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Lista de obras de Wojciech Makalowski

"Orphan" retrogenes in the human genome

artículo científico publicado en 2012

A Map of 3′ DNA Transduction Variants Mediated by Non-LTR Retroelements on 3202 Human Genomes

artículo científico publicado en 2022

A YAC-based physical map of the mouse genome.

artículo científico publicado en 1999

A novel web-based TinT application and the chronology of the Primate Alu retroposon activity

artículo científico publicado en 2010

A tRNA Pseudogene in the ArchaeonMethanococcus jannaschii

artículo científico publicado en 2000

A transposable element-mediated gene divergence that directly produces a novel type bovine Bcnt protein including the endonuclease domain of RTE-1.

artículo científico publicado en 2003

A young Alu subfamily amplified independently in human and African great apes lineages

artículo científico publicado en 1994

Alu alert

artículo científico publicado en 1994

Amoebozoa possess lineage-specific globin gene repertoires gained by individual horizontal gene transfers.

artículo científico publicado en 2014

An integrated genome-wide multi-omics analysis of gene expression dynamics in the preimplantation mouse embryo

artículo científico publicado en 2019

Are CpG sites mutation hot spots in the dystrophin gene?

article

Are we polyploids? A brief history of one hypothesis

artículo científico publicado en 2001

Bioinformatics of nanopore sequencing

scientific article published on 26 August 2019

Characterization of the mitochondrial genome of Rousettus leschenaulti.

artículo científico publicado en 2013

Chromosomes and expression mechanisms

scientific article published on 01 April 2001

Chromosomes and expression mechanisms Web alert

artículo científico publicado en 1998

Comparative genomic analysis of retrogene repertoire in two green algae Volvox carteri and Chlamydomonas reinhardtii

artículo científico publicado en 2016

Comparative genomics of neuroglobin reveals its early origins

artículo científico publicado en 2012

Complementary DNA for 12-Kilodalton B Cell Growth Factor: Misassigned

artículo científico publicado en 1996

Conservation of the Exon-Intron Structure of Long Intergenic Non-Coding RNA Genes in Eutherian Mammals

artículo científico publicado en 2016

Conserved signals in the 5′ flanking region of eukaryotic nuclear tRNA genes

article

Corrigendum: Interactive transcriptome analysis of malaria patients and infecting

scholarly article by Junya Yamagishi et al published August 2018 in Genome Research

Corrigendum: Retrophylogenomics Place Tarsiers on the Evolutionary Branch of Anthropoids.

artículo científico publicado en 2015

DB-AT: a 2015 update to the Full-parasites database brings a multitude of new transcriptomic data for apicomplexan parasites

artículo científico publicado en 2014

DED: Database of Evolutionary Distances

artículo científico publicado en 2005

Determinants of plant U12-dependent intron splicing efficiency

artículo científico publicado en 2004

Differences in embryo quality are associated with differences in oocyte composition: a proteomic study in inbred mice.

artículo científico

Do transposable elements really contribute to proteomes?

artículo científico publicado en 2006

Does the AD7c-NTP locus encode a protein?

artículo científico publicado en 2004

Eighty percent of proteins are different between humans and chimpanzees

artículo científico publicado en 2005

Emergence and Evolution of ERM Proteins and Merlin in Metazoans

artículo científico publicado en 2020

Enhancer occlusion transcripts regulate the activity of human enhancer domains via transcriptional interference: a computational perspective

artículo científico publicado en 2020

Environmental adaptation of Acanthamoeba castellanii and Entamoeba histolytica at genome level as seen by comparative genomic analysis.

artículo científico publicado en 2018

Evola: Ortholog database of all human genes in H-InvDB with manual curation of phylogenetic trees

artículo científico publicado en 2007

Evolution of genes and genomes on the Drosophila phylogeny

artículo científico publicado en 2007

Evolutionary conservation and somatic mutation hotspot maps of p53: correlation with p53 protein structural and functional features.

artículo científico publicado en 1999

Evolutionary dynamics of U12-type spliceosomal introns

artículo científico publicado en 2010

Evolutionary dynamics of mammalian mRNA untranslated regions by comparative analysis of orthologous human, artiodactyl and rodent gene pairs

artículo científico publicado en 2002

Evolutionary parameters of the transcribed mammalian genome: an analysis of 2,820 orthologous rodent and human sequences

artículo científico publicado en 1998

Evolutionary sequence comparisons using high-density oligonucleotide arrays.

artículo científico publicado en 1998

Frequent human genomic DNA transduction driven by LINE-1 retrotransposition

artículo científico publicado en 2000

Functional persistence of exonized mammalian-wide interspersed repeat elements (MIRs)

artículo científico publicado en 2007

GENOMICS: Not Junk After All

artículo científico publicado en 2003

GPAC-genome presence/absence compiler: a web application to comparatively visualize multiple genome-level changes.

artículo científico publicado en 2014

GenoTypeMapper: graphical genotyping on genetic and sequence-based maps

scientific article published on 10 September 2020

Genome Evolution ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2010

Genome research: the second decade. A report on the XI Cold Spring Harbor Laboratory Meeting On Genome Mapping and Sequencing, May 13–17, 1998, Cold Spring Harbor, NY

article

Genomes and evolution

artículo científico publicado en 2000

Human and nematode orthologs--lessons from the analysis of 1800 human genes and the proteome of Caenorhabditis elegans

artículo científico publicado en 1999

Hypoxia induces mitochondrial DNA damage and stimulates expression of a DNA repair enzyme, the Escherichia coli MutY DNA glycosylase homolog (MYH), in vivo, in the rat brain

artículo científico publicado en 2002

Inferring clonal structure in HTLV-1-infected individuals: towards bridging the gap between analysis and visualization

artículo científico

Integrative annotation of 21,037 human genes validated by full-length cDNA clones

artículo científico publicado en 2004

Interactive transcriptome analysis of malaria patients and infecting Plasmodium falciparum

artículo científico publicado en 2014

Lack of population differentiation patterns of previously identified putatively adaptive transposable element insertions at microgeographic scales.

artículo científico publicado en 2015

Life cycle adapted upstream open reading frames (uORFs) in Trypanosoma congolense: A post-transcriptional approach to accurate gene regulation

artículo científico publicado en 2018

Loss of ADAMTS19 causes progressive non-syndromic heart valve disease

artículo científico publicado en 2019

Loss-of-function uORF mutations in human malignancies

artículo científico publicado en 2018

Mammalian overlapping genes: the comparative perspective.

artículo científico publicado en 2004

Mastering seeds for genomic size nucleotide BLAST searches

artículo científico publicado en 2003

Methodological function of hypotheses in science: old ideas in new cloth.

artículo científico publicado en 2000

Mobilome of Apicomplexa Parasites

artículo científico publicado en 2022

Molecular archeology of L1 insertions in the human genome.

artículo científico publicado en 2002

Molecular dynamics simulations through GPU video games technologies

artículo científico publicado en 2014

Mutational Intratumor Heterogeneity is a Complex and Early Event in the Development of Adult T-cell Leukemia/Lymphoma

NanoPipe-a web server for nanopore MinION sequencing data analysis

artículo científico publicado en 2019

Nanopore sequencing of drug-resistance-associated genes in malaria parasites, Plasmodium falciparum.

artículo científico publicado en 2018

Nucleotide sequence of the mitochondrial 5S rRNA gene from lupine (Lupinus luteus) ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 1992

Oncogenes and cell proliferation

scientific article published on 01 February 2001

Origin and evolution of the chicken leukocyte receptor complex

artículo científico publicado en 2005

Origin of the 1918 pandemic H1N1 influenza A virus as studied by codon usage patterns and phylogenetic analysis

artículo científico publicado en 2010

Origins and evolution of the formin multigene family that is involved in the formation of actin filaments

artículo científico publicado en 2008

Overlapping genes in vertebrate genomes

artículo científico publicado en 2005

Phylogenetic analysis of a reported complementary DNA sequence

artículo científico publicado en 1994

Phylogenetic analysis of mitochondrial outer membrane β-barrel channels.

artículo científico publicado en 2011

Phylogenetic analysis reveals wide distribution of globin X.

artículo científico publicado en 2011

Protein import complexes in the mitochondrial outer membrane of Amoebozoa representatives

artículo científico publicado en 2016

RAB5A and TRAPPC6B are novel targets for Shiga toxin 2a inactivation in kidney epithelial cells

scientific article published on 18 March 2020

Regulatory affairs

scientific article published on 01 June 1996

Retrophylogenomics place tarsiers on the evolutionary branch of anthropoids

artículo científico publicado en 2013

Searching for tRNA genes in DNA sequences--an IBM microcomputer program.

artículo científico publicado en 1990

Sequencing and phasing cancer mutations in lung cancers using a long-read portable sequencer

artículo científico publicado en 2017

Serotyping dengue virus with isothermal amplification and a portable sequencer

artículo científico publicado en 2017

Spliceosomal small nuclear RNA genes in 11 insect genomes.

artículo científico publicado en 2006

Structural models for the design of novel antiviral agents against Greek Goat Encephalitis

artículo científico publicado en 2014

Surprisingly high number of Twintrons in vertebrates ⬇️

artículo científico publicado el 28 de enero de 2013

Synonymous and nonsynonymous substitution distances are correlated in mouse and rat genes.

artículo científico publicado en 1998

TEclass--a tool for automated classification of unknown eukaryotic transposable elements.

artículo científico publicado en 2009

TRIM32 modulates pluripotency entry and exit by directly regulating Oct4 stability

artículo científico publicado en 2015

The H-Invitational Database (H-InvDB), a comprehensive annotation resource for human genes and transcripts

artículo científico publicado en 2008

The TOM Complex of Amoebozoans: the Cases of the Amoeba Acanthamoeba castellanii and the Slime Mold Dictyostelium discoideum.

artículo científico publicado en 2015

The biologist and the World Wide Web

scholarly article by Andreas D Baxevanis et al published 1 February 1996 in Current Opinion in Biotechnology

The emerging picture of the mitochondrial protein import complexes of Amoebozoa supergroup

artículo científico publicado en 2017

The multi-comparative 2-n-way genome suite

artículo científico publicado en 2020

Transcriptional interference by small transcripts in proximal promoter regions.

artículo científico publicado en 2018

Transduplication resulted in the incorporation of two protein-coding sequences into the turmoil-1 transposable element of C. elegans

artículo científico publicado en 2008

Transposable Elements: Classification, Identification, and Their Use As a Tool For Comparative Genomics

scientific article published on 01 January 2019

Transposable elements and their identification

artículo científico publicado en 2012

Transposable elements and vertebrate protein diversity.

artículo científico publicado en 2003

Transposable elements as a significant source of transcription regulating signals

article

Transposable elements significantly contributed to the core promoters in the human genome

scientific article published on 19 March 2019

U12 intron positions are more strongly conserved between animals and plants than U2 intron positions

artículo científico publicado en 2008

U12-type spliceosomal introns of Insecta.

artículo científico publicado en 2012

UTRdb: a specialized database of 5' and 3' untranslated regions of eukaryotic mRNAs.

artículo científico publicado en 1999

Visualizing sequence similarity of protein families

artículo científico publicado en 2004

Web alert

artículo científico publicado en 2001

Web alert Environmental biotechnology Regulatory affairs

artículo científico publicado en 1997

Web alert. Protein engineering

What is "junk" DNA, and what is it worth?

artículo científico publicado en 2007

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