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Lista de obras de Costas D. Maranas

A computational framework for the topological analysis and targeted disruption of signal transduction networks.

artículo científico publicado en 2006

A computational procedure for optimal engineering interventions using kinetic models of metabolism

artículo científico publicado en 2006

A diurnal flux balance model of Synechocystis sp. PCC 6803 metabolism

artículo científico publicado en 2019

A genome-scale metabolic reconstruction of Mycoplasma genitalium, iPS189

artículo científico publicado en 2009

A kinetic model of Escherichia coli core metabolism satisfying multiple sets of mutant flux data

artículo científico publicado en 2014

An integrated computational and experimental study for overproducing fatty acids in Escherichia coli.

artículo científico publicado en 2012

An optimization framework for identifying reaction activation/inhibition or elimination candidates for overproduction in microbial systems

artículo científico publicado en 2005

Analysis of NADPH supply during xylitol production by engineered Escherichia coli

artículo científico publicado en 2009

Assessing the metabolic impact of nitrogen availability using a compartmentalized maize leaf genome-scale model

artículo científico publicado en 2014

CLCA: maximum common molecular substructure queries within the MetRxn database.

artículo científico publicado en 2014

Capturing the response of Clostridium acetobutylicum to chemical stressors using a regulated genome-scale metabolic model

artículo científico publicado en 2014

Computational design of Candida boidinii xylose reductase for altered cofactor specificity

artículo científico publicado en 2009

Computational prediction of the effect of amino acid changes on the binding affinity between SARS-CoV-2 spike RBD and human ACE2

artículo científico publicado en 2021

Computational tools for metabolic engineering.

artículo científico

Construction of an E. Coli genome-scale atom mapping model for MFA calculations

artículo científico publicado en 2011

Coupled enzyme reactions performed in heterogeneous reaction media: experiments and modeling for glucose oxidase and horseradish peroxidase in a PEG/citrate aqueous two-phase system.

scientific article published on 21 February 2014

DEMSIM: a discrete event based mechanistic simulation platform for gene expression and regulation dynamics

artículo científico publicado en 2005

Design of combinatorial protein libraries of optimal size

artículo científico publicado en 2005

Elucidation and structural analysis of conserved pools for genome-scale metabolic reconstructions

artículo científico publicado en 2004

Elucidation of directionality for co-expressed genes: predicting intra-operon termination sites

artículo científico publicado en 2005

Exploring the overproduction of amino acids using the bilevel optimization framework OptKnock

artículo científico publicado en 2003

Extending Iterative Protein Redesign and Optimization (IPRO) in protein library design for ligand specificity

artículo científico publicado en 2007

FamClash: a method for ranking the activity of engineered enzymes.

artículo científico publicado en 2004

Flux coupling analysis of genome-scale metabolic network reconstructions.

artículo científico publicado en 2004

From Escherichia coli mutant 13C labeling data to a core kinetic model: A kinetic model parameterization pipeline

artículo científico publicado en 2019

Functional Analysis of H<sup>+</sup>-Pumping Membrane-Bound Pyrophosphatase, ADP-Glucose Synthase, and Pyruvate Phosphate Dikinase as Pyrophosphate Sources in Clostridium thermocellum

artículo científico publicado en 2021

Genome-Scale Fluxome of Synechococcus elongatus UTEX 2973 Using Transient 13C-Labeling Data

artículo científico publicado en 2018

Genome-scale gene/reaction essentiality and synthetic lethality analysis

artículo científico publicado en 2009

Genome-scale metabolic network modeling results in minimal interventions that cooperatively force carbon flux towards malonyl-CoA.

artículo científico publicado en 2011

GrowMatch: an automated method for reconciling in silico/in vivo growth predictions

artículo científico publicado en 2009

IPRO: an iterative computational protein library redesign and optimization procedure

artículo científico publicado en 2006

Identification of optimal measurement sets for complete flux elucidation in metabolic flux analysis experiments

artículo científico publicado en 2008

Identifying residue–residue clashes in protein hybrids by using a second-order mean-field approach ⬇️

artículo científico publicado el 16 de abril de 2003

Impact of stoichiometry representation on simulation of genotype-phenotype relationships in metabolic networks

artículo científico publicado en 2012

Improved computational performance of MFA using elementary metabolite units and flux coupling

artículo científico publicado en 2009

Improving the iMM904 S. cerevisiae metabolic model using essentiality and synthetic lethality data

artículo científico publicado en 2010

In silico design and adaptive evolution of Escherichia coli for production of lactic acid.

artículo científico publicado en 2005

MAPs: a database of modular antibody parts for predicting tertiary structures and designing affinity matured antibodies

artículo científico publicado en 2013

MetRxn: a knowledgebase of metabolites and reactions spanning metabolic models and databases

artículo científico publicado en 2012

Metabolic flux elucidation for large-scale models using 13C labeled isotopes

artículo científico publicado en 2007

Metabolic reconstruction of the archaeon methanogen Methanosarcina Acetivorans.

artículo científico publicado en 2011

Methane oxidation by anaerobic archaea for conversion to liquid fuels.

artículo científico publicado en 2014

Microbial 1-butanol production: Identification of non-native production routes and in silico engineering interventions

artículo científico publicado en 2010

Minimal reaction sets for Escherichia coli metabolism under different growth requirements and uptake environments

artículo científico publicado en 2001

Modeling DNA mutation and recombination for directed evolution experiments

artículo científico publicado en 2000

Nitrogen-use efficiency in maize (Zea mays L.): from 'omics' studies to metabolic modelling

artículo científico

OptCDR: a general computational method for the design of antibody complementarity determining regions for targeted epitope binding.

artículo científico publicado en 2010

OptCircuit: an optimization based method for computational design of genetic circuits

artículo científico publicado en 2008

OptCom: a multi-level optimization framework for the metabolic modeling and analysis of microbial communities

artículo científico publicado en 2012

OptForce: an optimization procedure for identifying all genetic manipulations leading to targeted overproductions

artículo científico publicado en 2010

OptGraft: A computational procedure for transferring a binding site onto an existing protein scaffold.

artículo científico publicado en 2009

OptMAVEn--a new framework for the de novo design of antibody variable region models targeting specific antigen epitopes

artículo científico publicado en 2014

OptStrain: a computational framework for redesign of microbial production systems.

artículo científico publicado en 2004

OptZyme: computational enzyme redesign using transition state analogues

artículo científico publicado en 2013

Optimal protein library design using recombination or point mutations based on sequence-based scoring functions

artículo científico publicado en 2007

Optimization based automated curation of metabolic reconstructions

artículo científico publicado en 2007

Optimization-based framework for inferring and testing hypothesized metabolic objective functions

artículo científico publicado en 2003

Optimization-driven identification of genetic perturbations accelerates the convergence of model parameters in ensemble modeling of metabolic networks

artículo científico publicado en 2013

Optknock: a bilevel programming framework for identifying gene knockout strategies for microbial strain optimization

artículo científico publicado en 2003

Orchestrating hi-fi annotations.

artículo científico publicado en 2012

Pareto Optimality Explanation of the Glycolytic Alternatives in Nature

artículo científico publicado en 2019

PoreDesigner for tuning solute selectivity in a robust and highly permeable outer membrane pore

scientific article published in Nature Communications

Predicting biological system objectives de novo from internal state measurements

artículo científico publicado en 2008

Predicting crossover generation in DNA shuffling.

artículo científico publicado en 2001

Predicting out-of-sequence reassembly in DNA shuffling.

artículo científico publicado en 2002

Probing the performance limits of the Escherichia coli metabolic network subject to gene additions or deletions

artículo científico publicado en 2001

Quantitative assessment of uncertainty in the optimization of metabolic pathways

artículo científico publicado en 1997

Rapid construction of metabolic models for a family of Cyanobacteria using a multiple source annotation workflow

artículo científico publicado en 2013

Recent advances in computational protein design.

artículo científico publicado en 2011

Recent advances in the reconstruction of metabolic models and integration of omics data

artículo científico publicado en 2014

Reconstruction and comparison of the metabolic potential of cyanobacteria Cyanothece sp. ATCC 51142 and Synechocystis sp. PCC 6803

artículo científico publicado en 2012

Review of the BRENDA Database.

artículo científico publicado en 2003

Succinate Overproduction: A Case Study of Computational Strain Design Using a Comprehensive Escherichia coli Kinetic Model

artículo científico publicado en 2014

Synthetic biology of cyanobacteria: unique challenges and opportunities

scientific article published on 27 August 2013

Systems metabolic engineering design: fatty acid production as an emerging case study

artículo científico publicado en 2014

The Importance and Future of Biochemical Engineering

scientific article published on 28 April 2020

The Iterative Protein Redesign and Optimization (IPRO) suite of programs

artículo científico publicado en 2014

Using a residue clash map to functionally characterize protein recombination hybrids.

artículo científico publicado en 2003

Zea mays iRS1563: A Comprehensive Genome-Scale Metabolic Reconstruction of Maize Metabolism ⬇️

artículo científico publicado el 6 de julio de 2011

d-OptCom: Dynamic multi-level and multi-objective metabolic modeling of microbial communities

artículo científico publicado en 2014

dGPredictor: Automated fragmentation method for metabolic reaction free energy prediction and de novo pathway design

artículo científico

k-OptForce: integrating kinetics with flux balance analysis for strain design

artículo científico publicado en 2014

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