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Lista de obras de Helen Parkinson

A global map of human gene expression

artículo científico publicado en 2010

A large scale hearing loss screen reveals an extensive unexplored genetic landscape for auditory dysfunction.

artículo científico publicado en 2017

A mouse informatics platform for phenotypic and translational discovery.

artículo científico publicado en 2015

A simple spreadsheet-based, MIAME-supportive format for microarray data: MAGE-TAB

artículo científico publicado en 2006

A standard nomenclature for referencing and authentication of pluripotent stem cells

artículo científico publicado en 2018

A standardized framework for representation of ancestry data in genomics studies, with application to the NHGRI-EBI GWAS Catalog

artículo científico publicado en 2018

A standardized framework for representation of ancestry data in genomics studies, with application to the NHGRI-EBI GWAS Catalog

Accessing data from the International Mouse Phenotyping Consortium: state of the art and future plans

artículo científico publicado en 2012

An atlas of genetic scores to predict multi-omic traits

scientific article published on 29 March 2023

Anatomy ontologies and potential users: bridging the gap

scientific article published on 09 August 2011

Annotare--a tool for annotating high-throughput biomedical investigations and resulting data

artículo científico publicado en 2010

Annotation of environmental OMICS data: application to the transcriptomics domain

artículo científico publicado en 2006

Applying the ARRIVE Guidelines to an In Vivo Database

artículo científico publicado en 2015

ArrayExpress service for reviewers/editors of DNA microarray papers.

artículo científico publicado en 2006

ArrayExpress update--an archive of microarray and high-throughput sequencing-based functional genomics experiments

artículo científico publicado en 2010

ArrayExpress update--from an archive of functional genomics experiments to the atlas of gene expression

artículo científico publicado en 2008

ArrayExpress update--simplifying data submissions

artículo científico publicado en 2014

ArrayExpress update--trends in database growth and links to data analysis tools

artículo científico publicado en 2013

ArrayExpress--a public repository for microarray gene expression data at the EBI

artículo científico publicado en 2005

ArrayExpress--a public repository for microarray gene expression data at the EBI

artículo científico publicado en 2003

ArrayExpress: a public database of gene expression data at EBI.

artículo científico publicado en 2003

Author Correction: Leveraging European infrastructures to access 1 million human genomes by 2022

artículo científico publicado en 2019

BioSamples database: an updated sample metadata hub

artículo científico publicado en 2019

Building bridges between cellular and molecular structural biology

artículo científico publicado en 2017

CLO: The cell line ontology

artículo científico publicado en 2014

Cancer informatics in the U.K.: the NCRI informatics initiative

artículo científico publicado en 2006

Comparison, alignment, and synchronization of cell line information between CLO and EFO.

artículo científico publicado en 2017

Contributions of the EMERALD project to assessing and improving microarray data quality

artículo científico publicado en 2011

Corrigendum: High-throughput discovery of novel developmental phenotypes.

artículo científico publicado en 2017

Data standards for Omics data: the basis of data sharing and reuse

artículo científico publicado en 2011

Data storage and analysis in ArrayExpress

artículo científico publicado en 2006

Data storage and analysis in ArrayExpress and Expression Profiler

artículo científico publicado en 2008

Desiderata for the development of next-generation electronic health record phenotype libraries

artículo científico publicado en 2021

Development of FuGO: an ontology for functional genomics investigations

artículo científico publicado en 2006

Development of the Minimum Information Specification for In Situ Hybridization and Immunohistochemistry Experiments (MISFISHIE).

artículo científico publicado en 2006

Disease Ontology 2015 update: an expanded and updated database of human diseases for linking biomedical knowledge through disease data

artículo científico publicado en 2015

Disease model discovery from 3,328 gene knockouts by The International Mouse Phenotyping Consortium.

artículo científico publicado en 2017

Erratum: Author Correction: Identification of genes required for eye development by high-throughput screening of mouse knockouts

artículo científico publicado en 2019

Expression Atlas update--a database of gene and transcript expression from microarray- and sequencing-based functional genomics experiments

artículo científico publicado en 2014

Expression Atlas update--an integrated database of gene and protein expression in humans, animals and plants.

artículo científico publicado en 2015

Features of a FAIR vocabulary ⬇️

Finding our way through phenotypes

artículo científico publicado en 2015

GA4GH: International policies and standards for data sharing across genomic research and healthcare

artículo científico publicado en 2021

Gene Expression Atlas update--a value-added database of microarray and sequencing-based functional genomics experiments

artículo científico publicado en 2011

Gene Ontology Consortium: going forward

artículo científico publicado en 2015

Gene Ontology Curation of Neuroinflammation Biology Improves the Interpretation of Alzheimer's Disease Gene Expression Data

artículo científico publicado en 2020

Gene expression atlas at the European bioinformatics institute

artículo científico publicado en 2010

Gramene 2016: comparative plant genomics and pathway resources

artículo científico publicado en 2016

Harmonising phenomics information for a better interoperability in the rare disease field

artículo científico publicado en 2018

High-throughput discovery of genetic determinants of circadian misalignment

artículo científico publicado en 2020

High-throughput discovery of novel developmental phenotypes

artículo científico publicado en 2016

Human and mouse essentiality screens as a resource for disease gene discovery

artículo científico publicado en 2020

Identification of Cancer Related Genes Using a Comprehensive Map of Human Gene Expression

artículo científico publicado en 2016

Identification of genes required for eye development by high-throughput screening of mouse knockouts

artículo científico publicado en 2018

Identification of genetic elements in metabolism by high-throughput mouse phenotyping

artículo científico publicado en 2018

Identifiers for the 21st century: How to design, provision, and reuse persistent identifiers to maximize utility and impact of life science data

artículo científico publicado en 2017

Identifiers for the 21st century: How to design, provision, and reuse persistent identifiers to maximize utility and impact of life science data

artículo científico publicado en 2017

Identifying genetic determinants of inflammatory pain in mice using a large-scale gene-targeted screen

artículo científico publicado en 2021

Importing ArrayExpress datasets into R/Bioconductor

scientific article published on 08 June 2009

Improving the Gene Ontology Resource to Facilitate More Informative Analysis and Interpretation of Alzheimer’s Disease Data

article

Large scale comparison of global gene expression patterns in human and mouse.

artículo científico publicado en 2010

Leveraging European infrastructures to access 1 million human genomes by 2022

scientific article published on 27 August 2019

LifeTime and improving European healthcare through cell-based interceptive medicine

artículo científico publicado en 2020

Linking rare and common disease: mapping clinical disease-phenotypes to ontologies in therapeutic target validation

artículo científico publicado en 2016

MAGETabulator, a suite of tools to support the microarray data format MAGE-TAB.

artículo científico publicado en 2008

MIAME/Plant - adding value to plant microarrray experiments

artículo científico publicado en 2006

MageComet--web application for harmonizing existing large-scale experiment descriptions

artículo científico

Meeting Report from the Second "Minimum Information for Biological and Biomedical Investigations" (MIBBI) workshop

artículo científico publicado en 2010

Minimum information about a microarray experiment (MIAME)-toward standards for microarray data

artículo científico publicado en 2001

Minimum information specification for in situ hybridization and immunohistochemistry experiments (MISFISHIE)

artículo científico publicado en 2008

Modeling biomedical experimental processes with OBI

artículo científico publicado en 2010

Modeling sample variables with an Experimental Factor Ontology

artículo científico publicado en 2010

Mondo: Unifying diseases for the world, by the world

Mouse Phenotype Database Integration Consortium: integration [corrected] of mouse phenome data resources

artículo científico publicado en 2007

Mouse mutant phenotyping at scale reveals novel genes controlling bone mineral density

artículo científico publicado en 2020

NCRI Informatics Initiative

article

Natural variation in a Drosophila clock gene and temperature compensation.

artículo científico publicado en 1997

Observ-OM and Observ-TAB: Universal syntax solutions for the integration, search, and exchange of phenotype and genotype information

artículo científico publicado en 2012

OntoCAT--simple ontology search and integration in Java, R and REST/JavaScript

artículo científico publicado en 2011

Open Targets: a platform for therapeutic target identification and validation

artículo científico publicado en 2016

PDX Finder: A Portal for Patient-Derived tumor Xenograft Model Discovery

PDX Finder: A portal for patient-derived tumor xenograft model discovery

artículo científico publicado en 2019

PDX-MI: Minimal Information for Patient-Derived Tumor Xenograft Models.

artículo científico publicado en 2017

PhenoImageShare: an image annotation and query infrastructure

artículo científico publicado en 2016

Plant-based microarray data at the European Bioinformatics Institute. Introducing AtMIAMExpress, a submission tool for Arabidopsis gene expression data to ArrayExpress

artículo científico publicado en 2005

Pleiotropy data resource as a primer for investigating co-morbidities/multi-morbidities and their role in disease

scientific article published on 15 September 2021

Precision medicine: Look to the mice.

scientific article published on 23 July 2015

Prevalence of sexual dimorphism in mammalian phenotypic traits

artículo científico publicado en 2017

Rapid establishment of the European Bank for induced Pluripotent Stem Cells (EBiSC) - the Hot Start experience

artículo científico publicado en 2017

Reporting phenotypes in mouse models when considering body size as a potential confounder

artículo científico publicado en 2016

Soft windowing application to improve analysis of high-throughput phenotyping data

scientific article published on 01 March 2020

Standards and ontologies for functional genomics 2.

artículo científico publicado en 2004

Standards and ontologies for functional genomics: towards unified ontologies for biology and biomedicine

artículo científico publicado en 2003

Standards for microarray data

artículo científico publicado en 2002

Submission of microarray data to public repositories

artículo científico publicado en 2004

Ten Simple Rules for Selecting a Bio-ontology

artículo científico publicado en 2016

The ArrayExpress gene expression database: a software engineering and implementation perspective

artículo científico publicado en 2004

The BioSample Database (BioSD) at the European Bioinformatics Institute

artículo científico publicado en 2012

The Deep Genome Project

scientific article published on 03 February 2020

The EMBL nucleotide sequence database.

artículo científico publicado en 2001

The EurOPDX Data Portal: an open platform for patient-derived cancer xenograft data sharing and visualization

artículo científico publicado en 2022

The European Bioinformatics Institute's data resources.

artículo científico publicado en 2003

The European Genome-phenome Archive in 2021

artículo científico publicado en 2022

The Human Phenotype Ontology: Semantic Unification of Common and Rare Disease

artículo científico publicado en 2015

The International Mouse Phenotyping Consortium (IMPC): a functional catalogue of the mammalian genome that informs conservation

artículo científico publicado en 2018

The International Mouse Phenotyping Consortium Web Portal, a unified point of access for knockout mice and related phenotyping data

artículo científico publicado en 2013

The MGED Ontology: a resource for semantics-based description of microarray experiments

artículo científico

The MGED ontology: a framework for describing functional genomics experiments

artículo científico publicado en 2003

The MOLGENIS toolkit: rapid prototyping of biosoftware at the push of a button

artículo científico publicado en 2010

The NHGRI GWAS Catalog, a curated resource of SNP-trait associations

artículo científico publicado en 2014

The NHGRI-EBI GWAS Catalog of published genome-wide association studies, targeted arrays and summary statistics 2019

artículo científico publicado en 2019

The Ontology for Biomedical Investigations

artículo científico publicado en 2016

The SOFG Anatomy Entry List (SAEL): an annotation tool for functional genomics data

artículo científico publicado en 2004

The Software Ontology (SWO): a resource for reproducibility in biomedical data analysis, curation and digital preservation

artículo científico publicado en 2014

The cellular microscopy phenotype ontology

artículo científico publicado en 2016

The human-induced pluripotent stem cell initiative-data resources for cellular genetics

artículo científico publicado en 2016

The new NHGRI-EBI Catalog of published genome-wide association studies (GWAS Catalog)

artículo científico publicado en 2016

The underlying principles of scientific publication.

artículo científico publicado en 2002

Tools and data services registry: a community effort to document bioinformatics resources

artículo científico publicado en 2016

Toward richer metadata for microbial sequences: replacing strain-level NCBI taxonomy taxids with BioProject, BioSample and Assembly records

artículo científico publicado en 2014

Updates to BioSamples database at European Bioinformatics Institute

artículo científico publicado en 2014

Using OWL reasoning to support the generation of novel gene sets for enrichment analysis

artículo científico publicado en 2018

Using ontologies to annotate microarray experiments

artículo científico publicado en 2006

Webulous and the Webulous Google Add-On--a web service and application for ontology building from templates

artículo científico publicado en 2016

Wrestling with SUMO and bio-ontologies

artículo científico publicado en 2006

XGAP: a uniform and extensible data model and software platform for genotype and phenotype experiments

artículo científico publicado en 2010

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