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Lista de obras de Hidemasa U. Bono

A chromosome-level genome sequence of Chrysanthemum seticuspe, a model species for hexaploid cultivated chrysanthemum

artículo científico

All of gene expression (AOE): An integrated index for public gene expression databases

scientific article published on 24 January 2020

Allie: a database and a search service of abbreviations and long forms

artículo científico publicado en 2011

Analysis of molecular mechanism for acceleration of polyembryony using gene functional annotation pipeline in Copidosoma floridanum

artículo científico publicado en 2020

Analysis of the mouse transcriptome based on functional annotation of 60,770 full-length cDNAs

artículo científico publicado en 2002

Analysis of the mouse transcriptome for genes involved in the function of the nervous system.

artículo científico publicado en 2003

Apoptosis-mediated vasa down-regulation controls developmental transformation in Japanese Copidosoma floridanum female soldiers

artículo científico publicado en 2019

BioCompass: a novel functional inference tool that utilizes MeSH hierarchy to analyze groups of genes.

artículo científico

BioHackJP 2023 Report R3: Expand the pathway analysis environment to non-model organisms

BioHackathon 2015: Semantics of data for life sciences and reproducible research

artículo científico publicado en 2020

BioHackathon series in 2011 and 2012: penetration of ontology and linked data in life science domains

artículo científico publicado en 2014

BioHackathon series in 2013 and 2014: improvements of semantic interoperability in life science data and services

artículo científico publicado en 2019

CRISPRdirect: software for designing CRISPR/Cas guide RNA with reduced off-target sites.

artículo científico publicado en 2014

Can the silkworm (Bombyx mori) be used as a human disease model?

artículo científico publicado en 2016

Cancerous phenotypes associated with hypoxia-inducible factors are not influenced by the volatile anesthetic isoflurane in renal cell carcinoma

scientific article published on 15 April 2019

Characterization of brown adipose tissue thermogenesis in the naked mole-rat (Heterocephalus glaber), a heterothermic mammal

scientific article published on 10 November 2020

Cigarette Smoke Extract Activates Hypoxia-Inducible Factors in a Reactive Oxygen Species-Dependent Manner in Stroma Cells from Human Endometrium

artículo científico publicado en 2021

Comparative analysis of seven types of superoxide dismutases for their ability to respond to oxidative stress in Bombyx mori

artículo científico publicado en 2019

Comparison of Oxidative and Hypoxic Stress Responsive Genes from Meta-Analysis of Public Transcriptomes

artículo científico publicado en 2021

Comprehensive analysis of the mouse metabolome based on the transcriptome

artículo científico

Construction of a simple evaluation system for the intestinal absorption of an orally administered medicine using Bombyx mori larvae.

artículo científico publicado en 2018

Continued discovery of transcriptional units expressed in cells of the mouse mononuclear phagocyte lineage

artículo científico publicado en 2003

Delineating developmental and metabolic pathways in vivo by expression profiling using the RIKEN set of 18,816 full-length enriched mouse cDNA arrays

artículo científico publicado en 2001

Detection of genes with tissue-specific expression patterns using Akaike's information criterion procedure

artículo científico publicado en 2003

Development and evaluation of an automated annotation pipeline and cDNA annotation system

artículo científico publicado en 2003

Differentiated embryo chondrocyte plays a crucial role in DNA damage response via transcriptional regulation under hypoxic conditions.

artículo científico publicado en 2018

Discovery of imprinted transcripts in the mouse transcriptome using large-scale expression profiling

artículo científico publicado en 2003

Experimental design-based functional mining and characterization of high-throughput sequencing data in the sequence read archive

artículo científico publicado en 2013

FANTOM DB: database of Functional Annotation of RIKEN Mouse cDNA Clones.

artículo científico publicado en 2002

FANTOM enters 20th year: expansion of transcriptomic atlases and functional annotation of non-coding RNAs

artículo científico publicado en 2020

Full-length 16S rRNA gene amplicon analysis of human gut microbiota using MinION™ nanopore sequencing confers species-level resolution

artículo científico publicado en 2021

Functional annotation of a full-length mouse cDNA collection

artículo científico publicado en 2001

Functional annotation of human long noncoding RNAs via molecular phenotyping

artículo científico publicado en 2020

Functional transcriptomes: comparative analysis of biological pathways and processes in eukaryotes to infer genetic networks among transcripts.

artículo científico publicado en 2002

G protein-coupled receptor genes in the FANTOM2 database

artículo científico publicado en 2003

GEM: Genome Editing Meta-database, a dataset of genome editing related metadata systematically extracted from PubMed literatures

artículo científico publicado en 2023

GGRNA: an ultrafast, transcript-oriented search engine for genes and transcripts.

artículo científico publicado en 2012

GLIS1, a novel hypoxia-inducible transcription factor, promotes breast cancer cell motility via activation of WNT5A

artículo científico publicado en 2020

Gateways to the FANTOM5 promoter level mammalian expression atlas

artículo científico publicado en 2015

Gendoo: functional profiling of gene and disease features using MeSH vocabulary.

artículo científico publicado en 2009

Gene discovery in genetically labeled single dopaminergic neurons of the retina

scholarly article

Gene expression profile of normal lungs predicts genetic predisposition to lung cancer in mice.

artículo científico publicado en 2003

Gene expression profiling in multipotent DFAT cells derived from mature adipocytes

artículo científico publicado en 2011

Genome-scale Gene Expression Analysis and Pathway Reconstruction in KEGG

article

HIF-1-mediated suppression of mitochondria electron transport chain function confers resistance to lidocaine-induced cell death.

artículo científico publicado en 2017

Human disease genes and their cloned mouse orthologs: exploration of the FANTOM2 cDNA sequence data set

artículo científico publicado en 2003

Id4, a new candidate gene for senile osteoporosis, acts as a molecular switch promoting osteoblast differentiation

scientific journal article

Identification and functional analysis of consensus androgen response elements in human prostate cancer cells.

artículo científico publicado en 2004

Identification of functional enolase genes of the silkworm Bombyx mori from public databases with a combination of dry and wet bench processes.

artículo científico publicado en 2017

Identification of key uric acid synthesis pathway in a unique mutant silkworm Bombyx mori model of Parkinson's disease

artículo científico publicado en 2013

Identification of novel PPARgamma target genes by integrated analysis of ChIP-on-chip and microarray expression data during adipocyte differentiation

artículo científico publicado en 2008

Identification of unique transcripts from a mouse full-length, subtracted inner ear cDNA library

artículo científico publicado en 2004

Inferring alternative splicing patterns in mouse from a full-length cDNA library and microarray data

artículo científico publicado en 2002

Integrative annotation of 21,037 human genes validated by full-length cDNA clones

artículo científico publicado en 2004

KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes

artículo científico publicado en 1999

Meta-Analysis of Hypoxic Transcriptomes from Public Databases

artículo científico publicado en 2020

Meta-Analysis of Oxidative Transcriptomes in Insects

artículo científico publicado en 2021

Meta-Analysis of RNA Sequencing Data of Arabidopsis and Rice under Hypoxia ⬇️

artículo científico publicado en 2022

Meta-Analysis of Transcriptomes in Insects Showing Density-Dependent Polyphenism

artículo científico publicado en 2022

Organizing and computing metabolic pathway data in terms of binary relations.

artículo científico publicado en 1997

Preprocessing implementation for microarray (PRIM): an efficient method for processing cDNA microarray data.

artículo científico publicado en 2001

Promotion of malignant phenotype after disruption of the three-dimensional structure of cultured spheroids from colorectal cancer.

artículo científico publicado en 2018

Protein-protein interaction panel using mouse full-length cDNAs

artículo científico publicado en 2001

READ: RIKEN Expression Array Database.

artículo científico publicado en 2002

Reconstruction of amino acid biosynthesis pathways from the complete genome sequence.

artículo científico publicado en 1998

RefEx, a reference gene expression dataset as a web tool for the functional analysis of genes

artículo científico publicado en 2017

Resistance to chemical carcinogenesis induction via a dampened inflammatory response in naked mole-rats

artículo científico publicado en 2022

Revealing Landscapes of Transposable Elements in Apis Species by Meta-Analysis

artículo científico publicado en 2022

SayaMatcher: genome scale organization and systematic analysis of nuclear receptor response elements

artículo científico publicado en 2005

Superoxide dismutase down-regulation and the oxidative stress is required to initiate pupation in Bombyx mori

scientific article published on 11 October 2019

Superoxide dismutases, SOD1 and SOD2, play a distinct role in the fat body during pupation in silkworm Bombyx mori

artículo científico publicado en 2015

Suppression of mitochondrial oxygen metabolism mediated by the transcription factor HIF-1 alleviates propofol-induced cell toxicity.

artículo científico publicado en 2018

Systematic Functional Annotation Workflow for Insects

artículo científico publicado en 2022

Systematic Prediction of Orthologous Units of Genes in the Complete Genomes

artículo científico publicado en 1998

Systematic expression profiling of the mouse transcriptome using RIKEN cDNA microarrays

artículo científico

Targeting a complex transcriptome: the construction of the mouse full-length cDNA encyclopedia

artículo científico publicado en 2003

The mouse secretome: functional classification of the proteins secreted into the extracellular environment

artículo científico publicado en 2003

The study of metabolic pathways in tumors based on the transcriptome.

artículo científico publicado en 2005

The transcriptional landscape of the mammalian genome

artículo científico publicado en 2005

Thyroid hormone facilitates in vitro decidualization of human endometrial stromal cells via thyroid hormone receptors

artículo científico publicado en 2020

TogoEx: the integration of gene expression data

Tumour resistance in induced pluripotent stem cells derived from naked mole-rats.

artículo científico publicado en 2016

Tutorial videos of bioinformatics resources: online distribution trial in Japan named TogoTV

artículo científico publicado en 2012

Two-component response regulators from Arabidopsis thaliana contain a putative DNA-binding motif.

artículo científico publicado en 1998

Update of the FANTOM web resource: high resolution transcriptome of diverse cell types in mammals

artículo científico publicado en 2016

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