003

Gene co-regulation is highly conserved in the evolution of eukaryotes and prokaryotes

artículo científico publicado en 2004

Genome evolution predicts genetic interactions in protein complexes and reveals cancer drug targets.

artículo científico publicado en 2013

Genome phylogeny based on gene content

artículo científico publicado en 1999

Genome trees and the nature of genome evolution

artículo científico publicado en 2005

Genome-scale detection of positive selection in nine primates predicts human-virus evolutionary conflicts

artículo científico publicado en 2017

Genome-wide analysis in Escherichia coli unravels a high level of genetic homoplasy associated with cefotaxime resistance

artículo científico publicado en 2021

Genome-wide profiling of p63 DNA-binding sites identifies an element that regulates gene expression during limb development in the 7q21 SHFM1 locus.

artículo científico publicado en 2010

Genomes in Flux: The Evolution of Archaeal and Proteobacterial Gene Content ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2002

Haemophilus is overrepresented in the nasopharynx of infants hospitalized with RSV infection and associated with increased viral load and enhanced mucosal CXCL8 responses.

artículo científico publicado en 2018

Heterochromatic histone modifications at transposons in Xenopus tropicalis embryos

artículo científico publicado en 2016

Horizontal gene transfer from Bacteria to rumen Ciliates indicates adaptation to their anaerobic, carbohydrates-rich environment

artículo científico publicado en 2006

Human intellectual disability genes form conserved functional modules in Drosophila.

artículo científico publicado en 2013

Identification and evolutionary analysis of tissue-specific isoforms of mitochondrial complex I subunit NDUFV3.

artículo científico publicado en 2016

Identification and functional verification of archaeal-type phosphoenolpyruvate carboxylase, a missing link in archaeal central carbohydrate metabolism

artículo científico publicado en 2004

Identification of Nipsnap1 as a novel auxiliary protein inhibiting TRPV6 activity.

artículo científico publicado en 2008

Immunologic defects in severe mucocutaneous HSV-2 infections: Response to IFN-γ therapy

artículo científico publicado en 2016

Inferring metabolic states in uncharacterized environments using gene-expression measurements

artículo científico publicado en 2013

Integrative Genomics-Based Discovery of Novel Regulators of the Innate Antiviral Response

artículo científico publicado en 2015

Interspecies differences in PTH-mediated PKA phosphorylation of the epithelial calcium channel TRPV5.

artículo científico

Intrinsically disordered segments affect protein half-life in the cell and during evolution

artículo científico publicado en 2014

Iterative orthology prediction uncovers new mitochondrial proteins and identifies C12orf62 as the human ortholog of COX14, a protein involved in the assembly of cytochrome c oxidase

artículo científico publicado en 2012

KIAA0556 is a novel ciliary basal body component mutated in Joubert syndrome

artículo científico publicado en 2015

Lineage-specific gene loss following mitochondrial endosymbiosis and its potential for function prediction in eukaryotes

artículo científico publicado en 2005

Loss, replacement and gain of proteins at the origin of the mitochondria.

artículo científico publicado en 2012

MPV17L2 is required for ribosome assembly in mitochondria

artículo científico publicado en 2014

Macronuclear genome structure of the ciliate Nyctotherus ovalis: single-gene chromosomes and tiny introns

artículo científico publicado en 2008

Measuring genome evolution

artículo científico publicado en 1998

Measuring the physical cohesiveness of proteins using physical interaction enrichment.

artículo científico publicado en 2010

MicroRNA genes preferentially expressed in dendritic cells contain sites for conserved transcription factor binding motifs in their promoters.

artículo científico publicado en 2011

Mitochondria, hydrogenosomes and mitosomes: products of evolutionary tinkering!

artículo científico publicado en 2006

Mitochondrial proteome evolution and genetic disease.

artículo científico publicado en 2009

Modest heterologous protection after Plasmodium falciparum sporozoite immunization: a double-blind randomized controlled clinical trial

artículo científico publicado en 2017

Molecular and biochemical analysis of the plastidic ADP-glucose transporter (ZmBT1) from Zea mays.

artículo científico publicado en 2007

Molecular characterization of phosphoglycerate mutase in archaea

artículo científico publicado en 2002

Monoclonal antibodies block transmission of genetically diverse Plasmodium falciparum strains to mosquitoes

publication published on 12 August 2021

Mosaic origin of the mitochondrial proteome

artículo científico publicado en 2010

Multiple coding and the evolutionary properties of RNA secondary structure.

artículo científico publicado en 1993

Multiple origins of hydrogenosomes: functional and phylogenetic evidence from the ADP/ATP carrier of the anaerobic chytrid Neocallimastix sp.

artículo científico publicado en 2002

Mutations in NDUFAF3 (C3ORF60), encoding an NDUFAF4 (C6ORF66)-interacting complex I assembly protein, cause fatal neonatal mitochondrial disease

artículo científico publicado en 2009

Mutations in the UQCC1-interacting protein, UQCC2, cause human complex III deficiency associated with perturbed cytochrome b protein expression

artículo científico publicado en 2013

NDUFB7 and NDUFA8 are located at the intermembrane surface of complex I

artículo científico publicado en 2011

Novel insights from the Plasmodium falciparum sporozoite-specific proteome by probabilistic integration of 26 studies

artículo científico publicado en 2021

ODoSE: a webserver for genome-wide calculation of adaptive divergence in prokaryotes

artículo científico publicado en 2013

OFIP/KIAA0753 forms a complex with OFD1 and FOR20 at pericentriolar satellites and centrosomes and is mutated in one individual with oral-facial-digital syndrome.

artículo científico publicado en 2015

Optimized design and assessment of whole genome tiling arrays.

artículo científico publicado en 2007

Origin and evolution of the peroxisomal proteome

artículo científico publicado en 2006

Orthology prediction at scalable resolution by phylogenetic tree analysis

artículo científico publicado en 2007

POMT2 mutations cause alpha-dystroglycan hypoglycosylation and Walker-Warburg syndrome

artículo científico publicado en 2005

Phenome connections

artículo científico publicado en 2008

Practical and theoretical advances in predicting the function of a protein by its phylogenetic distribution ⬇️

artículo científico publicado en 2008

Predicting disease genes using protein-protein interactions.

artículo científico publicado en 2006

Predicting human genetic interactions from cancer genome evolution

artículo científico publicado en 2015

Prediction of protein function and pathways in the genome era.

artículo científico publicado en 2004

Prior exposure to B. pertussis shapes the mucosal antibody response to acellular pertussis booster vaccination

scientific article published in 2022

Probabilistic data integration identifies reliable gametocyte-specific proteins and transcripts in malaria parasites

artículo científico publicado en 2018

Probabilistic data integration identifies reliable gametocyte-specific proteins and transcripts in malaria parasites

scholarly article published 10 October 2017

Prokaryotic diversity of the Saccharomyces cerevisiae Atx1p-mediated copper pathway

artículo científico publicado en 2004

Proteomic profiling of Plasmodium sporozoite maturation identifies new proteins essential for parasite development and infectivity

artículo científico publicado en 2008

Proteomics of Human Dendritic Cell Subsets Reveals Subset-Specific Surface Markers and Differential Inflammasome Function

artículo científico publicado en 2016

Quantifying modularity in the evolution of biomolecular systems

artículo científico publicado en 2004

Quantitative proteome profiling of respiratory virus-infected lung epithelial cells

artículo científico publicado en 2010

Rate of killing of HIV-infected T cells and disease progression

scientific article published on 01 June 1996

Reconstructing the evolution of the mitochondrial ribosomal proteome.

artículo científico publicado en 2007

Reconstruction of the proto-mitochondrial metabolism

artículo científico publicado en 2003

Regulatory remodeling in the allo-tetraploid frog Xenopus laevis

artículo científico publicado en 2017

Restoration of complex V deficiency caused by a novel deletion in the human TMEM70 gene normalizes mitochondrial morphology

article

SHOT: a web server for the construction of genome phylogenies

artículo científico publicado en 2002

STRING: a database of predicted functional associations between proteins

artículo científico publicado en 2003

STRING: a web-server to retrieve and display the repeatedly occurring neighbourhood of a gene

artículo científico publicado en 2000

STRING: known and predicted protein-protein associations, integrated and transferred across organisms

artículo científico publicado en 2005

Sequence specificity between interacting and non-interacting homologs identifies interface residues--a homodimer and monomer use case

artículo científico publicado en 2015

Shaping the mitochondrial proteome

artículo científico publicado en 2004

Signature genes as a phylogenomic tool

artículo científico publicado en 2008

Signature, a web server for taxonomic characterization of sequence samples using signature genes.

artículo científico publicado en 2008

Skeletal muscle mitochondria of NDUFS4-/- mice display normal maximal pyruvate oxidation and ATP production

artículo científico publicado en 2015

Smoothness within ruggedness: the role of neutrality in adaptation.

artículo científico publicado en 1996

Structure based hypothesis of a mitochondrial ribosome rescue mechanism

artículo científico publicado en 2012

Systematic Phenomics Analysis Deconvolutes Genes Mutated in Intellectual Disability into Biologically Coherent Modules.

artículo científico publicado en 2016

TEFM (c17orf42) is necessary for transcription of human mtDNA

artículo científico publicado en 2011

TMEM107 recruits ciliopathy proteins to subdomains of the ciliary transition zone and causes Joubert syndrome ⬇️

scientific journal article

TMEM199 Deficiency Is a Disorder of Golgi Homeostasis Characterized by Elevated Aminotransferases, Alkaline Phosphatase, and Cholesterol and Abnormal Glycosylation

scientific journal article

TRASH: a novel metal-binding domain predicted to be involved in heavy-metal sensing, trafficking and resistance

artículo científico publicado en 2003

The Eukaryotic-Specific ISD11 Is a Complex-Orphan Protein with Ability to Bind the Prokaryotic IscS

artículo científico publicado en 2016

The Gene Ontology of eukaryotic cilia and flagella

artículo científico publicado en 2017

The PinkThing for analysing ChIP profiling data in their genomic context

artículo científico publicado en 2013

The RIG-I-like helicase receptor MDA5 (IFIH1) is involved in the host defense against Candida infections

artículo científico publicado en 2015

The SYSCILIA gold standard (SCGSv1) of known ciliary components and its applications within a systems biology consortium

artículo científico publicado en 2013

The [FeFe] hydrogenase of Nyctotherus ovalis has a chimeric origin

artículo científico publicado en 2007

The alpha-kinase family: an exceptional branch on the protein kinase tree.

artículo científico publicado en 2009

The consistent phylogenetic signal in genome trees revealed by reducing the impact of noise

artículo científico publicado en 2004

The hydrogenosomes of Psalteriomonas lanterna

artículo científico publicado en 2009

The identification of functional modules from the genomic association of genes

artículo científico publicado en 2002

The iron-sulphur protein Ind1 is required for effective complex I assembly

artículo científico publicado en 2008

The mitochondrial genomes of the ciliates Euplotes minuta and Euplotes crassus

artículo científico publicado en 2009

The organellar genome and metabolic potential of the hydrogen-producing mitochondrion of Nyctotherus ovalis.

artículo científico publicado en 2011

The origin of the supernumerary subunits and assembly factors of complex I: A treasure trove of pathway evolution.

artículo científico publicado en 2016

The phosphoglucose isomerase from the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus furiosus is a unique glycolytic enzyme that belongs to the cupin superfamily.

artículo científico publicado en 2001

The phylogenetic distribution of frataxin indicates a role in iron-sulfur cluster protein assembly

artículo científico publicado en 2001

The properties of protein family space depend on experimental design

artículo científico publicado en 2005

The pros and cons of vertebrate animal models for functional and therapeutic research on inherited retinal dystrophies

artículo científico publicado en 2015

The symbiotic intestinal ciliates and the evolution of their hosts

artículo científico publicado en 2014

The yeast coexpression network has a small-world, scale-free architecture and can be explained by a simple model

artículo científico publicado en 2004

Tracing the evolution of a large protein complex in the eukaryotes, NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I).

artículo científico publicado en 2005

Transcriptome analysis of complex I-deficient patients reveals distinct expression programs for subunits and assembly factors of the oxidative phosphorylation system

artículo científico publicado en 2015

Variation and evolution of biomolecular systems: searching for functional relevance

artículo científico publicado en 2005

Variation and evolution of the citric-acid cycle: a genomic perspective.

artículo científico publicado en 1999

WeGET: predicting new genes for molecular systems by weighted co-expression.

artículo científico publicado en 2015

Whole-Genome Sequencing of Bacterial Pathogens: the Future of Nosocomial Outbreak Analysis

artículo científico

YfhJ, a Molecular Adaptor in Iron-Sulfur Cluster Formation or a Frataxin-like Protein?

artículo científico publicado en 2006

genetically interacts with the ALS-associated orthologue and mediates its toxicity

article

optGpSampler: an improved tool for uniformly sampling the solution-space of genome-scale metabolic networks

artículo científico publicado en 2014

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