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Lista de obras de Alexander P Lyubartsev

2D to 3D crossover of the magnetic properties in ordered arrays of iron oxide nanocrystals

article

A Bottom-Up Coarse-Grained Model for Nucleosome–Nucleosome Interactions with Explicit Ions

artículo científico publicado en 2022

A molecular dynamics investigation of the influence of hydration and temperature on structural and dynamical properties of a dimyristoylphosphatidylcholine bilayer

artículo científico publicado en 2006

A molecular dynamics simulation study of oriented DNA with polyamine and sodium counterions: diffusion and averaged binding of water and cations.

artículo científico publicado en 2003

A molecular dynamics simulation study of polyamine- and sodium-DNA. Interplay between polyamine binding and DNA structure.

artículo científico publicado en 2004

A new AMBER-compatible force field parameter set for alkanes

artículo científico publicado en 2014

An Extension and Further Validation of an All-Atomistic Force Field for Biological Membranes.

artículo científico publicado en 2012

An advanced coarse-grained nucleosome core particle model for computer simulations of nucleosome-nucleosome interactions under varying ionic conditions

artículo científico publicado en 2013

Another Piece of the Membrane Puzzle: Extending Slipids Further

artículo científico publicado en 2012

Application of the Poisson Boltzmann polyelectrolyte model for analysis of thermal denaturation of DNA in the presence of Na+ and polyamine cations

artículo científico publicado en 2003

Assessing the electric-field approximation to IR and Raman spectra of dilute HOD in D2O

scientific article published on 01 July 2009

Atomistic Perspective on Biomolecular Adsorption on Functionalized Carbon Nanomaterials under Ambient Conditions

artículo científico publicado en 2020

Bead-Fourier path integral molecular dynamics

artículo científico publicado en 2003

Binding energy calculations for hevein-carbohydrate interactions using expanded ensemble molecular dynamics simulations.

artículo científico publicado en 2014

Calculation of effective interaction potentials from radial distribution functions: A reverse Monte Carlo approach

artículo científico publicado en 1995

Cation-induced polyelectrolyte-polyelectrolyte attraction in solutions of DNA and nucleosome core particles.

artículo científico publicado en 2009

Centroid molecular dynamics: comparison with exact results for model systems.

artículo científico publicado en 2010

Cholesterol in phospholipid bilayers: positions and orientations inside membranes with different unsaturation degrees

artículo científico publicado en 2018

Coarse-Grained Simulation of Rodlike Higher-Order Quadruplex Structures at Different Salt Concentrations

artículo científico publicado en 2017

Competitive binding of Mg2+, Ca2+, Na+, and K+ ions to DNA in oriented DNA fibers: experimental and Monte Carlo simulation results

artículo científico publicado en 1999

Computer modeling demonstrates that electrostatic attraction of nucleosomal DNA is mediated by histone tails

artículo científico publicado en 2006

Computer modeling reveals that modifications of the histone tail charges define salt-dependent interaction of the nucleosome core particles

artículo científico publicado en 2009

Conformational characteristics of single flexible polyelectrolyte chain

artículo científico publicado en 2009

Curvature sensing by cardiolipin in simulated buckled membranes

artículo científico publicado en 2019

Derivation and systematic validation of a refined all-atom force field for phosphatidylcholine lipids

artículo científico publicado en 2012

Determination of solvation free energies by adaptive expanded ensemble molecular dynamics

artículo científico publicado en 2004

Diffusion and reaction pathways of water near fully hydrated TiO2 surfaces from ab initio molecular dynamics

artículo científico

Dynamical and structural properties of charged and uncharged lidocaine in a lipid bilayer

artículo científico publicado en 2006

Effect of lipid saturation on amyloid-beta peptide partitioning and aggregation in neuronal membranes: molecular dynamics simulations

artículo científico publicado en 2019

Effect of local anesthetic lidocaine on electrostatic properties of a lipid bilayer.

artículo científico publicado en 2007

Effective macroion-macroion potentials in asymmetric electrolytes

scientific article published on 09 January 2001

Effective solvent mediated potentials of Na+ and Cl- ions in aqueous solution: temperature dependence

artículo científico publicado en 2011

Electrostatic Origin of Salt-Induced Nucleosome Array Compaction ⬇️

artículo científico publicado el 22 de septiembre de 2010

Entropic sampling of flexible polyelectrolytes within the Wang-Landau algorithm

artículo científico publicado en 2007

Evaluation of effective ion-ion potentials in aqueous electrolytes

artículo científico publicado en 2002

Exploring the Free Energy Landscape of Solutes Embedded in Lipid Bilayers

artículo científico publicado en 2013

Extension of the Slipids Force Field to Polyunsaturated Lipids.

artículo científico publicado en 2016

Hierarchical Multiscale Modelling Scheme from First Principles to Mesoscale

artículo científico publicado en 2009

Implicit inclusion of atomic polarization in modeling of partitioning between water and lipid bilayers

artículo científico publicado en 2013

Implicit solvent systematic coarse-graining of dioleoylphosphatidylethanolamine lipids: From the inverted hexagonal to the bilayer structure

artículo científico publicado en 2019

MagiC: Software Package for Multiscale Modeling.

artículo científico publicado en 2013

Magic v.3: An integrated software package for systematic structure-based coarse-graining

artículo científico publicado en 2019

Modelling chromatin structure and dynamics: status and prospects ⬇️

artículo científico publicado el 2 de febrero de 2012

Modification of the CHARMM force field for DMPC lipid bilayer.

artículo científico publicado en 2008

Molecular Dynamics Investigation of Dipeptide - Transition Metal Salts in Aqueous Solutions ⬇️

artículo científico publicado el 18 de noviembre de 2010

Molecular Dynamics Investigation of23Na NMR Relaxation in Oligomeric DNA Aqueous Solution

article

Molecular Dynamics Simulation Study of Glycerol–Water Liquid Mixtures ⬇️

artículo científico publicado el 11 de noviembre de 2011

Molecular Dynamics Simulations of Furfural and 5-Hydroxymethylfurfural at Ambient and Hydrothermal Conditions

scientific article published on 28 August 2018

Molecular Dynamics Studies of Liposomes as Carriers for Photosensitizing Drugs: Development, Validation, and Simulations with a Coarse-Grained Model

artículo científico publicado en 2014

Molecular conformations in a phospholipid bilayer extracted from dipolar couplings: a computer simulation study.

artículo científico publicado en 2007

Molecular dynamics simulation study of oriented polyamine- and Na-DNA: sequence specific interactions and effects on DNA structure

artículo científico publicado en 2004

Molecular dynamics simulations demonstrate the regulation of DNA-DNA attraction by H4 histone tail acetylations and mutations

artículo científico publicado en 2014

Molecular dynamics simulations of local anesthetic articaine in a lipid bilayer

artículo científico publicado en 2010

Multiscale coarse-grained simulations of ionic liquids: comparison of three approaches to derive effective potentials

artículo científico publicado en 2013

Multiscale modeling of lipids and lipid bilayers

artículo científico publicado en 2005

Multiscale modelling of nucleosome core particle aggregation.

artículo científico publicado en 2015

NMR investigations of interactions between anesthetics and lipid bilayers.

artículo científico publicado en 2008

New six-site acetonitrile model for simulations of liquid acetonitrile and its aqueous mixtures.

artículo científico publicado en 2007

One dimensional model for water and aqueous solutions. Part V. Monte Carlo simulation of dilute solutions of hard rod in waterlike particles

artículo científico publicado en 2009

Partial atomic charges and their impact on the free energy of solvation

artículo científico publicado en 2012

Path-integral Monte Carlo method in quantum statistics for a system ofNidentical fermions

artículo científico publicado en 1993

Path-integral-expanded-ensemble Monte Carlo method in treatment of the sign problem for fermions.

artículo científico publicado en 2009

Phase transitions and thermodynamic properties of dense assemblies of truncated nanocubes and cuboctahedra ⬇️

artículo científico publicado el 2 de julio de 2012

Quantum chemical and molecular dynamics modelling of hydroxylated polybrominated diphenyl ethers.

artículo científico publicado en 2017

Simulations of one- and two-electron systems by Bead-Fourier path integral molecular dynamics

scientific article published on 01 July 2005

Solvating, manipulating, damaging, and repairing DNA in a computer

artículo científico publicado en 2006

Solvation structure of hydroxyl radical by Car-Parrinello molecular dynamics

artículo científico publicado en 2005

Spatial distribution functions as a tool in the analysis of ribonucleic acids hydration--molecular dynamics studies

artículo científico publicado en 2000

Spermine: an "invisible" component in the crystals of B-DNA. A grand canonical Monte Carlo and molecular dynamics simulation study

artículo científico publicado en 2001

Systematic coarse-graining of molecular models by the Newton inversion method

artículo científico publicado en 2010

Systematic implicit solvent coarse graining of dimyristoylphosphatidylcholine lipids

artículo científico publicado en 2014

Theoretical approximations to X-ray absorption spectroscopy of liquid water and ice

Topological and spatial aspects of the hydration of solutes of extreme solvation entropy

artículo científico publicado en 1999

Unperturbed hydrocarbon chains and liquid phase bilayer lipid chains: a computer simulation study

artículo científico

Update to the general amber force field for small solutes with an emphasis on free energies of hydration

artículo científico publicado en 2014

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