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Lista de obras de Eric W Deutsch

A Bovine PeptideAtlas of milk and mammary gland proteomes ⬇️

artículo científico publicado el 1 de septiembre de 2012

A Candida albicans PeptideAtlas

artículo científico publicado en 2013

A Comprehensive Evaluation of Consensus Spectrum Generation Methods in Proteomics

publication published on 13 May 2022

A HUPO test sample study reveals common problems in mass spectrometry-based proteomics

artículo científico publicado en 2009

A Tandem Mass Spectrometry Sequence Database Search Method for Identification of O-Fucosylated Proteins by Mass Spectrometry

article

A Technique for Narrowband Time Series Photometry: The X‐Ray Star V2116 Ophiuchi

scholarly article

A chromosome-centric human proteome project (C-HPP) to characterize the sets of proteins encoded in chromosome 17.

artículo científico publicado en 2012

A common open representation of mass spectrometry data and its application to proteomics research

artículo científico publicado en 2004

A complete mass-spectrometric map of the yeast proteome applied to quantitative trait analysis

artículo científico publicado en 2013

A comprehensive Candida albicans PeptideAtlas build enables deep proteome coverage

artículo científico publicado en 2015

A cross-platform toolkit for mass spectrometry and proteomics

artículo científico publicado en 2012

A database of mass spectrometric assays for the yeast proteome

artículo científico publicado en 2008

A dataset of human liver proteins identified by protein profiling via isotope-coded affinity tag (ICAT) and tandem mass spectrometry

artículo científico publicado en 2004

A global Staphylococcus aureus proteome resource applied to the in vivo characterization of host-pathogen interactions

artículo científico publicado en 2017

A guided tour of the Trans-Proteomic Pipeline

artículo científico publicado en 2010

A high-confidence human plasma proteome reference set with estimated concentrations in PeptideAtlas

artículo científico publicado en 2011

A high-quality catalog of the Drosophila melanogaster proteome

artículo científico publicado en 2007

A high-stringency blueprint of the human proteome

scientific article published on 16 October 2020

A honey bee (Apis mellifera L.) PeptideAtlas crossing castes and tissues ⬇️

artículo científico publicado el 3 de junio de 2011

A mouse plasma peptide atlas as a resource for disease proteomics

artículo científico publicado en 2008

A repository of assays to quantify 10,000 human proteins by SWATH-MS.

artículo científico publicado en 2014

A systematic approach to modeling, capturing, and disseminating proteomics experimental data

artículo científico publicado en 2003

A tissue-based draft map of the murine MHC class I immunopeptidome

article by Heiko Schuster et al published 7 August 2018 in Scientific Data

ATAQS: A computational software tool for high throughput transition optimization and validation for selected reaction monitoring mass spectrometry ⬇️

artículo científico publicado el 18 de marzo de 2011

Advances in Identifying and Characterizing the Human Proteome

scientific article published on 01 December 2019

An Open Data Format for Visualization and Analysis of Cross-Linked Mass Spectrometry Results

artículo científico publicado en 2016

An open-source computational and data resource to analyze digital maps of immunopeptidomes

artículo científico publicado en 2015

Analysis of the Saccharomyces cerevisiae proteome with PeptideAtlas

artículo científico publicado en 2006

Annual spring meeting of the Proteomics Standards Initiative

artículo científico publicado en 2009

Annual spring meeting of the Proteomics Standards Initiative 23-25 April 2008, Toledo, Spain

artículo científico publicado en 2008

Artificial decoy spectral libraries for false discovery rate estimation in spectral library searching in proteomics

artículo científico publicado en 2010

BDQC: a general-purpose analytics tool for domain-blind validation of Big Data

Big biomedical data as the key resource for discovery science

artículo científico publicado en 2015

BioHackathon 2015: Semantics of data for life sciences and reproducible research

artículo científico publicado en 2020

Biolink Model: A Universal Schema for Knowledge Graphs in Clinical, Biomedical, and Translational Science ⬇️

artículo científico publicado en 2022

Building ProteomeTools based on a complete synthetic human proteome

artículo científico publicado en 2017

Building consensus spectral libraries for peptide identification in proteomics

artículo científico publicado en 2008

Combining results of multiple search engines in proteomics

artículo científico publicado en 2013

Comprehensive de novo structure prediction in a systems-biology context for the archaea Halobacterium sp. NRC-1

artículo científico publicado en 2004

Controlled vocabularies and ontologies in proteomics: overview, principles and practice

artículo científico publicado en 2013

Correlation of mRNA and protein levels: cell type-specific gene expression of cluster designation antigens in the prostate

artículo científico publicado en 2008

Data analysis and bioinformatics tools for tandem mass spectrometry in proteomics

artículo científico publicado en 2008

Data standards for Omics data: the basis of data sharing and reuse

artículo científico publicado en 2011

Design and implementation of microarray gene expression markup language (MAGE-ML)

artículo científico publicado en 2002

Development and validation of a spectral library searching method for peptide identification from MS/MS.

artículo científico publicado en 2007

Development of data representation standards by the human proteome organization proteomics standards initiative

artículo científico publicado en 2015

Development of the Minimum Information Specification for In Situ Hybridization and Immunohistochemistry Experiments (MISFISHIE).

artículo científico publicado en 2006

Discovering and linking public omics data sets using the Omics Discovery Index.

artículo científico publicado en 2017

Enabling BioSharing - a report on the Annual Spring Workshop of the HUPO-PSI April 11-13, 2011, EMBL-Heidelberg, Germany

artículo científico publicado en 2011

Erratum: Corrigendum: A HUPO test sample study reveals common problems in mass spectrometry–based proteomics

scholarly article published in Nature Methods

Expanding the use of spectral libraries in proteomics

Fast and simple comparison of semi-structured data, with emphasis on electronic health records

article

File Formats Commonly Used in Mass Spectrometry Proteomics ⬇️

artículo científico publicado el 6 de septiembre de 2012

Five years of progress in the Standardization of Proteomics Data 4th Annual Spring Workshop of the HUPO-Proteomics Standards Initiative April 23-25, 2007 Ecole Nationale Supérieure (ENS), Lyon, France

artículo científico publicado en 2007

Flexible and Fast Mapping of Peptides to a Proteome with ProteoMapper

From proteomics data representation to public data flow: a report on the HUPO-PSI workshop September 2011, Geneva, Switzerland

artículo científico publicado en 2012

Genome sequence of Haloarcula marismortui: a halophilic archaeon from the Dead Sea

artículo científico publicado en 2004

Guidelines for reporting the use of mass spectrometry in proteomics.

artículo científico publicado en 2008

Halobacterium salinarum NRC-1 PeptideAtlas: toward strategies for targeted proteomics and improved proteome coverage

artículo científico publicado en 2008

Highlights of the Biology and Disease-driven Human Proteome Project, 2015-2016.

scientific article published on 30 August 2016

Human Plasma PeptideAtlas

artículo científico publicado en 2005

Human Proteinpedia enables sharing of human protein data

artículo científico publicado en 2008

Human Proteome Project Mass Spectrometry Data Interpretation Guidelines 2.1.

artículo científico publicado en 2016

Human Proteome Project Mass Spectrometry Data Interpretation Guidelines 3.0.

scientific article published on 21 October 2019

Human SRMAtlas: A Resource of Targeted Assays to Quantify the Complete Human Proteome

artículo científico publicado en 2016

Hydra: a scalable proteomic search engine which utilizes the Hadoop distributed computing framework

artículo científico publicado en 2012

I'll take that to go: Big data bags and minimal identifiers for exchange of large, complex datasets

Implementing data standards: a report on the HUPOPSI workshop September 2009, Toronto, Canada

artículo científico publicado en 2010

Improving mass and liquid chromatography based identification of proteins using bayesian scoring

artículo científico publicado en 2005

Integration with the human genome of peptide sequences obtained by high-throughput mass spectrometry

artículo científico publicado en 2005

MaRiMba: a software application for spectral library-based MRM transition list assembly

artículo científico publicado en 2009

Mapping genetic variations to three-dimensional protein structures to enhance variant interpretation: a proposed framework

artículo científico publicado en 2017

Mass Spectrometry-Based Plasma Proteomics: Considerations from Sample Collection to Achieving Translational Data

artículo científico publicado en 2019

Mass spectrometer output file format mzML

artículo científico publicado en 2010

Meeting new challenges: The 2014 HUPO-PSI/COSMOS Workshop: 13-15 April 2014, Frankfurt, Germany

artículo científico publicado en 2014

Meta-Analysis of Rice Phosphoproteomics Data to Understand Variation in Cell Signaling Across the Rice Pan-Genome

artículo científico publicado en 2024

Metrics for the Human Proteome Project 2013-2014 and strategies for finding missing proteins

artículo científico publicado en 2013

Metrics for the Human Proteome Project 2015: Progress on the Human Proteome and Guidelines for High-Confidence Protein Identification

artículo científico publicado en 2015

Metrics for the Human Proteome Project 2016: Progress on Identifying and Characterizing the Human Proteome, Including Post-Translational Modifications

scientific article published on 03 August 2016

Mining PeptideAtlas for biomarkers and therapeutics in human disease

artículo científico publicado en 2012

Numerical compression schemes for proteomics mass spectrometry data

artículo científico publicado en 2014

Omics Discovery Index - Discovering and Linking Public Omics Datasets

Optical Identification of the X-Ray Burster X1746−370 in the Globular Cluster NGC 6441

scientific article published in Astronomical Journal

PASSEL: The PeptideAtlas SRMexperiment library ⬇️

artículo científico publicado el 1 de abril de 2012

PTMProphet: Fast and Accurate Mass Modification Localization for the Trans-Proteomic Pipeline

scientific article published on 22 July 2019

PeptideAtlas: a resource for target selection for emerging targeted proteomics workflows

artículo científico publicado en 2008

Predictive Big Data Analytics: A Study of Parkinson's Disease Using Large, Complex, Heterogeneous, Incongruent, Multi-Source and Incomplete Observations

artículo científico publicado en 2016

Preparing to work with big data in proteomics - a report on the HUPO-PSI Spring Workshop: April 15-17, 2013, Liverpool, UK.

artículo científico publicado en 2013

Processing shotgun proteomics data on the Amazon cloud with the trans-proteomic pipeline

artículo científico publicado en 2015

Profiling the Human Phosphoproteome to Estimate the True Extent of Protein Phosphorylation

scientific article published on 09 May 2022

Progress and Future Direction of Chromosome-Centric Human Proteome Project

artículo científico publicado en 2017

Progress in the Chromosome-Centric Human Proteome Project as Highlighted in the Annual Special Issue IV.

artículo científico publicado en 2016

Progress on Identifying and Characterizing the Human Proteome: 2018 Metrics from the HUPO Human Proteome Project

artículo científico publicado en 2018

Progress on Identifying and Characterizing the Human Proteome: 2019 Metrics from the HUPO Human Proteome Project

scientific article published on 13 September 2019

Progress on the HUPO Draft Human Proteome: 2017 Metrics of the Human Proteome Project.

artículo científico

Promoting coherent minimum reporting guidelines for biological and biomedical investigations: the MIBBI project

artículo científico publicado en 2008

Proteome-wide cellular protein concentrations of the human pathogen Leptospira interrogans

artículo científico publicado en 2009

ProteomeXchange provides globally coordinated proteomics data submission and dissemination

artículo científico publicado en 2014

Proteomics Standards Initiative Extended FASTA Format

artículo científico publicado en 2019

Proteomics Standards Initiative's ProForma 2.0: Unifying the Encoding of Proteoforms and Peptidoforms

artículo científico publicado en 2022

Recent Advances in the Chromosome-Centric Human Proteome Project: Missing Proteins in the Spot Light

article

Recommendations for mass spectrometry data quality metrics for open access data (corollary to the Amsterdam Principles)

artículo científico publicado en 2011

Recommendations for mass spectrometry data quality metrics for open access data (corollary to the Amsterdam Principles).

artículo científico publicado en 2011

Recommendations for mass spectrometry data quality metrics for open access data (corollary to the Amsterdam principles).

artículo científico publicado en 2011

Recommendations for mass spectrometry data quality metrics for open access data (corollary to the Amsterdam principles).

artículo científico publicado en 2011

Reproducible big data science: A case study in continuous FAIRness

scholarly article published 27 February 2018

Reproducible quantification of cancer-associated proteins in body fluids using targeted proteomics

artículo científico publicado en 2012

SBEAMS-Microarray: database software supporting genomic expression analyses for systems biology

artículo científico publicado en 2006

Spectra, Chromatograms, Metadata: mzML-The Standard Data Format for Mass Spectrometer Output ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2011

State of the Human Proteome in 2014/2015 As Viewed through PeptideAtlas: Enhancing Accuracy and Coverage through the AtlasProphet

artículo científico publicado en 2015

State of the human proteome in 2013 as viewed through PeptideAtlas: comparing the kidney, urine, and plasma proteomes for the biology- and disease-driven Human Proteome Project

artículo científico publicado en 2013

Tandem Mass Spectrometry Spectral Libraries and Library Searching ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2011

Targeted quantitative analysis of Streptococcus pyogenes virulence factors by multiple reaction monitoring

artículo científico publicado en 2008

Ten years of standardizing proteomic data: a report on the HUPO-PSI Spring Workshop: April 12-14th, 2012, San Diego, USA

artículo científico publicado en 2012

The Chromosome-Centric Human Proteome Project for cataloging proteins encoded in the genome.

artículo científico publicado en 2012

The Drosophila melanogaster PeptideAtlas facilitates the use of peptide data for improved fly proteomics and genome annotation

artículo científico publicado en 2009

The Equine PeptideAtlas: a resource for developing proteomics-based veterinary research

artículo científico publicado en 2014

The HUPO initiative on Model Organism Proteomes, iMOP.

artículo científico publicado en 2012

The HUPO proteomics standards initiative- mass spectrometry controlled vocabulary

artículo científico publicado en 2013

The Human Immunopeptidome Project: A Roadmap to Predict and Treat Immune Diseases

scientific article published on 19 November 2019

The Human Plasma Proteome Draft of 2017: Building on the Human Plasma PeptideAtlas from Mass Spectrometry and Complementary Assays

artículo científico publicado en 2017

The PeptideAtlas Project

artículo científico publicado en 2010

The PeptideAtlas project

artículo científico publicado en 2006

The ProteomeXchange consortium in 2017: supporting the cultural change in proteomics public data deposition

artículo científico publicado en 2017

The ProteomeXchange consortium in 2020: enabling 'big data' approaches in proteomics

artículo científico publicado en 2020

The Proteomics Standards Initiative: Fifteen Years of Progress and Future Work.

artículo científico publicado en 2017

The State of the Human Proteome in 2012 as Viewed through PeptideAtlas ⬇️

artículo científico publicado el 5 de diciembre de 2012

The SysteMHC Atlas project

artículo científico publicado en 2017

The human proteome project: Current state and future direction

artículo científico

The mzIdentML data standard for mass spectrometry-based proteomics results

artículo científico publicado en 2012

The mzIdentML data standard version 1.2, supporting advances in proteome informatics.

artículo científico publicado en 2017

The proBAM and proBed standard formats: enabling a seamless integration of genomics and proteomics data

artículo científico publicado en 2018

The proBAM and proBed standard formats: enabling a seamless integration of genomics and proteomics data

The structure of the inner eastern spiral arm of M83

artículo científico publicado en 1993

The urologic epithelial stem cell database (UESC) - a web tool for cell type-specific gene expression and immunohistochemistry images of the prostate and bladder

artículo científico publicado en 2007

Tiered Human Integrated Sequence Search Databases for Shotgun Proteomics

artículo científico publicado en 2016

Toward Completion of the Human Proteome Parts List: Progress Uncovering Proteins That Are Missing or Have Unknown Function and Developing Analytical Methods

artículo científico publicado en 2018

TraML--a standard format for exchange of selected reaction monitoring transition lists

artículo científico

Trans-Proteomic Pipeline supports and improves analysis of electron transfer dissociation data sets

artículo científico publicado en 2010

Trans-Proteomic Pipeline, a standardized data processing pipeline for large-scale reproducible proteomics informatics

artículo científico publicado en 2015

Universal Spectrum Identifier for mass spectra

artículo científico publicado en 2021

Using PeptideAtlas, SRMAtlas, and PASSEL: Comprehensive Resources for Discovery and Targeted Proteomics

artículo científico publicado en 2014

Using the Human Plasma PeptideAtlas to Study Human Plasma Proteins ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2011

Visual proteomics of the human pathogen Leptospira interrogans

artículo científico publicado en 2009

iProphet: multi-level integrative analysis of shotgun proteomic data improves peptide and protein identification rates and error estimates

artículo científico publicado en 2011

jTraML: an open source Java API for TraML, the PSI standard for sharing SRM transitions

artículo científico publicado en 2011

mspecLINE: bridging knowledge of human disease with the proteome

artículo científico publicado en 2010

mzML--a community standard for mass spectrometry data

artículo científico publicado en 2011

reSpect: software for identification of high and low abundance ion species in chimeric tandem mass spectra

artículo científico publicado en 2015

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