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Lista de obras de Daniel Gautheret

2-kupl: mapping-free variant detection from DNA-seq data of matched samples

artículo científico publicado en 2021

A Dual Model for Prioritizing Cancer Mutations in the Non-coding Genome Based on Germline and Somatic Events

artículo científico publicado en 2015

A benchmark study of scoring methods for non-coding mutations.

artículo científico publicado en 2018

A secondary and tertiary structure editor for nucleic acids.

artículo científico publicado en 1988

A survey of metazoan selenocysteine insertion sequences.

artículo científico publicado en 2002

A universal RNA structural motif docking the elbow of tRNA in the ribosome, RNAse P and T-box leaders.

artículo científico publicado en 2013

ARNold: a web tool for the prediction of Rho-independent transcription terminators.

artículo científico publicado en 2011

ASTD: The Alternative Splicing and Transcript Diversity database

artículo científico publicado en 2008

Accurate characterization of Escherichia coli tRNA modifications with a simple method of deep sequencing library preparation

artículo científico publicado en 2020

Acquired initiating mutations in early hematopoietic cells of CLL patients

artículo científico publicado en 2014

AltTrans: transcript pattern variants annotated for both alternative splicing and alternative polyadenylation.

artículo científico publicado en 2006

Alternate Polyadenylation in Human mRNAs: A Large-Scale Analysis by EST Clustering ⬇️

artículo científico publicado el 1 de mayo de 1998

An RNA pattern matching program with enhanced performance and portability.

artículo científico publicado en 1994

An assessment of bacterial small RNA target prediction programs

artículo científico publicado en 2015

BRASERO: A Resource for Benchmarking RNA Secondary Structure Comparison Algorithms

scientific article (publication date: 2012)

Beyond the 3' end: experimental validation of extended transcript isoforms

artículo científico publicado en 2007

Bridging the gap between reference and real transcriptomes

scientific article published on 03 June 2019

CRISPRCasFinder, an update of CRISRFinder, includes a portable version, enhanced performance and integrates search for Cas proteins.

artículo científico publicado en 2018

Characterization of novel genomic alterations and therapeutic approaches using acute megakaryoblastic leukemia xenograft models

artículo científico publicado en 2012

Computer modeling and display of RNA secondary and tertiary structures.

artículo científico publicado en 1990

Computing expectation values for RNA motifs using discrete convolutions

artículo científico publicado en 2005

Conservation of alternative polyadenylation patterns in mammalian genes

artículo científico publicado en 2006

CsfG, a sporulation-specific, small non-coding RNA highly conserved in endospore formers

artículo científico publicado en 2011

DE-kupl: exhaustive capture of biological variation in RNA-seq data through k-mer decomposition

artículo científico publicado en 2017

Detection of generic differential RNA processing events from RNA-seq data

artículo científico publicado en 2016

Detection of non-coding RNA in bacteria and archaea using the DETR'PROK Galaxy pipeline

artículo científico publicado en 2013

Differential repression of alternative transcripts: a screen for miRNA targets

artículo científico publicado en 2006

Entropy measures quantify global splicing disorders in cancer

artículo científico publicado en 2008

Erratum: The Non-Coding RNA Journal Club: Highlights on Recent Papers-4. Non-Coding RNA 2016, 2, 9.

artículo científico publicado en 2016

Experimental discovery of small RNAs in Staphylococcus aureus reveals a riboregulator of central metabolism

artículo científico publicado en 2010

Expression profiling in mouse fetal thymus reveals clusters of coordinately expressed genes that mark individual stages of T-cell ontogeny

artículo científico publicado en 2002

Fitting the structurally diverse animal mitochondrial tRNAs(Ser) to common three-dimensional constraints.

artículo científico publicado en 1994

Gene structure, expression pattern, and biological activity of mouse killer cell activating receptor-associated protein (KARAP)/DAP-12

scientific journal article

Genome-wide discovery and analysis of microRNAs and other small RNAs from rice embryogenic callus

artículo científico publicado en 2011

Genome-wide translational changes induced by the prion [PSI+].

artículo científico publicado en 2014

Identification of RNAs bound by Hfq reveals widespread RNA partners and a sporulation regulator in the human pathogen <i>Clostridioides difficile</i>

artículo científico publicado en 2021

Identification of alternate polyadenylation sites and analysis of their tissue distribution using EST data.

artículo científico publicado en 2001

Identification of base-triples in RNA using comparative sequence analysis.

artículo científico publicado en 1995

Identification of large intergenic non-coding RNAs in bovine muscle using next-generation transcriptomic sequencing

artículo científico publicado en 2014

In plants, decapping prevents RDR6-dependent production of small interfering RNAs from endogenous mRNAs

artículo científico publicado en 2015

Metagenome annotation using a distributed grid of undergraduate students

artículo científico publicado en 2008

Mining the coding and non-coding genome for cancer drivers

artículo científico publicado en 2015

Modeling the three-dimensional structure of RNA using discrete nucleotide conformational sets.

artículo científico publicado en 1993

Modeling the three-dimensional structure of RNA.

artículo científico publicado en 1993

NAPP: the Nucleic Acid Phylogenetic Profile Database

artículo científico publicado en 2012

Native Elongating Transcript Sequencing reveals global anti-correlation between sense and antisense nascent transcription in fission yeast

artículo científico publicado en 2017

New Functional Signatures for Understanding Melanoma Biology from Tumor Cell Lineage-Specific Analysis.

artículo científico publicado en 2015

No tRNA3Lys unwinding in a complex with HIV NCp7

scientific article published on 01 October 1997

Nonsense-Mediated Decay Restricts LncRNA Levels in Yeast Unless Blocked by Double-Stranded RNA Structure

artículo científico publicado en 2016

Pattern searching/alignment with RNA primary and secondary structures: an effective descriptor for tRNA ⬇️

artículo científico publicado el 1 de octubre de 1990

Predicting U-turns in ribosomal RNA with comparative sequence analysis

artículo científico publicado en 2000

Premature terminator analysis sheds light on a hidden world of bacterial transcriptional attenuation ⬇️

artículo científico publicado el 29 de septiembre de 2010

Profile-based detection of microRNA precursors in animal genomes.

artículo científico publicado en 2004

Quantitative Analysis of the T Cell Repertoire Selected by a Single Peptide–Major Histocompatibility Complex ⬇️

artículo científico publicado el 1 de junio de 1998

RNA at 92 °C: the non-coding transcriptome of the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus abyssi

artículo científico publicado en 2013

RNAML: a standard syntax for exchanging RNA information.

artículo científico publicado en 2002

RNAMotif, an RNA secondary structure definition and search algorithm

artículo científico publicado en 2001

RNAcentral: A vision for an international database of RNA sequences

artículo científico publicado en 2011

RNAspace.org: An integrated environment for the prediction, annotation, and analysis of ncRNA.

artículo científico publicado en 2011

Reference-free transcriptome exploration reveals novel RNAs for prostate cancer diagnosis

scientific article published on 15 November 2019

Relative amplification efficiency of differently sized templates by long-distance PCR

scientific article published on 01 March 1998

Reproducing the three-dimensional structure of a tRNA molecule from structural constraints.

artículo científico publicado en 1993

Revisiting the structure/function relationships of H/ACA(-like) RNAs: a unified model for Euryarchaea and Crenarchaea

artículo científico publicado en 2015

Rfam 14: expanded coverage of metagenomic, viral and microRNA families

artículo científico publicado en 2020

RsaOG, a new staphylococcal family of highly transcribed non-coding RNA.

artículo científico publicado en 2010

Single-pass classification of all noncoding sequences in a bacterial genome using phylogenetic profiles

artículo científico publicado en 2009

The ERPIN server: an interface to profile-based RNA motif identification

artículo científico publicado en 2004

The Non-Coding RNA Journal Club: Highlights on Recent Papers-4.

artículo científico publicado en 2016

The Non-Coding RNA Journal Club: Highlights on Recent Papers.

artículo científico publicado en 2015

The conserved regulatory RNA RsaE down-regulates the arginine degradation pathway in Staphylococcus aureus

artículo científico publicado en 2018

The contribution of uncharted RNA sequences to tumor identity in lung adenocarcinoma

artículo científico publicado en 2022

The disparate nature of "intergenic" polyadenylation sites

artículo científico publicado en 2006

The genome sequence of the model ascomycete fungus Podospora anserina

artículo científico publicado en 2008

Transcription attenuation in bacteria: theme and variations

scientific article published on 01 March 2010

Transcription attenuation in bacteria: theme and variations.

artículo científico publicado en 2009

Transcriptomic profiling of the oyster pathogen Vibrio splendidus opens a window on the evolutionary dynamics of the small RNA repertoire in the Vibrio genus

artículo científico publicado en 2012

Using Alu elements as polyadenylation sites: A case of retroposon exaptation.

artículo científico publicado en 2008

VING: a software for visualization of deep sequencing signals

artículo científico publicado en 2015

Zinc-mediated RNA fragmentation allows robust transcript reassembly upon whole transcriptome RNA-Seq.

artículo científico publicado en 2013

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