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Lista de obras de Jeffrey E Barrick

6S RNA is a widespread regulator of eubacterial RNA polymerase that resembles an open promoter

artículo científico publicado en 2005

A computational pipeline for high- throughput discovery of cis-regulatory noncoding RNA in prokaryotes

artículo científico publicado en 2007

A glycine-dependent riboswitch that uses cooperative binding to control gene expression

artículo científico publicado en 2004

A riboswitch selective for the queuosine precursor preQ1 contains an unusually small aptamer domain

artículo científico publicado en 2007

A road map for in vivo evolution experiments with blood‐borne parasitic microbes

artículo científico publicado en 2022

A widespread riboswitch candidate that controls bacterial genes involved in molybdenum cofactor and tungsten cofactor metabolism

artículo científico publicado en 2008

Achieving Specificity in Selected and Wild-Type N Peptide−RNA Complexes: The Importance of Discrimination against Noncognate RNA Targets ⬇️

artículo científico publicado el 11 de noviembre de 2003

Adaptation, Clonal Interference, and Frequency-Dependent Interactions in a Long-Term Evolution Experiment with Escherichia coli

artículo científico publicado en 2015

An mRNA structure that controls gene expression by binding S-adenosylmethionine

artículo científico publicado en 2003

Arresting Evolution

artículo científico publicado en 2017

Bacterial Production of Gellan Gum as a Do-It-Yourself Alternative to Agar

artículo científico publicado en 2018

Bacteriophages use an expanded genetic code on evolutionary paths to higher fitness

artículo científico publicado en 2014

Balancing robustness and evolvability

artículo científico publicado en 2006

Bioassay for Determining the Concentrations of Caffeine and Individual Methylxanthines in Complex Samples

artículo científico publicado en 2019

Caffeine junkie: an unprecedented glutathione S-transferase-dependent oxygenase required for caffeine degradation by Pseudomonas putida CBB5.

artículo científico publicado en 2013

Coenzyme B12 riboswitches are widespread genetic control elements in prokaryotes

artículo científico publicado en 2004

Computational tests of a thermal cycling strategy to isolate more complex functional nucleic acid motifs from random sequence pools by in vitro selection

Controlled Measurement and Comparative Analysis of Cellular Components in E. coli Reveals Broad Regulatory Changes in Response to Glucose Starvation

artículo científico publicado en 2015

Correction to: The Pathfinder plasmid toolkit for genetically engineering newly isolated bacteria enables the study of <i>Drosophila</i>-colonizing <i>Orbaceae</i>

Decaffeination and measurement of caffeine content by addicted Escherichia coli with a refactored N-demethylation operon from Pseudomonas putida CBB5.

artículo científico publicado en 2013

Detecting rare structural variation in evolving microbial populations from new sequence junctions using breseq

artículo científico publicado en 2014

Directed evolution of Escherichia coli with lower-than-natural plasmid mutation rates

artículo científico publicado en 2018

Disentangling the Evolutionary History of Feo, the Major Ferrous Iron Transport System in Bacteria

artículo científico publicado en 2022

Draft Genome Sequence of the Bacterium Pseudomonas putida CBB5, Which Can Utilize Caffeine as a Sole Carbon and Nitrogen Source

artículo científico publicado en 2015

Draft genome sequences of two Campylobacter jejuni clinical isolates, NW and D2600.

artículo científico publicado en 2012

Emergence of a Competence-Reducing Filamentous Phage from the Genome of Acinetobacter baylyi ADP1.

artículo científico publicado en 2016

Engineered symbionts activate honey bee immunity and limit pathogens

artículo científico publicado en 2020

Engineering a Culturable <i>Serratia symbiotica</i> Strain for Aphid Paratransgenesis

artículo científico publicado en 2020

Engineering reduced evolutionary potential for synthetic biology

artículo científico publicado en 2014

Escherichia coli rpoB mutants have increased evolvability in proportion to their fitness defects

artículo científico publicado en 2010

Evidence for a second class of S-adenosylmethionine riboswitches and other regulatory RNA motifs in alpha-proteobacteria

artículo científico publicado en 2005

Evolution of satellite plasmids can prolong the maintenance of newly acquired accessory genes in bacteria

artículo científico publicado en 2019

Expanded Genetic Codes Create New Mutational Routes to Rifampicin Resistance in Escherichia coli

artículo científico publicado en 2016

Experimental Evolution of Campylobacter jejuni Leads to Loss of Motility, rpoN (σ54) Deletion and Genome Reduction

scientific article published on 06 November 2020

Fine-tuning citrate synthase flux potentiates and refines metabolic innovation in the Lenski evolution experiment.

artículo científico publicado en 2015

Genetic Engineering of Bee Gut Microbiome Bacteria with a Toolkit for Modular Assembly of Broad-Host-Range Plasmids

artículo científico publicado en 2018

Genome dynamics during experimental evolution ⬇️

artículo científico publicado el 29 de octubre de 2013

Genome evolution and adaptation in a long-term experiment with Escherichia coli

artículo científico publicado en 2009

Genome instability mediates the loss of key traits by Acinetobacter baylyi ADP1 during laboratory evolution

artículo científico publicado en 2014

Genomic analysis of a key innovation in an experimental Escherichia coli population

artículo científico publicado en 2012

Genomic and phenotypic evolution of Escherichia coli in a novel citrate-only resource environment

artículo científico publicado en 2020

Identification of 22 candidate structured RNAs in bacteria using the CMfinder comparative genomics pipeline

artículo científico publicado en 2007

Identification of a large noncoding RNA in extremophilic eubacteria

artículo científico publicado en 2006

Identification of mutations in laboratory-evolved microbes from next-generation sequencing data using breseq

artículo científico publicado en 2014

Identifying structural variation in haploid microbial genomes from short-read resequencing data using breseq

artículo científico publicado en 2014

Innovation in an E. coli evolution experiment is contingent on maintaining adaptive potential until competition subsides

artículo científico publicado en 2018

Insertion-sequence-mediated mutations both promote and constrain evolvability during a long-term experiment with bacteria

artículo científico publicado en 2021

Large chromosomal rearrangements during a long-term evolution experiment with Escherichia coli

artículo científico publicado en 2014

Large libraries reveal diverse solutions to an RNA recognition problem ⬇️

artículo científico publicado el 23 de octubre de 2001

Large-scale analysis of post-translational modifications in E. coli under glucose-limiting conditions

artículo científico publicado en 2017

Large-scale analysis of post-translational modifications in E. coli under glucose-limiting conditions

scholarly article published 30 April 2016

Metabolite-binding RNA domains are present in the genes of eukaryotes

artículo científico publicado en 2003

Mutation Rate Inferred From Synonymous Substitutions in a Long-Term Evolution Experiment With Escherichia coli

artículo científico publicado en 2011

Mutation rate dynamics in a bacterial population reflect tension between adaptation and genetic load

artículo científico publicado en 2013

Nanostructured hybrid transparent conductive films with antibacterial properties

artículo científico publicado en 2012

New RNA motifs suggest an expanded scope for riboswitches in bacterial genetic control

artículo científico publicado en 2004

OSTIR: open source translation initiation rate prediction

scientific article published on 22 August 2021

One-step genome engineering in bee gut bacterial symbionts

Physical model of the immune response of bacteria against bacteriophage through the adaptive CRISPR-Cas immune system ⬇️

artículo científico publicado en 2013

Predicting growth conditions from internal metabolic fluxes in an in-silico model of E. coli

artículo científico publicado en 2014

Predicting riboswitch regulation on a genomic scale

artículo científico publicado en 2009

Predicting the Genetic Stability of Engineered DNA Sequences with the EFM Calculator.

artículo científico publicado en 2015

Rapid and Inexpensive Evaluation of Nonstandard Amino Acid Incorporation in Escherichia coli.

artículo científico publicado en 2016

Rapid and assured genetic engineering methods applied to Acinetobacter baylyi ADP1 genome streamlining

scientific article published on 30 March 2020

Rapid evolution of silver nanoparticle resistance in Escherichia coli

artículo científico publicado en 2015

Rates of gene conversions between <i>Escherichia coli</i> ribosomal operons

artículo científico publicado en 2020

Recursive genomewide recombination and sequencing reveals a key refinement step in the evolution of a metabolic innovation in Escherichia coli

artículo científico publicado en 2013

Reduced Mutation Rate and Increased Transformability of Transposon-Free Acinetobacter baylyi ADP1-ISx

artículo científico publicado en 2017

Repeatability and contingency in the evolution of a key innovation in phage lambda

artículo científico publicado en 2012

Riboswitches control fundamental biochemical pathways in Bacillus subtilis and other bacteria

artículo científico publicado en 2003

Second-order selection for evolvability in a large Escherichia coli population

artículo científico publicado en 2011

Sequence analysis of an artificial family of RNA-binding peptides

artículo científico publicado en 2002

Specificity of genome evolution in experimental populations of Escherichia coli evolved at different temperatures

artículo científico publicado en 2017

Standing genetic variation in contingency loci drives the rapid adaptation of Campylobacter jejuni to a novel host

artículo científico publicado en 2011

Stock culture heterogeneity rather than new mutational variation complicates short-term cell physiology studies of Escherichia coli K-12 MG1655 in continuous culture.

artículo científico publicado en 2011

Synonymous Genetic Variation in Natural Isolates of Escherichia coli Does Not Predict Where Synonymous Substitutions Occur in a Long-Term Experiment

artículo científico publicado en 2015

Synthetic Genome Defenses against Selfish DNA Elements Stabilize Engineered Bacteria against Evolutionary Failure

artículo científico publicado en 2019

Tandem riboswitch architectures exhibit complex gene control functions

artículo científico publicado en 2006

Tempo and mode of genome evolution in a 50,000-generation experiment

artículo científico publicado en 2016

The E. coli molecular phenotype under different growth conditions

artículo científico publicado en 2017

The Genomic Basis of Evolutionary Novelties in a Leafhopper

artículo científico publicado en 2022

The Molecular and Genetic Basis of Repeatable Coevolution between Escherichia coli and Bacteriophage T3 in a Laboratory Microcosm

artículo científico publicado en 2015

The Pathfinder plasmid toolkit for genetically engineering newly isolated bacteria enables the study of <i>Drosophila</i>-colonizing <i>Orbaceae</i>

The aptamer core of SAM-IV riboswitches mimics the ligand-binding site of SAM-I riboswitches

artículo científico publicado en 2008

The case for decoupling assembly and submission standards to maintain a more flexible registry of biological parts

artículo científico publicado en 2014

The distributions, mechanisms, and structures of metabolite-binding riboswitches

artículo científico publicado en 2007

The dynamics of molecular evolution over 60,000 generations.

artículo científico publicado en 2017

The power of riboswitches

artículo científico publicado en 2007

TheE. colimolecular phenotype under different growth conditions

pLannotate: engineered plasmid annotation

artículo científico publicado en 2021

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