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Lista de obras de Herbert M. Sauro

A Portable Structural Analysis Library for Reaction Networks

A Visual Language for Protein Design.

artículo científico publicado en 2017

A brief note on the properties of linear pathways

scientific article published on 24 August 2020

A compiler for biological networks on silicon chips

scientific article published on 23 September 2020

A portable structural analysis library for reaction networks

scientific article published on 30 May 2018

A reappraisal of how to build modular, reusable models of biological systems.

artículo científico publicado en 2014

Adjusting phenotypes by noise control

artículo científico publicado en 2012

Antimony: a modular model definition language

artículo científico publicado en 2009

Best Practices for Making Reproducible Biochemical Models

artículo científico publicado en 2020

Bifurcation discovery tool

artículo científico publicado en 2005

BioBrick™ assembly using the In-Fusion PCR Cloning Kit.

artículo científico publicado en 2013

BioModels Database: a free, centralized database of curated, published, quantitative kinetic models of biochemical and cellular systems

artículo científico publicado en 2006

COMBINE archive and OMEX format: one file to share all information to reproduce a modeling project

artículo científico publicado en 2014

Challenges for Modeling and Simulation Methods in Systems Biology

Communicating Structure and Function in Synthetic Biology Diagrams

scientific article published on 05 August 2019

Comparing simulation results of SBML capable simulators

artículo científico publicado en 2008

Computational Tools for Modeling Protein Networks

Computational tools for metabolic engineering.

artículo científico

Computer simulation of MAPK signal transduction

scientific article published on 01 January 2004

Computer-aided design of biological circuits using tinkercell ⬇️

artículo científico publicado el 1 de julio de 2010

Conservation analysis in biochemical networks: computational issues for software writers

artículo científico publicado en 2004

Conservation analysis of large biochemical networks

artículo científico publicado en 2005

Control and regulation of pathways via negative feedback

scientific article published on February 2017

Control by Enzymes, Coenzymes and Conserved Moieties. A Generalisation of the Connectivity Theorem of Metabolic Control Analysis

article

Controlling E. coli Gene Expression Noise.

artículo científico publicado en 2015

Correction to 'Control and regulation of pathways via negative feedback'.

artículo científico publicado en 2017

Data Integration and Mining for Synthetic Biology Design

artículo científico publicado en 2016

Design and implementation of three incoherent feed-forward motif based biological concentration sensors

artículo científico publicado en 2007

Designing and engineering evolutionary robust genetic circuits.

artículo científico publicado en 2010

Editorial Reproducibility of Computational Models

artículo científico publicado en 2016

Erratum: The Systems Biology Graphical Notation

scholarly article published in Nature Biotechnology

Essential information for synthetic DNA sequences

artículo científico publicado en 2011

Fan-out in gene regulatory networks.

artículo científico publicado en 2010

Harmonizing semantic annotations for computational models in biology

Harmonizing semantic annotations for computational models in biology

artículo científico publicado en 2019

Hierarchical modeling for synthetic biology

artículo científico publicado en 2012

Improving reproducibility in computational biology research

artículo científico publicado en 2020

In search of noise-induced bimodality

artículo científico publicado en 2012

In silico evolution of functional modules in biochemical networks.

artículo científico publicado en 2006

In vitro control analysis of an enzyme system: experimental and analytical developments

artículo científico publicado en 1995

In-Fusion BioBrick assembly and re-engineering

artículo científico publicado en 2010

Introduction to the Special Issue on Computational Synthetic Biology

scholarly article by Chris J. Myers et al published 30 December 2014 in ACM Journal on Emerging Technologies in Computing Systems

Mathematical modeling and synthetic biology.

artículo científico publicado en 2008

Measuring retroactivity from noise in gene regulatory networks

artículo científico publicado en 2011

Mechanistic and modular approaches to modeling and inference of cellular regulatory networks

article

Metabolic control analysis. The effects of high enzyme concentrations

article

Minimum Information About a Simulation Experiment (MIASE)

artículo científico publicado en 2011

Minimum information requested in the annotation of biochemical models (MIRIAM)

artículo científico publicado en 2005

Modularity defined

artículo científico publicado en 2008

Moiety-conserved cycles and metabolic control analysis: problems in sequestration and metabolic channelling.

artículo científico publicado en 1994

Network dynamics

artículo científico publicado en 2009

Network topology and parameter estimation: from experimental design methods to gene regulatory network kinetics using a community based approach

artículo científico publicado en 2014

Next generation simulation tools: the Systems Biology Workbench and BioSPICE integration

artículo científico publicado en 2003

Nonlinear biochemical signal processing via noise propagation

artículo científico publicado en 2013

Oscillatory dynamics arising from competitive inhibition and multisite phosphorylation

article

Practical resources for enhancing the reproducibility of mechanistic modeling in systems biology

artículo científico publicado en 2021

Preliminary studies on the in silico evolution of biochemical networks.

artículo científico publicado en 2004

Proposed data model for the next version of the synthetic biology open language

artículo científico publicado en 2014

Publishing reproducible dynamic kinetic models

scientific article published on 14 August 2020

PyBioNetFit and the Biological Property Specification Language

artículo científico publicado en 2019

Quantitative analysis of signaling networks.

artículo científico publicado en 2004

Randomized BioBrick assembly: a novel DNA assembly method for randomizing and optimizing genetic circuits and metabolic pathways

artículo científico publicado en 2013

Rationally designed bidirectional promoter improves the evolutionary stability of synthetic genetic circuits

artículo científico publicado en 2012

Recent advances in biomedical simulations: a manifesto for model engineering

scientific article published on 05 March 2019

Reply to Intellectual property issues and synthetic biology standards.

artículo científico publicado en 2015

SBML Level 3: an extensible format for the exchange and reuse of biological models

artículo científico publicado en 2020

SBML and CellML translation in antimony and JSim.

artículo científico publicado en 2013

SBML2TikZ: supporting the SBML render extension in LaTeX.

artículo científico publicado en 2010

SBMLDiagrams: a python package to process and visualize SBML layout and render

artículo científico publicado en 2022

SBOL Visual: A Graphical Language for Genetic Designs

artículo científico publicado en 2015

SBW - A Modular Framework for Systems Biology

SCAMP: A metabolic simulator and control analysis program

article

Sensitivity analysis of stoichiometric networks: an extension of metabolic control analysis to non-steady state trajectories.

artículo científico publicado en 2003

Sensitivity summation theorems for stochastic biochemical reaction systems

artículo científico publicado en 2010

Sharing Structure and Function in Biological Design with SBOL 2.0.

artículo científico publicado en 2016

Simulation of biochemical networks--cellular networks as dynamic control systems

artículo científico publicado en 2006

Software Tools for Systems Biology

scholarly article published 2010

Spatio-temporal dynamics of protein modification cascades.

scientific article published on January 2008

Standard biological parts knowledgebase

artículo científico publicado en 2011

Standards and ontologies in computational systems biology

artículo científico publicado en 2008

Stochastic modular analysis for gene circuits: interplay among retroactivity, nonlinearity, and stochasticity

artículo científico

Stochastic simulation GUI for biochemical networks

artículo científico publicado en 2007

Supporting the SBML layout extension

artículo científico publicado en 2006

Synthetic Biology Open Language (SBOL) Version 2.0.0.

artículo científico

Synthetic Biology Open Language (SBOL) Version 2.0.0.

artículo científico publicado en 2015

Synthetic Biology Open Language (SBOL) Version 2.1.0.

artículo científico publicado en 2016

Synthetic Biology Open Language (SBOL) Version 2.1.0.

artículo científico publicado en 2016

Synthetic Biology Open Language (SBOL) Version 2.2.0.

artículo científico publicado en 2018

Synthetic Biology Open Language (SBOL) Version 2.3.

scientific article published on 13 June 2019

Synthetic Biology Open Language Visual (SBOL Visual) Version 2.0.

artículo científico publicado en 2018

Synthetic Biology Open Language Visual (SBOL Visual) Version 2.1.

scientific article published on 13 June 2019

Synthetic Biology: Engineering Living Systems from Biophysical Principles

artículo científico publicado en 2017

Synthetic biology open language visual (SBOL visual) version 2.2.

artículo científico publicado en 2020

Synthetic biology: Enter the living machine

artículo científico publicado en 2017

Synthetic biology: How best to build a cell

artículo científico publicado en 2014

Synthetic biology: It's an analog world

artículo científico publicado en 2013

Tellurium Notebooks - An Environment for Dynamical Model Development, Reproducibility, and Reuse

article

Tellurium notebooks-An environment for reproducible dynamical modeling in systems biology.

artículo científico publicado en 2018

Tellurium: An extensible python-based modeling environment for systems and synthetic biology

artículo científico publicado en 2018

The SBW-MATLAB interface

artículo científico publicado en 2004

The Synthetic Biology Open Language (SBOL) provides a community standard for communicating designs in synthetic biology.

artículo científico publicado en 2014

The first 10 years of the international coordination network for standards in systems and synthetic biology (COMBINE)

artículo científico publicado en 2020

The simulation experiment description markup language (SED-ML): language specification for level 1 version 5

artículo científico publicado en 2024

The synthetic biology open language

artículo científico

The systems biology markup language (SBML): a medium for representation and exchange of biochemical network models

artículo científico publicado en 2003

TinkerCell: modular CAD tool for synthetic biology

artículo científico publicado en 2009

Transcriptional dynamics of the embryonic stem cell switch

artículo científico publicado en 2006

Visualization of evolutionary stability dynamics and competitive fitness of Escherichia coli engineered with randomized multigene circuits

artículo científico publicado en 2013

libRoadRunner 2.0: a high performance SBML simulation and analysis library

artículo científico publicado en 2022

libRoadRunner: a high performance SBML simulation and analysis library

artículo científico publicado en 2015

libsbmljs-Enabling web-based SBML tools

scientific article published on 24 April 2020

phraSED-ML: A paraphrased, human-readable adaptation of SED-ML.

artículo científico publicado en 2016

pySBOL: A Python Package for Genetic Design Automation and Standardization

artículo científico publicado en 2018

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