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Lista de obras de Radka Svobodová Vařeková

AlphaFind: discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB

artículo científico publicado en 2024

Anatomy of enzyme channels

artículo científico publicado en 2014

Atomic Charge Calculator II: web-based tool for the calculation of partial atomic charges

artículo científico publicado en 2020

AtomicChargeCalculator: interactive web-based calculation of atomic charges in large biomolecular complexes and drug-like molecules

artículo científico publicado en 2015

BinaryCIF and CIFTools-Lightweight, efficient and extensible macromolecular data management

artículo científico publicado en 2020

Biomacromolecular Fragments and Patterns

CATH: increased structural coverage of functional space

scientific article published on 25 November 2020

Channel Characteristics

ChannelsDB: database of biomacromolecular tunnels and pores

artículo científico publicado en 2017

Characterization via Charges

Charge profile analysis reveals that activation of pro-apoptotic regulators Bax and Bak relies on charge transfer mediated allosteric regulation

artículo científico publicado en 2012

Complete Process of Data Extraction and Analysis

Complexity and Convergence of Electrostatic and van der Waals Energies within PME and Cutoff Methods

scientific article published in 2004

Concluding Remarks

Consistency of sugar structures and their annotation in the PDB.

artículo científico publicado en 2014

Detection and Extraction of Fragments

Detection of Channels

Electronegativity Equalization Method: Parameterization and Validation for Large Sets of Organic, Organohalogene and Organometal Molecule.

artículo científico publicado en 2007

Empirical charges for chemoinformatics applications.

artículo científico publicado en 2014

Exercises Solution

Four simple recommendations to encourage best practices in research software

artículo científico publicado en 2017

High-performance macromolecular data delivery and visualization for the web

artículo científico publicado en 2020

High-performance macromolecular data delivery and visualization for the web. Corrigendum

artículo científico publicado en 2021

High-quality and universal empirical atomic charges for chemoinformatics applications

artículo científico publicado en 2015

How Does the Methodology of 3D Structure Preparation Influence the Quality of pKa Prediction?

scientific article published on 11 June 2015

How the methodology of 3D structure preparation influences the quality of QSPR models?

artículo científico publicado en 2012

Identification of potential small molecule peptidomimetics similar to motifs in proteins.

artículo científico publicado en 2007

Introduction

LiteMol suite: interactive web-based visualization of large-scale macromolecular structure data

artículo científico publicado en 2017

MOLE 2.0: advanced approach for analysis of biomacromolecular channels

artículo científico publicado en 2013

MOLEonline 2.0: interactive web-based analysis of biomacromolecular channels

artículo científico publicado en 2012

MOLEonline: a web-based tool for analyzing channels, tunnels and pores (2018 update).

artículo científico publicado en 2018

Mole 2.5 - Tool for Detection and Analysis of Macromolecular Pores and Channels

scholarly article by Karel Berka et al published February 2017 in Biophysical Journal

MotiveValidator: interactive web-based validation of ligand and residue structure in biomolecular complexes

artículo científico publicado en 2014

NEEMP: software for validation, accurate calculation and fast parameterization of EEM charges

artículo científico publicado en 2016

Outcome of the First wwPDB/CCDC/D3R Ligand Validation Workshop

artículo científico publicado en 2016

PDBsum: Structural summaries of PDB entries

artículo científico publicado en 2017

PatternQuery: web application for fast detection of biomacromolecular structural patterns in the entire Protein Data Bank

artículo científico publicado en 2015

Predicting pK(a) values of substituted phenols from atomic charges: comparison of different quantum mechanical methods and charge distribution schemes

artículo científico publicado en 2011

Predicting pKa values from EEM atomic charges

artículo científico publicado en 2013

QM quality atomic charges for proteins.

artículo científico publicado en 2014

QSPR designer – employ your own descriptors in the automated QSAR modeling process.

artículo científico publicado en 2012

Rapid calculation of accurate atomic charges for proteins via the electronegativity equalization method

artículo científico publicado en 2013

Searching for tunnels of proteins – comparison of approaches and available software tools.

artículo científico publicado en 2012

SiteBinder – an improved approach for comparing multiple protein structural motifs. Case studies on biologically important motifs.

artículo científico publicado en 2012

SiteBinder: An Improved Approach for Comparing Multiple Protein Structural Motifs

scientific database

Software news and updates electronegativity equalization method: Parameterization and validation for organic molecules using the Merz-Kollman-Singh charge distribution scheme

article

Structural Bioinformatics Databases of General Use

Structural Bioinformatics Tools for Drug Design

SugarSketcher: Quick and Intuitive Online Glycan Drawing

Tools and data services registry: a community effort to document bioinformatics resources

artículo científico publicado en 2016

Top 10 metrics for life science software good practices

artículo científico publicado en 2016

Uncovering of cytochrome P450 anatomy by SecStrAnnotator

artículo científico publicado en 2021

ValTrendsDB: bringing Protein Data Bank validation information closer to the user

scientific article published on 01 December 2019

Validation

book chapter in Structural Bioinformatics Tools for Drug Design (2016)

Validation of ligands in macromolecular structures determined by X-ray crystallography.

artículo científico publicado en 2018

ValidatorDB: database of up-to-date validation results for ligands and non-standard residues from the Protein Data Bank

artículo científico publicado en 2015

Visualization and Analysis of Protein Structures with LiteMol Suite

artículo científico publicado en 2020

Web server to identify similarity of amino acid motifs to compounds (SAAMCO).

artículo científico publicado en 2008

Worldwide Protein Data Bank validation information: usage and trends.

artículo científico publicado en 2018

siRNA selection criteria--statistical analyses of applicability and significance

scientific article published on 21 May 2007

www.rnaworkbench.com: A new program for analyzing RNA interference

artículo científico publicado en 2008

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