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Lista de obras de Charlotte Deane

A Multi-Crystal Method for Extracting Obscured Signal from Crystallographic Electron Density

article published in 2016

A maternally inherited autosomal point mutation in human phospholipase C zeta (PLCζ) leads to male infertility

artículo científico publicado en 2011

A microtubule interactome: complexes with roles in cell cycle and mitosis

artículo científico publicado en 2008

A multi-crystal method for extracting obscured crystallographic states from conventionally uninterpretable electron density

artículo científico publicado en 2017

A novel exhaustive search algorithm for predicting the conformation of polypeptide segments in proteins.

artículo científico publicado en 2000

A statistical approach using network structure in the prediction of protein characteristics

artículo científico publicado en 2007

A statistical model for helices with applications. ⬇️

artículo científico publicado en 2018

A structural model of the human thrombopoietin receptor complex.

artículo científico

ABangle: characterising the VH-VL orientation in antibodies

artículo científico publicado en 2013

ABodyBuilder: Automated antibody structure prediction with data-driven accuracy estimation

artículo científico publicado en 2016

ANARCI: antigen receptor numbering and receptor classification.

artículo científico publicado en 2015

Alignment-free protein interaction network comparison

artículo científico publicado en 2014

An assessment of the uses of homologous interactions

artículo científico publicado en 2007

An iterative structure-assisted approach to sequence alignment and comparative modeling.

artículo científico publicado en 1999

Antibody H3 Structure Prediction

artículo científico publicado en 2017

Antibody i-Patch prediction of the antibody binding site improves rigid local antibody-antigen docking

artículo científico publicado en 2013

Antibody side chain conformations are position-dependent

artículo científico publicado en 2018

Association between a common immunoglobulin heavy chain allele and rheumatic heart disease risk in Oceania

artículo científico publicado en 2017

Avoiding false positive conclusions in molecular simulation: the importance of replicas

article

Browsing the SLoop database of structurally classified loops connecting elements of protein secondary structure

artículo científico publicado en 2000

Building a better fragment library for de novo protein structure prediction.

artículo científico publicado en 2015

CESPED: A benchmark for supervised particle pose estimation in cryo-EM

artículo científico publicado en 2024

CODA: a combined algorithm for predicting the structurally variable regions of protein models.

artículo científico publicado en 2001

Can AlphaFold’s breakthrough in protein structure help decode the fundamental principles of adaptive cellular immunity?

artículo científico publicado en 2024

Carbonyl-carbonyl interactions stabilize the partially allowed Ramachandran conformations of asparagine and aspartic acid

artículo científico publicado en 1999

Co-evolution techniques are reshaping the way we do structural bioinformatics

artículo científico publicado en 2017

CoV-AbDab: the Coronavirus Antibody Database

artículo científico publicado en 2020

Codon language embeddings provide strong signals for use in protein engineering

artículo científico publicado en 2024

Combining co-evolution and secondary structure prediction to improve fragment library generation

scholarly article by Saulo H P de Oliveira published in February 2018

CommWalker: Correctly Evaluating Modules in Molecular Networks in Light of Annotation Bias. ⬇️

artículo científico publicado en 2017

Comparing co-evolution methods and their application to template-free protein structure prediction.

artículo científico publicado en 2017

Comparison of large networks with sub-sampling strategies

artículo científico publicado en 2016

Computational Tools for Aiding Rational Antibody Design

artículo científico publicado en 2017

Cotranslational protein folding--fact or fiction?

artículo científico publicado en 2007

Cross-linking mass spectrometry identifies new interfaces of Augmin required to localise the γ-tubulin ring complex to the mitotic spindle

artículo científico publicado en 2017

Crowdsourcing yields a new standard for kinks in protein helices.

artículo científico publicado en 2014

Current status and future challenges in T-cell receptor/peptide/MHC molecular dynamics simulations

artículo científico

Current strategies for detecting functional convergence across B-cell receptor repertoires

publication published on 01 January 2021

Deciphering chemotaxis pathways using cross species comparisons

artículo científico publicado en 2010

Deep Generative Models for 3D Linker Design

scientific article published on 02 April 2020

Deep sequencing of B cell receptor repertoires from COVID-19 patients reveals strong convergent immune signatures

artículo científico publicado en 2020

Developability of Biotherapeutics: Computational Approaches. Edited by Sandeep Kumar and Satish K. Singh

artículo científico publicado en 2016

Directionality in protein fold prediction

artículo científico publicado en 2010

Electrostatic and functional analysis of the seven-bladed WD beta-propellers

artículo científico publicado en 2008

Environment specific substitution tables improve membrane protein alignment ⬇️

artículo científico publicado en 2011

Evolutionary analysis reveals low coverage as the major challenge for protein interaction network alignment

article

Examining the Conservation of Kinks in Alpha Helices

artículo científico publicado en 2016

Examining variable domain orientations in antigen receptors gives insight into TCR-like antibody design

artículo científico publicado en 2014

Exploring fold space preferences of new-born and ancient protein superfamilies

artículo científico publicado en 2013

Exploring peptide/MHC detachment processes using hierarchical natural move Monte Carlo.

artículo científico publicado en 2015

Exploring the potential of template-based modelling

artículo científico publicado en 2010

FREAD revisited: Accurate loop structure prediction using a database search algorithm.

artículo científico publicado en 2010

Filtering Next-Generation Sequencing of the Ig Gene Repertoire Data Using Antibody Structural Information

artículo científico publicado en 2018

Five computational developability guidelines for therapeutic antibody profiling

artículo científico publicado en 2019

Fold usage on genomes and protein fold evolution.

artículo científico publicado en 2005

Fragment-based modeling of membrane protein loops: successes, failures, and prospects for the future

artículo científico publicado en 2013

Freely available conformer generation methods: how good are they?

artículo científico publicado en 2012

Functionally guided alignment of protein interaction networks for module detection

artículo científico publicado en 2009

Gro2mat: a package to efficiently read gromacs output in MATLAB.

artículo científico publicado en 2014

HLA-DM Stabilizes the Empty MHCII Binding Groove: A Model Using Customized Natural Move Monte Carlo

scientific article published on 28 May 2019

Helix kinks are equally prevalent in soluble and membrane proteins.

artículo científico publicado en 2014

How B-Cell Receptor Repertoire Sequencing Can Be Enriched with Structural Antibody Data.

artículo científico publicado en 2017

How long is a piece of loop?

artículo científico publicado en 2013

How old is your fold?

artículo científico publicado en 2005

How repertoire data is changing antibody science

artículo científico publicado en 2020

How threshold behaviour affects the use of subgraphs for network comparison

artículo científico publicado en 2010

Identifying and quantifying radiation damage at the atomic level

artículo científico publicado en 2015

Identifying networks with common organizational principles

Improved protein loop prediction from sequence alone

artículo científico publicado en 2001

Improving B-cell epitope prediction and its application to global antibody-antigen docking

artículo científico publicado en 2014

In silico structural modeling of multiple epigenetic marks on DNA.

artículo científico publicado en 2017

Incorporating Target-Specific Pharmacophoric Information into Deep Generative Models for Fragment Elaboration

publication published on 02 May 2022

Increasing the accuracy of protein loop structure prediction with evolutionary constraints

scientific article published on 01 August 2019

It is theoretically possible to avoid misfolding into non-covalent lasso entanglements using small molecule drugs

artículo científico publicado en 2024

JOY: protein sequence-structure representation and analysis.

artículo científico publicado en 1998

Large scale characterization of the LC13 TCR and HLA-B8 structural landscape in reaction to 172 altered peptide ligands: a molecular dynamics simulation study

artículo científico publicado en 2014

Length-independent structural similarities enrich the antibody CDR canonical class model

artículo científico publicado en 2016

Ligity: A Non-Superpositional, Knowledge-Based Approach to Virtual Screening

scientific article published on 04 June 2019

Local network patterns in protein-protein interfaces

artículo científico publicado en 2013

Looking for therapeutic antibodies in next-generation sequencing repositories

scientific article published on 17 July 2019

MEDELLER: homology-based coordinate generation for membrane proteins ⬇️

artículo científico publicado el 5 de octubre de 2010

MHC binding affects the dynamics of different T-cell receptors in different ways

scientific article published on 09 September 2019

MP-T: improving membrane protein alignment for structure prediction

artículo científico publicado en 2012

Measuring rank robustness in scored protein interaction networks

artículo científico publicado en 2019

Measuring rank robustness in scored protein interaction networks: Supplementary information

Membranome 3.0: Database of single-pass membrane proteins with AlphaFold models

artículo científico publicado en 2022

Memoir: template-based structure prediction for membrane proteins

artículo científico publicado en 2013

Misato Controls Mitotic Microtubule Generation by Stabilizing the TCP-1 Tubulin Chaperone Complex [corrected].

artículo científico publicado en 2015

Misato Controls Mitotic Microtubule Generation by Stabilizing the TCP-1 Tubulin Chaperone Complex.

artículo científico publicado en 2015

Modeling Functional Motions of Biological Systems by Customized Natural Moves

artículo científico publicado en 2016

Modeling conformational flexibility of kinases in inactive states

scientific article published on 17 June 2019

Modelling sequential protein folding under kinetic control

artículo científico publicado en 2006

Mutual information and variants for protein domain-domain contact prediction

artículo científico publicado en 2012

OOMMPPAA: a tool to aid directed synthesis by the combined analysis of activity and structural data

artículo científico publicado en 2014

Observed Antibody Space: A Resource for Data Mining Next-Generation Sequencing of Antibody Repertoires

article

Observed Antibody Space: A diverse database of cleaned, annotated, and translated unpaired and paired antibody sequences

artículo científico publicado en 2021

Observed Antibody Space: a resource for data mining next generation sequencing of antibody repertoires

Partial-occupancy binders identified by the Pan-Dataset Density Analysis method offer new chemical opportunities and reveal cryptic binding sites

artículo científico publicado en 2017

Perfecting antibodies with language models

artículo científico publicado en 2023

PoseBusters: AI-based docking methods fail to generate physically valid poses or generalise to novel sequences

artículo científico publicado en 2024

Predicting and validating protein interactions using network structure

artículo científico publicado en 2008

Predicting antibody complementarity determining region structures without classification

artículo científico publicado en 2011

Predicting inter-species cross-talk in two-component signalling systems

artículo científico publicado en 2012

Predicting loop conformational ensembles

artículo científico publicado en 2017

Predicting protein-protein interactions in the context of protein evolution

artículo científico publicado en 2009

Prediction of VH-VL domain orientation for antibody variable domain modeling

article

Producing high-accuracy lattice models from protein atomic coordinates including side chains

artículo científico publicado en 2012

Progress and challenges in predicting protein interfaces

artículo científico publicado en 2016

Protein Interaction Networks and Their Statistical Analysis

Protein interactions: two methods for assessment of the reliability of high throughput observations

artículo científico publicado en 2002

Protein protein interactions, evolutionary rate, abundance and age.

artículo científico publicado en 2006

Protein structure prediction begins well but ends badly.

artículo científico publicado en 2010

Protein structure prediction: amino acid propensities and comparative modelling

PhD Thesis by CM Deane

Protein three-dimensional structural databases: domains, structurally aligned homologues and superfamilies

artículo científico publicado en 1998

Proteomic analysis of microtubule-associated proteins during macrophage activation

artículo científico publicado en 2009

Rapid, Precise, and Reproducible Prediction of Peptide-MHC Binding Affinities from Molecular Dynamics That Correlate Well with Experiment

artículo científico publicado en 2015

Reduced amounts and abnormal forms of phospholipase C zeta (PLCzeta) in spermatozoa from infertile men.

artículo científico publicado en 2009

Revisiting date and party hubs: novel approaches to role assignment in protein interaction networks

artículo científico publicado en 2010

SAbDab in the age of biotherapeutics: updates including SAbDab-nano, the nanobody structure tracker

artículo científico publicado en 2022

SAbDab: the structural antibody database

artículo científico publicado en 2013

SAbPred: a structure-based antibody prediction server

artículo científico publicado en 2016

SCALOP: sequence-based antibody canonical loop structure annotation

artículo científico publicado en 2019

SCORE: predicting the core of protein models

artículo científico publicado en 2001

STCRDab: the structural T-cell receptor database

artículo científico publicado en 2017

Sequence-structure homology recognition by iterative alignment refinement and comparative modeling.

artículo científico publicado en 2001

Sequential search leads to faster, more efficient fragment-based de novo protein structure prediction.

artículo científico publicado en 2017

Signatures of co-translational folding

artículo científico publicado en 2011

Solution structure and dynamics of a prototypical chordin-like cysteine-rich repeat (von Willebrand Factor type C module) from collagen IIA.

artículo científico publicado en 2004

Sphinx: merging knowledge-based and ab initio approaches to improve protein loop prediction

artículo científico publicado en 2017

Structural Bridges through Fold Space

scientific article (publication date: September 2015)

Structural diversity of B-cell receptor repertoires along the B-cell differentiation axis in humans and mice

scientific article published on 18 February 2020

Structurally Mapping Antibody Repertoires

artículo científico publicado en 2018

Synonymous codon usage influences the local protein structure observed

artículo científico publicado en 2010

T-Cell Receptor Binding Affects the Dynamics of the Peptide/MHC-I Complex

artículo científico publicado en 2015

Ten simple rules for a successful cross-disciplinary collaboration

artículo científico publicado en 2015

Ten simple rules for effective computational research

artículo científico publicado en 2014

Ten simple rules for surviving an interdisciplinary PhD.

artículo científico publicado en 2017

Tertiary Element Interaction in HIV-1 TAR.

artículo científico publicado en 2016

The Caenorhabditis elegans protein SAS-5 forms large oligomeric assemblies critical for centriole formation

artículo científico publicado en 2015

The H3 loop of antibodies shows unique structural characteristics

artículo científico publicado en 2017

The Therapeutic Antibody Profiler (TAP): Five Computational Developability Guidelines

The contribution of major histocompatibility complex contacts to the affinity and kinetics of T cell receptor binding

artículo científico publicado en 2016

The function of communities in protein interaction networks at multiple scales

artículo científico publicado en 2010

The functional domain grouping of microtubule associated proteins

artículo científico publicado en 2008

The importance of age and high degree, in protein-protein interaction networks

artículo científico publicado en 2012

The imprint of codons on protein structure ⬇️

artículo científico publicado el 13 de mayo de 2011

The role and predicted propensity of conserved proline residues in the 5-HT3 receptor.

artículo científico publicado en 2001

Thera-SAbDab: the Therapeutic Structural Antibody Database

artículo científico publicado en 2020

Type II Inhibitors Targeting CDK2

artículo científico publicado en 2015

Using phylogeny to improve genome wide distant homology recognition

scholarly article by Sanne Abeln published in January 2005

Using phylogeny to improve genome-wide distant homology recognition

artículo científico publicado en 2006

Variable Regions of Antibodies and T-Cell Receptors May Not Be Sufficient in Molecular Simulations Investigating Binding

artículo científico publicado en 2017

WONKA and OOMMPPAA: analysis of protein-ligand interaction data to direct structure-based drug design

artículo científico publicado en 2017

WONKA: objective novel complex analysis for ensembles of protein-ligand structures.

artículo científico publicado en 2015

What evidence is there for the homology of protein-protein interactions?

artículo científico publicado en 2012

i-Patch: interprotein contact prediction using local network information

artículo científico publicado en 2010

iMembrane: homology-based membrane-insertion of proteins.

artículo científico publicado en 2009

pyHVis3D: Visualising Molecular Simulation deduced H-bond networks in 3D: Application to T-cell receptor interactions.

artículo científico publicado en 2018

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