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Lista de obras de Lennart Martens

"4D Biology for health and disease" workshop report

artículo científico

5th HUPO BPP Bioinformatics Meeting at the European Bioinformatics Institute in Hinxton, UK--Setting the analysis frame

artículo científico publicado en 2005

6th HUPO Annual World Congress - Proteomics Standards Initiative Workshop 6-10 October 2007, Seoul, Korea

artículo científico publicado en 2008

A Golden Age for Working with Public Proteomics Data

artículo científico publicado en 2017

A Pipeline for Differential Proteomics in Unsequenced Species

artículo científico publicado en 2016

A case study on the comparison of different software tools for automated quantification of peptides

artículo científico publicado en 2011

A comparison of MS2-based label-free quantitative proteomic techniques with regards to accuracy and precision

artículo científico publicado en 2011

A comparison of collision cross section values obtained via travelling wave ion mobility-mass spectrometry and ultra high performance liquid chromatography-ion mobility-mass spectrometry: Application to the characterisation of metabolites in rat uri

artículo científico publicado en 2019

A comparison of the HUPO Brain Proteome Project pilot with other proteomics studies

artículo científico publicado en 2006

A complex standard for protein identification, designed by evolution.

artículo científico publicado en 2012

A comprehensive LFQ benchmark dataset on modern day acquisition strategies in proteomics

publication published on 30 March 2022

A decoy-free approach to the identification of peptides

artículo científico publicado en 2015

A global analysis of peptide fragmentation variability

artículo científico publicado en 2011

A guide to the Proteomics Identifications Database proteomics data repository

artículo científico publicado en 2009

A la carte proteomics with an emphasis on gel-free techniques

artículo científico publicado en 2007

A new functional, chemical proteomics technology to identify purine nucleotide binding sites in complex proteomes

artículo científico publicado en 2006

A posteriori quality control for the curation and reuse of public proteomics data

artículo científico publicado en 2011

A report on the ESF workshop on quality control in proteomics

artículo científico publicado en 2010

A reproducibility-based evaluation procedure for quantifying the differences between MS/MS peak intensity normalization methods

artículo científico publicado en 2011

About dice, bouldering, and team empowerment: running the CompOmics group at VIB and Ghent University, Belgium

artículo científico publicado en 2013

Accurate peptide fragmentation predictions allow data driven approaches to replace and improve upon proteomics search engine scoring functions

Algorithms and databases

artículo científico publicado en 2009

An end-to-end software solution for the analysis of high-throughput single-cell migration data

artículo científico publicado en 2017

An extra dimension in protein tagging by quantifying universal proteotypic peptides using targeted proteomics

artículo científico publicado en 2016

An improved toolbox to unravel the plant cellular machinery by tandem affinity purification of Arabidopsis protein complexes

artículo científico publicado en 2014

An open data ecosystem for cell migration research

artículo científico publicado en 2014

Analysis of Invasion Dynamics of Matrix-Embedded Cells in a Multisample Format

artículo científico publicado en 2018

Analysis of the experimental detection of central nervous system-related genes in human brain and cerebrospinal fluid datasets

article

Analysis of the resolution limitations of peptide identification algorithms

artículo científico publicado en 2011

Analyzing large-scale proteomics projects with latent semantic indexing

artículo científico publicado en 2007

Anatomy and evolution of database search engines-a central component of mass spectrometry based proteomic workflows

artículo científico publicado en 2017

Annotating the human proteome: beyond establishing a parts list

artículo científico publicado en 2006

Ariadne's Thread: A Robust Software Solution Leading to Automated Absolute and Relative Quantification of SRM Data

artículo científico publicado en 2015

Asn3, a reliable, robust, and universal lock mass for improved accuracy in LC-MS and LC-MS/MS.

artículo científico publicado en 2013

Automated reprocessing pipeline for searching heterogeneous mass spectrometric data of the HUPO Brain Proteome Project pilot phase

artículo científico publicado en 2006

Bcl-2 and IP3 compete for the ligand-binding domain of IP3Rs modulating Ca2+ signaling output

scientific article published on 16 April 2019

Bioinformatics Challenges in Mass Spectrometry-Driven Proteomics ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2011

Bioinformatics analysis of a Saccharomyces cerevisiae N-terminal proteome provides evidence of alternative translation initiation and post-translational N-terminal acetylation

artículo científico publicado en 2011

Bioinformatics challenges in the proteomic analysis of human plasma

artículo científico publicado en 2011

Bringing proteomics into the clinic: The need for the field to finally take itself seriously ⬇️

artículo científico publicado el 1 de junio de 2013

Caspase-specific and nonspecific in vivo protein processing during Fas-induced apoptosis

artículo científico publicado en 2005

CellMissy: a tool for management, storage and analysis of cell migration data produced in wound healing-like assays

artículo científico publicado en 2013

Cell_motility: a cross-platform, open source application for the study of cell motion paths

artículo científico publicado en 2006

Challenges and promise at the interface of metaproteomics and genomics: an overview of recent progress in metaproteogenomic data analysis

artículo científico publicado en 2019

Charting online OMICS resources: A navigational chart for clinical researchers.

artículo científico publicado en 2008

Chromatographic isolation of methionine-containing peptides for gel-free proteome analysis: identification of more than 800 Escherichia coli proteins

artículo científico publicado en 2002

Chromatographic retention time prediction for posttranslationally modified peptides

artículo científico publicado en 2012

Combining quantitative proteomics data processing workflows for greater sensitivity

artículo científico publicado en 2011

Comprehensive and Empirical Evaluation of Machine Learning Algorithms for Small Molecule LC Retention Time Prediction

artículo científico publicado en 2019

Comprehensive and empirical evaluation of machine learning algorithms for LC retention time prediction

scholarly article published 2 February 2018

Computational proteomics pitfalls and challenges: HavanaBioinfo 2012 workshop report.

artículo científico publicado en 2013

Computational quality control tools for mass spectrometry proteomics

artículo científico publicado en 2016

Critical Assessment of MetaProteome Investigation (CAMPI): a multi-laboratory comparison of established workflows

artículo científico publicado en 2021

Cross-linked peptide identification: A computational forest of algorithms

artículo científico publicado en 2018

Crowdsourcing in proteomics: public resources lead to better experiments

artículo científico publicado en 2013

Current methods for global proteome identification

artículo científico publicado en 2012

D-score: a search engine independent MD-score.

artículo científico publicado en 2013

DBToolkit: processing protein databases for peptide-centric proteomics

artículo científico publicado en 2005

Data Management in Mass Spectrometry-Based Proteomics ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2011

Data Management of Sensitive Human Proteomics Data: Current Practices, Recommendations, and Perspectives for the Future

artículo científico publicado en 2021

Data management and preliminary data analysis in the pilot phase of the HUPO Plasma Proteome Project

artículo científico publicado en 2005

Data management and preliminary data analysis in the pilot phase of the HUPO Plasma Proteome Project

Data standards and controlled vocabularies for proteomics

artículo científico publicado en 2008

Data-Driven Rescoring of Metabolite Annotations Significantly Improves Sensitivity

scholarly article by Ana S. C. Silva et al published 2 October 2018 in Analytical Chemistry

Database Search Engines: Paradigms, Challenges and Solutions

artículo científico publicado en 2016

Database on Demand - an online tool for the custom generation of FASTA-formatted sequence databases

artículo científico publicado en 2009

DeNovoGUI: an open source graphical user interface for de novo sequencing of tandem mass spectra.

artículo científico publicado en 2014

Delsa Workshop IV: Launching the Quantified Human Initiative

artículo científico publicado en 2013

Designing biomedical proteomics experiments: state-of-the-art and future perspectives

artículo científico publicado en 2016

Diagonal reverse-phase chromatography applications in peptide-centric proteomics: ahead of catalogue-omics?

artículo científico publicado en 2005

Differences in antigenic sites and other functional regions between genotype A and G mumps virus surface proteins

scientific article published in Scientific Reports

Distributed computing and data storage in proteomics: many hands make light work, and a stronger memory

artículo científico publicado en 2013

Do we want our data raw? Including binary mass spectrometry data in public proteomics data repositories

artículo científico publicado en 2005

Do we want our data raw? Including binary mass spectrometry data in public proteomics data repositories

Do you speak open science? Resources and tips to learn the language

Do you speak open science? Resources and tips to learn the language

Enabling computational proteomics by public and local data management systems

artículo científico publicado en 2012

Erratum: ms_lims, a simple yet powerful open source laboratory information management system for MS-driven proteomics

scholarly article published in Proteomics

Exploring proteomes and analyzing protein processing by mass spectrometric identification of sorted N-terminal peptides

artículo científico publicado en 2003

Exploring the potential of public proteomics data

artículo científico publicado en 2016

Four stage liquid chromatographic selection of methionyl peptides for peptide-centric proteome analysis: the proteome of human multipotent adult progenitor cells

artículo científico publicado en 2006

FragmentationAnalyzer: an open-source tool to analyze MS/MS fragmentation data

artículo científico publicado en 2010

Functional annotation of proteins identified in human brain during the HUPO Brain Proteome Project pilot study

artículo científico publicado en 2006

Generalized Calibration Across Liquid Chromatography Setups for Generic Prediction of Small-Molecule Retention Times

scientific article published on 13 April 2020

Getting a grip on proteomics data - Proteomics Data Collection (ProDaC).

artículo científico publicado en 2009

Getting intimate with trypsin, the leading protease in proteomics

artículo científico

Global differential non-gel proteomics by quantitative and stable labeling of tryptic peptides with oxygen-18.

artículo científico publicado en 2004

Global phosphoproteome analysis on human HepG2 hepatocytes using reversed-phase diagonal LC

artículo científico publicado en 2005

HUPO Brain Proteome Project: summary of the pilot phase and introduction of a comprehensive data reprocessing strategy

artículo científico publicado en 2006

High Performance Proteomics: 7th HUPO Brain Proteome Project Workshop March 7-9, 2007 Wellcome Trust Conference Centre, Hinxton, UK.

artículo científico publicado en 2007

Human Proteinpedia enables sharing of human protein data

artículo científico publicado en 2008

Human Proteome Organization Proteomics Standards Initiative: data standardization, a view on developments and policy

artículo científico publicado en 2007

Human Proteome Project Mass Spectrometry Data Interpretation Guidelines 2.1.

artículo científico publicado en 2016

Implementation and application of a versatile clustering tool for tandem mass spectrometry data

artículo científico publicado en 2007

Improved visualization of protein consensus sequences by iceLogo

scholarly article by Niklaas Colaert et al published November 2009 in Nature Methods

Improving the reliability and throughput of mass spectrometry-based proteomics by spectrum quality filtering

artículo científico publicado en 2006

Integral Quantification Accuracy Estimation for Reporter Ion-based Quantitative Proteomics (iQuARI)

artículo científico publicado en 2012

Introduction to opportunities and pitfalls in functional mass spectrometry based proteomics

artículo científico publicado en 2013

JSparklines: making tabular proteomics data come alive

artículo científico publicado en 2015

LNCipedia 5: towards a reference set of human long non-coding RNAs

LNCipedia: a database for annotated human lncRNA transcript sequences and structures

artículo científico publicado en 2013

Large-scale identification of N-terminal peptides in the halophilic archaea Halobacterium salinarum and Natronomonas pharaonis

artículo científico publicado en 2007

Limited Proteolysis Combined with Stable Isotope Labeling Reveals Conformational Changes in Protein (Pseudo)kinases upon Binding Small Molecules.

artículo científico publicado en 2015

MAPPI-DAT: data management and analysis for protein-protein interaction data from the high-throughput MAPPIT cell microarray platform

artículo científico publicado en 2017

MPA Portable: A Stand-Alone Software Package for Analyzing Metaproteome Samples on the Go.

artículo científico publicado en 2017

MS2PIP prediction server: compute and visualize MS2 peak intensity predictions for CID and HCD fragmentation

artículo científico publicado en 2015

MS2PIP: a tool for MS/MS peak intensity prediction

artículo científico publicado en 2013

MS2Rescore: Data-Driven Rescoring Dramatically Boosts Immunopeptide Identification Rates

artículo científico publicado en 2022

MSqRob takes the missing hurdle: uniting intensity- and count-based proteomics

scientific article published on 31 March 2020

Machine learning applications in proteomics research: how the past can boost the future

artículo científico publicado en 2014

Managing expectations when publishing tools and methods for computational proteomics

artículo científico

MascotDatfile: an open-source library to fully parse and analyse MASCOT MS/MS search results

artículo científico publicado en 2007

Mass spectrometrists should search for all peptides, but assess only the ones they care about

artículo científico publicado en 2017

Mass spectrometrists should search for all peptides, but assess only the ones they care about

scholarly article published 17 February 2017

Mass spectrometry-driven proteomics: an introduction

artículo científico publicado en 2011

Massively parallel interrogation of protein fragment secretability using SECRiFY reveals features influencing secretory system transit

artículo científico publicado en 2021

Metaproteomic data analysis at a glance: advances in computational microbial community proteomics

artículo científico publicado en 2016

N-terminal Proteomics Assisted Profiling of the Unexplored Translation Initiation Landscape in Arabidopsis thaliana

artículo científico publicado en 2017

Noncoding after All: Biases in Proteomics Data Do Not Explain Observed Absence of lncRNA Translation Products

artículo científico publicado en 2017

OLS dialog: an open-source front end to the ontology lookup service

artículo científico publicado en 2010

OMSSA Parser: an open-source library to parse and extract data from OMSSA MS/MS search results

artículo científico publicado en 2009

OMSSAGUI: An open-source user interface component to configure and run the OMSSA search engine

artículo científico publicado en 2008

Open-Source, Platform-Independent Library and Online Scripting Environment for Accessing Thermo Scientific RAW Files

artículo científico publicado en 2015

PRIDE Converter: making proteomics data-sharing easy

artículo científico publicado en 2009

PRIDE Inspector: a tool to visualize and validate MS proteomics data

artículo científico publicado en 2012

PRIDE and "Database on Demand" as valuable tools for computational proteomics

artículo científico publicado en 2011

PRIDE: Data submission and analysis

artículo científico publicado en 2010

PRIDE: a public repository of protein and peptide identifications for the proteomics community

artículo científico publicado en 2006

PRIDE: new developments and new datasets

artículo científico publicado en 2008

PRIDE: the proteomics identifications database

artículo científico publicado en 2005

PepShell: visualization of conformational proteomics data.

artículo científico publicado en 2015

Peptide and protein quantification: a map of the minefield.

scientific article published on February 2010

Peptide identification quality control

scientific article published on 18 April 2011

Peptizer, a tool for assessing false positive peptide identifications and manually validating selected results

artículo científico publicado en 2008

Predicting tryptic cleavage from proteomics data using decision tree ensembles

artículo científico publicado en 2013

Pride-asap: automatic fragment ion annotation of identified PRIDE spectra

artículo científico publicado en 2013

Protein complex analysis: From raw protein lists to protein interaction networks

artículo científico

Protein structure as a means to triage proposed PTM sites

artículo científico publicado en 2013

ProteoCloud: a full-featured open source proteomics cloud computing pipeline.

artículo científico publicado en 2013

Proteome-derived peptide libraries to study the substrate specificity profiles of carboxypeptidases.

artículo científico publicado en 2013

Proteome-scale Binary Interactomics in Human Cells

artículo científico publicado en 2016

Proteome-wide characterization of N-glycosylation events by diagonal chromatography

artículo científico publicado en 2006

ProteomeXchange provides globally coordinated proteomics data submission and dissemination

artículo científico publicado en 2014

Proteomics Data Collection - 2nd ProDaC Workshop 5 October 2007, Seoul, Korea

artículo científico publicado en 2008

Proteomics Data Collection - 3rd ProDaC workshop April 22nd 2008, Toledo, Spain

artículo científico publicado en 2008

Proteomics Data Collection - 5th ProDaC Workshop: 4 March 2009, Kolympari, Crete, Greece.

artículo científico publicado en 2009

Proteomics Data Collection – The 1st ProDaC workshop 26 April 2007 Ecole Normale Supérieur, Lyon, France

article

Proteomics data collection--4th ProDaC workshop 15 August 2008, Amsterdam, The Netherlands

artículo científico publicado en 2009

Proteomics data repositories: providing a safe haven for your data and acting as a springboard for further research

artículo científico publicado en 2010

Proteomics data validation: why all must provide data

artículo científico publicado en 2007

Proteomics databases and repositories

artículo científico

Proteomics for everyday use: activities of the HUPO Brain Proteome Project during the 5th HUPO World Congress

artículo científico publicado en 2007

Quality Control in Proteomics ⬇️

artículo científico publicado el 1 de marzo de 2011

Quality control in mass spectrometry-based proteomics

artículo científico publicado en 2017

RIBAR and xRIBAR: Methods for reproducible relative MS/MS-based label-free protein quantification

artículo científico publicado en 2011

Reproducibility: In praise of open research measures

artículo científico publicado en 2013

Resilience in the proteomics data ecosystem: How the field cares for its data ⬇️

artículo científico publicado el 1 de mayo de 2013

Resolution of protein structure by mass spectrometry.

artículo científico publicado en 2014

Reversible labeling of cysteine-containing peptides allows their specific chromatographic isolation for non-gel proteome studies

artículo científico publicado en 2004

SFINX: Straightforward Filtering Index for Affinity Purification-Mass Spectrometry Data Analysis

artículo científico publicado en 2015

SQANTI: extensive characterization of long-read transcript sequences for quality control in full-length transcriptome identification and quantification

artículo científico publicado en 2018

Scop3D: Online Visualization of Mutation Rates on Protein Structure

artículo científico publicado en 2018

Scop3D: three-dimensional visualization of sequence conservation

artículo científico publicado en 2015

SearchGUI: An open-source graphical user interface for simultaneous OMSSA and X!Tandem searches.

artículo científico publicado en 2011

Searching for a needle in a stack of needles: challenges in metaproteomics data analysis

artículo científico publicado en 2013

Sigpep: calculating unique peptide signature transition sets in a complete proteome background

artículo científico publicado en 2012

Spectral Prediction Features as a Solution for the Search Space Size Problem in Proteogenomics

artículo científico publicado en 2021

Structural investigation of B-Raf paradox breaker and inducer inhibitors

artículo científico publicado en 2015

Submitting proteomics data to PRIDE using PRIDE Converter

artículo científico publicado en 2011

Taking Aim at Moving Targets in Computational Cell Migration

artículo científico publicado en 2016

The HUPO Brain Proteome Project jamboree: centralised summary of the pilot studies

artículo científico publicado en 2006

The HUPO Brain Proteome project wish list--summary of the 9(th) HUPO BPP Workshop 9-10 January 2008, Barbados

artículo científico publicado en 2008

The HUPO initiative on Model Organism Proteomes, iMOP.

artículo científico publicado en 2012

The MetaProteomeAnalyzer: a powerful open-source software suite for metaproteomics data analysis and interpretation.

artículo científico publicado en 2015

The Online Protein Processing Resource (TOPPR): a database and analysis platform for protein processing events

artículo científico publicado en 2013

The Ontology Lookup Service: bigger and better

artículo científico publicado en 2010

The Ontology Lookup Service: more data and better tools for controlled vocabulary queries

artículo científico publicado en 2008

The PRoteomics IDEntification (PRIDE) Converter 2 framework: an improved suite of tools to facilitate data submission to the PRIDE database and the ProteomeXchange consortium

artículo científico publicado en 2012

The PSI formal document process and its implementation on the PSI website

artículo científico publicado en 2007

The PSI semantic validator: a framework to check MIAPE compliance of proteomics data

artículo científico publicado en 2009

The Protein Identifier Cross-Referencing (PICR) service: reconciling protein identifiers across multiple source databases

artículo científico publicado en 2007

The Proteomics Identifications database: 2010 update

artículo científico publicado en 2010

The effect of peptide identification search algorithms on MS2-based label-free protein quantification

artículo científico publicado en 2012

The first comprehensive and quantitative analysis of human platelet protein composition allows the comparative analysis of structural and functional pathways

artículo científico publicado en 2012

The human platelet proteome mapped by peptide-centric proteomics: a functional protein profile

artículo científico publicado en 2005

The iceLogo web server and SOAP service for determining protein consensus sequences

artículo científico publicado en 2015

The minimum information about a proteomics experiment (MIAPE)

artículo científico publicado en 2007

The mutational landscape of MYCN, Lin28b and ALKF1174L driven murine neuroblastoma mimics human disease

artículo científico publicado en 2017

The online Tabloid Proteome: an annotated database of protein associations

artículo científico publicado en 2017

The power of cooperative investigation: summary and comparison of the HUPO Brain Proteome Project pilot study results

artículo científico publicado en 2006

Thermo-msf-parser: an open source Java library to parse and visualize Thermo Proteome Discoverer msf files

artículo científico publicado en 2011

ThermoRawFileParser: Modular, Scalable, and Cross-Platform RAW File Conversion

scientific article published on 06 December 2019

Time-resolved characterization of cAMP/PKA-dependent signaling reveals that platelet inhibition is a concerted process involving multiple signaling pathways.

artículo científico publicado en 2013

Toward More Transparent and Reproducible Omics Studies Through a Common Metadata Checklist and Data Publications

artículo científico publicado en 2013

Toward a Successful Clinical Neuroproteomics The 11th HUPO Brain Proteome Project Workshop 3 March, 2009, Kolymbari, Greece

artículo científico publicado en 2009

Toward more transparent and reproducible omics studies through a common metadata checklist and data publications

artículo científico publicado en 2014

Towards a human proteomics atlas

artículo científico publicado en 2012

TraML--a standard format for exchange of selected reaction monitoring transition lists

artículo científico

Unbiased Protein Association Study on the Public Human Proteome Reveals Biological Connections between Co-Occurring Protein Pairs

artículo científico publicado en 2017

Unipept 4.0: Functional Analysis of Metaproteome Data

artículo científico publicado en 2018

Unipept Desktop: A Faster, More Powerful Metaproteomics Results Analysis Tool

artículo científico publicado en 2021

Unraveling the specificities of the different human methionine sulfoxide reductases

artículo científico publicado en 2014

Unsupervised Quality Assessment of Mass Spectrometry Proteomics Experiments by Multivariate Quality Control Metrics

artículo científico publicado en 2016

Up-to-Date Workflow for Plant (Phospho)proteomics Identifies Differential Drought-Responsive Phosphorylation Events in Maize Leaves

artículo científico

Update on the moFF Algorithm for Label-Free Quantitative Proteomics

scientific article published on 14 December 2018

Updated MS²PIP web server delivers fast and accurate MS² peak intensity prediction for multiple fragmentation methods, instruments and labeling techniques

scientific article published on 01 July 2019

Using the PRIDE proteomics identifications database for knowledge discovery and data analysis

artículo científico publicado en 2010

Using the Proteomics Identifications Database (PRIDE).

artículo científico publicado en 2008

XTandem Parser: an open-source library to parse and analyse X!Tandem MS/MS search results

artículo científico publicado en 2010

Xilmass: A New Approach toward the Identification of Cross-Linked Peptides

artículo científico publicado en 2016

compomics-utilities: an open-source Java library for computational proteomics

artículo científico publicado en 2011

iMonDB: Mass Spectrometry Quality Control through Instrument Monitoring

artículo científico publicado en 2015

iTRAQ data interpretation.

artículo científico publicado en 2012

iTRAQ protein quantification: A quality-controlled workflow

scientific article published on 16 February 2011

jTraML: an open source Java API for TraML, the PSI standard for sharing SRM transitions

artículo científico publicado en 2011

jTraqX: a free, platform independent tool for isobaric tag quantitation at the protein level.

artículo científico publicado en 2010

jmzML, an open-source Java API for mzML, the PSI standard for MS data

artículo científico publicado en 2010

jqcML: an open-source java API for mass spectrometry quality control data in the qcML format

artículo científico publicado en 2014

lesSDRF is more: maximizing the value of proteomics data through streamlined metadata annotation

moFF: a robust and automated approach to extract peptide ion intensities

artículo científico publicado en 2016

ms_lims, a simple yet powerful open source laboratory information management system for MS-driven proteomics.

artículo científico publicado en 2010

mzML--a community standard for mass spectrometry data

artículo científico publicado en 2011

psm_utils: A High-Level Python API for Parsing and Handling Peptide-Spectrum Matches and Proteomics Search Results

artículo científico publicado en 2022

qcML: an exchange format for quality control metrics from mass spectrometry experiments

artículo científico

sfinx: an R package for the elimination of false positives from affinity purification-mass spectrometry datasets

artículo científico publicado en 2017

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