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Lista de obras de Casey M Bergman

A large palindrome with interchromosomal gene duplications in the pericentromeric region of the D. melanogaster Y chromosome

artículo científico publicado en 2011

A proposal for the reference-based annotation of de novo transposable element insertions ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2012

An age-of-allele test of neutrality for transposable element insertions

artículo científico publicado en 2013

Analysis of conserved noncoding DNA in Drosophila reveals similar constraints in intergenic and intronic sequences.

artículo científico publicado en 2001

Annotating genes and genomes with DNA sequences extracted from biomedical articles

artículo científico publicado en 2011

Assessing the impact of comparative genomic sequence data on the functional annotation of the Drosophila genome

artículo científico publicado en 2002

Benchmarking tools for the alignment of functional noncoding DNA

artículo científico publicado en 2004

BioContext: an integrated text mining system for large-scale extraction and contextualization of biomolecular events

artículo científico publicado en 2012

Bringing PLOS Genetics Editors to Preprint Servers

artículo científico publicado en 2016

Combined evidence annotation of transposable elements in genome sequences

artículo científico publicado en 2005

Complete Genome Assemblies for Three Variants of the Wolbachia Endosymbiont of Drosophila melanogaster

scientific article published on 07 November 2019

Complete mitochondrial genome of the longhorn date palm stem borer <i>Jebusaea hammerschmidtii</i> (Reiche, 1878)

artículo científico publicado en 2021

Conserved Noncoding Elements Influence the Transposable Element Landscape in Drosophila.

artículo científico publicado en 2018

Discovering and detecting transposable elements in genome sequences

artículo científico publicado en 2007

Drosophila DNase I footprint database: a systematic genome annotation of transcription factor binding sites in the fruitfly, Drosophila melanogaster.

artículo científico publicado en 2004

Drosophila innate immunity: regional and functional specialization of prophenoloxidases

artículo científico publicado en 2015

Drosophila melanogaster: a case study of a model genomic sequence and its consequences

artículo científico publicado en 2005

Drosophila polymorphism database (DPDB): a portal for nucleotide polymorphism in Drosophila

artículo científico publicado en 2007

Dynamics of Wolbachia pipientis Gene Expression Across the Drosophila melanogaster Life Cycle ⬇️

artículo científico publicado en 2015

Embryonic enhancers in the dpp disk region regulate a second round of Dpp signaling from the dorsal ectoderm to the mesoderm that represses Zfh-1 expression in a subset of pericardial cells

artículo científico publicado en 2003

Evidence for stabilizing selection in a eukaryotic enhancer element.

artículo científico publicado en 2000

Evolution of Ty1 copy number control in yeast by horizontal transfer and recombination

artículo científico publicado en 2020

Evolution of genes and genomes on the Drosophila phylogeny

artículo científico publicado en 2007

Evolutionary genomics of transposable elements in Saccharomyces cerevisiae

artículo científico publicado en 2012

Evolutionary systems biology of amino acid biosynthetic cost in yeast

artículo científico publicado en 2010

Functional evolution of a cis-regulatory module

artículo científico publicado en 2005

Gene expression divergence recapitulates the developmental hourglass model

artículo científico publicado en 2010

Genomic analysis of P elements in natural populations of Drosophila melanogaster

artículo científico publicado en 2017

Haplotype-resolved genome assembly enables gene discovery in the red palm weevil Rhynchophorus ferrugineus

scientific article published on 11 May 2021

Horizontal transfer and proliferation of Tsu4 in Saccharomyces paradoxus.

artículo científico publicado en 2018

Hybrid dysgenesis in Drosophila virilis results in clusters of mitotic recombination and loss-of-heterozygosity but leaves meiotic recombination unaltered

scientific article published on 15 February 2020

Identifying cis-regulatory modules by combining comparative and compositional analysis of DNA.

artículo científico publicado en 2006

LINNAEUS: a species name identification system for biomedical literature

artículo científico publicado en 2010

Large-scale discovery of promoter motifs in Drosophila melanogaster

artículo científico publicado en 2006

Long-read, whole-genome shotgun sequence data for five model organisms

artículo científico publicado en 2014

McClintock: An Integrated Pipeline for Detecting Transposable Element Insertions in Whole-Genome Shotgun Sequencing Data.

artículo científico publicado en 2017

ORegAnno: an open access database and curation system for literature-derived promoters, transcription factor binding sites and regulatory variation

artículo científico publicado en 2006

ORegAnno: an open-access community-driven resource for regulatory annotation

artículo científico publicado en 2008

Paucity of chimeric gene-transposable element transcripts in the Drosophila melanogaster genome

artículo científico publicado en 2005

Phased Diploid Genome Assemblies for Three Strains of Candida albicans from Oak Trees

artículo científico publicado en 2019

Photogenic Flies—A review of Chyb and Gompel's Atlas of Drosophila Morphology: Wild-type and Classical Mutants.

artículo científico publicado en 2013

Population genomic inferences from sparse high-throughput sequencing of two populations of Drosophila melanogaster

artículo científico publicado en 2009

Population genomics of domestic and wild yeasts

artículo científico publicado en 2009

Population genomics of the Wolbachia endosymbiont in Drosophila melanogaster

artículo científico publicado en 2012

Principles of genome evolution in the Drosophila melanogaster species group

artículo científico publicado en 2007

Purifying selection maintains highly conserved noncoding sequences in Drosophila.

artículo científico publicado en 2007

REDfly 2.0: an integrated database of cis-regulatory modules and transcription factor binding sites in Drosophila

artículo científico publicado en 2007

REDfly v3.0: toward a comprehensive database of transcriptional regulatory elements in Drosophila

artículo científico publicado en 2011

Rare recombination events generate sequence diversity among balancer chromosomes in Drosophila melanogaster

artículo científico publicado en 2016

Recent LTR retrotransposon insertion contrasts with waves of non-LTR insertion since speciation in Drosophila melanogaster

artículo científico publicado en 2007

Recurrent insertion and duplication generate networks of transposable element sequences in the Drosophila melanogaster genome

artículo científico publicado en 2006

Strain-specific and pooled genome sequences for populations of Drosophila melanogaster from three continents

artículo científico publicado en 2015

Testing the palindromic target site model for DNA transposon insertion using the Drosophila melanogaster P-element

artículo científico publicado en 2008

Text mining for biology - the way forward: opinions from leading scientists

artículo científico publicado en 2008

Text-mining assisted regulatory annotation

artículo científico publicado en 2008

The Drosophila melanogaster Genetic Reference Panel

artículo científico publicado en 2012

The GNAT library for local and remote gene mention normalization

artículo científico publicado en 2011

The evolution of tRNA genes in Drosophila

artículo científico publicado en 2010

The transposable elements of the Drosophila melanogaster euchromatin: a genomics perspective

artículo científico publicado en 2002

Tracing the evolutionary history of Drosophila regulatory regions with models that identify transcription factor binding sites

artículo científico publicado en 2003

Trapping a somatic endogenous retrovirus into a germline piRNA cluster immunizes the germline against further invasion.

artículo científico publicado en 2019

Unique transposon landscapes are pervasive across Drosophila melanogaster genomes

artículo científico publicado en 2015

Whole Genome Resequencing Reveals Natural Target Site Preferences of Transposable Elements in Drosophila melanogaster ⬇️

artículo científico publicado el 9 de febrero de 2012

Whole genome screen reveals a novel relationship between Wolbachia levels and Drosophila host translation

scientific article published on 13 November 2018

pubmed2ensembl: a resource for mining the biological literature on genes

artículo científico publicado en 2011

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