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Lista de obras de Cedric Notredame

1. Multichannel Sequence Analysis Applied to Social Science Data

article

3DCoffee: combining protein sequences and structures within multiple sequence alignments

artículo científico publicado en 2004

3DCoffee@igs: a web server for combining sequences and structures into a multiple sequence alignment

artículo científico

A comparative encyclopedia of DNA elements in the mouse genome

artículo científico publicado en 2014

A field guide for the compositional analysis of any-omics data

artículo científico publicado en 2019

A novel, noncanonical mechanism of cytoplasmic polyadenylation operates in Drosophila embryogenesis

artículo científico publicado en 2010

A user-friendly web portal for T-Coffee on supercomputers

artículo científico publicado en 2011

AMPA: an automated web server for prediction of protein antimicrobial regions.

artículo científico publicado en 2011

APDB: a novel measure for benchmarking sequence alignment methods without reference alignments.

artículo científico publicado en 2003

APDB: a web server to evaluate the accuracy of sequence alignments using structural information

artículo científico publicado en 2006

Accurate multiple sequence alignment of transmembrane proteins with PSI-Coffee

artículo científico publicado en 2012

Alignathon: a competitive assessment of whole-genome alignment methods

artículo científico publicado en 2014

An improved understanding of TNFL/TNFR interactions using structure-based classifications

artículo científico publicado en 2012

BlastR--fast and accurate database searches for non-coding RNAs

artículo científico publicado en 2011

Breen et al. reply

artículo científico publicado en 2013

CARMEN, a human super enhancer-associated long noncoding RNA controlling cardiac specification, differentiation and homeostasis.

artículo científico publicado en 2015

CaspR: a web server for automated molecular replacement using homology modelling

artículo científico publicado en 2004

Cloud-Coffee: implementation of a parallel consistency-based multiple alignment algorithm in the T-Coffee package and its benchmarking on the Amazon Elastic-Cloud

artículo científico publicado en 2010

Computing multiple sequence/structure alignments with the T-coffee package

artículo científico publicado en 2004

Coordinated international action to accelerate genome-to-phenome with FAANG, the Functional Annotation of Animal Genomes project

artículo científico publicado en 2015

Cyclosporin A treatment of Leishmania donovani reveals stage-specific functions of cyclophilins in parasite proliferation and viability

artículo científico publicado en 2010

Detecting and comparing non-coding RNAs in the high-throughput era

artículo científico publicado en 2013

Efficient and interpretable prediction of protein functional classes by correspondence analysis and compact set relations

artículo científico publicado en 2013

Enhanced transcriptome maps from multiple mouse tissues reveal evolutionary constraint in gene expression.

artículo científico publicado en 2015

Epistasis as the primary factor in molecular evolution

artículo científico publicado en 2012

Evolutionary Footprints Reveal Insights into Plant MicroRNA Biogenesis.

artículo científico publicado en 2017

Exploiting parallelism on progressive alignment methods

Exploring the gonad transcriptome of two extreme male pigs with RNA-seq

artículo científico publicado en 2011

Expression Divergence of Chemosensory Genes between Drosophila sechellia and Its Sibling Species and Its Implications for Host Shift

artículo científico publicado en 2015

Expresso: automatic incorporation of structural information in multiple sequence alignments using 3D-Coffee

artículo científico publicado en 2006

Extinction and reinstatement of an operant responding maintained by food in different models of obesity

artículo científico publicado en 2017

Extreme genomic erosion after recurrent demographic bottlenecks in the highly endangered Iberian lynx

artículo científico publicado en 2016

Fibroblast-derived induced pluripotent stem cells show no common retroviral vector insertions

artículo científico publicado en 2009

Genome and transcriptome analysis of the Mesoamerican common bean and the role of gene duplications in establishing tissue and temporal specialization of genes

artículo científico publicado en 2016

Haplotype selection as an adaptive mechanism in the protozoan pathogen Leishmania donovani.

artículo científico publicado en 2017

High Performance computing improvements on bioinformatics consistency-based multiple sequence alignment tools

article published in 2015

How Much Does It Cost?

How should we measure proportionality on relative gene expression data?

artículo científico publicado en 2016

Identification of a novel microRNA (miRNA) from rice that targets an alternatively spliced transcript of the Nramp6 (Natural resistance-associated macrophage protein 6) gene involved in pathogen resistance

artículo científico publicado en 2013

Improved definition of the mouse transcriptome via targeted RNA sequencing

artículo científico publicado en 2016

Improving multiple sequence alignment biological accuracy through genetic algorithms

Improving the alignment quality of consistency based aligners with an evaluation function using synonymous protein words

artículo científico publicado en 2011

Incorporating alignment uncertainty into Felsenstein’s phylogenetic bootstrap to improve its reliability

scientific article published on 06 February 2019

Large multiple sequence alignments with a root-to-leaf regressive method

scientific article published on 02 December 2019

Long noncoding RNAs with enhancer-like function in human cells

artículo científico publicado en 2010

M-Coffee: combining multiple sequence alignment methods with T-Coffee

artículo científico publicado en 2006

Multi-platform next-generation sequencing of the domestic turkey (Meleagris gallopavo): genome assembly and analysis

artículo científico publicado en 2010

Multiple sequence alignment modeling: methods and applications

artículo científico publicado en 2015

Nextflow enables reproducible computational workflows

artículo científico publicado en 2017

Nextflow, an efficient tool to improve computation numerical stability in genomic analysis

artículo científico publicado en 2017

PROTOGENE: turning amino acid alignments into bona fide CDS nucleotide alignments

artículo científico publicado en 2006

PSI/TM-Coffee: a web server for fast and accurate multiple sequence alignments of regular and transmembrane proteins using homology extension on reduced databases

artículo científico publicado en 2016

Performance analysis of computational approaches to solve Multiple Sequence Alignment

Pharmacological assessment defines Leishmania donovani casein kinase 1 as a drug target and reveals important functions in parasite viability and intracellular infection

artículo científico publicado en 2013

Predicting phenotypic traits of prokaryotes from protein domain frequencies

artículo científico publicado en 2010

Principal Component Analysis of the Effects of Environmental Enrichment and (-)-epigallocatechin-3-gallate on Age-Associated Learning Deficits in a Mouse Model of Down Syndrome

artículo científico publicado en 2015

R-Coffee: a method for multiple alignment of non-coding RNA

artículo científico publicado en 2008

R-Coffee: a web server for accurately aligning noncoding RNA sequences

artículo científico publicado en 2008

Recent evolutions of multiple sequence alignment algorithms

artículo científico publicado en 2007

Recent progress in multiple sequence alignment: a survey

artículo científico publicado en 2002

Recovering accuracy methods for scalable consistency library

SAGA: sequence alignment by genetic algorithm

artículo científico publicado en 1996

SARA-Coffee web server, a tool for the computation of RNA sequence and structure multiple alignments

artículo científico publicado en 2014

STRIKE: evaluation of protein MSAs using a single 3D structure

artículo científico publicado en 2011

Scalability and accuracy improvements of consistency-based multiple sequence alignment tools

Segment-based multiple sequence alignment

artículo científico publicado en 2008

Structural genomics of highly conserved microbial genes of unknown function in search of new antibacterial targets

artículo científico publicado en 2003

T-Coffee: A novel method for fast and accurate multiple sequence alignment

artículo científico publicado en 2000

T-Coffee: Tree-based consistency objective function for alignment evaluation

artículo científico publicado en 2014

T-Coffee: a web server for the multiple sequence alignment of protein and RNA sequences using structural information and homology extension

artículo científico publicado en 2011

T-RMSD: a fine-grained, structure-based classification method and its application to the functional characterization of TNF receptors

artículo científico publicado en 2010

T-RMSD: a web server for automated fine-grained protein structural classification

artículo científico publicado en 2013

TCS: a new multiple sequence alignment reliability measure to estimate alignment accuracy and improve phylogenetic tree reconstruction

artículo científico publicado en 2014

TCS: a web server for multiple sequence alignment evaluation and phylogenetic reconstruction

artículo científico publicado en 2015

Tcoffee@igs: A web server for computing, evaluating and combining multiple sequence alignments

artículo científico publicado en 2003

Ten steps to get started in Genome Assembly and Annotation

scientific article published on 05 February 2018

The GENCODE v7 catalog of human long noncoding RNAs: analysis of their gene structure, evolution, and expression

artículo científico publicado en 2012

The M-Coffee web server: a meta-method for computing multiple sequence alignments by combining alternative alignment methods

artículo científico publicado en 2007

The iRMSD: a local measure of sequence alignment accuracy using structural information

artículo científico publicado en 2006

The impact of Docker containers on the performance of genomic pipelines

artículo científico publicado en 2015

The rhizome of life: the sympatric Rickettsia felis paradigm demonstrates the random transfer of DNA sequences

artículo científico publicado en 2011

Third Report on Chicken Genes and Chromosomes 2015.

scientific article published on 14 July 2015

Time-course and dynamics of obesity-related behavioral changes induced by energy-dense foods in mice.

artículo científico publicado en 2018

Transcript profiling of jasmonate-elicited Taxus cells reveals a β-phenylalanine-CoA ligase.

artículo científico publicado en 2015

Upcoming challenges for multiple sequence alignment methods in the high-throughput era

artículo científico publicado en 2009

Use of ChIP-Seq data for the design of a multiple promoter-alignment method

artículo científico publicado en 2012

Using the T-Coffee package to build multiple sequence alignments of protein, RNA, DNA sequences and 3D structures

artículo científico publicado en 2011

Vertebrate conserved non coding DNA regions have a high persistence length and a short persistence time.

artículo científico publicado en 2007

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