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Lista de obras de Simon Frost

A Dirichlet process model for detecting positive selection in protein-coding DNA sequences.

artículo científico publicado en 2006

A genetic algorithm approach to detecting lineage-specific variation in selection pressure.

artículo científico publicado en 2004

A maximum likelihood method for detecting directional evolution in protein sequences and its application to influenza A virus.

artículo científico publicado en 2008

A public health model for the molecular surveillance of HIV transmission in San Diego, California

artículo científico publicado en 2009

A random effects branch-site model for detecting episodic diversifying selection.

artículo científico publicado en 2011

A simple hierarchical approach to modeling distributions of substitution rates.

artículo científico publicado en 2004

Adaptation to Human Populations Is Revealed by Within-Host Polymorphisms in HIV-1 and Hepatitis C Virus

artículo científico publicado en 2007

Adaptation to different human populations by HIV-1 revealed by codon-based analyses

artículo científico publicado en 2006

An evolutionary model-based algorithm for accurate phylogenetic breakpoint mapping and subtype prediction in HIV-1

artículo científico publicado en 2009

An evolutionary-network model reveals stratified interactions in the V3 loop of the HIV-1 envelope.

artículo científico publicado en 2007

An investig-ation into the epidemiology of chikungunya virus across neglected regions of Indonesia

artículo científico publicado en 2020

Antibody responses in primary HIV-1 infection.

artículo científico publicado en 2008

Assessing the use of hospital staff influenza-like absence (ILA) for enhancing hospital preparedness and national surveillance.

artículo científico publicado en 2015

Assigning and visualizing germline genes in antibody repertoires

artículo científico publicado en 2015

Association of antiretroviral resistance genotypes with response to therapy--comparison of three models

artículo científico publicado en 2002

Automated phylogenetic detection of recombination using a genetic algorithm

artículo científico publicado en 2006

BIOMEDICINE: Badgers and Bovine TB: Conflicts Between Conservation and Health

artículo científico publicado en 1998

CCL3L1-CCR5 genotype influences durability of immune recovery during antiretroviral therapy of HIV-1-infected individuals

artículo científico publicado en 2008

Can non-lytic CD8+ T cells drive HIV-1 escape?

artículo científico publicado en 2013

Capture-recapture methods and respondent-driven sampling: their potential and limitations ⬇️

artículo científico publicado el 1 de junio de 2011

Datamonkey 2010: a suite of phylogenetic analysis tools for evolutionary biology

artículo científico publicado en 2010

Datamonkey: rapid detection of selective pressure on individual sites of codon alignments

artículo científico publicado en 2005

Detecting signatures of selection from DNA sequences using Datamonkey.

artículo científico publicado en 2009

Dynamics and evolution of HIV-1 during structured treatment interruptions.

artículo científico publicado en 2002

Eight challenges in phylodynamic inference.

artículo científico publicado en 2014

Epidemiological bridging by injection drug use drives an early HIV epidemic

artículo científico publicado en 2010

Estimating selection pressures on HIV-1 using phylogenetic likelihood models.

artículo científico publicado en 2008

Evaluation of respondent-driven sampling.

artículo científico publicado en 2012

Evaluation of the role of location and distance in recruitment in respondent-driven sampling.

artículo científico publicado en 2011

Evidence for positive selection driving the evolution of HIV-1 env under potent antiviral therapy

artículo científico publicado en 2001

Evolution of envelope sequences of human immunodeficiency virus type 1 in cellular reservoirs in the setting of potent antiviral therapy.

artículo científico publicado en 1999

Evolutionary interactions between N-linked glycosylation sites in the HIV-1 envelope

artículo científico publicado en 2006

Evolutionary model selection with a genetic algorithm: a case study using stem RNA.

artículo científico publicado en 2006

Fast hierarchical Bayesian analysis of population structure

artículo científico publicado en 2019

Genetic drift and within-host metapopulation dynamics of HIV-1 infection

artículo científico publicado en 2001

Genomic characterization of two novel HIV-1 second-generation recombinant forms among men who have sex with men in Beijing, China

artículo científico publicado en 2015

Germinal centre destruction as a major pathway of HIV pathogenesis

artículo científico publicado en 1994

Gillespie.jl: Stochastic Simulation Algorithm in Julia

artículo científico publicado en 2016

HIV dynamics and T-cell immunity after three structured treatment interruptions in chronic HIV-1 infection

artículo científico publicado en 2001

HIV prevalence and demographic determinants of unprotected anal sex and HIV testing among men who have sex with men in Beirut, Lebanon

artículo científico publicado en 2014

HIV seroprevalence, self-reported STIs and associated risk factors among men who have sex with men: a cross-sectional study in Rwanda, 2015.

artículo científico publicado en 2018

HIV-1 Transmission Clustering and Phylodynamics Highlight the Important Role of Young Men Who Have Sex with Men

article

High-risk sexual and drug using behaviors among male injection drug users who have sex with men in 2 Mexico-US border cities

artículo científico publicado en 2008

Human immunodeficiency virus-1 RNA levels in cerebrospinal fluid exhibit a set point in clinically stable patients not receiving antiretroviral therapy.

artículo científico publicado en 2003

HyPhy: hypothesis testing using phylogenies

artículo científico publicado en 2004

Immune-driven recombination and loss of control after HIV superinfection.

artículo científico publicado en 2008

Improving ILI Surveillance using Hospital Staff Influenza-like Absence (ILA).

artículo científico publicado en 2013

Individual and network factors associated with prevalent hepatitis C infection among rural Appalachian injection drug users

scientific article published on 15 November 2012

Inferring the source of transmission with phylogenetic data

artículo científico publicado en 2013

Lack of neutralizing antibody response to HIV-1 predisposes to superinfection.

artículo científico publicado en 2006

Long-term persistence of transmitted HIV drug resistance in male genital tract secretions: implications for secondary transmission.

artículo científico publicado en 2007

Lymphocyte dynamics, apoptosis and HIV infection.

artículo científico publicado en 1996

Mapping antigenic variation in HIV-1 envelope.

artículo científico publicado en 2013

Mapping protease inhibitor resistance to human immunodeficiency virus type 1 sequence polymorphisms within patients.

artículo científico publicado en 2007

Modeling infectious disease dynamics in the complex landscape of global health

artículo científico publicado en 2015

Modelling tree shape and structure in viral phylodynamics.

artículo científico publicado en 2013

Molecular and contextual markers of hepatitis C virus and drug abuse.

artículo científico publicado en 2009

Molecular evolution analysis of the human immunodeficiency virus type 1 envelope in simian/human immunodeficiency virus-infected macaques: implications for challenge dose selection.

artículo científico publicado en 2011

OutbreakTools: a new platform for disease outbreak analysis using the R software

artículo científico publicado en 2014

Persistence of transmitted drug resistance among subjects with primary human immunodeficiency virus infection.

artículo científico publicado en 2008

Phenotypic hypersusceptibility to multiple protease inhibitors and low replicative capacity in patients who are chronically infected with human immunodeficiency virus type 1.

artículo científico publicado en 2005

Phylogenetic analysis of GBV-C/hepatitis G virus.

artículo científico publicado en 2000

Phylogenetic analysis of population-based and deep sequencing data to identify coevolving sites in the nef gene of HIV-1.

artículo científico publicado en 2009

Quasispecies dynamics and the emergence of drug resistance during zidovudine therapy of HIV infection.

artículo científico publicado en 1994

Rapid social network assessment for predicting HIV and STI risk among men attending bars and clubs in San Diego, California.

artículo científico publicado en 2010

Respondent driven sampling--where we are and where should we be going?

artículo científico publicado en 2012

Respondent driven sampling: determinants of recruitment and a method to improve point estimation

artículo científico publicado en 2013

RhierBAPS: An R implementation of the population clustering algorithm hierBAPS

artículo científico publicado en 2018

Sampling through time and phylodynamic inference with coalescent and birth-death models

artículo científico publicado en 2014

Six challenges in measuring contact networks for use in modelling.

artículo científico publicado en 2014

Spidermonkey: rapid detection of co-evolving sites using Bayesian graphical models.

artículo científico publicado en 2008

Stability of immunophenotypic lymphoid markers in fixed canine peripheral blood for flow cytometric analysis

artículo científico publicado en 2014

The changing molecular epidemiology of HIV in the Philippines.

artículo científico publicado en 2017

The role of venues in structuring HIV, sexually transmitted infections, and risk networks among men who have sex with men.

artículo científico publicado en 2018

Transmitted drug resistance in the CFAR network of integrated clinical systems cohort: prevalence and effects on pre-therapy CD4 and viral load

artículo científico publicado en 2011

Understanding drivers of phylogenetic clustering in molecular epidemiological studies of HIV.

artículo científico publicado en 2014

Using sexual affiliation networks to describe the sexual structure of a population.

artículo científico publicado en 2007

Viral kinetics and hepatitis C.

artículo científico publicado en 2003

Viral phylodynamics and the search for an 'effective number of infections'.

artículo científico publicado en 2010

genieR: An R package for inference of demographic history of phylogenies

artículo científico publicado en 2019

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