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Lista de obras de Olivier Bodenreider

"Hybrid Topics" - Facilitating the Interpretation of Topics Through the Addition of MeSH Descriptors to Bags of Words

artículo científico publicado en 2017

A framework for assessing the consistency of drug classes across sources

artículo científico publicado en 2014

A framework for characterizing drug information sources.

artículo científico publicado en 2008

A framework for comparing phenotype annotations of orthologous genes

artículo científico publicado en 2010

A graph-based approach to auditing RxNorm

artículo científico publicado en 2009

A graph-based recovery and decomposition of Swanson's hypothesis using semantic predications

artículo científico publicado en 2012

A mutation-centric approach to identifying pharmacogenomic relations in text

artículo científico publicado en 2012

A time-indexed reference standard of adverse drug reactions

artículo científico publicado en 2014

A unified framework for managing provenance information in translational research

artículo científico publicado en 2011

Advancing translational research with the Semantic Web

artículo científico publicado en 2007

Aligning knowledge sources in the UMLS: methods, quantitative results, and applications.

artículo científico publicado en 2004

Aligning representations of anatomy using lexical and structural methods

artículo científico publicado en 2003

Alignment of multiple ontologies of anatomy: deriving indirect mappings from direct mappings to a reference

artículo científico publicado en 2005

Alignment of the UMLS semantic network with BioTop: methodology and assessment

scientific article published on June 2009

An approximate matching method for clinical drug names

artículo científico publicado en 2011

An ontology-driven semantic mashup of gene and biological pathway information: application to the domain of nicotine dependence

scientific article published on 29 February 2008

Analyzing U.S. prescription lists with RxNorm and the ATC/DDD Index

artículo científico publicado en 2014

Analyzing polysemous concepts from a clinical perspective: application to auditing concept categorization in the UMLS

artículo científico publicado en 2009

Approaches to Supporting the Analysis of Historical Medication Datasets with RxNorm

artículo científico publicado en 2015

Approaches to eliminating cycles in the UMLS Metathesaurus: naïve vs. formal

artículo científico publicado en 2005

Aspects of the Taxonomic Relation in the Biomedical Domain

artículo científico publicado en 2001

Assessing the consistency of a biomedical terminology through lexical knowledge

artículo científico publicado en 2002

Assessing the enrichment of dietary supplement coverage in the Unified Medical Language System

scientific article published on 17 September 2020

Auditing SNOMED CT hierarchical relations based on lexical features of concepts in non-lattice subgraphs

artículo científico publicado en 2017

Auditing associative relations across two knowledge sources

artículo científico publicado en 2009

Auditing the NCI thesaurus with semantic web technologies

artículo científico publicado en 2008

Automatic Identification of Individual Drugs in Death Certificates

scientific article published on 01 August 2019

Besides precision & recall: exploring alternative approaches to evaluating an automatic indexing tool for MEDLINE.

artículo científico publicado en 2006

Bio-ontologies: current trends and future directions

artículo científico publicado en 2006

Classifying diseases with respect to anatomy: a study in SNOMED CT

artículo científico publicado en 2005

Clinical Ontologies for Discovery Applications

Co-evolutionary rates of functionally related yeast genes.

scientific article published on January 2006

Combining lexical and semantic methods of inter-terminology mapping using the UMLS.

artículo científico publicado en 2007

Combining relevance assignment with quality of the evidence to support guideline development ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2010

Comparing and evaluating terminology services application programming interfaces: RxNav, UMLSKS and LexBIG.

artículo científico publicado en 2010

Comparing associative relationships among equivalent concepts across ontologies

artículo científico publicado en 2004

Comparing the representation of anatomy in the FMA and SNOMED CT.

artículo científico publicado en 2006

Comparing two approaches for aligning representations of anatomy

artículo científico publicado en 2007

Comparison of three commercial knowledge bases for detection of drug-drug interactions in clinical decision support

artículo científico publicado en 2017

Context-driven automatic subgraph creation for literature-based discovery

artículo científico publicado en 2015

Coverage of rare disease names in standard terminologies and implications for patients, providers, and research

artículo científico publicado en 2014

Creating a Translational Medicine Ontology

Creating a Translational Medicine Ontology

Desiderata for an authoritative Representation of MeSH in RDF

artículo científico publicado en 2014

Design and implementation of a personal medication record-MyMedicationList.

artículo científico publicado en 2008

Don't Like RDF Reification? Making Statements about Statements Using Singleton Property

artículo científico publicado en 2014

Eliciting the Intension of Drug Value Sets - Principles and Quality Assurance Applications

artículo científico publicado en 2017

Enabling complex queries to drug information sources through functional composition

artículo científico publicado en 2013

Enhancing biomedical ontologies through alignment of semantic relationships: exploratory approaches

artículo científico publicado en 2006

Evaluating drug-drug interaction information in NDF-RT and DrugBank

artículo científico publicado en 2015

Evaluation of WordNet as a source of lay knowledge for molecular biology and genetic diseases: a feasibility study

artículo científico publicado en 2003

Evaluation of the UMLS as a terminology and knowledge resource for biomedical informatics.

artículo científico publicado en 2002

Experience in Aligning Anatomical Ontologies

artículo científico publicado en 2007

Experience in reasoning with the foundational model of anatomy in OWL DL.

artículo científico publicado en 2006

Exploiting UMLS semantics for checking semantic consistency among UMLS concepts ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2010

Exploring adverse drug events at the class level

artículo científico publicado en 2015

Exploring pharmacoepidemiologic groupings of drugs from a clinical perspective

artículo científico publicado en 2013

Exploring semantic groups through visual approaches

artículo científico publicado en 2003

Exposing Provenance Metadata Using Different RDF Models ⬇️

Extending the coverage of phenotypes in SNOMED CT through post-coordination.

artículo científico publicado en 2015

Extracting Rx information from clinical narrative ⬇️

artículo científico publicado el 1 de septiembre de 2010

Fingerprinting Biomedical Terminologies--Automatic Classification and Visualization of Biomedical Vocabularies through UMLS Semantic Group Profiles.

artículo científico publicado en 2015

From "glycosyltransferase" to "congenital muscular dystrophy": integrating knowledge from NCBI Entrez Gene and the Gene Ontology

artículo científico publicado en 2007

From Phenotype to Genotype: Experiences in Navigating the Available Information Resources

From concept representations to ontologies: a paradigm shift in health informatics?

artículo científico publicado en 2013

Gene Expression Correlation and Gene Ontology-Based Similarity: An Assessment of Quantitative Relationships

scientific article published on 01 October 2004

Genestrace: phenomic knowledge discovery via structured terminology.

artículo científico publicado en 2005

Global similarity and local divergence in human and mouse gene co-expression networks

artículo científico publicado en 2006

Graphical visualization and navigation of genetic disease information

artículo científico publicado en 2003

Harnessing scientific literature reports for pharmacovigilance. Prototype software analytical tool development and usability testing

artículo científico publicado en 2017

Identification of cis-regulatory elements in gene co-expression networks using A-GLAM.

artículo científico publicado en 2009

Identifying mismatches in alignments of large anatomical ontologies

artículo científico publicado en 2007

Incorporating Ontology-Driven Similarity Knowledge into Functional Genomics: An Exploratory Study

scientific article published on 01 May 2004

Integrating the UMLS into an RDF-Based Biomedical Knowledge Repository.

artículo científico publicado en 2007

Interoperability between phenotypes in research and healthcare terminologies--Investigating partial mappings between HPO and SNOMED CT

artículo científico publicado en 2016

Interoperability of Disease Concepts in Clinical and Research Ontologies: Contrasting Coverage and Structure in the Disease Ontology and SNOMED CT.

artículo científico publicado en 2017

Interoperability of Medication Classification Systems: Lessons Learned Mapping Established Pharmacologic Classes (EPCs) to SNOMED CT.

artículo científico publicado en 2017

Investigating drug classes in biomedical terminologies from the perspective of clinical decision support ⬇️

artículo científico publicado el 13 de noviembre de 2010

Investigating subsumption in SNOMED CT: an exploration into large description logic-based biomedical terminologies

artículo científico publicado en 2007

Issues in creating and maintaining value sets for clinical quality measures

artículo científico publicado en 2012

Issues in integrating epidemiology and research information in oncology: experience with ICD-O3 and the NCI Thesaurus.

artículo científico publicado en 2007

Issues in mapping LOINC laboratory tests to SNOMED CT

artículo científico publicado en 2008

Issues in the classification of disease instances with ontologies.

artículo científico publicado en 2005

Large-scale, Exhaustive Lattice-based Structural Auditing of SNOMED CT ⬇️

artículo científico publicado el 13 de noviembre de 2010

Law and order: assessing and enforcing compliance with ontological modeling principles in the Foundational Model of Anatomy

artículo científico publicado en 2005

Lessons learned from cross-validating alignments between large anatomical ontologies.

artículo científico publicado en 2007

Leveraging MEDLINE indexing for pharmacovigilance - Inherent limitations and mitigation strategies

artículo científico publicado en 2015

Leveraging terminological resources for mapping between rare disease information sources

artículo científico publicado en 2013

Looking for Anemia (and Other Disorders) in SNOMED CT: Comparison of Three Approaches and Practical Implications.

artículo científico publicado en 2010

MaPLE: A MapReduce Pipeline for Lattice-based Evaluation and Its Application to SNOMED CT

artículo científico publicado en 2014

Mapping data elements to terminological resources for integrating biomedical data sources

artículo científico publicado en 2006

Medical concept representation: the years beyond 2000.

artículo científico

MetaMap Lite in Excel: Biomedical Named-Entity Recognition for Non-Technical Users.

artículo científico publicado en 2017

Methods for managing variation in clinical drug names ⬇️

artículo científico publicado el 13 de noviembre de 2010

Metrics for assessing the quality of value sets in clinical quality measures

artículo científico publicado en 2013

Mining Association Rules among Gene Functions in Clusters of Similar Gene Expression Maps

article

Mining Relation Reversals in the Evolution of SNOMED CT Using MapReduce

artículo científico publicado en 2015

Mining non-lattice subgraphs for detecting missing hierarchical relations and concepts in SNOMED CT.

artículo científico publicado en 2017

MyMedicationList: integrating personal medication records with resources.

artículo científico publicado en 2008

Non-lexical approaches to identifying associative relations in the gene ontology.

artículo científico publicado en 2005

Normalizing Dietary Supplement Product Names Using the RxNorm Model

scientific article published on 01 August 2019

Of mice and men: aligning mouse and human anatomies

artículo científico publicado en 2005

Predictive Integration of Gene Ontology-Driven Similarity and Functional Interactions

artículo científico publicado en 2006

Preparing for the ICD-10-CM Transition: Automated Methods for Translating ICD Codes in Clinical Phenotype Definitions

artículo científico publicado en 2016

Provenance Context Entity (PaCE): Scalable Provenance Tracking for Scientific RDF Data

Quality assurance in LOINC using Description Logic

artículo científico publicado en 2012

Representation of roles in biomedical ontologies: a case study in functional genomics.

artículo científico publicado en 2002

RxNav: a progress report

artículo científico publicado en 2005

RxNav: a web service for standard drug information.

artículo científico publicado en 2006

Semantic Predications for Complex Information Needs in Biomedical Literature

scientific article published on 01 January 2011

Semantic webs for life sciences

artículo científico publicado en 2006

Strength in numbers: exploring redundancy in hierarchical relations across biomedical terminologies.

artículo científico publicado en 2003

Terminology Status APIs - Mapping Obsolete Codes to Current RxNorm, SNOMED CT, and LOINC Concepts

artículo científico publicado en 2017

The Drug Data to Knowledge Pipeline: Large-Scale Claims Data Classification for Pharmacologic Insight

artículo científico publicado en 2016

The NLM value set authority center

artículo científico publicado en 2013

The National Library of Medicine Pill Image Recognition Challenge: An Initial Report

artículo científico publicado en 2016

The Ontology-Epistemology Divide: A Case Study in Medical Terminology

The Translational Medicine Ontology and Knowledge Base: driving personalized medicine by bridging the gap between bench and bedside ⬇️

artículo científico publicado en 2011

The Unified Medical Language System (UMLS): integrating biomedical terminology

artículo científico publicado en 2004

The biological function of some human transcription factor binding motifs varies with position relative to the transcription start site

artículo científico publicado en 2008

The caBIG terminology review process

artículo científico publicado en 2008

The digital revolution in phenotyping

artículo científico publicado en 2015

The foundational model of anatomy in OWL: Experience and perspectives

artículo científico publicado en 2006

The lexical properties of the gene ontology.

artículo científico publicado en 2002

The new International Classification of Diseases 11th edition: a comparative analysis with ICD-10 and ICD-10-CM

artículo científico publicado en 2020

Toward an automatic method for extracting cancer- and other disease-related point mutations from the biomedical literature ⬇️

artículo científico publicado el 7 de diciembre de 2010

Toward multimodal signal detection of adverse drug reactions

artículo científico publicado en 2017

Trends in Fetal Medicine: A 10-Year Bibliometric Analysis of Prenatal Diagnosis

artículo científico publicado en 2017

Two approaches to integrating phenotype and clinical information

artículo científico publicado en 2009

Using SNOMED CT in combination with MedDRA for reporting signal detection and adverse drug reactions reporting

artículo científico publicado en 2009

Using SPARQL to Test for Lattices: application to quality assurance in biomedical ontologies

article

Using WordNet to improve the mapping of data elements to UMLS for data sources integration.

artículo científico publicado en 2006

Using description logics to evaluate the consistency of drug-class membership relations in NDF-RT.

artículo científico publicado en 2015

Using the RxNorm web services API for quality assurance purposes

artículo científico publicado en 2008

Using the abstraction network in complement to description logics for quality assurance in biomedical terminologies - a case study in SNOMED CT ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2010

Utilizing the UMLS for semantic mapping between terminologies.

artículo científico publicado en 2005

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