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Lista de obras de David Sehnal

Anatomy of enzyme channels

artículo científico publicado en 2014

AtomicChargeCalculator: interactive web-based calculation of atomic charges in large biomolecular complexes and drug-like molecules

artículo científico publicado en 2015

BinaryCIF and CIFTools-Lightweight, efficient and extensible macromolecular data management

artículo científico publicado en 2020

Biomacromolecular Fragments and Patterns

Channel Characteristics

ChannelsDB: database of biomacromolecular tunnels and pores

artículo científico publicado en 2017

Characterization via Charges

Complete Process of Data Extraction and Analysis

Concluding Remarks

Consistency of sugar structures and their annotation in the PDB.

artículo científico publicado en 2014

Detection and Extraction of Fragments

Detection of Channels

Exercises Solution

High-performance macromolecular data delivery and visualization for the web

artículo científico publicado en 2020

High-performance macromolecular data delivery and visualization for the web. Corrigendum

artículo científico publicado en 2021

Introduction

LiteMol suite: interactive web-based visualization of large-scale macromolecular structure data

artículo científico publicado en 2017

MOLE 2.0: advanced approach for analysis of biomacromolecular channels

artículo científico publicado en 2013

MOLEonline 2.0: interactive web-based analysis of biomacromolecular channels

artículo científico publicado en 2012

MOLEonline: a web-based tool for analyzing channels, tunnels and pores (2018 update).

artículo científico publicado en 2018

Method of Solving the Volume Between Triangulated Mesh Surfaces

Mole 2.5 - Tool for Detection and Analysis of Macromolecular Pores and Channels

scholarly article by Karel Berka et al published February 2017 in Biophysical Journal

MotiveValidator: interactive web-based validation of ligand and residue structure in biomolecular complexes

artículo científico publicado en 2014

PDBe: towards reusable data delivery infrastructure at protein data bank in Europe

artículo científico publicado en 2017

PatternQuery: web application for fast detection of biomacromolecular structural patterns in the entire Protein Data Bank

artículo científico publicado en 2015

Predicting pK(a) values of substituted phenols from atomic charges: comparison of different quantum mechanical methods and charge distribution schemes

artículo científico publicado en 2011

Predicting pKa values from EEM atomic charges

artículo científico publicado en 2013

QSPR designer – a program to design and evaluate QSPR models. Case study on pKa prediction.

artículo científico publicado en 2011

QSPR designer – employ your own descriptors in the automated QSAR modeling process.

artículo científico publicado en 2012

Searching for tunnels of proteins – comparison of approaches and available software tools.

artículo científico publicado en 2012

SiteBinder – an improved approach for comparing multiple protein structural motifs. Case studies on biologically important motifs.

artículo científico publicado en 2012

SiteBinder: An Improved Approach for Comparing Multiple Protein Structural Motifs

scientific database

Structural Bioinformatics Databases of General Use

Structural Bioinformatics Tools for Drug Design

The Eighth Central European Conference "Chemistry towards Biology": Snapshot

artículo científico publicado en 2016

Validation

book chapter in Structural Bioinformatics Tools for Drug Design (2016)

ValidatorDB: database of up-to-date validation results for ligands and non-standard residues from the Protein Data Bank

artículo científico publicado en 2015

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