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Lista de obras de Maria-Jesus Martin

A GO catalogue of human DNA-binding transcription factors

artículo científico publicado en 2020

A RT-PCR assay for the differential diagnosis of vesicular viral diseases of swine

artículo científico publicado en 1998

A method for determining the position and size of optimal sequence regions for phylogenetic analysis.

artículo científico publicado en 1995

A procedure for detecting selection in highly variable viral genomes: evidence of positive selection in antigenic regions of capsid protein VP1 of foot-and-mouth disease virus.

artículo científico publicado en 1998

Advances and Applications in the Quest for Orthologs

scientific article published on 01 October 2019

An expanded evaluation of protein function prediction methods shows an improvement in accuracy ⬇️

artículo científico publicado en 2016

An update on the Enzyme Portal: an integrative approach for exploring enzyme knowledge

artículo científico publicado en 2017

Analysis of the protein domain and domain architecture content in fungi and its application in the search of new antifungal targets

artículo científico publicado en 2014

Analysis of the tryptic search space in UniProt databases.

artículo científico publicado en 2014

Annotation of biologically relevant ligands in UniProtKB using ChEBI

artículo científico publicado en 2022

AntiFam: a tool to help identify spurious ORFs in protein annotation

artículo científico publicado en 2012

Big data and other challenges in the quest for orthologs

artículo científico publicado en 2014

BioJS-HGV Viewer: Genetic Variation Visualizer

CROssBAR: Comprehensive Resource of Biomedical Relations with Deep Learning Applications and Knowledge Graph Representations

artículo científico publicado en 2020

CROssBAR: comprehensive resource of biomedical relations with knowledge graph representations

artículo científico publicado en 2021

Comparing bacterial genomes through conservation profiles.

artículo científico publicado en 2003

Computational Strategies to Combat COVID-19: Useful Tools to Accelerate SARS-CoV-2 and Coronavirus Research

artículo científico publicado en 2020

Computational strategies to combat COVID-19: useful tools to accelerate SARS-CoV-2 and coronavirus research

artículo científico publicado en 2021

Consequences of the discontinuation of the International Protein Index (IPI) database and its substitution by the UniProtKB "complete proteome" sets.

artículo científico

DEEPScreen: High Performance Drug-Target Interaction Prediction with Convolutional Neural Networks Using 2-D Structural Compound Representations

artículo científico publicado en 2018

DEEPScreen: high performance drug-target interaction prediction with convolutional neural networks using 2-D structural compound representations

scientific article published on 08 January 2020

DEEPred: Automated Protein Function Prediction with Multi-task Feed-forward Deep Neural Networks

artículo científico publicado en 2019

Dasty3, a WEB framework for DAS.

artículo científico

Design, Implementation and Updating of Knowledge Bases

ECPred: a tool for the prediction of the enzymatic functions of protein sequences based on the EC nomenclature

scholarly article by Alperen Dalkiran published in September 2018

Effect of Sequence Padding on the Performance of Protein-Based Deep Learning Models

artículo científico publicado en 2020

Effect of sequence padding on the performance of deep learning models in archaeal protein functional prediction

artículo científico publicado en 2020

Expanding the horizons of microRNA bioinformatics

artículo científico publicado en 2018

FAIR adoption, assessment and challenges at UniProt

artículo científico publicado en 2019

FeatureViewer, a BioJS component for visualization of position-based annotations in protein sequences

artículo científico publicado en 2014

From data repositories to submission portals: rethinking the role of domain-specific databases in CollecTF

artículo científico publicado en 2016

Gene Ontology Consortium: going forward

artículo científico publicado en 2015

Gene Ontology Curation of Neuroinflammation Biology Improves the Interpretation of Alzheimer's Disease Gene Expression Data

artículo científico publicado en 2020

GlyGen data model and processing workflow

scientific article published on 23 April 2020

GlyGen: Computational and Informatics Resources for Glycoscience

artículo científico publicado en 2020

High-quality protein knowledge resource: SWISS-PROT and TrEMBL.

artículo científico publicado en 2002

Identification of optimal regions for phylogenetic studies on VP1 gene of foot-and-mouth disease virus: analysis of types A and O Argentinean viruses

artículo científico publicado en 2001

Identifiers for the 21st century: How to design, provision, and reuse persistent identifiers to maximize utility and impact of life science data

artículo científico publicado en 2017

Identifiers for the 21st century: How to design, provision, and reuse persistent identifiers to maximize utility and impact of life science data

artículo científico publicado en 2017

Improved selection of canonical proteins for reference proteomes

artículo científico publicado en 2024

Improving the Gene Ontology Resource to Facilitate More Informative Analysis and Interpretation of Alzheimer’s Disease Data

article

Infrastructure for the life sciences: design and implementation of the UniProt website

artículo científico publicado en 2009

Large-scale automated function prediction of protein sequences and an experimental case study validation on PTEN transcript variants.

artículo científico publicado en 2017

MDeePred: Novel Multi-Channel protein featurization for deep learning based binding affinity prediction in drug discovery

artículo científico publicado en 2020

Managing core resources for genomics and proteomics

artículo científico publicado en 2003

Minimizing proteome redundancy in the UniProt Knowledgebase

artículo científico publicado en 2016

Molecular disease presentation in diabetic nephropathy.

artículo científico

Molecular epidemiology of HIV-1 in Madrid.

artículo científico publicado en 1994

MyDas, an extensible Java DAS server

artículo científico publicado en 2012

Netamines A–G: seven new tricyclic guanidine alkaloids from the marine sponge Biemna laboutei

Ongoing and future developments at the Universal Protein Resource

artículo científico publicado en 2011

Open Targets: a platform for therapeutic target identification and validation

artículo científico publicado en 2016

Perspectives on tracking data reuse across biodata resources

Prediction of Metabolic Pathway Involvement in Prokaryotic UniProtKB Data by Association Rule Mining

artículo científico publicado en 2016

Primary genetic characterization of HIV-1 isolates from WHO-sponsored vaccine evaluation sites by the RNase-A mismatch method.

artículo científico publicado en 1995

ProForma: A Standard Proteoform Notation.

artículo científico publicado en 2018

Profiling the Human Phosphoproteome to Estimate the True Extent of Protein Phosphorylation

scientific article published on 09 May 2022

ProtVista: visualization of protein sequence annotations

artículo científico publicado en 2017

Protein Sequence Databases

Protein domain-based prediction of drug/compound-target interactions and experimental validation on LIM kinases

artículo científico publicado en 2021

Protein sequence annotation in the genome era: the annotation concept of SWISS-PROT+TREMBL.

artículo científico publicado en 1997

Protein sequence database methods.

artículo científico publicado en 2004

Recent advances in biocuration: meeting report from the Fifth International Biocuration Conference

artículo científico publicado en 2012

Recent applications of deep learning and machine intelligence on in silico drug discovery: methods, tools and databases

artículo científico publicado en 2019

Removing redundancy in SWISS-PROT and TrEMBL.

artículo científico publicado en 1999

Reorganizing the protein space at the Universal Protein Resource (UniProt)

artículo científico publicado en 2012

Rule Mining Techniques to Predict Prokaryotic Metabolic Pathways.

artículo científico

SIFTS: Structure Integration with Function, Taxonomy and Sequences resource

artículo científico publicado en 2013

SIFTS: updated Structure Integration with Function, Taxonomy and Sequences resource allows 40-fold increase in coverage of structure-based annotations for proteins

artículo científico publicado en 2019

Searching and Navigating UniProt Databases

artículo científico publicado en 2015

Searching and Navigating UniProt Databases

artículo científico publicado en 2023

Sequence analysis of HIV-1 vif gene in Spanish isolates.

artículo científico publicado en 1995

Standardized benchmarking in the quest for orthologs

artículo científico publicado en 2016

Ten Years of Collaborative Progress in the Quest for Orthologs

artículo científico publicado en 2021

The CAFA challenge reports improved protein function prediction and new functional annotations for hundreds of genes through experimental screens

scientific article published on 19 November 2019

The COMBREX project: design, methodology, and initial results

artículo científico publicado en 2013

The EBI RDF platform: linked open data for the life sciences

artículo científico publicado en 2014

The European Bioinformatics Institute's data resources.

artículo científico publicado en 2003

The GOA database: gene Ontology annotation updates for 2015

artículo científico publicado en 2014

The Gene Ontology knowledgebase in 2023

scientific article published in 2023

The IntAct database: efficient access to fine-grained molecular interaction data

artículo científico publicado en 2021

The Proteins API: accessing key integrated protein and genome information

artículo científico publicado en 2017

The Quest for Orthologs benchmark service and consensus calls in 2020

scientific article published on 06 May 2020

The SWISS-PROT protein knowledgebase and its supplement TrEMBL in 2003

artículo científico publicado en 2003

The UniProt-GO Annotation database in 2011.

artículo científico publicado en 2011

The Universal Protein Resource (UniProt)

artículo científico publicado en 2005

The Universal Protein Resource (UniProt): an expanding universe of protein information

artículo científico publicado en 2006

The cardiovascular gene annotation initiative: Impact on data analysis

artículo científico publicado en 2015

The effects of pathogenic and likely pathogenic variants for inherited hemostasis disorders in 140 214 UK Biobank participants

The impact of focused Gene Ontology curation of specific mammalian systems

artículo científico publicado en 2011

The role SWISS-PROT and TrEMBL play in the genome research environment.

artículo científico publicado en 2000

Understanding how and why the Gene Ontology and its annotations evolve: the GO within UniProt.

artículo científico publicado en 2014

UniProt Genomic Mapping for Deciphering Functional Effects of Missense Variants

UniProt Protein Knowledgebase

artículo científico publicado en 2017

UniProt Tools

artículo científico publicado en 2016

UniProt and Mass Spectrometry-Based Proteomics—A 2-Way Working Relationship

artículo científico publicado en 2023

UniProt and Mass Spectrometry-Based Proteomics—A 2-Way Working Relationship

artículo científico publicado en 2023

UniProt genomic mapping for deciphering functional effects of missense variants.

artículo científico publicado en 2019

UniProt-DAAC: domain architecture alignment and classification, a new method for automatic functional annotation in UniProtKB

artículo científico

UniProt: the Universal Protein Knowledgebase in 2023

artículo científico publicado en 2022

UniProt: the Universal Protein knowledgebase

artículo científico publicado en 2004

UniProtJAPI: a remote API for accessing UniProt data

artículo científico publicado en 2008

UniRule: a unified rule resource for automatic annotation in the UniProt Knowledgebase

artículo científico publicado en 2020

UniRule: a unified rule resource for automatic annotation in the UniProt Knowledgebase

artículo científico publicado en 2020

Uniclust databases of clustered and deeply annotated protein sequences and alignments.

artículo científico publicado en 2016

Use of Gene Ontology Annotation to understand the peroxisome proteome in humans

artículo científico publicado en 2013

Using the Gene Ontology to Annotate Key Players in Parkinson's Disease

artículo científico publicado en 2016

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