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Lista de obras de David C Samuels

A reduction of mitochondrial DNA molecules during embryogenesis explains the rapid segregation of genotypes

artículo científico publicado en 2008

A review comparing deoxyribonucleoside triphosphate (dNTP) concentrations in the mitochondrial and cytoplasmic compartments of normal and transformed cells

artículo científico publicado en 2011

Accumulation of mitochondrial DNA mutations in ageing, cancer, and mitochondrial disease: is there a common mechanism?

artículo científico publicado en 2002

Adult-onset spinocerebellar ataxia syndromes due to MTATP6 mutations

artículo científico publicado en 2012

Alternative applications for distinct RNA sequencing strategies

artículo científico publicado en 2014

An analysis of enzyme kinetics data for mitochondrial DNA strand termination by nucleoside reverse transcription inhibitors

artículo científico publicado en 2009

Analysis of enzyme kinetic data for mtDNA replication

artículo científico publicado en 2010

Cerebrospinal fluid (CSF) biomarkers of iron status are associated with CSF viral load, antiretroviral therapy, and demographic factors in HIV-infected adults

artículo científico publicado en 2017

Comparative study of exome copy number variation estimation tools using array comparative genomic hybridization as control

artículo científico publicado en 2013

Comparing phylogeny and the predicted pathogenicity of protein variations reveals equal purifying selection across the global human mtDNA diversity

artículo científico publicado en 2011

Correlated tissue expression of genes of cytoplasmic and mitochondrial nucleotide metabolisms in normal tissues is disrupted in transformed tissues

artículo científico publicado en 2012

Data from artificial models of mitochondrial DNA disorders are not always applicable to humans

artículo científico publicado en 2014

Depletion of mitochondrial DNA in leucocytes harbouring the 3243A->G mtDNA mutation

artículo científico publicado en 2006

Discrete stochastic simulation methods for chemically reacting systems

artículo científico publicado en 2009

Enzyme Kinetics of the Mitochondrial Deoxyribonucleoside Salvage Pathway Are Not Sufficient to Support Rapid mtDNA Replication ⬇️

artículo científico publicado el 4 de agosto de 2011

Epidermal nerve fiber density, oxidative stress, and mitochondrial haplogroups in HIV-infected Thais initiating therapy

artículo científico publicado en 2014

Epigenetics, epidemiology and mitochondrial DNA diseases ⬇️

artículo científico publicado el 28 de enero de 2012

Estimating relative mitochondrial DNA copy number using high throughput sequencing data.

artículo científico publicado en 2017

European Mitochondrial DNA Haplogroups are Associated with Cerebrospinal Fluid Biomarkers of Inflammation in HIV Infection

scientific article published on September 2016

Evaluating purifying selection in the mitochondrial DNA of various mammalian species

artículo científico publicado en 2013

Evaluation of allele frequency estimation using pooled sequencing data simulation

artículo científico publicado en 2013

Evidence for variable selective pressures at a large secondary structure of the human mitochondrial DNA control region

artículo científico publicado en 2008

Finding the lost treasures in exome sequencing data

artículo científico publicado en 2013

Fine Time Scaling of Purifying Selection on Human Nonsynonymous mtDNA Mutations Based on the Worldwide Population Tree and Mother-Child Pairs

artículo científico publicado en 2015

Genetic variation in iron metabolism is associated with neuropathic pain and pain severity in HIV-infected patients on antiretroviral therapy

artículo científico publicado en 2014

Genome measures used for quality control are dependent on gene function and ancestry

artículo científico publicado en 2014

Genome-wide association study of HIV-associated neurocognitive disorder (HAND): A CHARTER group study

artículo científico publicado en 2017

Global human frequencies of predicted nuclear pathogenic variants and the role played by protein hydrophobicity in pathogenicity potential

artículo científico publicado en 2014

Heterozygosity Ratio, a Robust Global Genomic Measure of Autozygosity and Its Association with Height and Disease Risk

artículo científico publicado en 2016

High proportion of heteroresistance in gyrA and gyrB in fluoroquinolone-resistant Mycobacterium tuberculosis clinical isolates

artículo científico publicado en 2014

High-throughput sequencing in mitochondrial DNA research

artículo científico publicado en 2014

Homeostatic Responses Regulate Selfish Mitochondrial Genome Dynamics in C. elegans

artículo científico publicado en 2016

Illumina human exome genotyping array clustering and quality control

artículo científico publicado en 2014

Improvements and impacts of GRCh38 human reference on high throughput sequencing data analysis.

artículo científico publicado en 2017

Information for genetic management of mtDNA disease: sampling pathogenic mtDNA mutants in the human germline and in placenta.

artículo científico publicado en 2009

Is selection required for the accumulation of somatic mitochondrial DNA mutations in post-mitotic cells?

artículo científico publicado en 2006

Large scale comparison of gene expression levels by microarrays and RNAseq using TCGA data

artículo científico publicado en 2013

MitoSeek: extracting mitochondria information and performing high-throughput mitochondria sequencing analysis

artículo científico publicado en 2013

Mitochondria sequence mapping strategies and practicability of mitochondria variant detection from exome and RNA sequencing data.

artículo científico publicado en 2015

Mitochondria single nucleotide variation across six blood cell types

artículo científico publicado en 2016

Mitochondrial DNA Haplogroups and Neurocognitive Impairment During HIV Infection

artículo científico publicado en 2015

Mitochondrial DNA deletions are associated with non-B DNA conformations

artículo científico publicado en 2012

Mitochondrial DNA mutations in human colonic crypt stem cells

artículo científico publicado en 2003

Mitochondrial DNA rearrangements in health and disease--a comprehensive study

artículo científico

Mitochondrial DNA sequence characteristics modulate the size of the genetic bottleneck

artículo científico publicado en 2016

Mitochondrial DNA variation and HIV-associated sensory neuropathy in CHARTER.

artículo científico publicado en 2012

Mitochondrial Genomics and CD4 T-Cell Count Recovery After Antiretroviral Therapy Initiation in AIDS Clinical Trials Group Study 384 ⬇️

artículo científico publicado el 1 de diciembre de 2011

Mitochondrial Haplogroups Affect Severity But Not Prevalence of Diabetic Retinopathy

scientific article published on February 2017

Mitochondrial Haplogroups as a Risk Factor for Herpes Zoster.

artículo científico publicado en 2016

Mitochondrial aging is accelerated by anti-retroviral therapy through the clonal expansion of mtDNA mutations

artículo científico publicado en 2011

Mitochondrial genomics and antiretroviral therapy-associated metabolic complications in HIV-infected Black South Africans: a pilot study

artículo científico publicado en 2013

Mitochondrial haplogroups are associated with severity of diabetic retinopathy.

artículo científico publicado en 2014

Multi-perspective quality control of Illumina RNA sequencing data analysis.

artículo científico publicado en 2016

Multi-perspective quality control of Illumina exome sequencing data using QC3.

artículo científico publicado en 2014

Mutation dependance of the mitochondrial DNA copy number in the first stages of human embryogenesis.

artículo científico publicado en 2013

No evidence of an association between mitochondrial DNA variants and osteoarthritis in 7393 cases and 5122 controls

artículo científico publicado en 2012

Non-canonical RNA-DNA differences and other human genomic features are enriched within very short tandem repeats

artículo científico publicado en 2020

Non-random mtDNA segregation patterns indicate a metastable heteroplasmic segregation unit in m.3243A>G cybrid cells

artículo científico publicado en 2012

OPA1 mutations cause cytochrome c oxidase deficiency due to loss of wild-type mtDNA molecules

artículo científico publicado en 2010

OSBPL10, RXRA and lipid metabolism confer African-ancestry protection against dengue haemorrhagic fever in admixed Cubans

artículo científico publicado en 2017

POLG mutations cause decreased mitochondrial DNA repopulation rates following induced depletion in human fibroblasts.

artículo científico publicado en 2010

Pathogenic mitochondrial DNA mutations are common in the general population

artículo científico publicado en 2008

Peripheral Blood Mitochondrial DNA Copy Number Obtained From Genome-Wide Genotype Data Is Associated With Neurocognitive Impairment in Persons With Chronic HIV Infection

scientific article published on 01 April 2019

Poor correlations in the levels of pathogenic mitochondrial DNA mutations in polar bodies versus oocytes and blastomeres in humans.

artículo científico publicado en 2011

Power and sample size calculations for high-throughput sequencing-based experiments.

artículo científico publicado en 2017

Practicability of mitochondrial heteroplasmy detection through an Illumina genotyping array.

artículo científico publicado en 2016

RNAseq by Total RNA Library Identifies Additional RNAs Compared to Poly(A) RNA Library

artículo científico publicado en 2015

Recurrent tissue-specific mtDNA mutations are common in humans

artículo científico publicado en 2013

Replication pauses of the wild-type and mutant mitochondrial DNA polymerase gamma: a simulation study

artículo científico publicado en 2011

Risk factors for symptomatic hyperlactatemia and lactic acidosis among combination antiretroviral therapy-treated adults in Botswana: results from a clinical trial

artículo científico publicado en 2012

Segregation of mtDNA throughout human embryofetal development: m.3243A>G as a model system

artículo científico publicado en 2011

Somatic mitochondrial DNA mutations in cancer escape purifying selection and high pathogenicity mutations lead to the oncocytic phenotype: pathogenicity analysis of reported somatic mtDNA mutations in tumors

artículo científico publicado en 2012

StrandScript: evaluation of Illumina genotyping array design and strand correction

artículo científico publicado en 2017

Strategies for processing and quality control of Illumina genotyping arrays.

artículo científico publicado en 2017

T Cell Activation Markers and African Mitochondrial DNA Haplogroups among Non-Hispanic Black Participants in AIDS Clinical Trials Group Study 384 ⬇️

artículo científico publicado el 27 de agosto de 2012

The Bcl-2-associated death promoter (BAD) lowers the threshold at which the Bcl-2-interacting domain death agonist (BID) triggers mitochondria disintegration.

artículo científico publicado en 2010

The discrepancy among single nucleotide variants detected by DNA and RNA high throughput sequencing data.

artículo científico publicado en 2017

The diversity present in 5140 human mitochondrial genomes

artículo científico publicado en 2009

The effect of strand bias in Illumina short-read sequencing data

artículo científico publicado en 2012

The effect of unhealthy β-cells on insulin secretion in pancreatic islets.

artículo científico publicado en 2013

The length of cytochrome c oxidase-negative segments in muscle fibres in patients with mtDNA myopathy

artículo científico publicado en 2002

The mitochondrial genome sequence and molecular phylogeny of the turkey, Meleagris gallopavo

artículo científico publicado en 2008

The use of next generation sequencing technology to study the effect of radiation therapy on mitochondrial DNA mutation

artículo científico publicado en 2012

Three-stage quality control strategies for DNA re-sequencing data

artículo científico publicado en 2014

Tri-allelic heteroplasmies, DNA-RNA differences and their polynucleotide tract associations in the mitochondrial genome

artículo científico publicado en 2017

Unique mitochondrial DNA in highly inbred feral cattle

artículo científico publicado en 2012

Universal heteroplasmy of human mitochondrial DNA.

artículo científico publicado en 2012

Variation in germline mtDNA heteroplasmy is determined prenatally but modified during subsequent transmission

artículo científico publicado en 2012

What causes mitochondrial DNA deletions in human cells?

artículo científico publicado en 2008

What is influencing the phenotype of the common homozygous polymerase-γ mutation p.Ala467Thr?

artículo científico publicado en 2012

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