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Lista de obras de John L. Rinn

"Cat's Cradling" the 3D Genome by the Act of LncRNA Transcription

artículo científico publicado en 2016

'Lnc'-ing enhancers to MYC regulation

artículo científico publicado en 2014

'Oming in on RNA-protein interactions

artículo científico publicado en 2014

A Keystone for ncRNA ⬇️

artículo científico publicado el 25 de mayo de 2012

A TAD boundary is preserved upon deletion of the CTCF-rich Firre locus.

artículo científico publicado en 2018

A comparison of genetically matched cell lines reveals the equivalence of human iPSCs and ESCs

artículo científico publicado en 2015

A dermal HOX transcriptional program regulates site-specific epidermal fate

artículo científico publicado en 2008

A global transcriptional analysis of Plasmodium falciparum malaria reveals a novel family of telomere-associated lncRNAs

artículo científico publicado en 2011

A histone H3 lysine 27 demethylase regulates animal posterior development

artículo científico publicado en 2007

A large intergenic noncoding RNA induced by p53 mediates global gene repression in the p53 response

scientific journal article

A systems biology approach to anatomic diversity of skin

artículo científico publicado en 2008

Ab initio reconstruction of cell type-specific transcriptomes in mouse reveals the conserved multi-exonic structure of lincRNAs

artículo científico publicado en 2010

Anatomic demarcation by positional variation in fibroblast gene expression programs

artículo científico publicado en 2006

Basset: learning the regulatory code of the accessible genome with deep convolutional neural networks

artículo científico publicado en 2016

CORRECTION

CREB binds to multiple loci on human chromosome 22.

artículo científico publicado en 2004

Chromatin environment, transcriptional regulation, and splicing distinguish lincRNAs and mRNAs

artículo científico publicado en 2016

Chromatin signature of embryonic pluripotency is established during genome activation

artículo científico publicado en 2010

Chromatin signature reveals over a thousand highly conserved large non-coding RNAs in mammals

artículo científico publicado en 2009

Computational analysis of noncoding RNAs

artículo científico publicado en 2012

Control of somatic tissue differentiation by the long non-coding RNA TINCR.

artículo científico publicado en 2012

DNA methylation and epigenetic control of cellular differentiation

artículo científico publicado en 2010

DNMT1-interacting RNAs block gene-specific DNA methylation

artículo científico publicado en 2013

DeCoN: Genome-wide Analysis of In Vivo Transcriptional Dynamics during Pyramidal Neuron Fate Selection in Neocortex

DeCoN: genome-wide analysis of in vivo transcriptional dynamics during pyramidal neuron fate selection in neocortex

artículo científico publicado en 2014

Design Issues in Implementing a Portable Sample Tracking and Analysis Research Support (STARS) System for PCR Based Microarray Research

Differential analysis of gene regulation at transcript resolution with RNA-seq

artículo científico publicado en 2013

Differential contribution of steady-state RNA and active transcription in chromatin organization

scientific article published on 26 August 2019

Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments with TopHat and Cufflinks

artículo científico publicado en 2012

Discovery and annotation of long noncoding RNAs

artículo científico publicado en 2015

Dissecting neural differentiation regulatory networks through epigenetic footprinting

artículo científico publicado en 2014

Distribution of NF-kappaB-binding sites across human chromosome 22

artículo científico publicado en 2003

Diverse Phenotypes and Specific Transcription Patterns in Twenty Mouse Lines with Ablated LincRNAs

artículo científico publicado en 2015

Dynamic changes during the treatment of pancreatic cancer

artículo científico publicado en 2018

Enhancers in the Peril lincRNA locus regulate distant but not local genes

article

Erratum: Corrigendum: Ab initio reconstruction of cell type–specific transcriptomes in mouse reveals the conserved multi-exonic structure of lincRNAs

scholarly article published in Nature Biotechnology

Expanded encyclopaedias of DNA elements in the human and mouse genomes

artículo científico publicado en 2020

Expression of Shal potassium channel subunits in the adult and developing cochlear nucleus of the mouse

artículo científico publicado en 2000

Function and evolution of local repeats in the Firre locus

artículo científico publicado en 2016

Functional demarcation of active and silent chromatin domains in human HOX loci by noncoding RNAs

artículo científico publicado en 2007

Gene co-regulation by Fezf2 selects neurotransmitter identity and connectivity of corticospinal neurons

scientific journal article

Genetic Models Reveal cis and trans Immune-Regulatory Activities for lincRNA-Cox2

artículo científico publicado en 2018

Genome regulation by long noncoding RNAs.

artículo científico publicado en 2012

Genome-wide RNA-Seq of Human Motor Neurons Implicates Selective ER Stress Activation in Spinal Muscular Atrophy

artículo científico publicado en 2015

Genome-wide analysis of KAP1 binding suggests autoregulation of KRAB-ZNFs

artículo científico publicado en 2007

Genome-wide measurement of RNA secondary structure in yeast

artículo científico publicado en 2010

Genomics in 2011: challenges and opportunities

artículo científico publicado en 2011

Global identification of human transcribed sequences with genome tiling arrays

artículo científico publicado en 2004

Group 1 Innate Lymphoid Cell Lineage Identity Is Determined by a cis-Regulatory Element Marked by a Long Non-coding RNA.

artículo científico publicado en 2017

HOXA3 modulates injury-induced mobilization and recruitment of bone marrow-derived cells

artículo científico publicado en 2009

Hierarchical maintenance of MLL myeloid leukemia stem cells employs a transcriptional program shared with embryonic rather than adult stem cells

artículo científico publicado en 2009

High-throughput functional analysis of lncRNA core promoters elucidates rules governing tissue specificity

High-throughput identification of RNA nuclear enrichment sequences

artículo científico publicado en 2018

Identification of proteins binding coding and non-coding human RNAs using protein microarrays

artículo científico publicado en 2012

Identifying recent adaptations in large-scale genomic data

artículo científico publicado en 2013

Improving RNA-Seq expression estimates by correcting for fragment bias

artículo científico publicado en 2011

In vivo Ebola virus infection leads to a strong innate response in circulating immune cells

artículo científico publicado en 2016

In vivo and deletion elucidates roles for autosomal gene regulation

artículo científico publicado en 2019

Integrative Analyses of Human Reprogramming Reveal Dynamic Nature of Induced Pluripotency

artículo científico publicado en 2015

Integrative analyses reveal a long noncoding RNA-mediated sponge regulatory network in prostate cancer

artículo científico publicado en 2016

Integrative annotation of human large intergenic noncoding RNAs reveals global properties and specific subclasses

artículo científico publicado en 2011

Integrative genomic analysis reveals widespread enhancer regulation by p53 in response to DNA damage

artículo científico publicado en 2015

Inter-chromosomal Contact Properties in Live-Cell Imaging and in Hi-C.

artículo científico publicado en 2018

Inter-chromosomal Contact Properties in Live-Cell Imaging and in Hi-C.

artículo científico publicado en 2018

In Vivo Characterization of Linc-p21 Reveals Functional cis-Regulatory DNA Elements

artículo científico publicado en 2016

LINC00520 is induced by Src, STAT3, and PI3K and plays a functional role in breast cancer

artículo científico publicado en 2016

Large intergenic non-coding RNA-RoR modulates reprogramming of human induced pluripotent stem cells

artículo científico publicado en 2010

Large non-coding RNAs: missing links in cancer? ⬇️

artículo científico publicado el 20 de agosto de 2010

Lin28a transgenic mice manifest size and puberty phenotypes identified in human genetic association studies

artículo científico publicado en 2010

Linking RNA biology to lncRNAs

artículo científico publicado en 2015

Linking long noncoding RNA to drug resistance

artículo científico publicado en 2019

Live-cell mapping of organelle-associated RNAs via proximity biotinylation combined with protein-RNA crosslinking.

artículo científico publicado en 2017

Localization and abundance analysis of human lncRNAs at single-cell and single-molecule resolution

artículo científico publicado en 2015

Long non-coding RNA HOTAIR reprograms chromatin state to promote cancer metastasis

artículo científico publicado en 2010

Long noncoding RNAs regulate adipogenesis

artículo científico publicado en 2013

Major molecular differences between mammalian sexes are involved in drug metabolism and renal function

artículo científico publicado en 2004

Many human large intergenic noncoding RNAs associate with chromatin-modifying complexes and affect gene expression

artículo científico publicado en 2009

Mechanisms of Long Non-coding RNAs in Mammalian Nervous System Development, Plasticity, Disease, and Evolution

artículo científico publicado en 2015

Mechanisms of an autoimmunity syndrome in mice caused by a dominant mutation in Aire

artículo científico publicado en 2008

Mining data from 1000 genomes to identify the causal variant in regions under positive selection.

artículo científico publicado en 2010

Modular regulatory principles of large non-coding RNAs

artículo científico publicado en 2012

Multiple knockout mouse models reveal lincRNAs are required for life and brain development

artículo científico publicado en 2013

Multiplexable, locus-specific targeting of long RNAs with CRISPR-Display

artículo científico publicado en 2015

Myo2p, a class V myosin in budding yeast, associates with a large ribonucleic acid-protein complex that contains mRNAs and subunits of the RNA-processing body

artículo científico publicado en 2008

Myosin 7b is a regulatory long noncoding RNA (lncMYH7b) in the human heart

scientific article published on 01 January 2021

Neat1 is a p53-inducible lincRNA essential for transformation suppression

artículo científico

Non-coding RNAs as regulators of embryogenesis

artículo científico publicado en 2011

Nuclear compartmentalization of TERT mRNA and TUG1 lncRNA is driven by intron retention

artículo científico publicado en 2021

Peptidomic discovery of short open reading frame-encoded peptides in human cells.

artículo científico publicado en 2012

Pint lincRNA connects the p53 pathway with epigenetic silencing by the Polycomb repressive complex 2

artículo científico publicado en 2013

Poly-combing the genome for RNA.

artículo científico publicado en 2013

Programming human pluripotent stem cells into white and brown adipocytes.

artículo científico publicado en 2012

RNA Function. RNA and dynamic nuclear organization

artículo científico publicado en 2014

RNA is essential for PRC2 chromatin occupancy and function in human pluripotent stem cells

scientific article published on 06 July 2020

RNA traffic control of chromatin complexes

artículo científico publicado en 2010

RNA-protein interactions in human health and disease

artículo científico publicado en 2011

RNase-mediated protein footprint sequencing reveals protein-binding sites throughout the human transcriptome

artículo científico publicado en 2014

Ras/Erk MAPK signaling in epidermal homeostasis and neoplasia

artículo científico publicado en 2007

Reorganization of chromosomal interactions in the 2q37-deletion syndrome

artículo científico publicado en 2018

Resolving mechanisms of immune-mediated disease in primary CD4 T cells

scientific article published on 01 April 2020

Ribosome profiling reveals resemblance between long non-coding RNAs and 5' leaders of coding RNAs

artículo científico publicado en 2013

Scaffold function of long non-coding RNA HOTAIR in protein ubiquitination

artículo científico publicado en 2013

Sequences to systems

artículo científico publicado en 2010

Sexual dimorphism in mammalian gene expression

artículo científico publicado en 2005

Silent pericentromeric repeats speak out.

artículo científico publicado en 2015

Single-cell imaging reveals unexpected heterogeneity of telomerase reverse transcriptase expression across human cancer cell lines

scientific article published on 26 August 2019

Sixty years of genome biology

artículo científico publicado en 2013

Spatiotemporal allele organization by allele-specific CRISPR live-cell imaging (SNP-CLING).

artículo científico publicado en 2018

Spatiotemporal expression and transcriptional perturbations by long noncoding RNAs in the mouse brain

artículo científico publicado en 2015

Spontaneous autoimmunity prevented by thymic expression of a single self-antigen

artículo científico publicado en 2006

Strand-specific RNA sequencing in Plasmodium falciparum malaria identifies developmentally regulated long non-coding RNA and circular RNA.

artículo científico publicado en 2015

Suppression of progenitor differentiation requires the long noncoding RNA ANCR.

artículo científico publicado en 2012

Systematic identification of long noncoding RNAs expressed during zebrafish embryogenesis

artículo científico publicado en 2011

Targeted RNA sequencing reveals the deep complexity of the human transcriptome

artículo científico publicado en 2011

Targeted disruption of DNMT1, DNMT3A and DNMT3B in human embryonic stem cells

artículo científico publicado en 2015

The Firre locus produces a trans-acting RNA molecule that functions in hematopoiesis

scientific article published on 13 November 2019

The Sox2 transcription factor binds RNA

scientific article published on 14 April 2020

The dynamics and regulators of cell fate decisions are revealed by pseudotemporal ordering of single cells

artículo científico publicado en 2014

The histone chaperone CAF-1 safeguards somatic cell identity

artículo científico publicado en 2015

The microRNA miR-181 is a critical cellular metabolic rheostat essential for NKT cell ontogenesis and lymphocyte development and homeostasis

artículo científico publicado en 2013

The multilayered complexity of ceRNA crosstalk and competition

artículo científico publicado en 2014

The reality of pervasive transcription

artículo científico publicado en 2011

The transcriptional activity of human Chromosome 22

artículo científico publicado en 2003

To repress or not to repress: This is the guardian's question ⬇️

artículo científico publicado el 19 de mayo de 2011

Topological organization of multichromosomal regions by the long intergenic noncoding RNA Firre

artículo científico publicado en 2014

Trans- and cis-acting effects of Firre on epigenetic features of the inactive X chromosome

artículo científico publicado en 2020

Transcriptional and epigenetic dynamics during specification of human embryonic stem cells

artículo científico publicado en 2013

Transcriptional silencing of long noncoding RNA GNG12-AS1 uncouples its transcriptional and product-related functions

artículo científico publicado en 2016

Transposable elements modulate human RNA abundance and splicing via specific RNA-protein interactions

artículo científico publicado en 2014

Transposable elements reveal a stem cell-specific class of long noncoding RNAs

artículo científico publicado en 2012

Unbiased reconstruction of a mammalian transcriptional network mediating pathogen responses

artículo científico publicado en 2009

Visualization of lncRNA by single-molecule fluorescence in situ hybridization

artículo científico

Widespread RNA binding by chromatin-associated proteins

artículo científico publicado en 2016

linc-HOXA1 is a noncoding RNA that represses Hoxa1 transcription in cis

scientific journal article

lincRNAs act in the circuitry controlling pluripotency and differentiation

artículo científico publicado en 2011

lncRNA requirements for mouse acute myeloid leukemia and normal differentiation.

artículo científico publicado en 2017

lncRNAs: linking RNA to chromatin

artículo científico publicado en 2014

p53 regulates enhancer accessibility and activity in response to DNA damage

artículo científico publicado en 2017

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