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Lista de obras de Martin C Frith

A Simplified Description of Child Tables for Sequence Similarity Search

artículo científico publicado en 2018

A bioinformatician's guide to the forefront of suffix array construction algorithms

artículo científico publicado en 2014

A code for transcription initiation in mammalian genomes

artículo científico publicado en 2008

A mostly traditional approach improves alignment of bisulfite-converted DNA ⬇️

artículo científico publicado el 28 de marzo de 2012

A new repeat-masking method enables specific detection of homologous sequences ⬇️

artículo científico publicado el 24 de noviembre de 2010

A promoter-level mammalian expression atlas

artículo científico publicado en 2014

A survey of localized sequence rearrangements in human DNA.

artículo científico publicado en 2017

A ubiquitous and conserved signal for RNA localization in chordates

artículo científico publicado en 2002

ALP & FALP: C++ libraries for pairwise local alignment E-values

artículo científico publicado en 2015

Adaptive seeds tame genomic sequence comparison

artículo científico publicado en 2011

Adding unaligned sequences into an existing alignment using MAFFT and LAST.

artículo científico publicado en 2012

An approximate Bayesian approach for mapping paired-end DNA reads to a reference genome

artículo científico publicado en 2013

Assessing computational tools for the discovery of transcription factor binding sites

artículo científico publicado en 2005

Biallelic COLGALT1 variants are associated with cerebral small vessel disease

artículo científico publicado en 2018

CARRIE web service: automated transcriptional regulatory network inference and interactive analysis

artículo científico publicado en 2004

CentroidHomfold-LAST: accurate prediction of RNA secondary structure using automatically collected homologous sequences

artículo científico publicado en 2011

Characterization of genomic organization of the adenosine A2A receptor gene by molecular and bioinformatics analyses

artículo científico publicado en 2004

Cluster-Buster: Finding dense clusters of motifs in DNA sequences.

artículo científico publicado en 2003

Clusters of internally primed transcripts reveal novel long noncoding RNAs

artículo científico publicado en 2006

Corrigendum: Genome-wide analysis of mammalian promoter architecture and evolution

scholarly article published in Nature Genetics

Detection of cis -element clusters in higher eukaryotic DNA ⬇️

artículo científico publicado el 1 de octubre de 2001

Detection of functional DNA motifs via statistical over-representation

artículo científico publicado en 2004

Discovering sequence motifs with arbitrary insertions and deletions

artículo científico publicado en 2008

Discovery of widespread transcription initiation at microsatellites predictable by sequence-based deep neural network

artículo científico publicado en 2021

Discrimination of non-protein-coding transcripts from protein-coding mRNA.

artículo científico publicado en 2006

Dynamic usage of transcription start sites within core promoters

artículo científico publicado en 2006

EAGLE: Explicit Alternative Genome Likelihood Evaluator.

artículo científico publicado en 2018

Evaluation and application of RNA-Seq by MinION

scientific article published on 01 February 2019

Evolutionary turnover of mammalian transcription start sites

artículo científico publicado en 2006

Experimental validation of the regulated expression of large numbers of non-coding RNAs from the mouse genome

artículo científico publicado en 2005

Explaining the correlations among properties of mammalian promoters

artículo científico publicado en 2014

Finding functional sequence elements by multiple local alignment

artículo científico publicado en 2004

Finding protein-coding genes through human polymorphisms

artículo científico publicado en 2013

Frameshift alignment: statistics and post-genomic applications

artículo científico publicado en 2014

Genome-wide analysis of mammalian promoter architecture and evolution

artículo científico publicado en 2006

Genomic targets of nuclear estrogen receptors

artículo científico publicado en 2004

Genomics: The amazing complexity of the human transcriptome

article

Gentle Masking of Low-Complexity Sequences Improves Homology Search ⬇️

artículo científico publicado el 19 de diciembre de 2011

How sequence alignment scores correspond to probability models

artículo científico publicado en 2020

Improved DNA-Versus-Protein Homology Search for Protein Fossils

artículo científico publicado en 2022

Improved search heuristics find 20,000 new alignments between human and mouse genomes

scientific article published on 03 February 2014

Incorporating sequence quality data into alignment improves DNA read mapping

artículo científico publicado en 2010

Inferring transcription factor complexes from ChIP-seq data

artículo científico publicado en 2011

Informatic and genomic analysis of melanocyte cDNA libraries as a resource for the study of melanocyte development and function

artículo científico publicado en 2007

Jointly aligning a group of DNA reads improves accuracy of identifying large deletions

artículo científico publicado en 2017

Large-scale clustering of CAGE tag expression data

artículo científico publicado en 2007

Long-read sequencing identifies GGC repeat expansions in NOTCH2NLC associated with neuronal intranuclear inclusion disease

artículo científico publicado en 2019

Mammalian NUMT insertion is non-random ⬇️

artículo científico publicado el 3 de julio de 2012

NanoPipe-a web server for nanopore MinION sequencing data analysis

artículo científico publicado en 2019

Nanopore sequencing of drug-resistance-associated genes in malaria parasites, Plasmodium falciparum.

artículo científico publicado en 2018

Nanopore-based single molecule sequencing of the D4Z4 array responsible for facioscapulohumeral muscular dystrophy.

artículo científico publicado en 2017

Paleozoic Protein Fossils Illuminate the Evolution of Vertebrate Genomes and Transposable Elements

artículo científico publicado en 2022

Probabilistic alignments with quality scores: an application to short-read mapping toward accurate SNP/indel detection

artículo científico publicado en 2011

Protein sequence-similarity search acceleration using a heuristic algorithm with a sensitive matrix

artículo científico publicado en 2017

Pseudo-messenger RNA: phantoms of the transcriptome

artículo científico publicado en 2006

Pseudocounts for transcription factor binding sites.

artículo científico publicado en 2008

RECLU: a pipeline to discover reproducible transcriptional start sites and their alternative regulation using capped analysis of gene expression (CAGE).

artículo científico publicado en 2014

Rapid evolution of noncoding RNAs: lack of conservation does not mean lack of function

artículo científico publicado en 2005

RecountDB: a database of mapped and count corrected transcribed sequences.

artículo científico publicado en 2011

Sequencing and phasing cancer mutations in lung cancers using a long-read portable sequencer

artículo científico publicado en 2017

Serotyping dengue virus with isothermal amplification and a portable sequencer

artículo científico publicado en 2017

Site2genome: locating short DNA sequences in whole genomes

artículo científico publicado en 2004

Splicing bypasses 3' end formation signals to allow complex gene architectures

artículo científico publicado en 2007

Split-alignment of genomes finds orthologies more accurately.

artículo científico publicado en 2015

Statistical significance of clusters of motifs represented by position specific scoring matrices in nucleotide sequences

artículo científico publicado en 2002

Tandem-genotypes: robust detection of tandem repeat expansions from long DNA reads

scientific article published on 19 March 2019

The abundance of short proteins in the mammalian proteome

artículo científico publicado en 2006

The transcriptional landscape of the mammalian genome

artículo científico publicado en 2005

The whole alignment and nothing but the alignment: the problem of spurious alignment flanks.

artículo científico publicado en 2008

Theatre: A software tool for detailed comparative analysis and visualization of genomic sequence.

artículo científico publicado en 2003

Training alignment parameters for arbitrary sequencers with LAST-TRAIN.

scientific article published on 30 December 2016

Transcript annotation in FANTOM3: mouse gene catalog based on physical cDNAs

artículo científico publicado en 2006

Variable-order sequence modeling improves bacterial strain discrimination for Ion Torrent DNA reads.

artículo científico publicado en 2017

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