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Lista de obras de Uri Gophna

<i>Escherichia coli</i> Strains from Patients with Inflammatory Bowel Diseases have Disease-specific Genomic Adaptations

artículo científico publicado en 2022

A degenerate type III secretion system from septicemic Escherichia coli contributes to pathogenesis

artículo científico publicado en 2005

A genetic investigation of the KEOPS complex in halophilic Archaea

artículo científico publicado en 2012

A halocin-H4 mutant Haloferax mediterranei strain retains the ability to inhibit growth of other halophilic archaea

artículo científico publicado en 2013

A likelihood framework to analyse phyletic patterns

artículo científico publicado en 2008

A novel ColV plasmid encoding type IV pili

artículo científico publicado en 2003

A novel nutritional predictor links microbial fastidiousness with lowered ubiquity, growth rate, and cooperativeness

artículo científico publicado en 2014

A systematic assessment of automated ribosomal intergenic spacer analysis (ARISA) as a tool for estimating bacterial richness

artículo científico publicado en 2010

Alterations of Enteric Microbiota in Patients with a Normal Ileal Pouch Are Predictive of Pouchitis

artículo científico publicado en 2016

An evolutionary analysis of lateral gene transfer in thymidylate synthase enzymes

artículo científico publicado en 2010

Analysis of coevolving gene families using mutually exclusive orthologous modules

artículo científico publicado en 2011

Ancient lateral gene transfer in the evolution of Bdellovibrio bacteriovorus.

artículo científico publicado en 2006

Antibiotic resistance: turning evolutionary principles into clinical reality

artículo científico publicado en 2020

Archaea in and on the Human Body: Health Implications and Future Directions

artículo científico publicado en 2015

Association between translation efficiency and horizontal gene transfer within microbial communities

artículo científico publicado en 2011

Bacterial flagella and Type III secretion: case studies in the evolution of complexity.

artículo científico publicado en 2007

Bacterial type III secretion systems are ancient and evolved by multiple horizontal-transfer events

artículo científico publicado en 2003

By their genes ye shall know them: genomic signatures of predatory bacteria

artículo científico publicado en 2012

CEACAM1 recognition by bacterial pathogens is species-specific

artículo científico publicado en 2010

CRISPR loci reveal networks of gene exchange in archaea

artículo científico

CRISPR/Cas systems in archaea: What array spacers can teach us about parasitism and gene exchange in the 3rd domain of life. ⬇️

artículo científico publicado en 2012

Can Colonoscopy Aspirates be a Substitute for Fecal Samples in Analyses of the Intestinal Microbiota?

artículo científico publicado en 2012

Carriage of Colibactin-producing Bacteria and Colorectal Cancer Risk

artículo científico publicado en 2020

Cell Surface Glycosylation Is Required for Efficient Mating of Haloferax volcanii

artículo científico publicado en 2017

Cell fusion and hybrids in Archaea: prospects for genome shuffling and accelerated strain development for biotechnology.

artículo científico publicado en 2012

Cis-regulatory evolution in prokaryotes revealed by interspecific archaeal hybrids

artículo científico publicado en 2017

Community structure dynamics during startup in microbial fuel cells - The effect of phosphate concentrations

artículo científico publicado en 2016

Competition between social cheater viruses is driven by mechanistically different cheating strategies

scientific article published on 21 August 2020

Competitive and cooperative metabolic interactions in bacterial communities.

artículo científico publicado en 2011

Complex histories of genes encoding 3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoenzymeA reductase

artículo científico publicado en 2005

Complexity, connectivity, and duplicability as barriers to lateral gene transfer

artículo científico publicado en 2007

Composition and dynamics of the gill microbiota of an invasive Indo-Pacific oyster in the eastern Mediterranean Sea.

artículo científico publicado en 2011

Computational evaluation of cellular metabolic costs successfully predicts genes whose expression is deleterious

artículo científico publicado en 2013

Contribution of lateral gene transfer to the gene repertoire of a gut-adapted methanogen

article

Coordinated change at the colony level in fruit bat fur microbiomes through time

scientific article published on 10 December 2018

Curli fibers mediate internalization of Escherichia coli by eukaryotic cells

artículo científico publicado en 2001

DNA as a phosphate storage polymer and the alternative advantages of polyploidy for growth or survival.

artículo científico publicado en 2014

Decoupling Environment-Dependent and Independent Genetic Robustness across Bacterial Species

artículo científico publicado en 2010

Deriving enzymatic and taxonomic signatures of metagenomes from short read data

artículo científico publicado en 2010

Detecting Horizontal Gene Transfer between Closely Related Taxa

artículo científico publicado en 2015

Detection of spatial and temporal influences on bacterial communities in an urban stream by automated ribosomal intergenic ribosomal spacer analysis

artículo científico publicado en 2011

Differences between tissue-associated intestinal microfloras of patients with Crohn's disease and ulcerative colitis

artículo científico publicado en 2006

Direct sequencing of RNA with MinION Nanopore: detecting mutations based on associations

scientific article published on 01 December 2019

Distinct Microbiotas are Associated with Ileum-Restricted and Colon-Involving Crohn's Disease.

artículo científico publicado en 2016

Dynamics of bacterial composition in the locust reproductive tract are affected by the density-dependent phase

scientific article published on 01 April 2020

Effect of ribosome-targeting antibiotics on streptomycin-resistant Mycobacterium mutants in the rpsL gene

artículo científico publicado en 2013

Eisenbergiella tayi gen. nov., sp. nov., isolated from human blood

artículo científico publicado en 2013

Escherichia coli isolates from patients with bacteremic urinary tract infection are genetically distinct from those derived from sepsis following prostate transrectal biopsy

artículo científico publicado en 2015

Evolutionary plasticity of methionine biosynthesis

artículo científico publicado en 2005

Extensive Inter-Domain Lateral Gene Transfer in the Evolution of the Human Commensal Methanosphaera stadtmanae

artículo científico publicado en 2012

Extensive gene diversity in septicemic Escherichia coli strains

artículo científico publicado en 2005

Extracellular DNA metabolism in Haloferax volcanii

artículo científico publicado en 2014

Fecal microbiome signatures of pancreatic cancer patients

artículo científico publicado en 2019

Finally, Archaea Get Their CRISPR-Cas Toolbox

artículo científico publicado en 2017

Fine-scale temporal dynamics of a fragmented lotic microbial ecosystem

artículo científico publicado en 2012

Gastric microbiota is altered in oesophagitis and Barrett's oesophagus and further modified by proton pump inhibitors.

artículo científico publicado en 2013

Genotype Is a Stronger Determinant than Sex of the Mouse Gut Microbiota

artículo científico publicado en 2010

Glycan degradation (GlyDeR) analysis predicts mammalian gut microbiota abundance and host diet-specific adaptations

artículo científico publicado en 2014

Harnessing the landscape of microbial culture media to predict new organism-media pairings

artículo científico publicado en 2015

Have archaeal genes contributed to bacterial virulence?

artículo científico publicado en 2004

High tolerance to self-targeting of the genome by the endogenous CRISPR-Cas system in an archaeon.

artículo científico publicado en 2017

Homing endonucleases residing within inteins: evolutionary puzzles awaiting genetic solutions

artículo científico publicado en 2011

Impact of a homing intein on recombination frequency and organismal fitness

artículo científico publicado en 2016

In and out: an analysis of epibiotic vs periplasmic bacterial predators

artículo científico publicado en 2013

In situ transplant analysis of free-living bacteria in a lotic ecosystem

artículo científico publicado en 2012

In vivo analysis of various substrates utilized by cystathionine gamma-synthase and O-acetylhomoserine sulfhydrylase in methionine biosynthesis

artículo científico publicado en 2003

In vivo characterization of the homing endonuclease within the polB gene in the halophilic archaeon Haloferax volcanii

artículo científico publicado en 2011

Integration of a foreign gene into a native complex does not impair fitness in an experimental model of lateral gene transfer

artículo científico publicado en 2010

Interactions between the intestinal microbiota and bile acids in gallstones patients

artículo científico publicado en 2015

Investigating a lotic microbial community following a severe detergent spill

artículo científico publicado en 2014

Lateral Gene Transfer in Evolution

article

Lateral acquisition of genes is affected by the friendliness of their products

artículo científico publicado en 2010

Low species barriers in halophilic archaea and the formation of recombinant hybrids

artículo científico publicado en 2012

Matrix-Assisted Refolding of Single-Chain Fv– Cellulose Binding Domain Fusion Proteins

artículo científico publicado en 1999

Maximal sum of metabolic exchange fluxes outperforms biomass yield as a predictor of growth rate of microorganisms

artículo científico publicado en 2014

Menaquinone and iron are essential for complex colony development in Bacillus subtilis

artículo científico publicado en 2013

Metabolic-network-driven analysis of bacterial ecological strategies

artículo científico publicado en 2009

Multilocus sequence typing (MLST) of Escherichia coli O78 strains

artículo científico publicado en 2003

Native homing endonucleases can target conserved genes in humans and in animal models

artículo científico publicado en 2011

Neutrality of foreign complex subunits in an experimental model of lateral gene transfer.

artículo científico publicado en 2008

No evidence of inhibition of horizontal gene transfer by CRISPR-Cas on evolutionary timescales

artículo científico publicado en 2015

OmpA of a septicemic Escherichia coli O78--secretion and convergent evolution.

artículo científico publicado en 2004

Oscillospira and related bacteria - From metagenomic species to metabolic features

artículo científico publicado en 2016

Oscillospira: a Central, Enigmatic Component of the Human Gut Microbiota

artículo científico publicado en 2016

Parity and disparity between two Chama oysters: the reproductive biology of the Indo-Pacific C. pacifica Broderip, invasive to the Mediterranean Sea; and C. savignyi Lamy, indigenous to the Red Sea

scientific article published in 2011

Pervasive acquisition of CRISPR memory driven by inter-species mating of archaea can limit gene transfer and influence speciation

article

Phylo SI: a new genome-wide approach for prokaryotic phylogeny

artículo científico publicado en 2013

Phylogenetic- and genome-derived insight into the evolution of N-glycosylation in Archaea

artículo científico publicado en 2013

Pouch Inflammation Is Associated With a Decrease in Specific Bacterial Taxa.

artículo científico publicado en 2015

Predominantly Antibiotic-resistant Intestinal Microbiome Persists in Patients With Pouchitis Who Respond to Antibiotic Therapy

artículo científico publicado en 2019

Reconstructing ancestral gene content by coevolution

artículo científico publicado en 2010

Reply

Reply to "The importance of accurate phenotyping and pouchitis risk and dietary assessment when investigating the microbial factors behind antibiotic dependent pouchitis"

artículo científico publicado en 2020

Reviewing the right papers

artículo científico publicado en 2020

Ribosomal mutations affecting the translation of genes that use non-optimal codons

artículo científico publicado en 2014

Role of fibronectin in curli-mediated internalization

artículo científico publicado en 2002

Role of fibronectin in curli-mediated internalization

scholarly article by U Gophna published in June 2002

Sequence features of E. coli mRNAs affect their degradation

artículo científico publicado en 2011

Sexually transmitted Escherichia coli urethritis and orchiepididymitis

artículo científico publicado en 2012

Systems-Wide Prediction of Enzyme Promiscuity Reveals a New Underground Alternative Route for Pyridoxal 5'-Phosphate Production in E. coli

artículo científico publicado en 2016

The Complexity Hypothesis Revisited: Connectivity Rather Than Function Constitutes a Barrier to Horizontal Gene Transfer

article

The Guts of Dietary Habits

artículo científico publicado en 2011

The contribution of common rpsL mutations in Escherichia coli to sensitivity to ribosome targeting antibiotics.

artículo científico publicado en 2013

The correlation between Clostridium-difficile infection and human gut concentrations of Bacteroidetes phylum and clostridial species

artículo científico publicado en 2013

The evolution of modularity in bacterial metabolic networks.

artículo científico publicado en 2008

The formation of Escherichia coli curli amyloid fibrils is mediated by prion-like peptide repeats.

artículo científico publicado en 2005

The gill microbiota of invasive and indigenous Spondylus oysters from the Mediterranean Sea and northern Red Sea.

artículo científico publicado en 2015

The gut microbiota of toll-like receptor 2-deficient mice exhibits lineage-specific modifications.

artículo científico publicado en 2009

The large-scale organization of the bacterial network of ecological co-occurrence interactions.

artículo científico publicado en 2010

The lpf operon of invasive Escherichia coli

artículo científico publicado en 2005

The origins of eukaryotic-like proteins in Legionella pneumophila

artículo científico publicado en 2010

The ubiquitous conserved glycopeptidase Gcp prevents accumulation of toxic glycated proteins

artículo científico publicado en 2010

The unbearable ease of expression-how avoidance of spurious transcription can shape G+C content in bacterial genomes

scientific article published on 01 December 2018

Virulence and the heat shock response

artículo científico publicado en 2003

Virulence factors of septicemic Escherichia coli strains

artículo científico publicado en 2005

Weighted genome trees: refinements and applications

artículo científico publicado en 2005

Yersinia HPI in septicemic Escherichia coli strains isolated from diverse hosts

scholarly article by U Gophna published in March 2001

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