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Lista de obras de Avi Ma'ayan

A blueprint of cell identity

artículo científico publicado en 2014

A systems approach identifies HIPK2 as a key regulator of kidney fibrosis

artículo científico publicado en 2012

AVIS: AJAX viewer of interactive signaling networks

artículo científico publicado en 2007

Activation of alternate prosurvival pathways accounts for acquired sunitinib resistance in U87MG glioma xenografts

artículo científico publicado en 2012

Activation of tumor suppressor protein PP2A inhibits KRAS-driven tumor growth.

artículo científico publicado en 2017

An Integrated Transcriptome Atlas of Embryonic Hair Follicle Progenitors, Their Niche, and the Developing Skin.

artículo científico publicado en 2015

An open RNA-Seq data analysis pipeline tutorial with an example of reprocessing data from a recent Zika virus study

artículo científico publicado en 2016

B-myb is an essential regulator of hematopoietic stem cell and myeloid progenitor cell development

artículo científico publicado en 2014

BioJupies: Automated Generation of Interactive Notebooks for RNA-seq Data Analysis in the Cloud

scholarly article published 20 June 2018

ChEA3: transcription factor enrichment analysis by orthogonal omics integration

artículo científico publicado en 2019

ChEA: transcription factor regulation inferred from integrating genome-wide ChIP-X experiments

artículo científico publicado en 2010

Chronic morphine alters the presynaptic protein profile: identification of novel molecular targets using proteomics and network analysis

artículo científico publicado en 2011

Clustergrammer, a web-based heatmap visualization and analysis tool for high-dimensional biological data

artículo científico publicado en 2017

Colliding dynamical complex network models: biological attractors versus attractors from material physics

artículo científico publicado en 2012

Common and cell-type specific responses to anti-cancer drugs revealed by high throughput transcript profiling.

artículo científico publicado en 2017

Complex systems biology

artículo científico publicado en 2017

Connecting Seed Lists of Mammalian Proteins Using Steiner Trees

Connecting clusters of patient to drug responses of cell lines to suggest personalized therapeutics for breast cancer

article

Construction and validation of a regulatory network for pluripotency and self-renewal of mouse embryonic stem cells

artículo científico publicado en 2014

DAWN: a framework to identify autism genes and subnetworks using gene expression and genetics

artículo científico publicado en 2014

Data Portal for the Library of Integrated Network-based Cellular Signatures (LINCS) program: integrated access to diverse large-scale cellular perturbation response data

artículo científico publicado en 2017

Datasets2Tools, repository and search engine for bioinformatics datasets, tools and canned analyses.

artículo científico publicado en 2018

Dermal Condensate Niche Fate Specification Occurs Prior to Formation and Is Placode Progenitor Dependent

artículo científico publicado en 2018

Dermal sheath contraction powers stem cell niche relocation during hair cycle regression

scientific article published on 19 December 2019

Design logic of a cannabinoid receptor signaling network that triggers neurite outgrowth

artículo científico publicado en 2008

Developing a framework for digital objects in the Big Data to Knowledge (BD2K) commons: Report from the Commons Framework Pilots workshop

artículo científico publicado en 2017

Differential cytokine contributions of perivascular haematopoietic stem cell niches

artículo científico publicado en 2017

Direct activation of PP2A for the treatment of tyrosine kinase inhibitor-resistant lung adenocarcinoma

artículo científico publicado en 2019

Drug Gene Budger (DGB): an application for ranking drugs to modulate a specific gene based on transcriptomic signatures

article

Drug-induced adverse events prediction with the LINCS L1000 data

artículo científico publicado en 2016

Drug/Cell-line Browser: interactive canvas visualization of cancer drug/cell-line viability assay datasets

artículo científico publicado en 2014

DrugShot: querying biomedical search terms to retrieve prioritized lists of small molecules

scientific article published on 19 February 2022

Dynamics of the discovery process of protein-protein interactions from low content studies

artículo científico publicado en 2015

ELK1 transcription factor linked to dysregulated striatal mu opioid receptor signaling network and OPRM1 polymorphism in human heroin abusers.

artículo científico publicado en 2013

ESCAPE: database for integrating high-content published data collected from human and mouse embryonic stem cells

artículo científico publicado en 2013

Elysium: RNA-seq Alignment in the Cloud

scholarly article published 2 August 2018

Endothelial cells instruct liver specification of embryonic stem cell-derived endoderm through endothelial VEGFR2 signaling and endoderm epigenetic modifications

Engineering a haematopoietic stem cell niche by revitalizing mesenchymal stromal cells

scientific article published on 15 April 2019

Enrichr: a comprehensive gene set enrichment analysis web server 2016 update

artículo científico publicado en 2016

Enrichr: interactive and collaborative HTML5 gene list enrichment analysis tool

artículo científico publicado en 2013

Expression of HIV transgene aggravates kidney injury in diabetic mice

artículo científico publicado en 2013

Expression2Kinases: mRNA profiling linked to multiple upstream regulatory layers

artículo científico publicado en 2011

Extraction and analysis of signatures from the Gene Expression Omnibus by the crowd.

artículo científico publicado en 2016

FNV: light-weight flash-based network and pathway viewer

artículo científico publicado en 2011

Far away from the lamppost

artículo científico publicado en 2018

Fetal liver hematopoietic stem cell niches associate with portal vessels

artículo científico publicado en 2015

Flotillin-mediated endocytic events dictate cell type-specific responses to semaphorin 3A

scientific journal article

Formation of regulatory patterns during signal propagation in a Mammalian cellular network

artículo científico publicado en 2005

From components to regulatory motifs in signalling networks

artículo científico publicado en 2006

Functional atlas of the integrin adhesome

artículo científico publicado en 2007

Functions of bifans in context of multiple regulatory motifs in signaling networks

artículo científico publicado en 2008

GATE: software for the analysis and visualization of high-dimensional time series expression data

artículo científico publicado en 2009

GEN3VA: aggregation and analysis of gene expression signatures from related studies

artículo científico publicado en 2016

GEO2Enrichr: browser extension and server app to extract gene sets from GEO and analyze them for biological functions

artículo científico publicado en 2015

Gene set predictor for post-treatment Lyme disease

artículo científico publicado en 2022

Gene-expression profiles and transcriptional regulatory pathways that underlie the identity and diversity of mouse tissue macrophages

artículo científico publicado en 2012

Genes2FANs: connecting genes through functional association networks

artículo científico publicado en 2012

Genes2Networks: connecting lists of gene symbols using mammalian protein interactions databases

artículo científico publicado en 2007

Genes2WordCloud: a quick way to identify biological themes from gene lists and free text.

artículo científico publicado en 2011

Geneshot: search engine for ranking genes from arbitrary text queries

artículo científico publicado en 2019

Global phosphorylation analysis of beta-arrestin-mediated signaling downstream of a seven transmembrane receptor (7TMR).

artículo científico publicado en 2010

Glucocorticoid receptor isoforms direct distinct mitochondrial programs to regulate ATP production ⬇️

artículo científico publicado en 2016

Histone H3.3 and its proteolytically processed form drive a cellular senescence programme

artículo científico publicado en 2014

Identification of small exonic CNV from whole-exome sequence data and application to autism spectrum disorder

artículo científico publicado en 2013

Induction of a hemogenic program in mouse fibroblasts

artículo científico publicado en 2013

Inferring the Sign of Kinase-Substrate Interactions by Combining Quantitative Phosphoproteomics with a Literature-Based Mammalian Kinome Network

article published in 2010

Insights into the organization of biochemical regulatory networks using graph theory analyses

artículo científico publicado en 2008

Integration of pan-cancer transcriptomics with RPPA proteomics reveals mechanisms of epithelial-mesenchymal transition.

artículo científico publicado en 2018

Integration of protein phosphorylation, acetylation, and methylation data sets to outline lung cancer signaling networks

artículo científico publicado en 2018

Integrative Analysis of Sex-Specific microRNA Networks Following Stress in Mouse Nucleus Accumbens

artículo científico publicado en 2016

Integrative radiogenomic analysis for multicentric radiophenotype in glioblastoma

artículo científico publicado en 2016

Interconnected network motifs control podocyte morphology and kidney function

artículo científico publicado en 2014

Introduction to Network Analysis in Systems Biology ⬇️

artículo científico publicado el 6 de septiembre de 2011

Introduction to statistical methods for analyzing large data sets: gene-set enrichment analysis

artículo científico publicado en 2011

Introduction to statistical methods to analyze large data sets: principal components analysis

artículo científico publicado en 2011

KEA: kinase enrichment analysis

artículo científico publicado en 2009

Kruppel-like factor 15 (KLF15) is a key regulator of podocyte differentiation

scientific journal article

Krüppel-Like Factor 15 Mediates Glucocorticoid-Induced Restoration of Podocyte Differentiation Markers

artículo científico publicado en 2016

Krüppel-like factor 6 regulates mitochondrial function in the kidney

artículo científico publicado en 2015

Krüppel-like factor 6-mediated loss of BCAA catabolism contributes to kidney injury in mice and humans

artículo científico publicado en 2021

L1000FWD: Fireworks visualization of drug-induced transcriptomic signatures.

artículo científico publicado en 2018

LINCS Canvas Browser: interactive web app to query, browse and interrogate LINCS L1000 gene expression signatures

artículo científico publicado en 2014

Lean Big Data integration in systems biology and systems pharmacology

artículo científico publicado en 2014

Lists2Networks: integrated analysis of gene/protein lists

artículo científico publicado en 2010

Massive Mining of Publicly Available RNA-seq Data from Human and Mouse

scholarly article published 14 September 2017

Massive mining of publicly available RNA-seq data from human and mouse.

artículo científico publicado en 2018

Metasignatures identify two major subtypes of breast cancer

artículo científico publicado en 2013

Microdynamics and criticality of adaptive regulatory networks.

artículo científico publicado en 2010

Minimal differentiation of classical monocytes as they survey steady-state tissues and transport antigen to lymph nodes

artículo científico publicado en 2013

Mining data and metadata from the gene expression omnibus

article

Morphine Regulated Synaptic Networks Revealed by Integrated Proteomics and Network Analysis

artículo científico publicado en 2015

Multiple kinases and system robustness: a link between Cdc37 and genome integrity

artículo científico publicado en 2007

Mutation of SHOC2 promotes aberrant protein N-myristoylation and causes Noonan-like syndrome with loose anagen hair

artículo científico publicado en 2009

Nanog-dependent feedback loops regulate murine embryonic stem cell heterogeneity

artículo científico publicado en 2012

Network analysis of FDA approved drugs and their targets

artículo científico publicado en 2007

Network integration and graph analysis in mammalian molecular systems biology

artículo científico publicado en 2008

Network- and attribute-based classifiers can prioritize genes and pathways for autism spectrum disorders and intellectual disability

artículo científico publicado en 2012

Network2Canvas: network visualization on a canvas with enrichment analysis

artículo científico publicado en 2013

Neuro2A differentiation by Galphai/o pathway

artículo científico publicado en 2009

Oct4 links multiple epigenetic pathways to the pluripotency network

artículo científico publicado en 2011

Ordered cyclic motifs contribute to dynamic stability in biological and engineered networks

artículo científico publicado en 2008

Pharos: Collating protein information to shed light on the druggable genome

artículo científico publicado en 2016

Polycomb repressive complex 2 (PRC2) silences genes responsible for neurodegeneration

artículo científico publicado en 2016

Predicting age by mining electronic medical records with deep learning characterizes differences between chronological and physiological age.

artículo científico publicado en 2017

Predicting opioid dependence from electronic health records with machine learning

scientific article published on 29 January 2019

Principal Angle Enrichment Analysis (PAEA): Dimensionally Reduced Multivariate Gene Set Enrichment Analysis Tool

artículo científico publicado en 2015

Prioritizing Pain-Associated Targets with Machine Learning

artículo científico publicado en 2021

Protein kinase target discovery from genome-wide messenger RNA expression profiling

artículo científico

Proteomics analysis of the non-muscle myosin heavy chain IIa-enriched actin-myosin complex reveals multiple functions within the podocyte

artículo científico publicado en 2014

Proximity of intracellular regulatory networks to monotone systems

artículo científico publicado en 2008

PubMedAlertMe--standalone Windows-based PubMed SDI software application

artículo científico publicado en 2008

Publisher’s Note:Abstraction for data integration:Fusing mammalian molecular, cellular and phenotype big datasets for better knowledge extraction

artículo científico publicado en 2015

Receptor heteromerization expands the repertoire of cannabinoid signaling in rodent neurons

artículo científico publicado en 2012

Recovering protein-protein and domain-domain interactions from aggregation of IP-MS proteomics of coregulator complexes

artículo científico publicado en 2011

Regulation of embryonic and induced pluripotency by aurora kinase-p53 signaling

artículo científico publicado en 2012

Renoprotective effect of combined inhibition of angiotensin-converting enzyme and histone deacetylase

artículo científico publicado en 2013

Reprint of "Abstraction for data integration: Fusing mammalian molecular, cellular and phenotype big datasets for better knowledge extraction".

artículo científico publicado en 2015

SIRT6 haploinsufficiency induces BRAF melanoma cell resistance to MAPK inhibitors via IGF signalling

scientific article published in Nature Communications

SNAVI: Desktop application for analysis and visualization of large-scale signaling networks

artículo científico publicado en 2009

SVM classifier to predict genes important for self-renewal and pluripotency of mouse embryonic stem cells

artículo científico publicado en 2010

Sets2Networks: network inference from repeated observations of sets

artículo científico publicado en 2012

Short-term LXR activation improves epidermal barrier features in mild-to-moderate atopic dermatitis: a randomized controlled trial.

artículo científico publicado en 2018

Sig2BioPAX: Java tool for converting flat files to BioPAX Level 3 format

artículo científico publicado en 2011

SigCom LINCS: data and metadata search engine for a million gene expression signatures

artículo científico publicado en 2022

Signaling Networks among Stem Cell Precursors, Transit-Amplifying Progenitors, and their Niche in Developing Hair Follicles.

artículo científico publicado en 2016

Single-cell immune landscape of human atherosclerotic plaques

artículo científico publicado en 2019

Sox2 in the dermal papilla niche controls hair growth by fine-tuning BMP signaling in differentiating hair shaft progenitors

artículo científico publicado en 2012

Sustainable data and metadata management at the BD2K-LINCS Data Coordination and Integration Center.

artículo científico publicado en 2018

Synaptic, transcriptional and chromatin genes disrupted in autism

artículo científico publicado en 2014

Systems approach to explore components and interactions in the presynapse

scientific article published on June 2009

Systems biology of kidney diseases

artículo científico publicado en 2011

Systems biology of stem cell fate and cellular reprogramming

artículo científico publicado en 2009

Systems pharmacology meets predictive, preventive, personalized and participatory medicine

artículo científico publicado en 2013

Systems pharmacology of arrhythmias

artículo científico publicado en 2010

Systems-level dynamic analyses of fate change in murine embryonic stem cells

artículo científico publicado en 2009

Temporal proteomic profiling of postnatal human cortical development

article

Temporal proteomic profiling of postnatal human cortical development

artículo científico publicado en 2018

The Library of Integrated Network-Based Cellular Signatures NIH Program: System-Level Cataloging of Human Cells Response to Perturbations

artículo científico publicado en 2017

The Signaling Pathways Project, an integrated 'omics knowledgebase for mammalian cellular signaling pathways

scientific article published on 31 October 2019

The characteristic direction: a geometrical approach to identify differentially expressed genes

artículo científico publicado en 2014

The cognitive phenotype of Down syndrome: insights from intracellular network analysis

artículo científico publicado en 2006

The harmonizome: a collection of processed datasets gathered to serve and mine knowledge about genes and proteins

artículo científico publicado en 2016

Topology of resultant networks shaped by evolutionary pressure

artículo científico publicado en 2006

Toward a complete in silico, multi-layered embryonic stem cell regulatory network

artículo científico publicado en 2010

Toward predictive models of mammalian cells

artículo científico publicado en 2005

Toward stem cell systems biology: from molecules to networks and landscapes

artículo científico publicado en 2008

Transcriptomic analysis uncovers novel synergistic mechanisms in combination therapy for lupus nephritis.

artículo científico publicado en 2017

Transforming growth factor β signaling controls activities of human intestinal CD8(+)T suppressor cells

scientific article published on 08 December 2012

Unexplored therapeutic opportunities in the human genome.

artículo científico publicado en 2018

eXpression2Kinases (X2K) Web: linking expression signatures to upstream cell signaling networks.

artículo científico publicado en 2018

modEnrichr: a suite of gene set enrichment analysis tools for model organisms

scientific article published on 01 July 2019

t4 workshop report: Pathways of Toxicity

artículo científico publicado en 2014

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