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Lista de obras de Patrick O. Brown

'Gene shaving' as a method for identifying distinct sets of genes with similar expression patterns

artículo científico publicado en 2000

2005 Curt Stern Award address. Exploring along a crooked path

artículo científico publicado en 2006

A DNA microarray survey of gene expression in normal human tissues

artículo científico publicado en 2005

A gene expression database for the molecular pharmacology of cancer

artículo científico publicado en 2000

A gene-expression program reflecting the innate immune response of cultured intestinal epithelial cells to infection by Listeria monocytogenes

artículo científico publicado en 2003

A landscape effect in tenosynovial giant-cell tumor from activation of CSF1 expression by a translocation in a minority of tumor cells

artículo científico publicado en 2006

A method for detecting and correcting feature misidentification on expression microarrays

artículo científico publicado en 2004

A nucleoprotein complex mediates the integration of retroviral DNA.

artículo científico publicado en 1989

A specific gene expression program triggered by Gram-positive bacteria in the cytosol

scholarly article

A transcriptional response to Wnt protein in human embryonic carcinoma cells

artículo científico publicado en 2002

Adaptation to famine: a family of stationary-phase genes revealed by microarray analysis

artículo científico publicado en 2002

An interview with Patrick O Brown on the origins and future of open access ⬇️

artículo científico publicado el 15 de abril de 2013

Analysis of topoisomerase function in bacterial replication fork movement: use of DNA microarrays

artículo científico publicado en 2000

Anatomic demarcation by positional variation in fibroblast gene expression programs

artículo científico publicado en 2006

Apo D in soft tissue tumors: a novel marker for dermatofibrosarcoma protuberans

artículo científico publicado en 2004

Arrest, adaptation, and recovery following a chromosome double-strand break in Saccharomyces cerevisiae

artículo científico publicado en 2000

Autoantigen microarrays for multiplex characterization of autoantibody responses

artículo científico publicado en 2002

Automated Analysis and Classification of Histological Tissue Features by Multi-Dimensional Microscopic Molecular Profiling

artículo científico publicado en 2015

Bethesda Statement on Open Access Publishing

copyright manifesto

Bone morphogenetic protein antagonist gremlin 1 is widely expressed by cancer-associated stromal cells and can promote tumor cell proliferation

artículo científico publicado en 2006

Cancer characterization and feature set extraction by discriminative margin clustering

artículo científico publicado en 2004

Catenation and knotting of duplex DNA by type 1 topoisomerases: a mechanistic parallel with type 2 topoisomerases

artículo científico publicado en 1981

Cell-Type Specific Features of Circular RNA Expression ⬇️

artículo científico publicado el 5 de septiembre de 2013

Cell-type specific gene expression profiles of leukocytes in human peripheral blood

artículo científico publicado en 2006

Characteristic genome rearrangements in experimental evolution of Saccharomyces cerevisiae

artículo científico publicado en 2002

Characterization of heterotypic interaction effects in vitro to deconvolute global gene expression profiles in cancer

artículo científico publicado en 2007

Characterization of three related glucose repressors and genes they regulate in Saccharomyces cerevisiae.

artículo científico publicado en 1998

Circular RNA is expressed across the eukaryotic tree of life

artículo científico publicado en 2014

Circular RNAs are the predominant transcript isoform from hundreds of human genes in diverse cell types

artículo científico publicado en 2012

Climate change and the integrity of science

artículo científico publicado en 2010

Cluster analysis and display of genome-wide expression patterns

artículo científico publicado en 1998

Combining SSH and cDNA microarrays for rapid identification of differentially expressed genes

artículo científico publicado en 1999

Comparative analysis of viral gene expression programs during poxvirus infection: a transcriptional map of the vaccinia and monkeypox genomes

artículo científico publicado en 2008

Comprehensive identification of cell cycle-regulated genes of the yeast Saccharomyces cerevisiae by microarray hybridization

artículo científico publicado en 1998

Computational Methods and Bioinformatic Tools

Concordant regulation of translation and mRNA abundance for hundreds of targets of a human microRNA

artículo científico publicado en 2009

Correct integration of retroviral DNA in vitro

scientific journal article

Correction: Cell-Type Specific Features of Circular RNA Expression

artículo científico publicado en 2013

Correction: Systematic Identification of mRNAs Recruited to Argonaute 2 by Specific microRNAs and Corresponding Changes in Transcript Abundance.

artículo científico publicado en 2008

DNA arrays for analysis of gene expression

artículo científico publicado en 1999

DNA methylation profiles of ovarian epithelial carcinoma tumors and cell lines

artículo científico publicado en 2010

DNA microarray analysis of gene expression in response to physiological and genetic changes that affect tryptophan metabolism in Escherichia coli

artículo científico publicado en 2000

Defining the specificity of cotranslationally acting chaperones by systematic analysis of mRNAs associated with ribosome-nascent chain complexes

artículo científico publicado en 2011

Delineating developmental and metabolic pathways in vivo by expression profiling using the RIKEN set of 18,816 full-length enriched mouse cDNA arrays

artículo científico publicado en 2001

Desferrioxamine-mediated iron uptake in Saccharomyces cerevisiae. Evidence for two pathways of iron uptake

artículo científico publicado en 2000

Detection and characterization of cellular immune responses using peptide-MHC microarrays

artículo científico publicado en 2003

Determination of stromal signatures in breast carcinoma

artículo científico publicado en 2005

Development of the human infant intestinal microbiota

artículo científico publicado en 2007

Differential gene expression in anatomical compartments of the human eye.

artículo científico publicado en 2005

Differential gene-expression patterns in genital fibroblasts of normal males and 46,XY females with androgen insensitivity syndrome: evidence for early programming involving the androgen receptor

artículo científico publicado en 2003

Digital Compared with Screen-Film Mammography: Measures of Diagnostic Accuracy among Women Screened in the Ontario Breast Screening Program

artículo científico publicado en 2015

Digital compared to screen-film mammography: breast cancer prognostic features in an organized screening program

artículo científico publicado en 2014

Digital compared with screen-film mammography: performance measures in concurrent cohorts within an organized breast screening program

artículo científico publicado en 2013

Digital versus screen-film mammography: impact of mammographic density and hormone therapy on breast cancer detection

artículo científico publicado en 2015

Directed Chemical Evolution with an Outsized Genetic Code

artículo científico publicado en 2016

Discovery and validation of breast cancer subtypes

artículo científico publicado en 2006

Discovery and validation of breast cancer subtypes.

artículo científico publicado en 2007

Dissecting eukaryotic translation and its control by ribosome density mapping

artículo científico publicado en 2005

Dissecting interferon-induced transcriptional programs in human peripheral blood cells

artículo científico publicado en 2010

Distinct stages of the translation elongation cycle revealed by sequencing ribosome-protected mRNA fragments

artículo científico publicado en 2014

Distinct types of diffuse large B-cell lymphoma identified by gene expression profiling

artículo científico publicado en 2000

Distinctive gene expression patterns in human mammary epithelial cells and breast cancers

artículo científico publicado en 1999

Diverse RNA-binding proteins interact with functionally related sets of RNAs, suggesting an extensive regulatory system

artículo científico publicado en 2008

Diverse and specific gene expression responses to stresses in cultured human cells

artículo científico publicado en 2004

Diversity of gene expression in adenocarcinoma of the lung

artículo científico publicado en 2001

Diversity, topographic differentiation, and positional memory in human fibroblasts

artículo científico publicado en 2002

ESRRA-C11orf20 is a recurrent gene fusion in serous ovarian carcinoma

artículo científico publicado en 2011

Effects of Mutations in Residues near the Active Site of Human Immunodeficiency Virus Type 1 Integrase on Specific Enzyme-Substrate Interactions ⬇️

artículo científico publicado el 1 de junio de 1998

Endothelial cell diversity revealed by global expression profiling

artículo científico publicado en 2003

Estimating the risk of bladder and kidney cancer from exposure to low-levels of arsenic in drinking water, Nova Scotia, Canada

artículo científico publicado en 2017

Evolutionary Conservation and Diversification of Puf RNA Binding Proteins and Their mRNA Targets

artículo científico publicado en 2015

Examining the living genome in health and disease with DNA microarrays

artículo científico publicado en 2000

Exploration of global gene expression patterns in pancreatic adenocarcinoma using cDNA microarrays

artículo científico publicado en 2003

Exploring drug-induced alterations in gene expression in Mycobacterium tuberculosis by microarray hybridization

artículo científico publicado en 1999

Exploring the Metabolic and Genetic Control of Gene Expression on a Genomic Scale ⬇️

artículo científico publicado el 24 de octubre de 1997

Exploring the new world of the genome with DNA microarrays

artículo científico publicado en 1999

Exploring the regulation of human neural precursor cell differentiation using arrays of signaling microenvironments

artículo científico publicado en 2006

Extensive association of functionally and cytotopically related mRNAs with Puf family RNA-binding proteins in yeast

artículo científico publicado en 2004

Functional analysis of the genes of yeast chromosome V by genetic footprinting

artículo científico publicado en 1996

Gene expression in the normal adult human kidney assessed by complementary DNA microarray

artículo científico publicado en 2003

Gene expression patterns and gene copy number changes in dermatofibrosarcoma protuberans

artículo científico publicado en 2003

Gene expression patterns in human embryonic stem cells and human pluripotent germ cell tumors ⬇️

artículo científico publicado el 31 de octubre de 2003

Gene expression patterns in human liver cancers

artículo científico publicado en 2002

Gene expression patterns in human placenta

artículo científico publicado en 2006

Gene expression patterns in ovarian carcinomas

artículo científico publicado en 2003

Gene expression patterns in pancreatic tumors, cells and tissues

artículo científico publicado en 2007

Gene expression patterns of breast carcinomas distinguish tumor subclasses with clinical implications

artículo científico publicado en 2001

Gene expression profiling identifies clinically relevant subtypes of prostate cancer

artículo científico publicado en 2004

Gene expression profiling reveals molecularly and clinically distinct subtypes of glioblastoma multiforme

artículo científico publicado en 2005

Gene expression programs in response to hypoxia: cell type specificity and prognostic significance in human cancers

artículo científico publicado en 2006

Gene expression programs of human smooth muscle cells: tissue-specific differentiation and prognostic significance in breast cancers

artículo científico publicado en 2007

Gene expression signature of fibroblast serum response predicts human cancer progression: similarities between tumors and wounds

artículo científico publicado en 2004

Gene-expression patterns reveal underlying biological processes in Kawasaki disease

artículo científico publicado en 2007

Generalized singular value decomposition for comparative analysis of genome-scale expression data sets of two different organisms

artículo científico publicado en 2003

Genetic footprinting: a genomic strategy for determining a gene's function given its sequence ⬇️

artículo científico publicado el 3 de julio de 1995

Genome-scale identification of membrane-associated human mRNAs

artículo científico publicado en 2006

Genome-wide analysis of DNA copy-number changes using cDNA microarrays

artículo científico publicado en 1999

Genome-wide analysis of gene expression regulated by the calcineurin/Crz1p signaling pathway in Saccharomyces cerevisiae

artículo científico publicado en 2002

Genome-wide analysis of mRNA lengths in Saccharomyces cerevisiae

artículo científico publicado en 2003

Genome-wide analysis of mRNA translation profiles in Saccharomyces cerevisiae ⬇️

artículo científico publicado en 2003

Genome-wide characterization of the Zap1p zinc-responsive regulon in yeast

artículo científico publicado en 2000

Genome-wide identification of mRNAs associated with the translational regulator PUMILIO in Drosophila melanogaster

artículo científico publicado en 2006

Genomewide demarcation of RNA polymerase II transcription units revealed by physical fractionation of chromatin

artículo científico publicado en 2003

Genomewide view of gene silencing by small interfering RNAs

artículo científico publicado en 2003

Genomic analysis of renal allograft dysfunction using cDNA microarrays.

artículo científico publicado en 2001

Genomic binding sites of the yeast cell-cycle transcription factors SBF and MBF

artículo científico publicado en 2001

Genomic expression programs and the integration of the CD28 costimulatory signal in T cell activation

artículo científico publicado en 2002

Genomic expression programs in the response of yeast cells to environmental changes

artículo científico publicado en 2000

Genomic expression responses to DNA-damaging agents and the regulatory role of the yeast ATR homolog Mec1p

artículo científico publicado en 2001

Genomic transcriptional response to loss of chromosomal supercoiling in Escherichia coli

artículo científico publicado en 2004

Global and specific translational regulation in the genomic response of Saccharomyces cerevisiae to a rapid transfer from a fermentable to a nonfermentable carbon source

artículo científico publicado en 2001

Global mapping of meiotic recombination hotspots and coldspots in the yeast Saccharomyces cerevisiae

artículo científico publicado en 2000

INFORMATION ACCESS: Building A "GenBank" of the Published Literature

artículo científico publicado en 2001

Identification of RNA recognition elements in the Saccharomyces cerevisiae transcriptome ⬇️

artículo científico publicado el 18 de octubre de 2010

Identification of eukaryotic mRNAs that are translated at reduced cap binding complex eIF4F concentrations using a cDNA microarray

artículo científico publicado en 1999

Identification of genes periodically expressed in the human cell cycle and their expression in tumors

artículo científico publicado en 2002

Identification of the copper regulon in Saccharomyces cerevisiae by DNA microarrays

artículo científico

Improved Discovery of Molecular Interactions in Genome-Scale Data with Adaptive Model-Based Normalization ⬇️

artículo científico publicado el 22 de enero de 2013

In vivo regulation of human skeletal muscle gene expression by thyroid hormone

artículo científico publicado en 2002

Individuality and variation in gene expression patterns in human blood

artículo científico publicado en 2003

Large-scale identification of secreted and membrane-associated gene products using DNA microarrays

artículo científico publicado en 2000

Marked differences in human melanoma antigen-specific T cell responsiveness after vaccination using a functional microarray

artículo científico publicado en 2005

Microarray analysis reveals a major direct role of DNA copy number alteration in the transcriptional program of human breast tumors

artículo científico publicado en 2002

Microarrays in primary breast cancer--lessons from chemotherapy studies

artículo científico publicado en 2001

Minimizing off-target effects by using diced siRNAs for RNA interference

artículo científico publicado en 2006

Missing value estimation methods for DNA microarrays

artículo científico publicado en 2001

Molecular portraits of human breast tumours

artículo científico publicado en 2000

New components of a system for phosphate accumulation and polyphosphate metabolism in Saccharomyces cerevisiae revealed by genomic expression analysis

artículo científico publicado en 2000

Nonparametric methods for identifying differentially expressed genes in microarray data

artículo científico publicado en 2002

Novel Genome-Scale Correlation between DNA Replication and RNA Transcription During the Cell Cycle in Yeast is Predicted by Data-Driven Models

scientific report

Ongoing immunoglobulin somatic mutation in germinal center B cell-like but not in activated B cell-like diffuse large cell lymphomas

artículo científico publicado en 2000

PLoS Medicine— A Medical Journal for the Internet Age

artículo científico publicado en 2004

Parallel human genome analysis: microarray-based expression monitoring of 1000 genes

artículo científico publicado en 1996

Parallels between global transcriptional programs of polarizing Caco-2 intestinal epithelial cells in vitro and gene expression programs in normal colon and colon cancer

artículo científico publicado en 2007

Phospholipase A2 group IIA expression in gastric adenocarcinoma is associated with prolonged survival and less frequent metastasis

artículo científico publicado en 2002

Physical mapping of genes in somatic cell radiation hybrids by comparative genomic hybridization to cDNA microarrays

artículo científico publicado en 2002

Precision and functional specificity in mRNA decay

artículo científico publicado en 2002

Predicting a local recurrence after breast-conserving therapy by gene expression profiling

artículo científico publicado en 2006

Presynaptic homeostasis at CNS nerve terminals compensates for lack of a key Ca2+ entry pathway

scholarly article

Processing and Modeling Genome-Wide Expression Data Using Singular Value Decomposition

scientific book chapter

Promoter-specific binding of Rap1 revealed by genome-wide maps of protein-DNA association

artículo científico publicado en 2001

Proteome-Wide Search Reveals Unexpected RNA-Binding Proteins in Saccharomyces cerevisiae ⬇️

artículo científico publicado el 10 de septiembre de 2010

Public-access group supports PubMed Central

artículo científico publicado en 2002

Quantitative monitoring of gene expression patterns with a complementary DNA microarray

artículo científico publicado en 1995

Quantitative proteomic analysis reveals concurrent RNA-protein interactions and identifies new RNA-binding proteins in Saccharomyces cerevisiae

artículo científico publicado en 2013

RERG is a novel ras-related, estrogen-regulated and growth-inhibitory gene in breast cancer

artículo científico publicado en 2001

Rapid global phaseout of animal agriculture has the potential to stabilize greenhouse gas levels for 30 years and offset 68 percent of CO2 emissions this century

artículo científico publicado en 2022

Rapid quantitative profiling of complex microbial populations

artículo científico publicado en 2006

Relation of Gene Expression Phenotype to Immunoglobulin Mutation Genotype in B Cell Chronic Lymphocytic Leukemia ⬇️

artículo científico publicado el 3 de diciembre de 2001

Repeated observation of breast tumor subtypes in independent gene expression data sets

artículo científico publicado en 2003

Retroviral integration: structure of the initial covalent product and its precursor, and a role for the viral IN protein

scientific journal article

Robustness, scalability, and integration of a wound-response gene expression signature in predicting breast cancer survival

artículo científico publicado en 2005

Role of thioredoxin reductase in the Yap1p-dependent response to oxidative stress in Saccharomyces cerevisiae

artículo científico

SOURCE: a unified genomic resource of functional annotations, ontologies, and gene expression data

artículo científico publicado en 2003

Singular Value Decomposition for Gene Expression Data Processing and Modeling

scientific report

Singular value decomposition for genome-wide expression data processing and modeling

artículo científico publicado en 2000

Small-area spatio-temporal analyses of bladder and kidney cancer risk in Nova Scotia, Canada

artículo científico publicado en 2016

Stereotyped and specific gene expression programs in human innate immune responses to bacteria

artículo científico publicado en 2002

Still Elegantly Muddling Through? NICE and Uncertainty in Decision Making About the Rationing of Expensive Medicines in England

artículo científico publicado en 2017

Stunned silence: gene expression programs in human cells infected with monkeypox or vaccinia virus

artículo científico publicado en 2011

Supervised harvesting of expression trees

artículo científico publicado en 2001

Systematic changes in gene expression patterns following adaptive evolution in yeast

artículo científico publicado en 1999

Systematic evaluation of candidate blood markers for detecting ovarian cancer

artículo científico publicado en 2008

Systematic identification of mRNAs recruited to argonaute 2 by specific microRNAs and corresponding changes in transcript abundance

artículo científico publicado en 2008

Systematic variation in gene expression patterns in human cancer cell lines

artículo científico publicado en 2000

Systemic and cell type-specific gene expression patterns in scleroderma skin

artículo científico publicado en 2003

T cell receptor-independent basal signaling via Erk and Abl kinases suppresses RAG gene expression

artículo científico publicado en 2003

The Stanford Microarray Database

artículo científico publicado en 2001

The Stanford Microarray Database accommodates additional microarray platforms and data formats

artículo científico publicado en 2005

The Stanford Microarray Database: data access and quality assessment tools

artículo científico publicado en 2003

The Stanford Microarray Database: implementation of new analysis tools and open source release of software

artículo científico publicado en 2006

The Stanford Tissue Microarray Database

artículo científico publicado en 2007

The host response to smallpox: analysis of the gene expression program in peripheral blood cells in a nonhuman primate model

scholarly article

The lymphochip: a specialized cDNA microarray for the genomic-scale analysis of gene expression in normal and malignant lymphocytes.

artículo científico publicado en 1999

The novel marker, DOG1, is expressed ubiquitously in gastrointestinal stromal tumors irrespective of KIT or PDGFRA mutation status

artículo científico publicado en 2004

The preclinical natural history of serous ovarian cancer: defining the target for early detection

artículo científico publicado en 2009

The temporal program of peripheral blood gene expression in the response of nonhuman primates to Ebola hemorrhagic fever

artículo científico publicado en 2007

The transcriptional program in the response of human fibroblasts to serum

artículo científico publicado en 1999

The transcriptional program of sporulation in budding yeast

artículo científico publicado en 1998

The yeast Rab GTPase Ypt1 modulates unfolded protein response dynamics by regulating the stability of HAC1 RNA ⬇️

artículo científico publicado el 26 de julio de 2012

Three Cell Wall Mannoproteins Facilitate the Uptake of Iron in Saccharomyces cerevisiae ⬇️

artículo científico publicado el 22 de octubre de 2001

Three-dimensional tracking of single mRNA particles in Saccharomyces cerevisiae using a double-helix point spread function ⬇️

artículo científico publicado el 4 de octubre de 2010

Tissue microarray validation of epidermal growth factor receptor and SALL2 in synovial sarcoma with comparison to tumors of similar histology

artículo científico publicado en 2003

Transcriptional modulation of genes encoding structural characteristics of differentiating enterocytes during development of a polarized epithelium in vitro

artículo científico publicado en 2007

Transcriptional program induced by Wnt protein in human fibroblasts suggests mechanisms for cell cooperativity in defining tissue microenvironments

artículo científico publicado en 2007

Transcriptional programs activated by exposure of human prostate cancer cells to androgen

artículo científico publicado en 2002

Transcriptional remodeling in response to iron deprivation in Saccharomyces cerevisiae

artículo científico publicado en 2004

Transcriptional response of human mast cells stimulated via the Fc(epsilon)RI and identification of mast cells as a source of IL-11

artículo científico publicado en 2002

Transcriptome-wide mapping of pseudouridines: pseudouridine synthases modify specific mRNAs in S. cerevisiae

artículo científico publicado en 2014

Transformation of follicular lymphoma to diffuse large-cell lymphoma: alternative patterns with increased or decreased expression of c-myc and its regulated genes

artículo científico publicado en 2002

Trust, regulatory processes and NICE decision-making: Appraising cost-effectiveness models through appraising people and systems

artículo científico publicado en 2016

Two yeast forkhead genes regulate the cell cycle and pseudohyphal growth

artículo científico publicado en 2000

Variation in gene expression patterns in follicular lymphoma and the response to rituximab

artículo científico publicado en 2003

Variation in gene expression patterns in human gastric cancers

artículo científico publicado en 2003

Virtual Northern analysis of the human genome

artículo científico publicado en 2007

Visualizing associations between genome sequences and gene expression data using genome-mean expression profiles

artículo científico publicado en 2001

Whole-genome expression analysis of snf/swi mutants of Saccharomyces cerevisiae

artículo científico publicado en 2000

Why PLoS became a publisher

artículo científico publicado en 2003

Widespread cytoplasmic mRNA transport in yeast: identification of 22 bud-localized transcripts using DNA microarray analysis

artículo científico publicado en 2003

Widespread mRNA Association with Cytoskeletal Motor Proteins and Identification and Dynamics of Myosin-Associated mRNAs in S. cerevisiae ⬇️

artículo científico publicado el 16 de febrero de 2012

Yeast microarrays for genome wide parallel genetic and gene expression analysis ⬇️

artículo científico publicado el 25 de noviembre de 1997

miR-142 regulates the tumorigenicity of human breast cancer stem cells through the canonical WNT signaling pathway

artículo científico publicado en 2014

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