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Lista de obras de Alexander van Oudenaarden

A Caenorhabditis elegans protein with a PRDM9-like SET domain localizes to chromatin-associated foci and promotes spermatocyte gene expression, sperm production and fertility.

artículo científico publicado en 2018

A Gene Regulatory Program for Meiotic Prophase in the Fetal Ovary.

artículo científico publicado en 2015

A Novel Sperm-Delivered Toxin Causes Late-Stage Embryo Lethality and Transmission Ratio Distortion in C. elegans ⬇️

artículo científico publicado el 26 de julio de 2011

A Single-Cell RNA Sequencing Study Reveals Cellular and Molecular Dynamics of the Hippocampal Neurogenic Niche

artículo científico publicado en 2017

A Single-Cell Transcriptome Atlas of the Human Pancreas

artículo científico publicado en 2016

A conserved cell growth cycle can account for the environmental stress responses of divergent eukaryotes

artículo científico publicado en 2012

A critical role for the Wnt effector Tcf4 in adult intestinal homeostatic self-renewal

artículo científico publicado en 2012

A general mechanism for network-dosage compensation in gene circuits

artículo científico publicado en 2010

A multistep epigenetic switch enables the stable inheritance of DNA methylation states

artículo científico publicado en 2007

A physical sciences network characterization of non-tumorigenic and metastatic cells

artículo científico publicado en 2013

A predictive model of bifunctional transcription factor signaling during embryonic tissue patterning.

artículo científico publicado en 2014

A system of counteracting feedback loops regulates Cdc42p activity during spontaneous cell polarization

artículo científico publicado en 2005

A systems-level analysis of perfect adaptation in yeast osmoregulation

artículo científico publicado en 2009

A transcriptomic roadmap to α- and β-cell differentiation in the embryonic pancreas

scientific article published on 24 June 2019

A versatile genome-scale PCR-based pipeline for high-definition DNA FISH.

artículo científico publicado en 2012

Actin polymerization: forcing flat faces forward

artículo científico publicado en 2004

Allele-specific detection of single mRNA molecules in situ ⬇️

artículo científico publicado el 11 de agosto de 2013

Amplitude control of cell-cycle waves by nuclear import

artículo científico publicado en 2004

An in vitro model of early anteroposterior organization during human development

artículo científico publicado en 2020

An organoid platform for ovarian cancer captures intra- and interpatient heterogeneity

artículo científico publicado en 2019

Ascl2 acts as an R-spondin/Wnt-responsive switch to control stemness in intestinal crypts

artículo científico publicado en 2015

Attenuation of noise in ultrasensitive signaling cascades

artículo científico publicado en 2002

Biomimetic systems for studying actin-based motility

artículo científico publicado en 2003

Blastocyst-like structures generated solely from stem cells

scientific article published in Nature

Caenorhabditis elegans aristaless/Arx gene alr-1 restricts variable gene expression ⬇️

artículo científico publicado el 22 de febrero de 2011

Cdx and T Brachyury Co-activate Growth Signaling in the Embryonic Axial Progenitor Niche

artículo científico publicado en 2016

Celebrating 100 years of Developmental Biology at the Hubrecht Institute

artículo científico publicado en 2017

Cell Type Purification by Single-Cell Transcriptome-Trained Sorting

artículo científico publicado en 2019

Cell intrinsic modulation of Wnt signaling controls neuroblast migration in C. elegans

artículo científico publicado en 2014

Cells change their sensitivity to an EGF morphogen gradient to control EGF-induced gene expression

artículo científico publicado en 2015

Cellular asymmetry and individuality in directional sensing

artículo científico publicado en 2006

Cellular decision making and biological noise: from microbes to mammals

artículo científico publicado en 2011

Circadian gating of the cell cycle revealed in single cyanobacterial cells

artículo científico publicado en 2010

Circadian networks in human embryonic stem cell-derived cardiomyocytes

artículo científico publicado en 2017

Combined quantification of intracellular (phospho-)proteins and transcriptomics from fixed single cells

scientific article published in Scientific Reports

Constant growth rate can be supported by decreasing energy flux and increasing aerobic glycolysis

artículo científico publicado en 2014

Contributions of low molecule number and chromosomal positioning to stochastic gene expression

artículo científico publicado en 2005

Correction: Neuromesodermal progenitors are a conserved source of spinal cord with divergent growth dynamics

artículo científico publicado en 2020

Correction: Neuromesodermal progenitors are a conserved source of spinal cord with divergent growth dynamics (doi: 10.1242/dev.166728)

artículo científico publicado en 2019

Correction: Spindle checkpoint silencing at kinetochores with submaximal microtubule occupancy (doi:10.1242/jcs.231589)

artículo científico publicado en 2019

Coupling cellular oscillators—circadian and cell division cycles in cyanobacteria ⬇️

artículo científico publicado el 13 de octubre de 2010

DAZL regulates Tet1 translation in murine embryonic stem cells

artículo científico publicado en 2015

Dampening of expression oscillations by synchronous regulation of a microRNA and its target

artículo científico publicado en 2013

De Novo Prediction of Stem Cell Identity using Single-Cell Transcriptome Data

artículo científico publicado en 2016

Deconvolving the roles of Wnt ligands and receptors in sensing and amplification ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2013

Design and Analysis of Single-Cell Sequencing Experiments

artículo científico publicado en 2015

Differential Stoichiometry among Core Ribosomal Proteins ⬇️

artículo científico publicado en 2015

Differential stoichiometry among core ribosomal proteins

Direct cell reprogramming is a stochastic process amenable to acceleration

artículo científico publicado en 2009

Dissecting Immune Circuits by Linking CRISPR-Pooled Screens with Single-Cell RNA-Seq

artículo científico publicado en 2016

Dynamics of lineage commitment revealed by single-cell transcriptomics of differentiating embryonic stem cells

artículo científico publicado en 2017

Elastic instability in growing yeast colonies

artículo científico publicado en 2004

Elevated ATPase activity of KaiC applies a circadian checkpoint on cell division in Synechococcus elongatus

artículo científico publicado en 2010

Enhancement of cellular memory by reducing stochastic transitions

artículo científico publicado en 2005

Enteroendocrine and tuft cells support Lgr5 stem cells on Paneth cell depletion

scientific article published on 16 December 2019

Every cell is special: genome-wide studies add a new dimension to single-cell biology

artículo científico publicado en 2014

Exciting fluctuations: monitoring competence induction dynamics at the single-cell level

artículo científico publicado en 2006

Expansion of Adult Human Pancreatic Tissue Yields Organoids Harboring Progenitor Cells with Endocrine Differentiation Potential.

artículo científico publicado en 2018

Feedback control of gene expression variability in the Caenorhabditis elegans Wnt pathway

artículo científico publicado en 2013

FuseFISH: robust detection of transcribed gene fusions in single cells

artículo científico publicado en 2013

Gene expression. MicroRNA control of protein expression noise

artículo científico publicado en 2015

Genes methylated by DNA methyltransferase 3b are similar in mouse intestine and human colon cancer

artículo científico publicado en 2011

Genetic and phenotypic diversity in breast tumor metastases

artículo científico publicado en 2014

Genome-wide RNA Tomography in the zebrafish embryo

artículo científico publicado en 2014

Genome-wide dissection of microRNA functions and cotargeting networks using gene set signatures

artículo científico publicado en 2010

Genome-wide maps of nuclear lamina interactions in single human cells

artículo científico publicado en 2015

Global discovery of erythroid long noncoding RNAs reveals novel regulators of red cell maturation

artículo científico publicado en 2013

Growth landscape formed by perception and import of glucose in yeast

artículo científico publicado en 2009

H3K9me selectively blocks transcription factor activity and ensures differentiated tissue integrity

artículo científico publicado en 2021

Heritable stochastic switching revealed by single-cell genealogy

artículo científico publicado en 2007

Highly expressed loci are vulnerable to misleading ChIP localization of multiple unrelated proteins

artículo científico publicado en 2013

How to regulate a gene: to repress or to activate?

artículo científico publicado en 2012

Identification of molecular compartments and genetic circuitry in the developing mammalian kidney ⬇️

artículo científico publicado en 2012

Identifying the Stem Cell of the Intestinal Crypt: Strategies and Pitfalls ⬇️

artículo científico publicado el 5 de octubre de 2012

Identity and dynamics of mammary stem cells during branching morphogenesis.

artículo científico publicado en 2017

Imaging Single mRNA Molecules in Yeast

artículo científico publicado en 2010

Imaging individual mRNA molecules using multiple singly labeled probes

artículo científico publicado en 2008

Induced Quiescence of Lgr5+ Stem Cells in Intestinal Organoids Enables Differentiation of Hormone-Producing Enteroendocrine Cells.

artículo científico publicado en 2016

Inference of tumor evolution during chemotherapy by computational modeling and in situ analysis of genetic and phenotypic cellular diversity

artículo científico publicado en 2014

Integrated genome and transcriptome sequencing of the same cell

artículo científico publicado en 2015

Licensing of primordial germ cells for gametogenesis depends on genital ridge signaling

artículo científico publicado en 2015

LifeTime and improving European healthcare through cell-based interceptive medicine

artículo científico publicado en 2020

Long-term expanding human airway organoids for disease modeling

scientific article published on 14 January 2019

Magneto-electric Aharonov–Bohm effect in metal rings

artículo científico publicado en 1998

Many human large intergenic noncoding RNAs associate with chromatin-modifying complexes and affect gene expression

artículo científico publicado en 2009

Mapping the physical network of cellular interactions

artículo científico publicado en 2018

MicroRNA-mediated feedback and feedforward loops are recurrent network motifs in mammals

artículo científico publicado en 2007

MicroRNAs can generate thresholds in target gene expression ⬇️

artículo científico publicado el 21 de agosto de 2011

Microbiology. Necessary noise

artículo científico publicado en 2007

Microbiology: Altruistic defence

artículo científico publicado en 2010

Nature, nurture, or chance: stochastic gene expression and its consequences

artículo científico publicado en 2008

Neural-specific Sox2 input and differential Gli-binding affinity provide context and positional information in Shh-directed neural patterning

artículo científico publicado en 2012

Neuroblast migration along the anteroposterior axis ofC. elegansis controlled by opposing gradients of Wnts and a secreted Frizzled-related protein ⬇️

artículo científico publicado el 8 de junio de 2011

Neuromesodermal progenitors are a conserved source of spinal cord with divergent growth dynamics

scientific article published on 09 November 2018

Noise propagation in gene networks

artículo científico publicado en 2005

Ongoing chromosomal instability and karyotype evolution in human colorectal cancer organoids

artículo científico publicado en 2019

Optimality in the development of intestinal crypts

artículo científico publicado en 2012

Oral Mucosal Organoids as a Potential Platform for Personalized Cancer Therapy

scientific article published on 03 May 2019

Parental haplotype-specific single-cell transcriptomics reveal incomplete epigenetic reprogramming in human female germ cells.

artículo científico publicado en 2018

Patched Receptors Sense, Interpret, and Establish an Epidermal Hedgehog Signaling Gradient

artículo científico publicado en 2016

Plasticity between Epithelial and Mesenchymal States Unlinks EMT from Metastasis-Enhancing Stem Cell Capacity

artículo científico publicado en 2016

Polar-like trophoblast stem cells form an embryonic-abembryonic axis in blastoids.: Supplementary data

Population genomics of domestic and wild yeasts

artículo científico publicado en 2009

Predicting stochastic gene expression dynamics in single cells

artículo científico publicado en 2006

Probing polymerization forces by using actin-propelled lipid vesicles

artículo científico publicado en 2003

Prospective derivation of a living organoid biobank of colorectal cancer patients.

artículo científico publicado en 2015

Publisher Correction: LifeTime and improving European healthcare through cell-based interceptive medicine

artículo científico publicado en 2021

Publisher Correction: Single-cell and spatial transcriptomics reveal somitogenesis in gastruloids

artículo científico publicado en 2020

Quantitative time-lapse fluorescence microscopy in single cells

artículo científico publicado en 2009

RNA sequencing reveals two major classes of gene expression levels in metazoan cells

artículo científico

Reg4+ deep crypt secretory cells function as epithelial niche for Lgr5+ stem cells in colon

scientific article published on 29 August 2016

Repetitive sequence variation and dynamics in the ribosomal DNA array of Saccharomyces cerevisiae as revealed by whole-genome resequencing

artículo científico publicado en 2009

Replacement of Lost Lgr5-Positive Stem Cells through Plasticity of Their Enterocyte-Lineage Daughters

artículo científico publicado en 2016

Robustness and epistasis in the C. elegans vulval signaling network revealed by pathway dosage modulation

artículo científico publicado en 2013

Sequencing metabolically labeled transcripts in single cells reveals mRNA turnover strategies

artículo científico publicado en 2020

Single molecule fluorescent in situ hybridization (smFISH) of C. elegans worms and embryos ⬇️

artículo científico publicado el 13 de diciembre de 2012

Single-Cell Analysis of the Liver Epithelium Reveals Dynamic Heterogeneity and an Essential Role for YAP in Homeostasis and Regeneration

scientific article published on 09 May 2019

Single-Cell Expression Analyses during Cellular Reprogramming Reveal an Early Stochastic and a Late Hierarchic Phase ⬇️

artículo científico publicado el 14 de septiembre de 2012

Single-Cell Sequencing of the Healthy and Diseased Heart Reveals Ckap4 as a New Modulator of Fibroblasts Activation

artículo científico publicado en 2018

Single-Cell Transcriptomics Meets Lineage Tracing

artículo científico publicado en 2018

Single-cell 5hmC sequencing reveals chromosome-wide cell-to-cell variability and enables lineage reconstruction

artículo científico publicado en 2016

Single-cell analysis reveals that noncoding RNAs contribute to clonal heterogeneity by modulating transcription factor recruitment

artículo científico publicado en 2012

Single-cell analysis reveals that stochasticity and paracrine signaling control interferon-alpha production by plasmacytoid dendritic cells

artículo científico publicado en 2018

Single-cell analysis uncovers that metabolic reprogramming by ErbB2 signaling is essential for cardiomyocyte proliferation in the regenerating heart

artículo científico publicado en 2019

Single-cell and spatial transcriptomics reveal somitogenesis in gastruloids

artículo científico publicado en 2020

Single-cell messenger RNA sequencing reveals rare intestinal cell types

artículo científico publicado en 2015

Single-cell sequencing reveals dissociation-induced gene expression in tissue subpopulations.

artículo científico publicado en 2017

Single-cell transcriptomics enters the age of mass production.

artículo científico publicado en 2015

Single-cell transcriptomics reveal the dynamic of haematopoietic stem cell production in the aorta.

artículo científico publicado en 2018

Single-molecule approaches to stochastic gene expression

artículo científico publicado en 2009

Single-molecule mRNA detection and counting in mammalian tissue.

artículo científico publicado en 2013

Single-molecule transcript counting of stem-cell markers in the mouse intestine

artículo científico publicado en 2011

Slug and Sox9 cooperatively determine the mammary stem cell state

artículo científico publicado en 2012

Snake Venom Gland Organoids

scientific article published on 01 January 2020

Snowdrift game dynamics and facultative cheating in yeast

artículo científico publicado en 2009

Spatial Transcriptomics of C. elegans Males and Hermaphrodites Identifies Sex-Specific Differences in Gene Expression Patterns

scientific article published on 08 November 2018

Spatially Resolved Genome-wide Transcriptional Profiling Identifies BMP Signaling as Essential Regulator of Zebrafish Cardiomyocyte Regeneration

artículo científico publicado en 2015

Spatially resolved transcriptomics and beyond.

artículo científico publicado en 2014

Spindle checkpoint silencing at kinetochores with submaximal microtubule occupancy

artículo científico publicado en 2019

Stochastic Cytokine Expression Induces Mixed T Helper Cell States ⬇️

artículo científico publicado el 30 de julio de 2013

Stochastic gene expression in fluctuating environments

artículo científico publicado en 2004

Stochastic gene expression out-of-steady-state in the cyanobacterial circadian clock

artículo científico publicado en 2007

Stochastic gene expression: from single molecules to the proteome

artículo científico publicado en 2007

Stochastic switching as a survival strategy in fluctuating environments

artículo científico publicado en 2008

Studying lineage decision-making in vitro: emerging concepts and novel tools

artículo científico publicado en 2015

Synthetic biology: The yin and yang of nature.

artículo científico publicado en 2009

Synthetic biology: understanding biological design from synthetic circuits

artículo científico publicado en 2009

Systematic identification of signal-activated stochastic gene regulation

artículo científico publicado en 2013

Tdrd6a Regulates the Aggregation of Buc into Functional Subcellular Compartments that Drive Germ Cell Specification

artículo científico publicado en 2018

The Caenorhabditis elegans synthetic multivulva genes prevent ras pathway activation by tightly repressing global ectopic expression of lin-3 EGF

artículo científico publicado en 2011

The Human Cell Atlas

artículo científico publicado en 2017

The Human Cell Atlas

The Human Cell Atlas White Paper ⬇️

artículo científico publicado en 2018

The Lgr5 intestinal stem cell signature: robust expression of proposed quiescent '+4' cell markers

artículo científico publicado en 2012

The Majority of CD45 Ter119 CD31 Bone Marrow Cell Fraction Is of Hematopoietic Origin and Contains Erythroid and Lymphoid Progenitors

artículo científico publicado en 2018

The frequency dependence of osmo-adaptation in Saccharomyces cerevisiae

artículo científico publicado en 2008

The thrombospondin repeat containing protein MIG-21 controls a left-right asymmetric Wnt signaling response in migrating C. elegans neuroblasts

artículo científico publicado en 2011

Tomo-Seq Identifies SOX9 as a Key Regulator of Cardiac Fibrosis During Ischemic Injury.

artículo científico publicado en 2017

Transcript counting in single cells reveals dynamics of rDNA transcription

artículo científico publicado en 2010

Transcription of two long noncoding RNAs mediates mating-type control of gametogenesis in budding yeast

artículo científico publicado en 2012

Transcriptional profiling of cells sorted by RNA abundance

artículo científico publicado en 2014

Transformation of intestinal stem cells into gastric stem cells on loss of transcription factor Cdx2.

artículo científico publicado en 2014

Troy+ brain stem cells cycle through quiescence and regulate their number by sensing niche occupancy

artículo científico publicado en 2018

UNC-4 antagonizes Wnt signaling to regulate synaptic choice in the C. elegans motor circuit ⬇️

artículo científico publicado el 1 de junio de 2012

Unravelling cellular relationships during development and regeneration using genetic lineage tracing

artículo científico publicado en 2019

Using gene expression noise to understand gene regulation

artículo científico publicado en 2012

Validating transcripts with probes and imaging technology

artículo científico publicado en 2011

Validation of noise models for single-cell transcriptomics

artículo científico publicado en 2014

Variability in gene expression underlies incomplete penetrance

artículo científico publicado en 2010

Viral genome imaging of hepatitis C virus to probe heterogeneous viral infection and responses to antiviral therapies

artículo científico publicado en 2016

When it comes to decisions, myeloid progenitors crave positive feedback

artículo científico publicado en 2006

When noisy neighbors are a blessing: analysis of gene expression noise identifies coregulated genes

artículo científico publicado en 2012

Whole-organism clone tracing using single-cell sequencing.

artículo científico publicado en 2018

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