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Lista de obras de Matthew P. Jacobson

2-Aminothiazoles with improved pharmacotherapeutic properties for treatment of prion disease

artículo científico publicado en 2013

A Fragment-Based Ligand Screen Against Part of a Large Protein Machine: The ND1 Domains of the AAA+ ATPase p97/VCP.

artículo científico publicado en 2015

A SARS-CoV-2 protein interaction map reveals targets for drug repurposing

artículo científico publicado en 2020

A Unique cis-3-Hydroxy-l-proline Dehydratase in the Enolase Superfamily

article

A cysteine protease inhibitor rescues mice from a lethal Cryptosporidium parvum infection

artículo científico publicado en 2013

A molecular mechanics approach to modeling protein-ligand interactions: relative binding affinities in congeneric series

artículo científico publicado en 2011

A new coarse-grained model for E. coli cytoplasm: accurate calculation of the diffusion coefficient of proteins and observation of anomalous diffusion

artículo científico publicado en 2014

A new view of the bacterial cytosol environment

artículo científico publicado en 2011

A nonazole CYP51 inhibitor cures Chagas' disease in a mouse model of acute infection

artículo científico publicado en 2010

A potent and selective inhibitor targeting human and murine 12/15-LOX.

artículo científico publicado en 2016

A recurrent kinase domain mutation in PRKCA defines chordoid glioma of the third ventricle.

artículo científico publicado en 2018

A structure-based model for predicting serum albumin binding

artículo científico publicado en 2014

Active Site Conformational Dynamics Are Coupled to Catalysis in the mRNA Decapping Enzyme Dcp2

artículo científico publicado en 2013

Age- and stress-associated C. elegans granulins impair lysosomal function and induce a compensatory HLH-30/TFEB transcriptional response

scientific article published on 09 August 2019

An atomistic model of passive membrane permeability: application to a series of FDA approved drugs

article

Antibodies as a model system for comparative model refinement.

artículo científico publicado en 2010

Antiprion compounds that reduce PrP(Sc) levels in dividing and stationary-phase cells.

artículo científico publicado en 2013

Assessment of protein structure refinement in CASP9.

artículo científico publicado en 2011

Assessment of the protein-structure refinement category in CASP8

artículo científico publicado en 2009

Assignment of function to a domain of unknown function: DUF1537 is a new kinase family in catabolic pathways for acid sugars

artículo científico publicado en 2016

Assignment of polar states for protein amino acid residues using an interaction cluster decomposition algorithm and its application to high resolution protein structure modeling.

artículo científico publicado en 2007

Automated site preparation in physics-based rescoring of receptor ligand complexes

artículo científico publicado en 2009

Beyond cyclosporine A: conformation-dependent passive membrane permeabilities of cyclic peptide natural products.

artículo científico publicado en 2015

Biaryl amides and hydrazones as therapeutics for prion disease in transgenic mice

artículo científico publicado en 2013

Binding-site assessment by virtual fragment screening

artículo científico publicado en 2010

Cancer-associated arginine-to-histidine mutations confer a gain in pH sensing to mutant proteins

artículo científico publicado en 2017

Cell-permeable cyclic peptides from synthetic libraries inspired by natural products.

artículo científico publicado en 2015

Cofilin is a pH sensor for actin free barbed end formation: role of phosphoinositide binding

scientific journal article

Comparing Conformational Ensembles Using the Kullback-Leibler Divergence Expansion

artículo científico publicado en 2012

Competition between intramolecular hydrogen bonds and solvation in phosphorylated peptides: simulations with explicit and implicit solvent

artículo científico publicado en 2005

Complete protein structure determination using backbone residual dipolar couplings and sidechain rotamer prediction.

artículo científico publicado en 2002

Computation-Facilitated Assignment of the Function in the Enolase Superfamily: A Regiochemically Distinct Galactarate Dehydratase from Oceanobacillus iheyensis ,

artículo científico publicado en 2009

Computational modeling of the catalytic reaction in triosephosphate isomerase.

artículo científico publicado en 2004

Computational studies of protein regulation by post-translational phosphorylation.

artículo científico publicado en 2009

Computational-guided discovery and characterization of a sesquiterpene synthase from Streptomyces clavuligerus

artículo científico publicado en 2015

Computer-aided antibody design

artículo científico publicado en 2012

Conformational changes in protein loops and helices induced by post-translational phosphorylation

artículo científico publicado en 2006

Conformational flexibility, internal hydrogen bonding, and passive membrane permeability: successful in silico prediction of the relative permeabilities of cyclic peptides

artículo científico publicado en 2006

Conformational selection in silico: loop latching motions and ligand binding in enzymes.

artículo científico publicado en 2008

Considering protonation as a posttranslational modification regulating protein structure and function

artículo científico publicado en 2013

Defining the Product Chemical Space of Monoterpenoid Synthases

artículo científico publicado en 2016

Design of a phosphorylatable PDZ domain with peptide-specific affinity changes

artículo científico publicado en 2012

Design of reversible, cysteine-targeted Michael acceptors guided by kinetic and computational analysis.

artículo científico publicado en 2014

Designing molecules to cross biological membranes.

artículo científico publicado en 2013

Development of 5N-Bicalutamide, a High-Affinity Reversible Covalent Antiandrogen

artículo científico publicado en 2017

Dihedral Angle-Based Sampling of Natural Product Polyketide Conformations: Application to Permeability Prediction.

artículo científico publicado en 2016

Discovery of GBT440, an Orally Bioavailable R-State Stabilizer of Sickle Cell Hemoglobin.

artículo científico publicado en 2017

Discovery of Potent and Orally Bioavailable Macrocyclic Peptide-Peptoid Hybrid CXCR7 Modulators.

artículo científico publicado en 2017

Discovery of a dipeptide epimerase enzymatic function guided by homology modeling and virtual screening

artículo científico publicado en 2008

Discovery of new enzymes and metabolic pathways by using structure and genome context

artículo científico publicado en 2013

Disulfide-Trapping Identifies a New, Effective Chemical Probe for Activating the Nuclear Receptor Human LRH-1 (NR5A2)

artículo científico publicado en 2016

Divergent evolution in enolase superfamily: strategies for assigning functions

artículo científico publicado en 2011

Dysregulated pH: a perfect storm for cancer progression.

artículo científico publicado en 2011

Effects of somatic mutations on CDR loop flexibility during affinity maturation

artículo científico publicado en 2010

Energy-based analysis and prediction of the orientation between light- and heavy-chain antibody variable domains

artículo científico publicado en 2009

Evolution of enzymatic activities in the enolase superfamily: galactarate dehydratase III from Agrobacterium tumefaciens C58

scientific journal article

Evolution of structure and function in the o-succinylbenzoate synthase/N-acylamino acid racemase family of the enolase superfamily

artículo científico publicado en 2006

Evolutionarily Conserved Roles for Blood-Brain Barrier Xenobiotic Transporters in Endogenous Steroid Partitioning and Behavior

artículo científico publicado en 2017

Exhaustive Conformational Sampling of Complex Fused Ring Macrocycles Using Inverse Kinematics

artículo científico publicado en 2016

Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes.

artículo científico publicado en 2015

Exploration of Benzothiazole Rhodacyanines as Allosteric Inhibitors of Protein-Protein Interactions with Heat Shock Protein 70 (Hsp70)

artículo científico publicado en 2018

Gasdermin D pore structure reveals preferential release of mature interleukin-1

artículo científico publicado en 2021

GluA1 signal peptide determines the spatial assembly of heteromeric AMPA receptors

scientific article published on 06 September 2016

High Throughput Screen for Inhibitors of Protein-Protein Interactions in a Reconstituted Heat Shock Protein 70 (Hsp70) Complex.

artículo científico publicado en 2018

High-resolution prediction of protein helix positions and orientations

artículo científico publicado en 2004

Homology models guide discovery of diverse enzyme specificities among dipeptide epimerases in the enolase superfamily

artículo científico publicado en 2012

Human 15-LOX-1 active site mutations alter inhibitor binding and decrease potency

artículo científico publicado en 2016

Improving the species cross-reactivity of an antibody using computational design

artículo científico publicado en 2009

In silico prediction of brain exposure: drug free fraction, unbound brain to plasma concentration ratio and equilibrium half-life.

artículo científico publicado en 2013

Inhibitor binding mode and allosteric regulation of Na-glucose symporters

artículo científico publicado en 2018

Intracellular pH sensors: design principles and functional significance

artículo científico publicado en 2007

Investigation of the proteolytic functions of an expanded cercarial elastase gene family in Schistosoma mansoni

artículo científico publicado en 2012

Leveraging structure for enzyme function prediction: methods, opportunities, and challenges

artículo científico publicado en 2014

Modeling conformational ensembles of slow functional motions in Pin1-WW

artículo científico publicado en 2010

Modulating environmental signals to reveal mechanisms and vulnerabilities of cancer persisters

artículo científico publicado en 2022

Molecular mechanics methods for predicting protein-ligand binding.

artículo científico publicado en 2006

Monte Carlo Sampling with Hierarchical Move Sets: POSH Monte Carlo.

artículo científico publicado en 2009

Multi-Granulin Domain Peptides Bind to Pro-Cathepsin D and Stimulate Its Enzymatic Activity More Effectively Than Progranulin in Vitro

scientific article published on 24 May 2019

Multiscale Monte Carlo Sampling of Protein Sidechains: Application to Binding Pocket Flexibility

artículo científico publicado en 2008

Multiscale Optimization of a Truncated Newton Minimization Algorithm and Application to Proteins and Protein-Ligand Complexes

artículo científico publicado en 2007

Multisite phosphorylation disrupts arginine-glutamate salt bridge networks required for binding of cytoplasmic linker-associated protein 2 (CLASP2) to end-binding protein 1 (EB1).

artículo científico publicado en 2012

Non-degradative Ubiquitination of Protein Kinases.

artículo científico publicado en 2016

Novel human lipoxygenase inhibitors discovered using virtual screening with homology models

artículo científico publicado en 2006

Novel procedure for modeling ligand/receptor induced fit effects.

artículo científico publicado en 2006

Observation of Coriolis Coupling between nu(2) + 4nu(4) and 7nu(4) in Acetylene &Xtilde;(1)Sigma(+)(g) by Stimulated Emission Pumping Spectroscopy

artículo científico publicado en 2000

On the Role of the Crystal Environment in Determining Protein Side-chain Conformations

artículo científico publicado en 2002

Optimizing PK properties of cyclic peptides: the effect of side chain substitutions on permeability and clearance().

artículo científico publicado en 2012

Outcome of a workshop on applications of protein models in biomedical research

artículo científico publicado en 2009

Peptide to Peptoid Substitutions Increase Cell Permeability in Cyclic Hexapeptides.

artículo científico publicado en 2015

Phosphorylation of the Arp2 subunit relieves auto-inhibitory interactions for Arp2/3 complex activation

artículo científico publicado en 2011

Physics-based scoring of protein-ligand complexes: enrichment of known inhibitors in large-scale virtual screening

artículo científico publicado en 2006

Predicting and improving the membrane permeability of peptidic small molecules.

artículo científico publicado en 2012

Predicting binding to p-glycoprotein by flexible receptor docking

artículo científico publicado en 2011

Predicting enzyme-substrate specificity with QM/MM methods: a case study of the stereospecificity of (D)-glucarate dehydratase.

artículo científico publicado en 2013

Predicting the functions and specificity of triterpenoid synthases: a mechanism-based multi-intermediate docking approach

artículo científico publicado en 2014

Prediction and assignment of function for a divergent N-succinyl amino acid racemase

artículo científico publicado en 2007

Prediction and biochemical demonstration of a catabolic pathway for the osmoprotectant proline betaine.

artículo científico publicado en 2014

Prediction of function for the polyprenyl transferase subgroup in the isoprenoid synthase superfamily

artículo científico publicado en 2013

Prediction of side-chain conformations on protein surfaces

artículo científico publicado en 2007

Prediction of substrates for glutathione transferases by covalent docking

artículo científico publicado en 2014

Probing the Electrostatic and Steric Requirements for Substrate Binding in Human Platelet-Type 12-Lipoxygenase

scientific article published on 04 January 2019

Probing the Physicochemical Boundaries of Cell Permeability and Oral Bioavailability in Lipophilic Macrocycles Inspired by Natural Products.

artículo científico publicado en 2015

Prominent features of the amino acid mutation landscape in cancer.

artículo científico publicado en 2017

Quantifying Correlations Between Allosteric Sites in Thermodynamic Ensembles

artículo científico publicado en 2009

Rescoring Docking Hit Lists for Model Cavity Sites: Predictions and Experimental Testing

artículo científico publicado en 2008

Role of Human 15-Lipoxygenase-2 in the Biosynthesis of the Lipoxin Intermediate, 5S,15S-diHpETE, Implicated with the Altered Positional Specificity of Human 15-Lipoxygenase-1

artículo científico publicado en 2020

SIRT3 deacetylates mitochondrial 3-hydroxy-3-methylglutaryl CoA synthase 2 and regulates ketone body production

artículo científico publicado en 2010

SIRT5 regulates the mitochondrial lysine succinylome and metabolic networks

scientific journal article

Simple Predictive Models of Passive Membrane Permeability Incorporating Size-Dependent Membrane-Water Partition.

artículo científico publicado en 2016

Strengths of hydrogen bonds involving phosphorylated amino acid side chains

artículo científico publicado en 2007

Structural Characterization of CYP51 from Trypanosoma cruzi and Trypanosoma brucei Bound to the Antifungal Drugs Posaconazole and Fluconazole

artículo científico publicado en 2010

Structural and Kinetic Studies of a Cisplatin-modified DNA Icosamer Binding to HMG1 Domain B

scientific article published in Journal of Biological Chemistry

Structural model and functional significance of pH-dependent talin-actin binding for focal adhesion remodeling

artículo científico publicado en 2008

Structure-Activity Relationship and Molecular Mechanics Reveal the Importance of Ring Entropy in the Biosynthesis and Activity of a Natural Product

artículo científico publicado en 2017

Structure-guided discovery of the metabolite carboxy-SAM that modulates tRNA function

artículo científico publicado en 2013

Studying enzyme-substrate specificity in silico: a case study of the Escherichia coli glycolysis pathway

artículo científico publicado en 2010

Substrate and inhibitor-induced dimerization and cooperativity in caspase-1 but not caspase-3.

artículo científico publicado en 2013

Surfaces affect ion pairing

artículo científico publicado en 2005

Synthesis and Screening of α-Xylosides in Human Glioblastoma Cells

artículo científico publicado en 2020

Synthesis and enzymatic studies of bisubstrate analogues for farnesyl diphosphate synthase.

artículo científico publicado en 2015

Synthesis of the Ca2+-mobilizing messengers NAADP and cADPR by intracellular CD38 enzyme in the mouse heart: Role in β-adrenoceptor signaling

artículo científico publicado en 2017

Synthetic group A streptogramin antibiotics that overcome Vat resistance

scientific article published on 23 September 2020

Target selection and annotation for the structural genomics of the amidohydrolase and enolase superfamilies

artículo científico publicado en 2009

Testing physical models of passive membrane permeation

artículo científico publicado en 2012

Testing the conformational hypothesis of passive membrane permeability using synthetic cyclic peptide diastereomers.

artículo científico publicado en 2006

The Enzyme Function Initiative

artículo científico publicado en 2011

The free energy profile of tubulin straight-bent conformational changes, with implications for microtubule assembly and drug discovery

artículo científico publicado en 2014

Toward better refinement of comparative models: predicting loops in inexact environments

artículo científico publicado en 2008

Toward deciphering the code to aminergic G protein-coupled receptor drug design

artículo científico publicado en 2008

Tryptophan 500 and arginine 707 define product and substrate active site binding in soybean lipoxygenase-1.

artículo científico publicado en 2004

Turning a protein kinase on or off from a single allosteric site via disulfide trapping

artículo científico publicado en 2011

Virtual ligand screening against Escherichia coli dihydrofolate reductase: improving docking enrichment using physics-based methods

artículo científico publicado en 2005

Virtual screening against highly charged active sites: identifying substrates of alpha-beta barrel enzymes

artículo científico publicado en 2005

pH sensing by FAK-His58 regulates focal adhesion remodeling

artículo científico publicado en 2013

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