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Lista de obras de Bradley Bernstein

142 Genetic and Nongenetic Determinants of Cellular Architecture in IDH1-Mutant Oligodendrogliomas and Astrocytomas Using Single-Cell Transcriptome Analysis

artículo científico publicado en 2016

A B Cell Regulome Links Notch to Downstream Oncogenic Pathways in Small B Cell Lymphomas

artículo científico publicado en 2017

A Blueprint for an International Cancer Epigenome Consortium. A Report from the AACR Cancer Epigenome Task Force ⬇️

artículo científico publicado el 27 de noviembre de 2012

A Genetic Variant Associated with Five Vascular Diseases Is a Distal Regulator of Endothelin-1 Gene Expression.

artículo científico publicado en 2017

A Multiplexed System for Quantitative Comparisons of Chromatin Landscapes.

artículo científico publicado en 2015

A Tell-Tail Sign of Chromatin: Histone Mutations Drive Pediatric Glioblastoma ⬇️

artículo científico publicado el 20 de marzo de 2012

A bivalent chromatin structure marks key developmental genes in embryonic stem cells

artículo científico publicado en 2006

A high-throughput chromatin immunoprecipitation approach reveals principles of dynamic gene regulation in mammals

artículo científico publicado en 2012

A novel method for detecting the cellular stemness state in normal and leukemic human hematopoietic cells can predict disease outcome and drug sensitivity

scientific article published on 31 January 2019

ASXL1 mutations promote myeloid transformation through loss of PRC2-mediated gene repression

artículo científico publicado en 2012

Adaptive Chromatin Remodeling Drives Glioblastoma Stem Cell Plasticity and Drug Tolerance.

artículo científico publicado en 2016

Altered chromosomal topology drives oncogenic programs in SDH-deficient GISTs

scientific article published on 16 October 2019

Alzheimer's disease: early alterations in brain DNA methylation at ANK1, BIN1, RHBDF2 and other loci

artículo científico publicado en 2014

An Integrative Model of Cellular States, Plasticity, and Genetics for Glioblastoma

scientific article published on 18 July 2019

An aberrant transcription factor network essential for Wnt signaling and stem cell maintenance in glioblastoma.

artículo científico publicado en 2013

An epigenetic mechanism of resistance to targeted therapy in T cell acute lymphoblastic leukemia

artículo científico publicado en 2014

An oncogenic MYB feedback loop drives alternate cell fates in adenoid cystic carcinoma.

artículo científico publicado en 2016

ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia

artículo científico publicado en 2012

Charting a dynamic DNA methylation landscape of the human genome

artículo científico publicado en 2013

Chromatin accessibility promotes hematopoietic and leukemia stem cell activity

artículo científico publicado en 2020

Chromatin profiling by directly sequencing small quantities of immunoprecipitated DNA.

artículo científico publicado en 2009

Chromatin signature reveals over a thousand highly conserved large non-coding RNAs in mammals

artículo científico publicado en 2009

Chromatin state maps: new technologies, new insights

artículo científico publicado en 2008

Clinical sensitivity and interpretation of PCR and serological COVID-19 diagnostics for patients presenting to the hospital

artículo científico publicado en 2020

Cohesin Loss Eliminates All Loop Domains

artículo científico publicado en 2017

Combinatorial patterning of chromatin regulators uncovered by genome-wide location analysis in human cells

artículo científico publicado en 2011

Comparative analysis of metazoan chromatin organization

artículo científico publicado en 2014

Comparison of sequencing-based methods to profile DNA methylation and identification of monoallelic epigenetic modifications.

artículo científico publicado en 2010

Comprehensive mapping of long-range interactions reveals folding principles of the human genome

artículo científico publicado en 2009

Corrupted coordination of epigenetic modifications leads to diverging chromatin states and transcriptional heterogeneity in CLL

scientific article published on 23 April 2019

Crystallographic Investigations of Phosphoglycerate Kinase From the Causative Agent of Sleeping Sickness ⬇️

doctoral thesis by Bradley E. Bernstein, University of Washington, 1997

DNA sequence-dependent compartmentalization and silencing of chromatin at the nuclear lamina

scientific journal article

DNA-protein interactions in high definition

artículo científico publicado en 2012

Data-Driven Polymer Model for Mechanistic Exploration of Diploid Genome Organization

artículo científico publicado en 2020

Decoupling genetics, lineages, and microenvironment in IDH-mutant gliomas by single-cell RNA-seq.

artículo científico publicado en 2017

Defining functional DNA elements in the human genome

artículo científico publicado en 2014

Deletion of Asxl1 results in myelodysplasia and severe developmental defects in vivo

artículo científico publicado en 2013

Detecting sample swaps in diverse NGS data types using linkage disequilibrium

artículo científico publicado en 2020

Detection of Enhancer-Associated Rearrangements Reveals Mechanisms of Oncogene Dysregulation in B-cell Lymphoma

artículo científico publicado en 2015

Development and validation of a T7 based linear amplification for genomic DNA ⬇️

artículo científico publicado el 9 de mayo de 2003

Developmental and oncogenic programs in H3K27M gliomas dissected by single-cell RNA-seq

artículo científico publicado en 2018

Developmental biology. Pluripotent chromatin state

artículo científico publicado en 2009

Digital transcriptome profiling from attomole-level RNA samples

artículo científico publicado en 2010

Discovery of biomarkers predictive of GSI response in triple-negative breast cancer and adenoid cystic carcinoma

artículo científico publicado en 2014

Dissecting neural differentiation regulatory networks through epigenetic footprinting

artículo científico publicado en 2014

Dual Targeting of Oncogenic Activation and Inflammatory Signaling Increases Therapeutic Efficacy in Myeloproliferative Neoplasms.

artículo científico publicado en 2017

Dual Targeting of Oncogenic Activation and Inflammatory Signaling Increases Therapeutic Efficacy in Myeloproliferative Neoplasms.

artículo científico publicado en 2018

EHMT1 and EHMT2 inhibition induces fetal hemoglobin expression.

artículo científico publicado en 2015

EWS-FLI1 utilizes divergent chromatin remodeling mechanisms to directly activate or repress enhancer elements in Ewing sarcoma

artículo científico publicado en 2014

EZH2 codon 641 mutations are common in BCL2-rearranged germinal center B cell lymphomas

artículo científico publicado en 2011

Enhancer signatures stratify and predict outcomes of non-functional pancreatic neuroendocrine tumors

scientific article published on 01 July 2019

Epigenetic Reprogramming in Cancer ⬇️

artículo científico publicado el 29 de marzo de 2013

Epigenetic alterations in keratinocyte carcinoma

artículo científico publicado en 2020

Epigenetic plasticity and the hallmarks of cancer.

artículo científico publicado en 2017

Epigenetic silencing by SETDB1 suppresses tumour intrinsic immunogenicity

artículo científico publicado en 2021

Epigenome editing strategies for the functional annotation of CTCF insulators

artículo científico publicado en 2019

Epigenome-wide study uncovers large-scale changes in histone acetylation driven by tau pathology in aging and Alzheimer's human brains.

artículo científico publicado en 2018

Epithelial-to-mesenchymal transition antagonizes response to targeted therapies in lung cancer by suppressing BIM.

artículo científico publicado en 2017

Epstein-Barr virus exploits intrinsic B-lymphocyte transcription programs to achieve immortal cell growth

artículo científico publicado en 2011

Evaluation of SARS-CoV-2 serology assays reveals a range of test performance

artículo científico publicado en 2020

Expanded encyclopaedias of DNA elements in the human and mouse genomes

artículo científico publicado en 2020

Extended-representation bisulfite sequencing of gene regulatory elements in multiplexed samples and single cells

artículo científico publicado en 2021

GABPβ1L Wakes Up TERT

artículo científico publicado en 2018

GC-rich sequence elements recruit PRC2 in mammalian ES cells

artículo científico publicado en 2010

GENE-30. TRANSCRIPTION ELONGATION FACTORS REPRESENT CANCER DEPENDENCIES IN GLIOBLASTOMA

Gain-of-function genetic alterations of G9a drive oncogenesis

scientific article published on 08 April 2020

Genetic and epigenetic fine mapping of causal autoimmune disease variants

artículo científico publicado en 2015

Genome-scale DNA methylation maps of pluripotent and differentiated cells

artículo científico publicado en 2008

Genome-wide analysis of histone modifications by ChIP-on-chip

artículo científico publicado en 2006

Genome-wide analysis reveals conserved and divergent features of Notch1/RBPJ binding in human and murine T-lymphoblastic leukemia cells ⬇️

artículo científico publicado el 7 de julio de 2011

Genome-wide chromatin maps derived from limited numbers of hematopoietic progenitors

artículo científico publicado en 2010

Genome-wide chromatin state transitions associated with developmental and environmental cues

artículo científico publicado en 2013

Genome-wide maps of chromatin state in pluripotent and lineage-committed cells

artículo científico publicado en 2007

Genomewide analysis of PRC1 and PRC2 occupancy identifies two classes of bivalent domains

artículo científico publicado en 2008

Genomic distribution and inter-sample variation of non-CpG methylation across human cell types

artículo científico publicado en 2011

Genomic views of chromatin

artículo científico publicado en 2005

Global approaches to chromatin

artículo científico publicado en 2002

Global nucleosome occupancy in yeast

artículo científico publicado en 2004

H2A.Z landscapes and dual modifications in pluripotent and multipotent stem cells underlie complex genome regulatory functions

artículo científico publicado en 2012

Heritability enrichment of specifically expressed genes identifies disease-relevant tissues and cell types

artículo científico publicado en 2018

Heritability enrichment of specifically expressed genes identifies disease-relevant tissues and cell types

article

Heterodimeric JAK-STAT activation as a mechanism of persistence to JAK2 inhibitor therapy

artículo científico publicado en 2012

High seroprevalence of anti-SARS-CoV-2 antibodies in Chelsea, Massachusetts

scientific article published on 09 September 2020

High-Throughput Single-Cell Labeling (Hi-SCL) for RNA-Seq Using Drop-Based Microfluidics

artículo científico publicado en 2015

Histone H2A mono-ubiquitination is a crucial step to mediate PRC1-dependent repression of developmental genes to maintain ES cell identity

artículo científico publicado en 2012

Identification of promoter targets of enhancers by epigenetic knockdown using TAL DNA binding proteins.

artículo científico publicado en 2013

Immunohistochemical quantification of partial-EMT in oral cavity squamous cell carcinoma primary tumors is associated with nodal metastasis

scientific article published on 06 November 2019

In silico abstraction of zinc finger nuclease cleavage profiles reveals an expanded landscape of off-target sites ⬇️

artículo científico publicado el 14 de agosto de 2013

Inducible histone K-to-M mutations are dynamic tools to probe the physiological role of site-specific histone methylation in vitro and in vivo

artículo científico publicado en 2019

Initial genome sequencing and analysis of multiple myeloma

artículo científico publicado en 2011

Insights into GATA-1-mediated gene activation versus repression via genome-wide chromatin occupancy analysis

artículo científico publicado en 2009

Insulator dysfunction and oncogene activation in IDH mutant gliomas

artículo científico publicado en 2015

Jarid2 and PRC2, partners in regulating gene expression

artículo científico publicado en 2010

Large-Scale Topological Changes Restrain Malignant Progression in Colorectal Cancer

scientific article published on 18 August 2020

Large-scale discovery and validation of functional elements in the human genome

artículo científico publicado en 2005

Locus-specific editing of histone modifications at endogenous enhancers

artículo científico publicado en 2013

Long-range enhancer activity determines Myc sensitivity to Notch inhibitors in T cell leukemia

artículo científico publicado en 2014

MBRS-28. SINGLE-CELL TRANSCRIPTOME ANALYSIS OF MEDULLOBLASTOMA

Mammalian Polycomb-Like Pcl2/Mtf2 Is a Novel Regulatory Component of PRC2 That Can Differentially Modulate Polycomb Activity both at the Hox Gene Cluster and at Cdkn2a Genes

artículo científico publicado en 2014

Mammalian polycomb-like Pcl2/Mtf2 is a novel regulatory component of PRC2 that can differentially modulate polycomb activity both at the Hox gene cluster and at Cdkn2a genes

scientific journal article

Many human large intergenic noncoding RNAs associate with chromatin-modifying complexes and affect gene expression

artículo científico publicado en 2009

Methylation of Histone H3 K4 Mediates Association of the Isw1p ATPase with Chromatin

artículo científico publicado en 2018

Methylation of histone H3 K4 mediates association of the Isw1p ATPase with chromatin

artículo científico publicado en 2003

Methylation of histone H3 Lys 4 in coding regions of active genes

artículo científico publicado en 2002

Model-based analysis of ChIP-Seq (MACS)

artículo científico publicado en 2008

Molecular biology. Genetic events that shape the cancer epigenome

artículo científico publicado en 2012

Molecular regulation of H3K4 trimethylation by ASH2L, a shared subunit of MLL complexes

artículo científico publicado en 2006

Neural-specific Sox2 input and differential Gli-binding affinity provide context and positional information in Shh-directed neural patterning

artículo científico publicado en 2012

Orthologous CRISPR-Cas9 enzymes for combinatorial genetic screens.

artículo científico publicado en 2017

PDTM-04. REDEFINING THE CELLULAR ARCHITECTURE OF DIFFUSE MIDLINE GLIOMAS WITH H3 K27M MUTATIONS THROUGH LARGE-SCALE SINGLE-CELL ANALYSES

Parallel Single-Cell RNA-Seq and Genetic Recording Reveals Lineage Decisions in Developing Embryoid Bodies

artículo científico publicado en 2020

Perspectives on ENCODE

artículo científico publicado en 2020

Publisher Correction: Enhancer signatures stratify and predict outcomes of non-functional pancreatic neuroendocrine tumors

artículo científico publicado en 2019

RBPJ maintains brain tumor-initiating cells through CDK9-mediated transcriptional elongation

artículo científico publicado en 2016

Re-programing Chromatin with a Bifunctional LSD1/HDAC Inhibitor Induces Therapeutic Differentiation in DIPG

scientific article published on 17 October 2019

Reconstructing and reprogramming the tumor-propagating potential of glioblastoma stem-like cells

artículo científico publicado en 2014

Regulation of the glucocorticoid receptor via a BET-dependent enhancer drives antiandrogen resistance in prostate cancer.

artículo científico publicado en 2017

Reply to Brunet and Doolittle: Both selected effect and causal role elements can influence human biology and disease

artículo científico publicado en 2014

Reprogramming Factor Expression Initiates Widespread Targeted Chromatin Remodeling ⬇️

artículo científico publicado el 7 de enero de 2011

Resolving medulloblastoma cellular architecture by single-cell genomics

artículo científico publicado en 2019

Role for Dpy-30 in ES Cell-Fate Specification by Regulation of H3K4 Methylation within Bivalent Domains ⬇️

artículo científico publicado el 18 de febrero de 2011

Rpd3p relocation mediates a transcriptional response to rapamycin in yeast

artículo científico publicado en 2004

SAM domain polymerization links subnuclear clustering of PRC1 to gene silencing

artículo científico publicado en 2013

SMARCB1-mediated SWI/SNF complex function is essential for enhancer regulation

artículo científico publicado en 2016

STEM-22LARGE-SCALE SINGLE-CELL RNA-seq REVEALS A DEVELOPMENTAL CELLULAR HIERARCHY IN HUMAN OLIGODENDROGLIOMA.

artículo científico publicado en 2015

Signaling network model of chromatin

artículo científico publicado en 2002

Single cell RNA-seq reveals developmental plasticity with coexisting oncogenic and immune evasion programs in ETP-ALL

artículo científico publicado en 2020

Single-Cell RNA-Seq Reveals AML Hierarchies Relevant to Disease Progression and Immunity

artículo científico publicado en 2019

Single-Cell Transcriptomic Analysis of Primary and Metastatic Tumor Ecosystems in Head and Neck Cancer

artículo científico publicado en 2017

Single-cell ChIP-seq reveals cell subpopulations defined by chromatin state

artículo científico publicado en 2015

Single-cell RNA-seq highlights intratumoral heterogeneity in primary glioblastoma

artículo científico publicado en 2014

Single-cell RNA-seq supports a developmental hierarchy in human oligodendroglioma

artículo científico publicado en 2016

Single-cell and single-molecule epigenomics to uncover genome regulation at unprecedented resolution

scientific article published on 17 December 2018

Single-cell lineage analysis reveals genetic and epigenetic interplay in glioblastoma drug resistance

artículo científico publicado en 2020

Single-molecule decoding of combinatorially modified nucleosomes

artículo científico publicado en 2016

Systematic dissection of genomic features determining transcription factor binding and enhancer function

artículo científico publicado en 2017

Targeted DNA demethylation and activation of endogenous genes using programmable TALE-TET1 fusion proteins

artículo científico publicado en 2013

Test performance evaluation of SARS-CoV-2 serological assays

scientific article published on 29 April 2020

Th17 cells transdifferentiate into regulatory T cells during resolution of inflammation

artículo científico publicado en 2015

The NIH Roadmap Epigenomics Mapping Consortium

artículo científico publicado en 2010

The histone deacetylase SIRT6 is a tumor suppressor that controls cancer metabolism

artículo científico publicado en 2012

The use of chromatin immunoprecipitation assays in genome-wide analyses of histone modifications

artículo científico publicado en 2004

Tissue-specific SMARCA4 binding at active and repressed regulatory elements during embryogenesis

artículo científico publicado en 2014

Transaminase Inhibition by 2-Hydroxyglutarate Impairs Glutamate Biosynthesis and Redox Homeostasis in Glioma

scientific article published on 13 September 2018

Transcription elongation factors represent in vivo cancer dependencies in glioblastoma

artículo científico publicado en 2017

Transcriptional and epigenetic dynamics during specification of human embryonic stem cells

artículo científico publicado en 2013

Tumor mutational landscape is a record of the pre-malignant state

Unbiased reconstruction of a mammalian transcriptional network mediating pathogen responses

artículo científico publicado en 2009

Unravelling subclonal heterogeneity and aggressive disease states in TNBC through single-cell RNA-seq

artículo científico publicado en 2018

Whole Genome Amplification by T7-Based Linear Amplification of DNA (TLAD): I. CIP Treatment of Samples and Tailing Reaction with Terminal Transferase ⬇️

artículo científico publicado el 1 de mayo de 2008

Whole Genome Amplification by T7-Based Linear Amplification of DNA (TLAD): II. Second-Strand Synthesis and In Vitro Transcription ⬇️

artículo científico publicado el 1 de mayo de 2008

Whole Genome Amplification by T7-Based Linear Amplification of DNA (TLAD): III. Sample Purification ⬇️

artículo científico publicado el 1 de mayo de 2008

Whole Genome Amplification by T7-Based Linear Amplification of DNA (TLAD): Overview ⬇️

artículo científico publicado el 1 de mayo de 2008

Whole-genome chromatin profiling from limited numbers of cells using nano-ChIP-seq ⬇️

artículo científico publicado el 29 de septiembre de 2011

Widespread RNA binding by chromatin-associated proteins

artículo científico publicado en 2016

Wilms tumor chromatin profiles highlight stem cell properties and a renal developmental network

artículo científico publicado en 2010

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