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Lista de obras de Mijaíl Guelfand

A Gibbs sampler for identification of symmetrically structured, spaced DNA motifs with improved estimation of the signal length.

artículo científico publicado en 2005

A machine learning framework for the prediction of chromatin folding in using epigenetic features

artículo científico publicado en 2020

A metabolic network in the evolutionary context: multiscale structure and modularity

artículo científico publicado en 2006

A model of evolution with constant selective pressure for regulatory DNA sites.

artículo científico publicado en 2007

A novel class of modular transporters for vitamins in prokaryotes.

artículo científico publicado en 2008

A novel intra-U1 snRNP cross-regulation mechanism: alternative splicing switch links U1C and U1-70K expression.

artículo científico publicado en 2013

A polar mechanism coordinates different regions of alternative splicing within a single gene.

artículo científico publicado en 2005

A transporter of Escherichia coli specific for L- and D-methionine is the prototype for a new family within the ABC superfamily

artículo científico publicado en 2003

APOBEC mutagenesis is low in most types of non-B DNA structures

artículo científico publicado en 2022

ASDB: database of alternatively spliced genes

artículo científico publicado en 1999

Abundance and functional diversity of riboswitches in microbial communities

artículo científico publicado en 2007

Activation of the alpha-globin gene expression correlates with dramatic upregulation of nearby non-globin genes and changes in local and large-scale chromatin spatial structure.

artículo científico publicado en 2017

Active chromatin and transcription play a key role in chromosome partitioning into topologically associating domains

artículo científico publicado en 2015

Adaptive evolution at mRNA editing sites in soft-bodied cephalopods

scientific article published on 27 November 2020

Algorithms and software for support of gene identification experiments ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 1998

Amino acid residues that determine functional specificity of NADP- and NAD-dependent isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases.

artículo científico publicado en 2006

An algorithm for identification of regulatory signals in unaligned DNA sequences, its testing and parallel implementation.

artículo científico publicado en 2003

An automated stochastic approach to the identification of the protein specificity determinants and functional subfamilies.

artículo científico publicado en 2010

Application of sorting and next generation sequencing to study 5΄-UTR influence on translation efficiency in Escherichia coli

artículo científico publicado en 2016

Asymmetric and non-uniform evolution of recently duplicated human genes

artículo científico publicado en 2010

Attenuation regulation of amino acid biosynthetic operons in proteobacteria: comparative genomics analysis.

artículo científico publicado en 2004

Automated selection of positions determining functional specificity of proteins by comparative analysis of orthologous groups in protein families.

artículo científico publicado en 2004

BATMAS30: amino acid substitution matrix for alignment of bacterial transporters.

artículo científico publicado en 2003

Biases in read coverage demonstrated by interlaboratory and interplatform comparison of 117 mRNA and genome sequencing experiments.

artículo científico publicado en 2012

Bioinformatics classification and functional analysis of PhoH homologs

artículo científico publicado en 2002

Changes in segmentation and setation along the anterior/posterior axis of the homonomous trunk limbs of a remipede (Crustacea, Arthropoda)

artículo científico publicado en 2016

Changes in snoRNA and snRNA Abundance in the Human, Chimpanzee, Macaque, and Mouse Brain

artículo científico publicado en 2016

Chlamydia pan-genomic analysis reveals balance between host adaptation and selective pressure to genome reduction

artículo científico publicado en 2019

Combining diverse evidence for gene recognition in completely sequenced bacterial genomes.

artículo científico publicado en 1998

Combining specificity determining and conserved residues improves functional site prediction

artículo científico publicado en 2009

Common and specific amino acid residues in the prokaryotic polypeptide release factors RF1 and RF2: possible functional implications

artículo científico publicado en 2005

Comparative Genomic Analysis of Holospora spp., Intranuclear Symbionts of Paramecia

artículo científico publicado en 2018

Comparative Genomic Analysis of the Regulation of Aromatic Metabolism in Betaproteobacteria

artículo científico publicado en 2019

Comparative analysis of CRISPR cassettes from the human gut metagenomic contigs

artículo científico publicado en 2014

Comparative analysis of RNA regulatory elements of amino acid metabolism genes in Actinobacteria

artículo científico publicado en 2005

Comparative analysis of regulatory patterns in bacterial genomes.

artículo científico publicado en 2000

Comparative and functional genomic analysis of prokaryotic nickel and cobalt uptake transporters: evidence for a novel group of ATP-binding cassette transporters

scientific journal article

Comparative genomic analyses of nickel, cobalt and vitamin B12 utilization

artículo científico publicado en 2009

Comparative genomic analysis of T-box regulatory systems in bacteria

artículo científico publicado en 2008

Comparative genomic analysis of fungal TPP-riboswitches.

artículo científico publicado en 2018

Comparative genomic analysis of regulation of anaerobic respiration in ten genomes from three families of gamma-proteobacteria (Enterobacteriaceae, Pasteurellaceae, Vibrionaceae).

artículo científico publicado en 2007

Comparative genomic analysis of the hexuronate metabolism genes and their regulation in gammaproteobacteria.

artículo científico publicado en 2011

Comparative genomic reconstruction of transcriptional networks controlling central metabolism in the Shewanella genus

artículo científico publicado en 2011

Comparative genomics and evolution of alternative splicing: the pessimists' science.

artículo científico publicado en 2007

Comparative genomics and evolution of regulons of the LacI-family transcription factors

artículo científico publicado en 2014

Comparative genomics and experimental characterization of N-acetylglucosamine utilization pathway of Shewanella oneidensis

artículo científico publicado en 2006

Comparative genomics of CytR, an unusual member of the LacI family of transcription factors

artículo científico publicado en 2012

Comparative genomics of bacterial zinc regulons: enhanced ion transport, pathogenesis, and rearrangement of ribosomal proteins

artículo científico publicado en 2003

Comparative genomics of regulation of fatty acid and branched-chain amino acid utilization in proteobacteria.

artículo científico publicado en 2008

Comparative genomics of the KdgR regulon in Erwinia chrysanthemi 3937 and other gamma-proteobacteria.

artículo científico publicado en 2004

Comparative genomics of the dormancy regulons in mycobacteria

artículo científico publicado en 2011

Comparative genomics of the methionine metabolism in Gram-positive bacteria: a variety of regulatory systems.

artículo científico publicado en 2004

Comparative genomics of the vitamin B12 metabolism and regulation in prokaryotes.

artículo científico publicado en 2003

Comparative genomics of thiamin biosynthesis in procaryotes. New genes and regulatory mechanisms

artículo científico publicado en 2002

Comparative genomics of transcriptional regulation in yeasts and its application to identification of a candidate alpha-isopropylmalate transporter.

artículo científico publicado en 2006

Comparative genomics of transcriptional regulation of methionine metabolism in Proteobacteria

artículo científico publicado en 2014

Comparison of genome architecture at two stages of male germline cell differentiation in Drosophila

artículo científico publicado en 2022

Complete Genome and Proteome of Acholeplasma laidlawii ⬇️

artículo científico publicado el 22 de julio de 2011

Computational analysis of splicing errors and mutations in human transcripts

artículo científico publicado en 2008

Computational identification of BioR, a transcriptional regulator of biotin metabolism in Alphaproteobacteria, and of its binding signal.

artículo científico publicado en 2006

Computational reconstruction of iron- and manganese-responsive transcriptional networks in alpha-proteobacteria

artículo científico publicado en 2006

Computational reconstruction of iron- and manganese-responsive transcriptional networks in alpha-proteobacteria

artículo científico publicado en 2006

Conservation of the biotin regulon and the BirA regulatory signal in Eubacteria and Archaea.

artículo científico publicado en 2002

Conservation, evolution, and regulation of splicing during prefrontal cortex development in humans, chimpanzees and macaques.

artículo científico publicado en 2018

Conserved and species-specific alternative splicing in mammalian genomes.

artículo científico publicado en 2007

Cooption of heat shock regulatory system for anhydrobiosis in the sleeping chironomid Polypedilum vanderplanki

artículo científico publicado en 2018

Correction to: Draft genome sequences of Hirudo medicinalis and salivary transcriptome of three closely related medicinal leeches

artículo científico publicado en 2020

Correlated Evolution of Nucleotide Positions within Splice Sites in Mammals.

artículo científico publicado en 2015

Crosslinking-immunoprecipitation (iCLIP) analysis reveals global regulatory roles of hnRNP L.

artículo científico

Cumulative contact frequency of a chromatin region is an intrinsic property linked to its function

artículo científico publicado en 2020

Damage-repair error-prone polymerases of eubacteria: association with mobile genome elements.

artículo científico publicado en 2002

De novo sequencing and characterization of floral transcriptome in two species of buckwheat (Fagopyrum).

artículo científico publicado en 2011

Deinococcus geothermalis: the pool of extreme radiation resistance genes shrinks

artículo científico publicado en 2007

Detection of homologous recombination in closely related strains.

artículo científico publicado en 2016

Differential Impact of Hexuronate Regulators ExuR and UxuR on the Escherichia coli Proteome

artículo científico publicado en 2022

Dissernet

volunteer community network working to clean Russian science of plagiarism

Dissimilatory Metabolism of Nitrogen Oxides in Bacteria: Comparative Reconstruction of Transcriptional Networks

Dissimilatory metabolism of nitrogen oxides in bacteria: comparative reconstruction of transcriptional networks

artículo científico publicado en 2005

Doing science in uncertain times

artículo científico publicado en 2004

Draft genome sequences of Hirudo medicinalis and salivary transcriptome of three closely related medicinal leeches

artículo científico publicado en 2020

Dynasty Foundation: Russian science loses to politics

artículo científico publicado en 2015

Engineering transcription factors with novel DNA-binding specificity using comparative genomics

artículo científico publicado en 2009

Evaluation and comparison of current fetal ultrasound image segmentation methods for biometric measurements: a grand challenge

artículo científico publicado en 2013

Evidence for widespread association of mammalian splicing and conserved long-range RNA structures

artículo científico publicado en 2012

Evolution of exon-intron structure and alternative splicing in fruit flies and malarial mosquito genomes.

artículo científico publicado en 2006

Evolution of pan-genomes of Escherichia coli, Shigella spp., and Salmonella enterica

artículo científico publicado en 2013

Evolution of regulatory motifs of bacterial transcription factors.

artículo científico publicado en 2010

Evolution of the Exon-Intron Structure in Ciliate Genomes.

artículo científico publicado en 2016

Evolution of the NadR regulon in Enterobacteriaceae

scientific journal article

Evolution of the exon-intron structure and alternative splicing of the MAGE-A family of cancer/testis antigens.

artículo científico publicado en 2004

Evolution of transcription factor DNA binding sites

artículo científico publicado en 2005

Evolution of transcriptional regulation in closely related bacteria

artículo científico publicado en 2012

Evolution of transcriptional regulatory networks in microbial genomes

artículo científico publicado en 2006

Evolutionary dynamics of clustered irregularly interspaced short palindromic repeat systems in the ocean metagenome.

artículo científico publicado en 2010

Evolutionary patterns of phosphorylated serines

artículo científico publicado en 2011

Exact mapping of prokaryotic gene starts.

artículo científico publicado en 2002

Extendable words in nucleotide sequences ⬇️

artículo científico publicado el 1 de abril de 1992

Fast rate of evolution in alternatively spliced coding regions of mammalian genes.

artículo científico publicado en 2006

Functional diversification of ROK-family transcriptional regulators of sugar catabolism in the Thermotogae phylum.

artículo científico publicado en 2012

Functional implications of splicing polymorphisms in the human genome.

artículo científico publicado en 2013

Gene cloning, expression and characterization of novel phytase from Obesumbacterium proteus

artículo científico publicado en 2004

Gene recognition in eukaryotic DNA by comparison of genomic sequences ⬇️

artículo científico publicado el 1 de noviembre de 2001

Gene recognition via spliced sequence alignment.

artículo científico publicado en 1996

Genetic language: metaphore or analogy?

artículo científico publicado en 1993

Genome analysis of E. coli isolated from Crohn's disease patients

artículo científico publicado en 2017

Genome rearrangements and phylogeny reconstruction in Yersinia pestis

artículo científico publicado en 2018

Genome rearrangements and selection in multi-chromosome bacteria Burkholderia spp

scientific article published on 27 December 2018

Genome-Wide Transcription Start Site Mapping and Promoter Assignments to a Sigma Factor in the Human Enteropathogen Clostridioides difficile

artículo científico publicado en 2020

Genome-wide analysis of bacterial promoter regions

scientific article published on 01 January 2003

Genome-wide analysis of cell type-specific gene transcription during spore formation in Clostridium difficile.

artículo científico publicado en 2013

Genome-wide molecular clock and horizontal gene transfer in bacterial evolution

artículo científico publicado en 2004

Genome-wide transcription start site mapping of Bradyrhizobium japonicum grown free-living or in symbiosis - a rich resource to identify new transcripts, proteins and to study gene regulation

artículo científico publicado en 2016

Genomic Analysis of Caldithrix abyssi, the Thermophilic Anaerobic Bacterium of the Novel Bacterial Phylum Calditrichaeota

artículo científico publicado en 2017

Genomic study of the Ket: a Paleo-Eskimo-related ethnic group with significant ancient North Eurasian ancestry

artículo científico publicado en 2016

Genomic study of the Ket: a Paleo-Eskimo-related ethnic group with significant ancient North Eurasian ancestry

Genomics of sponge-associated Streptomyces spp. closely related to Streptomyces albus J1074: insights into marine adaptation and secondary metabolite biosynthesis potential

artículo científico publicado en 2014

Global transcriptional response of Nitrosomonas europaea to chloroform and chloromethane.

artículo científico publicado en 2007

Glutamine versus ammonia utilization in the NAD synthetase family

artículo científico publicado en 2012

GntR Family of Bacterial Transcription Factors and Their DNA Binding Motifs: Structure, Positioning and Co-Evolution.

artículo científico publicado en 2015

High Rates of Genome Rearrangements and Pathogenicity of <i>Shigella</i> spp

artículo científico publicado en 2021

History of chromosome rearrangements reflects the spatial organization of yeast chromosomes

artículo científico publicado en 2016

Horizontal gene transfer and genome evolution in Methanosarcina.

artículo científico publicado en 2015

How gene order is influenced by the biophysics of transcription regulation

artículo científico publicado en 2007

Identification of Position-Specific Correlations between DNA-Binding Domains and Their Binding Sites. Application to the MerR Family of Transcription Factors

artículo científico publicado en 2016

Identification of a bacterial regulatory system for ribonucleotide reductases by phylogenetic profiling.

artículo científico publicado en 2005

Identification of replication origins in prokaryotic genomes.

artículo científico publicado en 2008

Increase of functional diversity by alternative splicing

artículo científico publicado en 2003

Influence of the spacer region between the Shine-Dalgarno box and the start codon for fine-tuning of the translation efficiency in Escherichia coli

artículo científico publicado en 2020

Introduction to Papers Selected from MCCMB'17

artículo científico publicado en 2018

Introduction: 4th International Moscow Conference on Computational Molecular Biology MCCMB'09.

artículo científico publicado en 2010

Korchevatel'

'the rooter'. social action against unconscionable scientific publications in Russia

Large-Scale Identification and Analysis of C-Proteins ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2010

Living without Fur: the subtlety and complexity of iron-responsive gene regulation in the symbiotic bacterium Rhizobium and other alpha-proteobacteria

artículo científico publicado en 2007

Low conservation of alternative splicing patterns in the human and mouse genomes.

artículo científico publicado en 2003

Low-molecular-weight post-translationally modified microcins.

artículo científico publicado en 2007

Micro-evolution of three Streptococcus species: selection, antigenic variation, and horizontal gene inflow

article

Microbiomes of gall-inducing copepod crustaceans from the corals Stylophora pistillata (Scleractinia) and Gorgonia ventalina (Alcyonacea)

artículo científico publicado en 2018

Mining sequence annotation databanks for association patterns.

artículo científico publicado en 2005

Modulation of alternative splicing by long-range RNA structures in Drosophila

artículo científico publicado en 2009

Natural variation of gene models in Drosophila melanogaster.

artículo científico publicado en 2015

Neanderthal ancestry drives evolution of lipid catabolism in contemporary Europeans

artículo científico publicado en 2014

Neanderthal and Denisovan ancestry in Papuans: A functional study

artículo científico publicado en 2018

New Intranuclear Symbiotic Bacteria from Macronucleus of Paramecium putrinum—“Candidatus Gortzia Yakutica”

Nitrogen Fixation and Molecular Oxygen: Comparative Genomic Reconstruction of Transcription Regulation in Alphaproteobacteria.

artículo científico publicado en 2016

No statistical support for correlation between the positions of protein interaction sites and alternatively spliced regions

artículo científico publicado en 2004

Nuclear lamina integrity is required for proper spatial organization of chromatin in Drosophila

artículo científico publicado en 2019

Order and stochasticity in the folding of individual Drosophila genomes

artículo científico publicado en 2021

Overlapping alternative donor splice sites in the human genome

artículo científico publicado en 2007

Pangenomic Definition of Prokaryotic Species and the Phylogenetic Structure of Prochlorococcus spp.

artículo científico publicado en 2018

Performance-guarantee gene predictions via spliced alignment.

artículo científico publicado en 1998

Perspectives for the reconstruction of 3D chromatin conformation using single cell Hi-C data

artículo científico publicado en 2021

Phospho-islands and the evolution of phosphorylated amino acids in mammals

artículo científico publicado en 2020

Positive selection in alternatively spliced exons of human genes

artículo científico publicado en 2008

Predictive models of protease specificity based on quantitative protease-activity profiling data

artículo científico publicado en 2019

Pro-Frame: similarity-based gene recognition in eukaryotic DNA sequences with errors.

artículo científico publicado en 2001

Purifying selection in mitochondria, free-living and obligate intracellular proteobacteria.

artículo científico publicado en 2007

Recapitulation of the embryonic transcriptional program in holometabolous insect pupae

artículo científico publicado en 2022

Recognition of genes in human DNA sequences.

artículo científico publicado en 1996

Recognition of regulatory sites by genomic comparison.

artículo científico publicado en 1999

Recognition of transmembrane segments in proteins: review and consistency-based benchmarking of internet servers.

artículo científico publicado en 2006

Recombination Processes and Nonlinear Markov Chains.

artículo científico publicado en 2016

Reconstruction of regulatory and metabolic pathways in metal-reducing delta-proteobacteria

artículo científico publicado en 2004

RegPrecise: a database of curated genomic inferences of transcriptional regulatory interactions in prokaryotes

artículo científico publicado en 2009

RegPredict: an integrated system for regulon inference in prokaryotes by comparative genomics approach

artículo científico publicado en 2010

RegTransBase--a database of regulatory sequences and interactions based on literature: a resource for investigating transcriptional regulation in prokaryotes

artículo científico publicado en 2013

RegTransBase--a database of regulatory sequences and interactions in a wide range of prokaryotic genomes

artículo científico publicado en 2007

Regulation and evolution of malonate and propionate catabolism in proteobacteria.

artículo científico publicado en 2012

Regulation of biosynthesis and transport of aromatic amino acids in low-GC Gram-positive bacteria.

artículo científico publicado en 2003

Regulation of lysine biosynthesis and transport genes in bacteria: yet another RNA riboswitch?

artículo científico publicado en 2003

Regulation of riboflavin biosynthesis and transport genes in bacteria by transcriptional and translational attenuation

artículo científico publicado en 2002

Regulation of the vitamin B12 metabolism and transport in bacteria by a conserved RNA structural element

artículo científico publicado en 2003

Research funds: Rid Russian science of corruption

scientific article published on 19 October 2011

Restriction-modification systems and bacteriophage invasion: who wins?

artículo científico publicado en 2010

Riboswitches: the oldest mechanism for the regulation of gene expression?

artículo científico publicado en 2004

Rodent-specific alternative exons are more frequent in rapidly evolving genes and in paralogs

artículo científico publicado en 2009

SDPpred: a tool for prediction of amino acid residues that determine differences in functional specificity of homologous proteins.

artículo científico publicado en 2004

SELEX_DB: a database on in vitro selected oligomers adapted for recognizing natural sites and for analyzing both SNPs and site-directed mutagenesis data ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2002

Sequence-derived structural features driving proteolytic processing.

artículo científico publicado en 2013

Sequencing potential of nested strand hybridization

artículo científico publicado en 1995

Simplification of ribosomes in bacteria with tiny genomes

artículo científico publicado en 2020

Small Open Reading Frames, Non-Coding RNAs and Repetitive Elements in Bradyrhizobium japonicum USDA 110.

artículo científico publicado en 2016

Some alphabets easily beat Russian letter count

scientific article published on 01 August 2008

Spatial proximity and similarity of the epigenetic state of genome domains.

artículo científico publicado en 2012

Statistical analysis and prediction of the exonic structure of human genes

artículo científico publicado el 1 de septiembre de 1992

Statistical analysis of the exon-intron structure of higher and lower eukaryote genes.

artículo científico publicado en 1999

Structural analysis of conserved base pairs in protein-DNA complexes ⬇️

artículo científico publicado en 2002

Structure and Function of an ADP-Ribose-Dependent Transcriptional Regulator of NAD Metabolism

artículo científico publicado en 2009

Sugar Lego: gene composition of bacterial carbohydrate metabolism genomic loci

artículo científico publicado en 2017

Systematic prediction of control proteins and their DNA binding sites.

artículo científico publicado en 2008

Temporal regulation of gene expression of the Escherichia coli bacteriophage phiEco32.

artículo científico publicado en 2012

Temporal regulation of viral transcription during development of Thermus thermophilus bacteriophage phiYS40.

artículo científico publicado en 2006

The channel in transporters is formed by residues that are rare in transmembrane helices

artículo científico publicado el 1 de enero de 2003

The genes of the sulphoquinovose catabolism in Escherichia coli are also associated with a previously unknown pathway of lactose degradation

artículo científico publicado en 2018

The presence of the transposable element ISBsu2 from a cryptic plasmid in chromosomes of some Bacillus subtilis strains

artículo científico publicado en 2002

The view from Russia

artículo científico publicado en 2006

Transcriptional regulation of NAD metabolism in bacteria: genomic reconstruction of NiaR (YrxA) regulon.

artículo científico publicado en 2008

Transcriptional regulation of the methionine and cysteine transport and metabolism in streptococci.

artículo científico publicado en 2007

Translation at first sight: the influence of leading codons

artículo científico publicado en 2020

Use of the flux model of amino acid metabolism of Escherichia coli.

artículo científico publicado en 2006

Using orthologous and paralogous proteins to identify specificity determining residues

artículo científico publicado en 2002

Using orthologous and paralogous proteins to identify specificity-determining residues in bacterial transcription factors.

artículo científico publicado en 2002

Weak negative and positive selection and the drift load at splice sites

artículo científico publicado en 2014

What is to be done about Russian science? ⬇️

artículo científico publicado el 22 de agosto de 2013

Widespread splicing changes in human brain development and aging

artículo científico publicado en 2013

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