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Lista de obras de Ewan Birney

A Bayesian deconvolution strategy for immunoprecipitation-based DNA methylome analysis

artículo científico publicado en 2008

A Draft Sequence of the Neandertal Genome

artículo científico publicado en 2010

A Review of Recent Advances in Translational Bioinformatics: Bridges from Biology to Medicine.

artículo científico publicado en 2017

A SNP map of the rat genome generated from cDNA sequences

artículo científico publicado en 2004

A call for public archives for biological image data

artículo científico publicado en 2018

A database and API for variation, dense genotyping and resequencing data

artículo científico publicado en 2010

A high-resolution map of human evolutionary constraint using 29 mammals

artículo científico publicado en 2011

A joint NCBI and EMBL-EBI transcript set for clinical genomics and research

artículo científico publicado en 2022

A new strategy for genome assembly using short sequence reads and reduced representation libraries

artículo científico publicado en 2010

A physical map of the mouse genome

artículo científico publicado en 2002

A putative homolog of U2AF65 in S. cerevisiae

artículo científico publicado en 1992

A putative homology of U2AF65 in S. cerevisiae

artículo científico publicado en 1993

A roadmap for restoring trust in Big Data

article by Mark Lawler et al published August 2018 in Lancet Oncology Commission

A small-cell lung cancer genome with complex signatures of tobacco exposure

artículo científico publicado en 2010

A survey of homozygous deletions in human cancer genomes

artículo científico publicado en 2005

A transcription factor collective defines cardiac cell fate and reflects lineage history

artículo científico publicado en 2012

Advanced genomic data mining

artículo científico publicado en 2008

Allele-specific and heritable chromatin signatures in humans

artículo científico publicado en 2010

An effective model for natural selection in promoters

artículo científico publicado en 2010

An integrated resource for genome-wide identification and analysis of human tissue-specific differentially methylated regions (tDMRs)

artículo científico publicado en 2008

An overview of Ensembl

artículo científico publicado en 2004

Analyses of deep mammalian sequence alignments and constraint predictions for 1% of the human genome

artículo científico publicado en 2007

Analysis of the RNA-recognition motif and RS and RGG domains: conservation in metazoan pre-mRNA splicing factors

artículo científico publicado en 1993

Analysis of the mouse transcriptome based on functional annotation of 60,770 full-length cDNAs

artículo científico publicado en 2002

Analysis of variation at transcription factor binding sites in Drosophila and humans

artículo científico publicado en 2012

Apollo: a sequence annotation editor

artículo científico publicado en 2002

Approaches to comparative sequence analysis: towards a functional view of vertebrate genomes

artículo científico publicado en 2008

Arabidopsis reactome: a foundation knowledgebase for plant systems biology

article

Archaic humans: Four makes a party.

artículo científico publicado en 2013

Assemblies: the good, the bad, the ugly ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2011

Author Correction: Landscape of somatic mutations in 560 breast cancer whole-genome sequences

artículo científico publicado en 2019

Author Correction: Leveraging European infrastructures to access 1 million human genomes by 2022

artículo científico publicado en 2019

Automated generation of heuristics for biological sequence comparison

artículo científico publicado en 2005

Biological database design and implementation

artículo científico publicado en 2004

Biomolecular Data Resources: Bioinformatics Infrastructure for Biomedical Data Science

artículo científico publicado en 2019

Breast cancer genome and transcriptome integration implicates specific mutational signatures with immune cell infiltration

artículo científico publicado en 2016

COVID-19 trajectories among 57 million adults in England: a cohort study using electronic health records

artículo científico publicado en 2022

Cancer and genomics

artículo científico publicado en 2001

Cell-type specific and combinatorial usage of diverse transcription factors revealed by genome-wide binding studies in multiple human cells

artículo científico publicado en 2011

Challenges and standards in integrating surveys of structural variation

artículo científico publicado en 2007

Chromatin and heritability: how epigenetic studies can complement genetic approaches ⬇️

artículo científico publicado el 16 de marzo de 2011

ChromoTrace: Computational reconstruction of 3D chromosome configurations for super-resolution microscopy.

artículo científico publicado en 2018

ChromoTrace: Reconstruction of 3D Chromosome Configurations by Super-Resolution Microscopy

Classification of human genomic regions based on experimentally determined binding sites of more than 100 transcription-related factors

artículo científico publicado en 2012

Common genetic variation drives molecular heterogeneity in human iPSCs

Comparative analysis of noncoding regions of 77 orthologous mouse and human gene pairs

artículo científico publicado en 1999

Comparative genome and proteome analysis of Anopheles gambiae and Drosophila melanogaster

artículo científico publicado en 2002

Comparative genomics: genome-wide analysis in metazoan eukaryotes

artículo científico publicado en 2003

Comparison of Associations with Different Macular Inner Retinal Thickness Parameters in a Large Cohort: The UK Biobank

artículo científico publicado en 2019

Comparison of human chromosome 21 conserved nongenic sequences (CNGs) with the mouse and dog genomes shows that their selective constraint is independent of their genic environment

artículo científico publicado en 2004

Confounding between recombination and selection, and the Ped/Pop method for detecting selection

artículo científico publicado en 2008

Considerations for the inclusion of 2x mammalian genomes in phylogenetic analyses ⬇️

artículo científico publicado el 21 de febrero de 2011

Correction: Quantitative genetics of CTCF binding reveal local sequence effects and different modes of X-chromosome association

artículo científico publicado en 2015

Correction: Reactome: a knowledge base of biologic pathways and processes.

artículo científico publicado en 2009

Corrigendum: A somatic-mutational process recurrently duplicates germline susceptibility loci and tissue-specific super-enhancers in breast cancers

artículo científico publicado en 2017

Corrigendum: Common genetic variation drives molecular heterogeneity in human iPSCs

artículo científico publicado en 2017

Corrigendum: The BioPAX community standard for pathway data sharing

correction; published 7 December 2010

Databases and tools for browsing genomes

artículo científico publicado en 2002

Defining functional DNA elements in the human genome

artículo científico publicado en 2014

Discovering novel cis-regulatory motifs using functional networks

artículo científico publicado en 2003

Double Dutch for duplications

Dry work in a wet world: computation in systems biology

artículo científico publicado en 2006

Dynamite: a flexible code generating language for dynamic programming methods used in sequence comparison

artículo científico publicado el 1 de enero de 1997

EGASP: the human ENCODE Genome Annotation Assessment Project

artículo científico publicado en 2006

EMMA--mouse mutant resources for the international scientific community

artículo científico publicado en 2009

ENFIN - An Integrative Structure for Systems Biology

article

ENFIN a network to enhance integrative systems biology

artículo científico publicado en 2007

ENFIN--A European network for integrative systems biology

artículo científico publicado en 2009

Efficient storage of high throughput DNA sequencing data using reference-based compression

artículo científico publicado en 2011

Enredo and Pecan: genome-wide mammalian consistency-based multiple alignment with paralogs

artículo científico publicado en 2008

EnsMart: a generic system for fast and flexible access to biological data

artículo científico publicado en 2004

Ensembl 2002: accommodating comparative genomics

artículo científico publicado en 2003

Ensembl 2004

artículo científico publicado en 2004

Ensembl 2005

artículo científico publicado en 2005

Ensembl 2006.

artículo científico publicado en 2006

Ensembl 2007

artículo científico publicado en 2007

Ensembl 2008

artículo científico publicado en 2008

Ensembl 2009

artículo científico publicado en 2009

Ensembl 2011

artículo científico publicado en 2011

Ensembl 2012

artículo científico publicado en 2012

Ensembl 2013

artículo científico publicado en 2013

Ensembl 2014

artículo científico publicado en 2014

Ensembl 2015

artículo científico publicado en 2015

Ensembl 2016

artículo científico publicado en 2016

Ensembl Genomes: an integrative resource for genome-scale data from non-vertebrate species.

artículo científico publicado en 2011

Ensembl Genomes: extending Ensembl across the taxonomic space

artículo científico publicado en 2009

Ensembl regulation resources

artículo científico publicado en 2016

Ensembl variation resources

artículo científico publicado en 2010

Ensembl's 10th year

artículo científico publicado en 2010

Ensembl: a genome infrastructure

artículo científico

EnsemblCompara GeneTrees: Complete, duplication-aware phylogenetic trees in vertebrates

artículo científico publicado en 2009

Epigenome-wide Association Studies and the Interpretation of Disease -Omics

artículo científico publicado en 2016

Erratum: Corrigendum: The BioPAX community standard for pathway data sharing

scholarly article published in Nature Biotechnology

Estimating the neutral rate of nucleotide substitution using introns

artículo científico publicado en 2007

Evolutionary and Biomedical Insights from the Rhesus Macaque Genome

artículo científico publicado en 2007

Evolutionary constraints of phosphorylation in eukaryotes, prokaryotes, and mitochondria

artículo científico publicado en 2010

Evolutionary genomics: come fly with us.

artículo científico publicado en 2007

FORGE : A tool to discover cell specific enrichments of GWAS associated SNPs in regulatory regions

FORGE: A tool to discover cell specific enrichments of GWAS associated SNPs in regulatory regions

Factorbook.org: a Wiki-based database for transcription factor-binding data generated by the ENCODE consortium

artículo científico publicado en 2013

Finding and sharing: new approaches to registries of databases and services for the biomedical sciences

artículo científico publicado en 2010

GA4GH: International policies and standards for data sharing across genomic research and healthcare

artículo científico publicado en 2021

GARFIELD - GWAS Analysis of Regulatory or Functional Information Enrichment with LD correction

article

GARFIELD classifies disease-relevant genomic features through integration of functional annotations with association signals

artículo científico publicado en 2019

GREENER principles for environmentally sustainable computational science

Gene finding in the chicken genome

artículo científico publicado en 2005

GeneWise and Genomewise

artículo científico publicado en 2004

Genetic and functional insights into the fractal structure of the heart

artículo científico publicado en 2020

Genetic fine mapping and genomic annotation defines causal mechanisms at type 2 diabetes susceptibility loci

artículo científico publicado en 2015

Genetic variants regulating expression levels and isoform diversity during embryogenesis

artículo científico publicado en 2016

Genetic variation affects morphological retinal phenotypes extracted from UK Biobank optical coherence tomography images

Genome analysis of the platypus reveals unique signatures of evolution

artículo científico publicado en 2008

Genome analysis of the platypus reveals unique signatures of evolution

artículo científico publicado en 2008

Genome annotation techniques: new approaches and challenges

artículo científico publicado en 2002

Genome browsing with Ensembl: a practical overview.

artículo científico publicado en 2007

Genome information resources - developments at Ensembl

artículo científico publicado en 2004

Genome sequence of Aedes aegypti, a major arbovirus vector

artículo científico publicado en 2007

Genome sequence of the Brown Norway rat yields insights into mammalian evolution

artículo científico publicado en 2004

Genome wide association analysis of the heart using high-resolution 3D cardiac MRI identifies new genetic loci underlying cardiac structure and function

artículo científico publicado en 2016

Genome-wide meta-analysis identifies 127 open-angle glaucoma loci with consistent effect across ancestries

Genome-wide meta-analysis identifies new susceptibility loci for migraine

artículo científico publicado en 2013

Genome-wide nucleotide-level mammalian ancestor reconstruction

artículo científico publicado en 2008

Genomic analysis reveals a functional role for myocardial trabeculae in adults

Genomic and phenotypic characterization of a wild medaka population: towards the establishment of an isogenic population genetic resource in fish

artículo científico publicado en 2014

Genomic information infrastructure after the deluge

artículo científico publicado en 2010

Genomic reconstruction of the SARS-CoV-2 epidemic in England

artículo científico publicado en 2021

Genomic resources for invertebrate vectors of human pathogens, and the role of VectorBase

artículo científico publicado en 2009

Genomic variations and epigenomic landscape of the Medaka Inbred Kiyosu-Karlsruhe (MIKK) panel

artículo científico

Genomics in healthcare: GA4GH looks to 2022

article

Heritable individual-specific and allele-specific chromatin signatures in humans

artículo científico publicado en 2010

High-resolution genome-wide in vivo footprinting of diverse transcription factors in human cells

artículo científico publicado en 2011

Highly accurate protein structure prediction for the human proteome

Highly conserved elements discovered in vertebrates are present in non-syntenic loci of tunicates, act as enhancers and can be transcribed during development

artículo científico publicado en 2013

Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project

artículo científico publicado en 2007

Identification of domains from protein sequences

artículo científico publicado en 2000

Identification of novel peptide hormones in the human proteome by hidden Markov model screening.

artículo científico publicado en 2007

Identifying Extrinsic versus Intrinsic Drivers of Variation in Cell Behavior in Human iPSC Lines from Healthy Donors

Identifying extrinsic versus intrinsic drivers of variation in cell behaviour in human iPS cell lines from healthy donors

Immunity-related genes and gene families in Anopheles gambiae

artículo científico publicado en 2002

Improvements to services at the European Nucleotide Archive

artículo científico publicado en 2010

In vivo validation of a computationally predicted conserved Ath5 target gene set

artículo científico publicado en 2007

Initial sequencing and analysis of the human genome

artículo científico publicado en 2001

Initial sequencing and comparative analysis of the mouse genome

artículo científico publicado en 2002

Integrating Genomics into Healthcare: A Global Responsibility

artículo científico publicado en 2019

Integrating biological data--the Distributed Annotation System

artículo científico publicado en 2008

Integration of cytogenetic landmarks into the draft sequence of the human genome

artículo científico publicado en 2001

Integrative analysis of gene expression, DNA methylation, physiological traits, and genetic variation in human skeletal muscle

scientific article published on 10 May 2019

Integrative annotation of chromatin elements from ENCODE data

artículo científico publicado en 2012

Integrative knowledge management to enhance pharmaceutical R&D

artículo científico publicado en 2014

InterPro--an integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites

artículo científico publicado en 2000

Interactions between genetic variation and cellular environment in skeletal muscle gene expression

article

Interactions between genetic variation and cellular environment in skeletal muscle gene expression.

artículo científico publicado en 2018

International network of cancer genome projects

artículo científico publicado en 2010

Journey to the genetic interior. Interview by Stephen S Hall

artículo científico publicado el 1 de octubre de 2012

Landscape of somatic mutations in 560 breast cancer whole-genome sequences

artículo científico publicado en 2016

Leveraging European infrastructures to access 1 million human genomes by 2022

scientific article published on 27 August 2019

Levers and fulcrums: progress in cis-regulatory motif models

artículo científico publicado en 2008

LiMMBo: a simple, scalable approach for linear mixed models in high-dimensional genetic association studies

Locus Reference Genomic sequences: an improved basis for describing human DNA variants.

artículo científico publicado en 2010

MAPU 2.0: high-accuracy proteomes mapped to genomes

artículo científico

Major submissions tool developments at the European Nucleotide Archive

artículo científico publicado en 2011

Mapping identifiers for the integration of genomic datasets with the R/Bioconductor package biomaRt

artículo científico publicado en 2009

MinION Analysis and Reference Consortium: Phase 1 data release and analysis

artículo científico publicado en 2015

MinION Analysis and Reference Consortium: Phase 2 data release and analysis of R9.0 chemistry.

artículo científico

Mining the draft human genome

artículo científico publicado en 2001

Modeling gene expression using chromatin features in various cellular contexts

artículo científico publicado en 2012

Mouse genomic variation and its effect on phenotypes and gene regulation

artículo científico publicado en 2011

Nanopore ReCappable sequencing maps SARS-CoV-2 5' capping sites and provides new insights into the structure of sgRNAs

artículo científico publicado en 2022

Oases:robustde novoRNA-seq assembly across the dynamic range of expression levels ⬇️

artículo científico publicado el 24 de febrero de 2012

Open Targets: a platform for therapeutic target identification and validation

artículo científico publicado en 2016

Open annotation offers a democratic solution to genome sequencing

scientific article published in Nature

Open chromatin defined by DNaseI and FAIRE identifies regulatory elements that shape cell-type identity

artículo científico publicado en 2011

Optimising oligonucleotide array design for ChIP-on-chip.

artículo científico publicado en 2007

Optimized design and assessment of whole genome tiling arrays.

artículo científico publicado en 2007

PH domain: the first anniversary

artículo científico publicado en 1994

PairWise and SearchWise: finding the optimal alignment in a simultaneous comparison of a protein profile against all DNA translation frames

artículo científico publicado en 1996

Paralogous annotation of disease-causing variants in long QT syndrome genes

artículo científico publicado en 2012

Pebble and rock band: heuristic resolution of repeats and scaffolding in the velvet short-read de novo assembler

artículo científico publicado en 2009

Petabyte-scale innovations at the European Nucleotide Archive

artículo científico publicado en 2008

Pfam 3.1: 1313 multiple alignments and profile HMMs match the majority of proteins

artículo científico publicado en 1999

Pfam: multiple sequence alignments and HMM-profiles of protein domains

artículo científico publicado en 1998

PhenotypeSimulator: a comprehensive framework for multi-trait, multi-locus phenotype to genotype simulation

artículo científico publicado en 2018

Picking pyknons out of the human genome

artículo científico publicado en 2006

Policy challenges of clinical genome sequencing

artículo científico publicado en 2013

Prepublication data sharing

artículo científico publicado en 2009

Priorities for nucleotide trace, sequence and annotation data capture at the Ensembl Trace Archive and the EMBL Nucleotide Sequence Database

artículo científico publicado en 2008

Progress in Medicine: Experts Take Stock

artículo científico publicado en 2015

Progress in sequencing the mouse genome

article

Promoter shape varies across populations and affects promoter evolution and expression noise

artículo científico publicado en 2017

ProtEST: protein multiple sequence alignments from expressed sequence tags

artículo científico publicado en 2000

Protein Sequence Analysis and Domain Identification

Quantitative genetics of CTCF binding reveal local sequence effects and different modes of X-chromosome association

artículo científico publicado en 2014

REMBI: Recommended Metadata for Biological Images—enabling reuse of microscopy data in biology

scientific article published on 21 May 2021

RNA modifications detection by comparative Nanopore direct RNA sequencing

artículo científico publicado en 2019

RNA modifications detection by comparative Nanopore direct RNA sequencing

artículo científico

RNAcentral: A vision for an international database of RNA sequences

artículo científico publicado en 2011

Reactome knowledgebase of human biological pathways and processes

artículo científico publicado en 2009

Reactome – a knowledgebase of human biological pathways

Reactome – a knowledgebase of human biological pathways

Reactome: a database of reactions, pathways and biological processes

artículo científico publicado en 2011

Reactome: a knowledge base of biologic pathways and processes

artículo científico publicado en 2007

Reactome: a knowledgebase of biological pathways

artículo científico publicado en 2005

Reply to Brunet and Doolittle: Both selected effect and causal role elements can influence human biology and disease

artículo científico publicado en 2014

Report of an EU projects workshop on systems biology held in Brussels, Belgium on 8 December 2004.

artículo científico publicado en 2005

SNP and haplotype mapping for genetic analysis in the rat.

artículo científico publicado en 2008

SPEM: a parser for EMBL style flat file database entries

artículo científico publicado en 1998

Searching databases to find protein domain organization

artículo científico publicado en 2000

Selective clonal persistence of human retroviruses in vivo: Radial chromatin organization, integration site, and host transcription

artículo científico publicado en 2022

Sense from sequence reads: methods for alignment and assembly

artículo científico publicado en 2009

Sequence and comparative analysis of the chicken genome provide unique perspectives on vertebrate evolution

artículo científico publicado en 2004

Sequence features and chromatin structure around the genomic regions bound by 119 human transcription factors

artículo científico publicado en 2012

Sequence progressive alignment, a framework for practical large-scale probabilistic consistency alignment.

artículo científico publicado en 2008

Sockeye: a 3D environment for comparative genomics

artículo científico publicado en 2004

Strengths and Weaknesses of Selected Modeling Methods Used in Systems Biology

The Anopheles gambiae genome: an update

artículo científico publicado en 2004

The BioPAX community standard for pathway data sharing

artículo científico publicado en 2010

The Bioperl project

The Bioperl toolkit: Perl modules for the life sciences

artículo científico publicado en 2002

The Convergence of Research and Clinical Genomics

scientific article published on 01 May 2019

The Distributed Annotation System for Integration of Biological Data

The EBI RDF platform: linked open data for the life sciences

artículo científico publicado en 2014

The EMBL-EBI channel

artículo científico publicado en 2016

The Ensembl core software libraries

artículo científico publicado en 2004

The Ensembl genome database project

artículo científico publicado en 2002

The European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) in 2021

artículo científico publicado en 2021

The European Bioinformatics Institute in 2016: Data growth and integration

artículo científico publicado en 2016

The European Bioinformatics Institute in 2017: data coordination and integration

artículo científico publicado en 2017

The European Bioinformatics Institute in 2018: tools, infrastructure and training

artículo científico publicado en 2019

The European Bioinformatics Institute in 2020: building a global infrastructure of interconnected data resources for the life sciences

artículo científico publicado en 2020

The European Bioinformatics Institute's data resources 2014

artículo científico publicado en 2014

The European Bioinformatics Institute's data resources.

artículo científico publicado en 2003

The European Bioinformatics Institute: empowering cooperation in response to a global health crisis

scientific article published on 27 November 2020

The European Nucleotide Archive

artículo científico publicado en 2011

The Genome Knowledgebase: a resource for biologists and bioinformaticists

artículo científico publicado en 2003

The Genome Sequence of the Malaria Mosquito Anopheles gambiae

artículo científico publicado en 2002

The HGNC Database in 2008: a resource for the human genome

artículo científico publicado en 2007

The Human Cell Atlas

artículo científico publicado en 2017

The Human Cell Atlas

The InterPro database, an integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites

artículo científico publicado en 2001

The International Human Genome Project

artículo científico publicado en 2021

The Mighty Fruit Fly Moves into Outbred Genetics

artículo científico publicado en 2016

The Pfam protein families database

artículo científico publicado en 2002

The Pfam protein families database.

artículo científico publicado en 2000

The Reactome pathway knowledgebase

artículo científico publicado en 2014

The consensus coding sequence (CCDS) project: Identifying a common protein-coding gene set for the human and mouse genomes

artículo científico publicado en 2009

The consequence of natural selection on genetic variation in the mouse

artículo científico publicado en 2010

The discovery, positioning and verification of a set of transcription-associated motifs in vertebrates

artículo científico publicado en 2005

The end of the start for population sequencing

scientific article published in Nature

The future of DNA sequence archiving

artículo científico publicado en 2012

The genome sequence of the spontaneously hypertensive rat: Analysis and functional significance

artículo científico publicado en 2010

The genomic basis of adaptive evolution in threespine sticklebacks

artículo científico publicado en 2012

The human leukemia virus HTLV-1 alters the structure and transcription of host chromatin in cis

The human leukemia virus HTLV-1 alters the structure and transcription of host chromatin in cis.

artículo científico publicado en 2018

The implications of alternative splicing in the ENCODE protein complement

artículo científico publicado en 2007

The landscape of histone modifications across 1% of the human genome in five human cell lines

artículo científico publicado en 2007

The making of ENCODE: Lessons for big-data projects

artículo científico publicado en 2012

The systematic annotation of the three main GPCR families in Reactome

artículo científico publicado en 2010

The topography of mutational processes in breast cancer genomes

artículo científico publicado en 2016

Towards practical, high-capacity, low-maintenance information storage in synthesized DNA

artículo científico publicado en 2013

TranscriptSNPView: a genome-wide catalog of mouse coding variation

artículo científico publicado en 2006

Transcriptome analysis for the chicken based on 19,626 finished cDNA sequences and 485,337 expressed sequence tags

artículo científico publicado en 2004

Trawler: de novo regulatory motif discovery pipeline for chromatin immunoprecipitation

artículo científico publicado en 2007

Understanding transcriptional regulation by integrative analysis of transcription factor binding data.

artículo científico publicado en 2012

Unrestricted free access works and must continue

artículo científico publicado en 2003

Update of the Anopheles gambiae PEST genome assembly

artículo científico publicado en 2007

Using GeneWise in the Drosophila annotation experiment

artículo científico publicado en 2000

Using human genetics to make new medicines

artículo científico publicado en 2015

VectorBase: a data resource for invertebrate vector genomics

artículo científico publicado en 2009

VectorBase: a home for invertebrate vectors of human pathogens

artículo científico publicado en 2007

Velvet: algorithms for de novo short read assembly using de Bruijn graphs

artículo científico publicado en 2008

Visualising the Epigenome

What everybody should know about the rat genome and its online resources

artículo científico publicado en 2008

eFORGE: A Tool for Identifying Cell Type-Specific Signal in Epigenomic Data

artículo científico publicado en 2016

htsget: a protocol for securely streaming genomic data

article

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