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Lista de obras de Dmitry A Rodionov

16S rRNA gene profiling and genome reconstruction reveal community metabolic interactions and prebiotic potential of medicinal herbs used in neurodegenerative disease and as nootropics

article

A eubacterial riboswitch class that senses the coenzyme tetrahydrofolate

artículo científico publicado en 2010

A novel class of modular transporters for vitamins in prokaryotes.

artículo científico publicado en 2008

A sparse covarying unit that describes healthy and impaired human gut microbiota development

scientific article published on 01 July 2019

A subset of the diverse COG0523 family of putative metal chaperones is linked to zinc homeostasis in all kingdoms of life

artículo científico publicado en 2009

B Vitamins and Their Role in Immune Regulation and Cancer

scientific article published on 04 November 2020

Biotin uptake in prokaryotes by solute transporters with an optional ATP-binding cassette-containing module.

artículo científico publicado en 2007

Canonical and ECF-type ATP-binding cassette importers in prokaryotes: diversity in modular organization and cellular functions.

artículo científico publicado en 2011

Comparative approach to analysis of regulation in complete genomes: multidrug resistance systems in gamma-proteobacteria.

artículo científico publicado en 2001

Comparative genomic analyses of nickel, cobalt and vitamin B12 utilization

artículo científico publicado en 2009

Comparative genomic analysis of the hexuronate metabolism genes and their regulation in gammaproteobacteria.

artículo científico publicado en 2011

Comparative genomic reconstruction of transcriptional networks controlling central metabolism in the Shewanella genus

artículo científico publicado en 2011

Comparative genomic reconstruction of transcriptional regulatory networks in bacteria

artículo científico publicado en 2007

Comparative genomics and experimental characterization of N-acetylglucosamine utilization pathway of Shewanella oneidensis

artículo científico publicado en 2006

Comparative genomics and functional analysis of rhamnose catabolic pathways and regulons in bacteria.

artículo científico publicado en 2013

Comparative genomics and functional analysis of the NiaP family uncover nicotinate transporters from bacteria, plants, and mammals

article

Comparative genomics of metabolic capacities of regulons controlled by cis-regulatory RNA motifs in bacteria

artículo científico publicado en 2013

Comparative genomics of regulation of fatty acid and branched-chain amino acid utilization in proteobacteria.

artículo científico publicado en 2008

Comparative genomics of the KdgR regulon in Erwinia chrysanthemi 3937 and other gamma-proteobacteria.

artículo científico publicado en 2004

Comparative genomics of the methionine metabolism in Gram-positive bacteria: a variety of regulatory systems.

artículo científico publicado en 2004

Comparative genomics of the vitamin B12 metabolism and regulation in prokaryotes.

artículo científico publicado en 2003

Computational analysis of riboswitch-based regulation

artículo científico publicado en 2014

Computational identification of BioR, a transcriptional regulator of biotin metabolism in Alphaproteobacteria, and of its binding signal.

artículo científico publicado en 2006

Computational reconstruction of iron- and manganese-responsive transcriptional networks in alpha-proteobacteria

artículo científico publicado en 2006

Conservation of the biotin regulon and the BirA regulatory signal in Eubacteria and Archaea.

artículo científico publicado en 2002

Control of methionine metabolism by the SahR transcriptional regulator in Proteobacteria

artículo científico publicado en 2013

Control of proteobacterial central carbon metabolism by the HexR transcriptional regulator: a case study in Shewanella oneidensis.

artículo científico publicado en 2011

Crystal structure of TM1030 from Thermotoga maritima at 2.3 A resolution reveals molecular details of its transcription repressor function

artículo científico publicado en 2007

Definition of a consensus DNA-binding site for PecS, a global regulator of virulence gene expression in Erwinia chrysanthemi and identification of new members of the PecS regulon.

artículo científico publicado en 2004

Dissimilatory metabolism of nitrogen oxides in bacteria: comparative reconstruction of transcriptional networks

artículo científico publicado en 2005

Diversity and versatility of the Thermotoga maritima sugar kinome

artículo científico publicado en 2012

Effects of microbiota-directed foods in gnotobiotic animals and undernourished children

scientific article published on 01 July 2019

Engineering transcription factors with novel DNA-binding specificity using comparative genomics

artículo científico publicado en 2009

Evolution of regulatory motifs of bacterial transcription factors.

artículo científico publicado en 2010

Functional diversification of ROK-family transcriptional regulators of sugar catabolism in the Thermotogae phylum.

artículo científico publicado en 2012

Genomic encyclopedia of sugar utilization pathways in the Shewanella genus

artículo científico publicado en 2010

Genomic identification and in vitro reconstitution of a complete biosynthetic pathway for the osmolyte di-myo-inositol-phosphate.

artículo científico publicado en 2007

Genomic reconstruction of Shewanella oneidensis MR-1 metabolism reveals a previously uncharacterized machinery for lactate utilization

scholarly article

Genomic reconstruction of the transcriptional regulatory network in Bacillus subtilis

artículo científico publicado en 2013

Genomic reconstruction of transcriptional regulatory networks in lactic acid bacteria.

artículo científico publicado en 2013

Global transcriptional control by glucose and carbon regulator CcpA in Clostridium difficile ⬇️

artículo científico publicado el 18 de septiembre de 2012

Glycerate 2-kinase of Thermotoga maritima and genomic reconstruction of related metabolic pathways

scientific journal article

Identification of a bacterial regulatory system for ribonucleotide reductases by phylogenetic profiling.

artículo científico publicado en 2005

Identification of nicotinamide mononucleotide deamidase of the bacterial pyridine nucleotide cycle reveals a novel broadly conserved amidohydrolase family

artículo científico publicado en 2011

Inference of the Transcriptional Regulatory Network in Staphylococcus aureus by Integration of Experimental and Genomics-Based Evidence ⬇️

artículo científico publicado el 29 de abril de 2011

IscR-dependent gene expression links iron-sulphur cluster assembly to the control of O2-regulated genes in Escherichia coli.

artículo científico publicado en 2006

Negative transcriptional control of biotin metabolism genes by the TetR-type regulator BioQ in biotin-auxotrophic Corynebacterium glutamicum ATCC 13032.

artículo científico publicado en 2011

New family of tungstate-responsive transcriptional regulators in sulfate-reducing bacteria

artículo científico publicado en 2013

Nicotinamide mononucleotide synthetase is the key enzyme for an alternative route of NAD biosynthesis in Francisella tularensis

artículo científico publicado en 2009

Novel inositol catabolic pathway in Thermotoga maritima.

artículo científico publicado en 2013

Phenylacetic acid catabolism and its transcriptional regulation in Corynebacterium glutamicum

artículo científico publicado en 2012

Polysaccharides utilization in human gut bacterium Bacteroides thetaiotaomicron: comparative genomics reconstruction of metabolic and regulatory networks

artículo científico publicado en 2013

Reconstruction of regulatory and metabolic pathways in metal-reducing delta-proteobacteria

artículo científico publicado en 2004

Reconstruction of xylose utilization pathway and regulons in Firmicutes

artículo científico publicado en 2010

RegPrecise 3.0 – A resource for genome-scale exploration of transcriptional regulation in bacteria

artículo científico publicado en 2013

RegPrecise: a database of curated genomic inferences of transcriptional regulatory interactions in prokaryotes

artículo científico publicado en 2009

RegTransBase--a database of regulatory sequences and interactions based on literature: a resource for investigating transcriptional regulation in prokaryotes

artículo científico publicado en 2013

Regulation of riboflavin biosynthesis and transport genes in bacteria by transcriptional and translational attenuation

artículo científico publicado en 2002

Regulation of the vitamin B12 metabolism and transport in bacteria by a conserved RNA structural element

artículo científico publicado en 2003

Riboswitches: the oldest mechanism for the regulation of gene expression?

artículo científico publicado en 2004

Ribulokinase and Transcriptional Regulation of Arabinose Metabolism in Clostridium acetobutylicum ⬇️

artículo científico publicado el 22 de diciembre de 2011

Structure and Function of an ADP-Ribose-Dependent Transcriptional Regulator of NAD Metabolism

artículo científico publicado en 2009

The COMBREX project: design, methodology, and initial results

artículo científico publicado en 2013

The National Microbial Pathogen Database Resource (NMPDR): a genomics platform based on subsystem annotation

artículo científico publicado en 2006

The Rhizobium leguminosarum regulator IrrA affects the transcription of a wide range of genes in response to Fe availability

artículo científico publicado en 2006

The Zur regulon of Corynebacterium glutamicum ATCC 13032.

artículo científico publicado en 2010

The effects of micronutrient deficiencies on bacterial species from the human gut microbiota.

artículo científico publicado en 2017

The subsystems approach to genome annotation and its use in the project to annotate 1000 genomes

artículo científico publicado en 2005

Towards environmental systems biology of Shewanella

artículo científico publicado en 2008

Transcription factor family-based reconstruction of singleton regulons and study of the Crp/Fnr, ArsR, and GntR families in Desulfovibrionales genomes

artículo científico publicado en 2012

Transcriptional regulation of NAD metabolism in bacteria: NrtR family of Nudix-related regulators.

artículo científico publicado en 2008

Transcriptional regulation of NAD metabolism in bacteria: genomic reconstruction of NiaR (YrxA) regulon.

artículo científico publicado en 2008

Transcriptional regulation of central carbon and energy metabolism in bacteria by redox-responsive repressor Rex

artículo científico publicado en 2011

Transcriptional regulation of pentose utilisation systems in the Bacillus/Clostridium group of bacteria

artículo científico publicado en 2001

Transcriptional regulation of the carbohydrate utilization network in Thermotoga maritima

artículo científico publicado en 2013

Zinc-Independent Folate Biosynthesis: Genetic, Biochemical, and Structural Investigations Reveal New Metal Dependence for GTP Cyclohydrolase IB

artículo científico publicado en 2009

[Computer analysis of regulatory signals in bacterial genomes. Fnr binding segments]

artículo científico publicado en 2001

[Regulation of nitrogen metabolism in gram-positive bacteria]

artículo científico publicado en 2006

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