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Lista de obras de Eran Segal

A Discriminative Model for Identifying Spatial cis-Regulatory Modules

article

A Feature-Based Approach to Modeling Protein-DNA Interactions

article

A Minimalistic Resource Allocation Model to Explain Ubiquitous Increase in Protein Expression with Growth Rate

artículo científico publicado en 2016

A day in the life of the meta-organism: diurnal rhythms of the intestinal microbiome and its host

artículo científico publicado en 2015

A discriminative model for identifying spatial cis-regulatory modules

A feature-based approach to modeling protein-DNA interactions

artículo científico publicado en 2008

A framework for identifying regional outbreak and spread of COVID-19 from one-minute population-wide surveys

scientific article published on 09 April 2020

A genomic code for nucleosome positioning

artículo científico publicado en 2006

A minimalistic resource allocation model to explain ubiquitous increase in protein expression with growth rate

A module map showing conditional activity of expression modules in cancer

artículo científico publicado en 2004

A module of negative feedback regulators defines growth factor signaling

artículo científico publicado en 2007

A reference map of potential determinants for the human serum metabolome

artículo científico publicado en 2020

A shared architecture for promoters and enhancers

artículo científico publicado en 2014

A transcriptional profile of aging in the human kidney

artículo científico publicado en 2004

A transcriptional program mediating entry into cellular quiescence

artículo científico publicado en 2007

Anosmia and other SARS-CoV-2 positive test-associated symptoms, across three national, digital surveillance platforms as the COVID-19 pandemic and response unfolded: an observation study

artículo científico publicado en 2020

Artificial Sweeteners Induce Glucose Intolerance by Altering the Gut Microbiota

Artificial sweeteners induce glucose intolerance by altering the gut microbiota

artículo científico publicado en 2014

Axes of a revolution: challenges and promises of big data in healthcare

artículo científico publicado en 2020

Bread Affects Clinical Parameters and Induces Gut Microbiome-Associated Personal Glycemic Responses

artículo científico publicado en 2017

Building an International Consortium for Tracking Coronavirus Health Status

artículo científico publicado en 2020

Building an international consortium for tracking coronavirus health status

artículo científico publicado en 2020

Cell lineage analysis of the mammalian female germline

artículo científico publicado en 2012

Comparative genetics. Systematic discovery of cap-independent translation sequences in human and viral genomes

artículo científico publicado en 2016

Compensation for differences in gene copy number among yeast ribosomal proteins is encoded within their promoters

artículo científico publicado en 2011

Competition between binding sites determines gene expression at low transcription factor concentrations

article

Computational prediction of RNA structural motifs involved in post-transcriptional regulatory processes

artículo científico publicado en 2011

Computational prediction of RNA structural motifs involved in posttranscriptional regulatory processes

artículo científico publicado en 2008

Contribution of histone sequence preferences to nucleosome organization: proposed definitions and methodology

artículo científico publicado en 2010

Core promoter sequence in yeast is a major determinant of expression level

artículo científico publicado en 2015

Deciphering the rules by which 5'-UTR sequences affect protein expression in yeast

artículo científico publicado en 2013

Decoding global gene expression programs in liver cancer by noninvasive imaging

artículo científico publicado en 2007

Determinants of nucleosome positioning

artículo científico publicado en 2013

Disruption of yeast forkhead-associated cell cycle transcription by oxidative stress

artículo científico publicado en 2004

Dissecting splicing decisions and cell-to-cell variability with designed sequence libraries

artículo científico publicado en 2019

Distinct modes of regulation by chromatin encoded through nucleosome positioning signals

artículo científico publicado en 2008

EGF decreases the abundance of microRNAs that restrain oncogenic transcription factors

artículo científico publicado en 2010

Editorial overview: Genome architecture and expression

artículo científico publicado en 2015

Efficient Bundle Sorting

Estimating cell depth from somatic mutations

artículo científico publicado en 2008

Evidence for an instructive mechanism of de novo methylation in cancer cells.

artículo científico publicado en 2006

Fixated on fixation: using ChIP to interrogate the dynamics of chromatin interactions

artículo científico publicado en 2013

From DNA sequence to transcriptional behaviour: a quantitative approach

artículo científico publicado en 2009

From promoter sequence to expression

From signatures to models: understanding cancer using microarrays

artículo científico publicado en 2005

Functional characterization of the p53 “mutome”

scientific article published on 25 September 2018

Functional demarcation of active and silent chromatin domains in human HOX loci by noncoding RNAs

artículo científico publicado en 2007

Gene expression divergence in yeast is coupled to evolution of DNA-encoded nucleosome organization

artículo científico publicado en 2009

GenoExp: a web tool for predicting gene expression levels from single nucleotide polymorphisms

artículo científico publicado en 2015

Genome-wide measurement of RNA folding energies

artículo científico publicado en 2012

Genome-wide measurement of RNA secondary structure in yeast

artículo científico publicado en 2010

Genomics: ENCODE explained

artículo científico publicado en 2012

Geometric constraints on neuronal connectivity facilitate a concise synaptic adhesive code

artículo científico publicado en 2008

Growth dynamics of gut microbiota in health and disease inferred from single metagenomic samples

artículo científico publicado en 2015

High nucleosome occupancy is encoded at X-linked gene promoters in C. elegans

artículo científico publicado en 2010

High nucleosome occupancy is encoded at human regulatory sequences

artículo científico publicado en 2010

High-throughput interrogation of programmed ribosomal frameshifting in human cells

artículo científico publicado en 2020

Host genetics and microbiome associations through the lens of genome wide association studies

article

Host-parasite network structure is associated with community-level immunogenetic diversity

artículo científico publicado en 2014

How transcription factors identify regulatory sites in genomic sequence

artículo científico publicado en 2011

In pursuit of design principles of regulatory sequences

artículo científico publicado en 2014

InSite: a computational method for identifying protein-protein interaction binding sites on a proteome-wide scale

artículo científico publicado en 2007

Incorporating Nucleosomes into Thermodynamic Models of Transcription Regulation

Incorporating nucleosomes into thermodynamic models of transcription regulation

artículo científico publicado en 2009

Inferring gene expression from ribosomal promoter sequences, a crowdsourcing approach

artículo científico publicado en 2013

Inferring gene regulatory logic from high-throughput measurements of thousands of systematically designed promoters

artículo científico publicado en 2012

Integrative analysis of the Caenorhabditis elegans genome by the modENCODE project

artículo científico publicado en 2010

Integrative genomic analysis by interoperation of bioinformatics tools in GenomeSpace

artículo científico

Involvement of a gut-retina axis in protection against dietary glycemia-induced age-related macular degeneration.

artículo científico publicado en 2017

Joint learning from multiple types of genomic data.

artículo científico publicado en 2005

Journal club

Landscape and variation of RNA secondary structure across the human transcriptome

artículo científico publicado en 2014

Large-scale mapping of gene regulatory logic reveals context-dependent repression by transcriptional activators.

artículo científico publicado en 2016

Long noncoding RNA as modular scaffold of histone modification complexes

artículo científico publicado en 2010

Longitudinal symptom dynamics of COVID-19 infection

artículo científico publicado en 2020

Manipulating nucleosome disfavoring sequences allows fine-tune regulation of gene expression in yeast

artículo científico publicado en 2012

Massively Parallel Interrogation of the Effects of Gene Expression Levels on Fitness

artículo científico publicado en 2016

Measurements of the impact of 3' end sequences on gene expression reveal wide range and sequence dependent effects

artículo científico publicado en 2013

Microbiome and metabolome features of the cardiometabolic disease spectrum

artículo científico publicado en 2022

Microbiota Diurnal Rhythmicity Programs Host Transcriptome Oscillations

artículo científico publicado en 2016

Microbiota-Modulated Metabolites Shape the Intestinal Microenvironment by Regulating NLRP6 Inflammasome Signaling.

artículo científico publicado en 2015

Modeling interactions between adjacent nucleosomes improves genome-wide predictions of nucleosome occupancy

artículo científico publicado en 2009

Module map of stem cell genes guides creation of epithelial cancer stem cells

artículo científico publicado en 2008

Molecular dissection of the genetic mechanisms that underlie expression conservation in orthologous yeast ribosomal promoters

artículo científico publicado en 2014

Monoubiquitinated H2B is associated with the transcribed region of highly expressed genes in human cells

artículo científico publicado en 2008

Motif module map reveals enforcement of aging by continual NF-kappaB activity

artículo científico publicado en 2007

New insights into replication origin characteristics in metazoans

artículo científico publicado en 2012

Noise in gene expression is coupled to growth rate

artículo científico publicado en 2015

Non-caloric artificial sweeteners and the microbiome: findings and challenges

artículo científico publicado en 2015

Nucleosome maps of the human cytomegalovirus genome reveal a temporal switch in chromatin organization linked to a major IE protein

artículo científico publicado en 2013

Nucleosome sequence preferences influence in vivo nucleosome organization

artículo científico publicado en 2010

Overlapping codes within protein-coding sequences

artículo científico publicado en 2010

Persistent microbiome alterations modulate the rate of post-dieting weight regain

artículo científico publicado en 2016

Personalized Nutrition by Prediction of Glycemic Responses.

artículo científico publicado en 2015

Poly(dA:dT) tracts: major determinants of nucleosome organization

scientific article published on 07 February 2009

Predicting disease risk using bootstrap ranking and classification algorithms

artículo científico publicado en 2013

Predicting expression patterns from regulatory sequence in Drosophila segmentation

artículo científico publicado en 2008

Prediction of gestational diabetes based on nationwide electronic health records

artículo científico publicado en 2020

Preferentially quantized linker DNA lengths in Saccharomyces cerevisiae

artículo científico publicado en 2008

Probabilistic discovery of overlapping cellular processes and their regulation

artículo científico publicado en 2005

Probabilistic discovery of overlapping cellular processes and their regulation

Probabilistic hierarchical clustering for biological data

Probing the effect of promoters on noise in gene expression using thousands of designed sequences

artículo científico publicado en 2014

Promoter sequence determines the relationship between expression level and noise

artículo científico publicado en 2013

Promoters maintain their relative activity levels under different growth conditions

artículo científico publicado en 2013

Proteome-wide prediction of acetylation substrates

artículo científico publicado en 2009

Publisher Correction: Building an international consortium for tracking coronavirus health status

artículo científico publicado en 2020

Questioning the fetal microbiome illustrates pitfalls of low-biomass microbial studies

artículo científico publicado en 2023

Rationale and design of a randomised controlled trial testing the effect of personalised diet in individuals with pre-diabetes or type 2 diabetes mellitus treated with metformin

artículo científico publicado en 2020

Reconstruction of cell lineage trees in mice

artículo científico publicado en 2008

Revealing targeted therapy for human cancer by gene module maps.

artículo científico publicado en 2008

Reversal of aging by NFkappaB blockade

artículo científico publicado en 2007

Robust prediction of expression differences among human individuals using only genotype information

artículo científico publicado en 2013

Sequence features of yeast and human core promoters that are predictive of maximal promoter activity

artículo científico publicado en 2013

Sfp1 is a stress- and nutrient-sensitive regulator of ribosomal protein gene expression

artículo científico publicado en 2004

Stemness, cancer and cancer stem cells

artículo científico publicado en 2008

Strengths and Weaknesses of Selected Modeling Methods Used in Systems Biology

Systematic Investigation of Transcription Factor Activity in the Context of Chromatin Using Massively Parallel Binding and Expression Assays

artículo científico publicado en 2017

Systematic dissection of the sequence determinants of gene 3' end mediated expression control

artículo científico publicado en 2015

Systematic functional characterization of cis-regulatory motifs in human core promoters

artículo científico publicado en 2008

Taking it Personally: Personalized Utilization of the Human Microbiome in Health and Disease

artículo científico publicado en 2016

Talking about cross-talk: the immune system and the microbiome

artículo científico publicado en 2016

The DNA-encoded nucleosome organization of a eukaryotic genome

artículo científico publicado en 2008

The grammar of transcriptional regulation

artículo científico publicado en 2014

The human tumor microbiome is composed of tumor type-specific intracellular bacteria

artículo científico publicado en 2020

The predictive power of the microbiome exceeds that of genome-wide association studies in the discrimination of complex human disease

artículo científico publicado en 2020

The pros, cons, and many unknowns of probiotics

scientific article published on 06 May 2019

The road ahead in genetics and genomics

artículo científico publicado en 2020

The role of site accessibility in microRNA target recognition

artículo científico publicado en 2007

Toward a systematic understanding of translational regulatory elements in human and viruses

artículo científico publicado en 2016

Transient transcriptional responses to stress are generated by opposing effects of mRNA production and degradation

artículo científico publicado en 2008

Transkingdom control of microbiota diurnal oscillations promotes metabolic homeostasis.

artículo científico publicado en 2014

Two DNA-encoded strategies for increasing expression with opposing effects on promoter dynamics and transcriptional noise

artículo científico publicado en 2013

Understanding the transcriptome through RNA structure

artículo científico

Unraveling determinants of transcription factor binding outside the core binding site

artículo científico publicado en 2015

Unraveling the determinants of microRNA mediated regulation using a massively parallel reporter assay

artículo científico publicado en 2018

Using expression profiles of Caenorhabditis elegans neurons to identify genes that mediate synaptic connectivity

artículo científico publicado en 2008

What controls nucleosome positions?

artículo científico publicado en 2009

Widespread compensatory evolution conserves DNA-encoded nucleosome organization in yeast

artículo científico publicado en 2010

p53 binds preferentially to genomic regions with high DNA-encoded nucleosome occupancy

artículo científico publicado en 2010

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