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Lista de obras de Edda Klipp

A Clb/Cdk1-mediated regulation of Fkh2 synchronizes CLB expression in the budding yeast cell cycle

artículo científico publicado en 2017

A Stochastic Model of Epigenetic Dynamics in Somatic Cell Reprogramming ⬇️

artículo científico publicado el 27 de junio de 2012

A Thermodynamic Model of Monovalent Cation Homeostasis in the Yeast Saccharomyces cerevisiae

artículo científico publicado en 2016

A comprehensive, mechanistically detailed, and executable model of the cell division cycle in Saccharomyces cerevisiae

artículo científico publicado en 2019

A consensus yeast metabolic network reconstruction obtained from a community approach to systems biology

artículo científico publicado en 2008

A framework for mapping, visualisation and automatic model creation of signal-transduction networks

artículo científico publicado en 2012

A low number of SIC1 mRNA molecules ensures a low noise level in cell cycle progression of budding yeast.

artículo científico publicado en 2011

A model for the spatiotemporal organization of DNA replication in Saccharomyces cerevisiae.

artículo científico publicado en 2009

A modelling approach to quantify dynamic crosstalk between the pheromone and the starvation pathway in baker's yeast

artículo científico publicado en 2006

A quantitative study of the Hog1 MAPK response to fluctuating osmotic stress in Saccharomyces cerevisiae

artículo científico publicado en 2010

A systems biological analysis links ROS metabolism to mitochondrial protein quality control

artículo científico publicado en 2012

A systems biology approach: modelling of Aquaporin-2 trafficking

artículo científico publicado el 1 de enero de 2010

A theory of optimal differential gene expression

artículo científico publicado en 2004

A transcriptome-wide analysis deciphers distinct roles of G1 cyclins in temporal organization of the yeast cell cycle

artículo científico publicado en 2019

A variable fork rate affects timing of origin firing and S phase dynamics in Saccharomyces cerevisiae

artículo científico publicado en 2013

Acclimation in plants - the Green Hub consortium

artículo científico publicado en 2020

Alteration of protein levels during influenza virus H1N1 infection in host cells: a proteomic survey of host and virus reveals differential dynamics

artículo científico publicado en 2014

Alterations of mTOR signaling impact metabolic stress resistance in colorectal carcinomas with BRAF and KRAS mutations.

artículo científico publicado en 2018

Alternative pathways as mechanism for the negative effects associated with overexpression of superoxide dismutase

artículo científico publicado en 2005

Alternative pathways might mediate toxicity of high concentrations of superoxide dismutase

artículo científico publicado en 2004

An Antimicrobial Peptide Induces FIG1-Dependent Cell Death During Cell Cycle Arrest in Yeast.

artículo científico publicado en 2018

Annotation and merging of SBML models with semanticSBML

artículo científico publicado en 2010

Assessing the advantage of morphological changes in Candida albicans: a game theoretical study

artículo científico publicado en 2014

Automated ensemble modeling with modelMaGe: analyzing feedback mechanisms in the Sho1 branch of the HOG pathway

artículo científico publicado en 2011

Automated generation of bacterial resource allocation models

artículo científico publicado en 2019

Automatically generated model of a metabolic network.

artículo científico publicado en 2007

Biochemical network models simplified by balanced truncation

artículo científico publicado en 2005

Biochemical network-based drug-target prediction

artículo científico publicado en 2010

Biochemical networks with uncertain parameters

artículo científico publicado en 2005

Biographer: web-based editing and rendering of SBGN compliant biochemical networks ⬇️

artículo científico publicado el 10 de abril de 2013

Biophysical properties of Saccharomyces cerevisiae and their relationship with HOG pathway activation

artículo científico publicado en 2010

BooleSim: an interactive Boolean network simulator

artículo científico publicado en 2013

Bridging the gaps in systems biology

artículo científico publicado en 2014

Bringing metabolic networks to life: convenience rate law and thermodynamic constraints

artículo científico publicado en 2006

Bringing metabolic networks to life: integration of kinetic, metabolic, and proteomic data

artículo científico publicado en 2006

Bud-Localization of CLB2 mRNA Can Constitute a Growth Rate Dependent Daughter Sizer

artículo científico publicado en 2015

Causal influence in linear Langevin networks without feedback ⬇️

artículo científico publicado en 2017

Cell penetrating peptides and cationic antibacterial peptides: two sides of the same coin

artículo científico publicado en 2014

Cell size at S phase initiation: an emergent property of the G1/S network

artículo científico publicado en 2007

Cell-to-Cell Communication Circuits: Quantitative Analysis of Synthetic Logic Gates

artículo científico publicado en 2012

Cellular signaling is potentially regulated by cell density in receptor trafficking networks

artículo científico publicado en 2007

Chemical Reaction Networks Possess Intrinsic, Temperature-Dependent Functionality

artículo científico publicado en 2020

Competition for enzymes in metabolic pathways: implications for optimal distributions of enzyme concentrations and for the distribution of flux control

artículo científico publicado en 1999

Comprehensive mathematical model of oxidative phosphorylation valid for physiological and pathological conditions.

artículo científico publicado en 2017

Computational Lipidomics and Lipid Bioinformatics: Filling In the Blanks

artículo científico publicado en 2016

Computational Modeling of Lipid Metabolism in Yeast

artículo científico publicado en 2016

Computational Yeast Systems Biology: A Case Study for the MAP Kinase Cascade ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2011

Condition-dependent transcriptome reveals high-level regulatory architecture in Bacillus subtilis

artículo científico publicado en 2012

Constitutively active RAS inS. pombecauses persistent Cdc42 signalling but only transient MAPK activation

Constraint-based modeling and kinetic analysis of the Smad dependent TGF-beta signaling pathway

artículo científico publicado en 2007

Control analysis of unbranched enzymatic chains in states of maximal activity

artículo científico publicado en 1996

Data integration strategies for whole-cell modeling

artículo científico publicado en 2024

Data2Dynamics: a modeling environment tailored to parameter estimation in dynamical systems

artículo científico publicado en 2015

Different groups of metabolic genes cluster around early and late firing origins of replication in budding yeast

artículo científico publicado el 1 de enero de 2010

Differential T cell response against BK virus regulatory and structural antigens: A viral dynamics modelling approach.

artículo científico publicado en 2018

Dissecting the energy metabolism in Mycoplasma pneumoniae through genome-scale metabolic modeling

artículo científico publicado en 2013

Dosage and Dose Schedule Screening of Drug Combinations in Agent-Based Models Reveals Hidden Synergies

artículo científico publicado en 2015

Drug-efficacy depends on the inhibitor type and the target position in a metabolic network--a systematic study.

artículo científico publicado en 2007

Dynamic metabolic models in context: biomass backtracking

artículo científico publicado en 2015

Dynamic rerouting of the carbohydrate flux is key to counteracting oxidative stress

artículo científico publicado en 2007

Dynamics of cell wall elasticity pattern shapes the cell during yeast mating morphogenesis

artículo científico publicado en 2016

Erratum: Corrigendum: Integrative model of the response of yeast to osmotic shock

scholarly article published in Nature Biotechnology

Estimation of immune cell content in tumour tissue using single-cell RNA-seq data

artículo científico publicado en 2017

Evolutionary optimization of enzyme kinetic parameters; effect of constraints

artículo científico publicado en 1994

Exploratory simulation of cell ageing using hierarchical models

artículo científico

Exploring the effect of variable enzyme concentrations in a kinetic model of yeast glycolysis

artículo científico publicado en 2008

Exploring the impact of osmoadaptation on glycolysis using time-varying response-coefficients.

artículo científico publicado en 2008

Finding kinetic parameters using text mining

artículo científico publicado en 2004

Fkh1 and Fkh2 associate with Sir2 to control CLB2 transcription under normal and oxidative stress conditions

artículo científico publicado en 2013

Formal representation of the high osmolarity glycerol pathway in yeast

artículo científico publicado en 2010

Fungal Hsp90: a biological transistor that tunes cellular outputs to thermal inputs

artículo científico publicado en 2012

G1 and G2 arrests in response to osmotic shock are robust properties of the budding yeast cell cycle

artículo científico publicado el 1 de enero de 2010

General solution of the chemical master equation and modality of marginal distributions for hierarchic first-order reaction networks.

artículo científico publicado en 2018

Geospatially Referenced Demographic Agent-Based Modeling of SARS-CoV-2-Infection (COVID-19) Dynamics and Mitigation Effects in a Real-world Community

artículo científico publicado en 2020

Global dynamic optimization approach to predict activation in metabolic pathways

artículo científico publicado en 2014

Global network reorganization during dynamic adaptations of Bacillus subtilis metabolism

artículo científico publicado en 2012

Glucose de-repression by yeast AMP-activated protein kinase SNF1 is controlled via at least two independent steps

artículo científico publicado en 2014

Graphical analysis and experimental evaluation of Saccharomyces cerevisiae PTRK1|2 and PBMH1|2 promoter region.

artículo científico publicado en 2010

Identification of 2-[4-[(4-Methoxyphenyl)methoxy]-phenyl]acetonitrile and Derivatives as Potent Oct3/4 Inducers

artículo científico publicado en 2015

Identification of periodic attractors in Boolean networks using a priori information

artículo científico publicado en 2022

Identification of small non-coding RNAs responsive to GUN1 and GUN5 related retrograde signals in Arabidopsis thaliana

artículo científico publicado en 2020

Impact of acute metal stress in Saccharomyces cerevisiae

artículo científico publicado en 2014

Inferring dynamic properties of biochemical reaction networks from structural knowledge

artículo científico publicado en 2004

Influence of cell shape, inhomogeneities and diffusion barriers in cell polarization models.

artículo científico publicado en 2015

Influenza A matrix protein M1 multimerizes upon binding to lipid membranes

artículo científico publicado en 2014

Information Thermodynamics for Time Series of Signal-Response Models

scientific article published on 14 February 2019

Information processing in the adaptation of Saccharomyces cerevisiae to osmotic stress: an analysis of the phosphorelay system

artículo científico publicado en 2014

Information theory based approaches to cellular signaling ⬇️

artículo científico publicado el 23 de julio de 2011

Insights into the network controlling the G1/S transition in budding yeast

artículo científico publicado en 2007

Integrative model of the response of yeast to osmotic shock

artículo científico publicado en 2005

Interaction Dynamics Determine Signaling and Output Pathway Responses.

artículo científico publicado en 2017

Kinetic modelling of DNA replication initiation in budding yeast.

artículo científico publicado en 2010

Loss of hepatic Mboat7 leads to liver fibrosis

artículo científico publicado en 2020

MEMOTE for standardized genome-scale metabolic model testing

artículo científico publicado en 2020

Mathematical modeling of intracellular signaling pathways ⬇️

artículo científico publicado en 2006

Mathematical models of mitochondrial aging and dynamics

artículo científico publicado en 2014

Memote: A community-driven effort towards a standardized genome-scale metabolic model test suite

Micro- and nano-tubules built from loosely and tightly rolled up thin sheets

artículo científico publicado en 2015

Minimum Information About a Simulation Experiment (MIASE)

artículo científico publicado en 2011

Minimum information requested in the annotation of biochemical models (MIRIAM)

artículo científico publicado en 2005

Model-based inference of biochemical parameters and dynamic properties of microbial signal transduction networks ⬇️

artículo científico publicado el 20 de octubre de 2010

ModelMage: a tool for automatic model generation, selection and management

artículo científico publicado en 2008

Modeling development: spikes of the sea urchin

artículo científico publicado en 2007

Modeling mechanistic biological networks: An advanced Boolean approach ⬇️

artículo científico publicado el 22 de diciembre de 2011

Modelling dynamic processes in yeast

artículo científico publicado en 2007

Modelling reveals novel roles of two parallel signalling pathways and homeostatic feedbacks in yeast

artículo científico publicado en 2012

Modelling the dynamics of the yeast pheromone pathway

artículo científico publicado en 2004

Modelling the regulation of thermal adaptation in Candida albicans, a major fungal pathogen of humans

artículo científico publicado en 2012

Modular rate laws for enzymatic reactions: thermodynamics, elasticities and implementation

artículo científico publicado en 2010

Molecular insights into reprogramming-initiation events mediated by the OSKM gene regulatory network

artículo científico publicado en 2011

Monitoring cytochrome P450 activity in living hepatocytes by chromogenic substrates in response to drug treatment or during cell maturation.

artículo científico publicado en 2017

Monte Carlo analysis of an ODE Model of the Sea Urchin Endomesoderm Network

artículo científico publicado en 2009

Moonlighting proteins - an approach to systematize the concept

artículo científico publicado en 2019

Nested uncertainties in biochemical models

artículo científico publicado en 2009

Network reconstruction and validation of the Snf1/AMPK pathway in baker's yeast based on a comprehensive literature review

artículo científico publicado en 2015

Network-based selectivity of antiparasitic inhibitors

artículo científico publicado en 2002

New types of experimental data shape the use of enzyme kinetics for dynamic network modeling

artículo científico publicado en 2014

Onset of immune senescence defined by unbiased pyrosequencing of human immunoglobulin mRNA repertoires

artículo científico publicado en 2012

Osmolyte homeostasis controls single-cell growth rate and maximum cell size of Saccharomyces cerevisiae

scientific article published on 26 September 2019

Parameter balancing in kinetic models of cell metabolism

artículo científico publicado en 2010

Phosphoproteomic analyses reveal novel cross-modulation mechanisms between two signaling pathways in yeast

artículo científico publicado en 2014

Prediction of enzyme kinetic parameters based on statistical learning.

artículo científico publicado en 2006

Prediction of temporal gene expression. Metabolic opimization by re-distribution of enzyme activities

artículo científico publicado en 2002

Propagating semantic information in biochemical network models

artículo científico publicado en 2012

Publisher Correction: MEMOTE for standardized genome-scale metabolic model testing

artículo científico publicado en 2020

Quantitative analysis of glycerol accumulation, glycolysis and growth under hyper osmotic stress

artículo científico publicado en 2013

Quantitative analysis of transient and sustained transforming growth factor-β signaling dynamics.

artículo científico publicado en 2011

Reaction-contingency based bipartite Boolean modelling

artículo científico publicado en 2013

Replication origins and timing of temporal replication in budding yeast: how to solve the conundrum?

artículo científico publicado en 2010

Retrieval, alignment, and clustering of computational models based on semantic annotations

artículo científico

Robustness and fragility in the yeast high osmolarity glycerol (HOG) signal-transduction pathway

artículo científico publicado en 2009

Role of M1 Self-Organization in Influenza Virus Assembly: A Combined Rics and AFM Study

Role of gB and pUS3 in Equine Herpesvirus 1 Transfer between Peripheral Blood Mononuclear Cells and Endothelial Cells: a Dynamic In Vitro Model

artículo científico publicado en 2015

SBML-PET: a Systems Biology Markup Language-based parameter estimation tool

artículo científico publicado en 2006

SBML-SAT: a systems biology markup language (SBML) based sensitivity analysis tool

artículo científico publicado en 2008

SBMLmerge, a system for combining biochemical network models.

artículo científico publicado en 2006

SBtab: a flexible table format for data exchange in systems biology

artículo científico publicado en 2016

STSE: Spatio-Temporal Simulation Environment Dedicated to Biology

artículo científico publicado en 2011

Selective benefits of damage partitioning in unicellular systems and its effects on aging

artículo científico publicado en 2008

SensA: web-based sensitivity analysis of SBML models

artículo científico publicado en 2014

Short-term volume and turgor regulation in yeast

artículo científico publicado en 2008

Shutting the MAP Off - and On Again?

Sic1 plays a role in timing and oscillatory behaviour of B-type cyclins

artículo científico publicado en 2011

Signal integration in budding yeast

artículo científico publicado en 2010

Signaling pathways in context

scientific article published on 08 April 2019

Size homeostasis can be intrinsic to growing cell populations and explained without size sensing or signalling ⬇️

artículo científico publicado el 22 de octubre de 2012

Spatial modeling of the membrane-cytosolic interface in protein kinase signal transduction.

artículo científico publicado en 2018

Sperm migration in the genital tract—In silico experiments identify key factors for reproductive success

artículo científico publicado en 2021

Steady state analysis of signal response in receptor trafficking networks

artículo científico publicado en 2007

Stochastic simulation of Boolean rxncon models: towards quantitative analysis of large signaling networks

artículo científico publicado en 2015

Strengths and Weaknesses of Selected Modeling Methods Used in Systems Biology

Superoxide production by cytochrome bc1 complex: a mathematical model

artículo científico publicado en 2014

Systematic construction of kinetic models from genome-scale metabolic networks

artículo científico publicado en 2013

Systems Level Analysis of the Yeast Osmo-Stat

artículo científico publicado en 2016

Systems biology standards—the community speaks

TIde: a software for the systematic scanning of drug targets in kinetic network models

artículo científico publicado en 2009

The MYpop toolbox: Putting yeast stress responses in cellular context on single cell and population scales

artículo científico publicado en 2016

The game theory of Candida albicans colonization dynamics reveals host status-responsive gene expression

artículo científico publicado en 2016

Theoretical approaches to the evolutionary optimization of glycolysis: thermodynamic and kinetic constraints

artículo científico publicado en 1997

Time-dependent quantitative multicomponent control of the G₁-S network by the stress-activated protein kinase Hog1 upon osmostress

artículo científico publicado en 2011

Timing matters

artículo científico publicado en 2009

Towards a systems biology approach to mammalian cell cycle: modeling the entrance into S phase of quiescent fibroblasts after serum stimulation

artículo científico publicado en 2009

Transcriptional timing and noise of yeast cell cycle regulators-a single cell and single molecule approach.

artículo científico publicado en 2018

Triple-negative breast cancer: present challenges and new perspectives

artículo científico publicado en 2010

Unraveling interactions of cell cycle‐regulating proteins Sic1 and B‐type cyclins in living yeast cells: a FLIM‐FRET approach ⬇️

artículo científico publicado el 14 de octubre de 2011

Using Confocal Microscopy and Computational Modeling to Investigate the Cell-Penetrating Properties of Antimicrobial Peptides

artículo científico publicado en 2017

Viral RNA Degradation and Diffusion Act as a Bottleneck for the Influenza A Virus Infection Efficiency

artículo científico publicado en 2016

What influences DNA replication rate in budding yeast?

artículo científico publicado en 2010

Yeast mating and image-based quantification of spatial pattern formation

artículo científico publicado en 2014

Zooming in on yeast osmoadaptation

artículo científico

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