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Lista de obras de Anders Krogh

A Cost Function for Internal Representations ⬇️

artículo científico publicado en 1990

A QUANTITATIVE STUDY OF PRUNING BY OPTIMAL BRAIN DAMAGE

artículo científico publicado en 1993

A Short-Read Multiplex Sequencing Method for Reliable, Cost-Effective and High-Throughput Genotyping in Large-Scale Studies

A Simple Weight Decay Can Improve Generalization ⬇️

artículo científico publicado en 1992

A code for transcription initiation in mammalian genomes

artículo científico publicado en 2008

A combined transmembrane topology and signal peptide prediction method

artículo científico publicado en 2004

A generative, probabilistic model of local protein structure

artículo científico publicado en 2008

A hidden Markov model approach for determining expression from genomic tiling micro arrays

artículo científico publicado en 2006

A hidden Markov model that finds genes in E. coli DNA

artículo científico publicado en 1994

A sequence-profile-based HMM for predicting and discriminating beta barrel membrane proteins

artículo científico publicado en 2002

A short-read multiplex sequencing method for reliable, cost-effective and high-throughput genotyping in large-scale studies

artículo científico publicado en 2013

Accurate genotyping across variant classes and lengths using variant graphs

artículo científico publicado en 2018

Adaptable probabilistic mapping of short reads using position specific scoring matrices

artículo científico publicado en 2014

Adaptations to a subterranean environment and longevity revealed by the analysis of mole rat genomes.

artículo científico publicado en 2014

Advantages of combined transmembrane topology and signal peptide prediction--the Phobius web server

artículo científico publicado en 2007

Algorithms for Mapping High-Throughput DNA Sequences

Alterations in polyadenylation and its implications for endocrine disease

artículo científico publicado en 2013

Alternative polyadenylation of tumor suppressor genes in small intestinal neuroendocrine tumors

scientific article published on 15 April 2014

An Aboriginal Australian genome reveals separate human dispersals into Asia

artículo científico publicado en 2011

An HMM posterior decoder for sequence feature prediction that includes homology information

artículo científico publicado en 2005

An evolutionary method for learning HMM structure: prediction of protein secondary structure

artículo científico publicado en 2007

Ancient human genome sequence of an extinct Palaeo-Eskimo

artículo científico publicado en 2010

Asap: a framework for over-representation statistics for transcription factor binding sites

artículo científico publicado en 2008

Automatic generation of gene finders for eukaryotic species

artículo científico publicado en 2006

BayesMD: flexible biological modeling for motif discovery

artículo científico publicado en 2008

Bayesian transcriptome assembly

artículo científico publicado en 2014

Bias of purine stretches in sequenced chromosomes

artículo científico publicado en 2002

Bounds on approximate steepest descent for likelihood maximization in exponential families

article by N. Cesa-Bianchi et al published July 1994 in IEEE Transactions on Information Theory

CCHMM_PROF: a HMM-based coiled-coil predictor with evolutionary information.

artículo científico publicado en 2009

Cancers of unknown primary origin (CUP) are characterized by chromosomal instability (CIN) compared to metastasis of know origin

artículo científico publicado en 2015

Comparative Metagenomics of Eight Geographically Remote Terrestrial Hot Springs

artículo científico publicado en 2015

Comparing cancer vs normal gene expression profiles identifies new disease entities and common transcriptional programs in AML patients.

artículo científico publicado en 2013

Complete genome sequence of a multiple drug resistant Salmonella enterica serovar Typhi CT18

artículo científico publicado en 2001

Computational evidence for hundreds of non-conserved plant microRNAs

artículo científico publicado en 2005

Context dependency of nucleotide probabilities and variants in human DNA

artículo científico publicado en 2022

De novo assembly of a haplotype-resolved human genome.

artículo científico publicado en 2015

Deciphering the biology of Mycobacterium tuberculosis from the complete genome sequence

artículo científico publicado en 1998

Discovery of regulatory elements is improved by a discriminatory approach

artículo científico publicado en 2009

Discovery, genotyping and characterization of structural variation and novel sequence at single nucleotide resolution from de novo genome assemblies on a population scale

artículo científico publicado en 2015

Drosophila Imp iCLIP identifies an RNA assemblage coordinating F-actin formation

artículo científico publicado en 2015

Dynamics of Generalization in Linear Perceptrons ⬇️

Dynamics of Learning in Simple Perceptrons

article

Early Pleistocene enamel proteome sequences from Dmanisi resolve Stephanorhinus phylogeny

scholarly article published 10 September 2018

EasyGene--a prokaryotic gene finder that ranks ORFs by statistical significance

artículo científico publicado en 2003

Erratum: Corrigendum: Genome-wide adaptive complexes to underground stresses in blind mole rats Spalax

artículo científico publicado en 2015

Evolving the structure of hidden Markov models

Fast and sensitive taxonomic classification for metagenomics with Kaiju

artículo científico publicado en 2016

Gene Finding: Putting the Parts Together

article

Generalization in a linear perceptron in the presence of noise

Genome analysis reveals insights into physiology and longevity of the Brandt's bat Myotis brandtii

artículo científico publicado en 2013

Genome organisation and chromatin structure in Escherichia coli

artículo científico

Genome-wide adaptive complexes to underground stresses in blind mole rats Spalax.

artículo científico publicado en 2014

Genome-wide detection and analysis of hippocampus core promoters using DeepCAGE.

artículo científico publicado en 2008

Genome-wide nucleosome map and cytosine methylation levels of an ancient human genome

artículo científico publicado en 2014

Genomic Analyses from Non-invasive Prenatal Testing Reveal Genetic Associations, Patterns of Viral Infections, and Chinese Population History

Hidden Markov Models for Human Genes ⬇️

artículo científico publicado en 1994

Hidden Markov Models for prediction of protein features.

artículo científico publicado en 2008

Hidden Markov models in computational biology. Applications to protein modeling

artículo científico publicado en 1994

Hidden neural networks.

artículo científico publicado en 1999

Hierarchical associative networks

Highly accessible AU-rich regions in 3' untranslated regions are hotspots for binding of regulatory factors

artículo científico publicado en 2017

ISMB 2001

artículo científico publicado en 2001

Identification and analysis of miRNAs in human breast cancer and teratoma samples using deep sequencing

artículo científico publicado en 2009

Improving ancient DNA read mapping against modern reference genomes

artículo científico publicado en 2012

Improving prediction of protein secondary structure using structured neural networks and multiple sequence alignments.

artículo científico publicado en 1996

Intragenomic matching reveals a huge potential for miRNA-mediated regulation in plants

artículo científico publicado en 2007

Introduction to the Theory of Neural Computation

JASPAR, the open access database of transcription factor-binding profiles: new content and tools in the 2008 update

artículo científico publicado en 2008

Large-scale prokaryotic gene prediction and comparison to genome annotation

artículo científico publicado en 2005

Learning with ensembles: How overfitting can be useful ⬇️

artículo científico publicado en 1996

Learning with noise in a linear perceptron

Long- and short-term selective forces on malaria parasite genomes

artículo científico publicado en 2010

Loss of miR-10a activates lpo and collaborates with activated Wnt signaling in inducing intestinal neoplasia in female mice

artículo científico publicado en 2013

MASTR: multiple alignment and structure prediction of non-coding RNAs using simulated annealing

artículo científico publicado en 2007

Mammalian tissues defective in nonsense-mediated mRNA decay display highly aberrant splicing patterns

artículo científico publicado en 2012

Mean-field analysis of hierarchical associative networks with 'magnetisation'

Measuring covariation in RNA alignments: physical realism improves information measures

artículo científico publicado en 2006

MicroRNA transfection and AGO-bound CLIP-seq data sets reveal distinct determinants of miRNA action

artículo científico publicado en 2011

MicroRNA-143 down-regulates Hexokinase 2 in colon cancer cells

artículo científico publicado en 2012

MicroRNA-145 targets YES and STAT1 in colon cancer cells

artículo científico publicado en 2010

Modeling promoter grammars with evolving hidden Markov models.

artículo científico

Molecular composition of IMP1 ribonucleoprotein granules

artículo científico publicado en 2007

Multiple alignment and structure prediction of non-coding RNA sequences

Naturally occurring nucleosome positioning signals in human exons and introns

artículo científico publicado en 1996

Neural Network Ensembles, Cross Validation, and Active Learning ⬇️

artículo científico publicado en 1995

No evidence that mRNAs have lower folding free energies than random sequences with the same dinucleotide distribution

artículo científico publicado en 1999

Nonlinear backpropagation: doing backpropagation without derivatives of the activation function.

artículo científico publicado en 1997

Novel overlapping coding sequences in Chlamydia trachomatis

artículo científico publicado en 2006

Novel variation and de novo mutation rates in population-wide de novo assembled Danish trios ⬇️

artículo científico publicado en 2015

Novel viral genomes identified from six metagenomes reveal wide distribution of archaeal viruses and high viral diversity in terrestrial hot springs

artículo científico publicado en 2015

On the accuracy of short read mapping

artículo científico publicado en 2013

On the total number of genes and their length distribution in complete microbial genomes

artículo científico publicado en 2001

PONGO: a web server for multiple predictions of all-alpha transmembrane proteins

artículo científico publicado en 2006

Periodic sequence patterns in human exons

artículo científico publicado el 1 de enero de 1995

Phase transitions in simple learning

article by J A Hertz et al published 21 June 1989 in Journal of Physics A

Predicting transmembrane protein topology with a hidden Markov model: application to complete genomes

artículo científico publicado en 2001

Prediction of Beta Sheets in Proteins ⬇️

artículo científico publicado en 1996

Prediction of Human Protein Function from Post-translational Modifications and Localization Features

artículo científico publicado en 2002

Prediction of lipoprotein signal peptides in Gram-negative bacteria

artículo científico publicado en 2003

Programmed cell death 4 (PDCD4) is an important functional target of the microRNA miR-21 in breast cancer cells

artículo científico publicado en 2008

RNA Sequencing of Trigeminal Ganglia in Rattus Norvegicus after Glyceryl Trinitrate Infusion with Relevance to Migraine

artículo científico publicado en 2016

Rapid detection of structural variation in a human genome using nanochannel-based genome mapping technology

artículo científico publicado en 2014

Recalibrating Equus evolution using the genome sequence of an early Middle Pleistocene horse

artículo científico publicado en 2013

Reconstructing genome evolution in historic samples of the Irish potato famine pathogen.

artículo científico publicado en 2013

Reliability measures for membrane protein topology prediction algorithms.

artículo científico publicado en 2003

RpoD Promoters in Campylobacter jejuni Exhibit a Strong Periodic Signal Instead of a −35 Box

scientific article published on 01 March 2003

SHAPE Selection (SHAPES) enrich for RNA structure signal in SHAPE sequencing-based probing data

artículo científico publicado en 2015

SNPest: a probabilistic graphical model for estimating genotypes

artículo científico publicado en 2014

Sampling realistic protein conformations using local structural bias ⬇️

artículo científico publicado en 2006

Sensitive detection of circular DNAs at single-nucleotide resolution using guided realignment of partially aligned reads ⬇️

scientific article published on 12 December 2019

Sequencing and de novo assembly of 150 genomes from Denmark as a population reference

artículo científico publicado en 2017

Signatures of RNA binding proteins globally coupled to effective microRNA target sites

artículo científico publicado en 2010

Statistical mechanics of ensemble learning

Sugar Metabolism of the First Thermophilic Planctomycete Thermogutta terrifontis: Comparative Genomic and Transcriptomic Approaches

artículo científico publicado en 2017

Teaching computers to fold proteins

artículo científico publicado en 2004

The genome of the leaf-cutting ant Acromyrmex echinatior suggests key adaptations to advanced social life and fungus farming.

artículo científico publicado en 2011

The transcriptional network that controls growth arrest and differentiation in a human myeloid leukemia cell line.

artículo científico publicado en 2009

Training HMM structure with genetic algorithm for biological sequence analysis

article

Transcriptome dynamics of the microRNA inhibition response

artículo científico publicado en 2015

Transcriptome dynamics of the microRNA inhibition response

scientific article published on 09 February 2016

Using database matches with for HMMGene for automated gene detection in Drosophila

artículo científico publicado en 2000

What are artificial neural networks?

scientific article published on February 2008

Whole-genome sequencing of cultivated and wild peppers provides insights into Capsicum domestication and specialization

artículo científico publicado en 2014

cWords - systematic microRNA regulatory motif discovery from mRNA expression data

artículo científico publicado en 2013

miR-449 inhibits cell proliferation and is down-regulated in gastric cancer

artículo científico publicado en 2011

miRMaid: a unified programming interface for microRNA data resources

artículo científico publicado en 2010

microRNA-101 is a potent inhibitor of autophagy

artículo científico publicado en 2011

microRNA-146a inhibits G protein-coupled receptor-mediated activation of NF-κB by targeting CARD10 and COPS8 in gastric cancer

artículo científico publicado en 2012

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