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Lista de obras de Jiye Shi

A Multi-Crystal Method for Extracting Obscured Signal from Crystallographic Electron Density

article published in 2016

A bubble-mediated intelligent microscale electrochemical device for single-step quantitative bioassays

artículo científico publicado en 2014

A multi-crystal method for extracting obscured crystallographic states from conventionally uninterpretable electron density

artículo científico publicado en 2017

A quantum mechanics-based halogen bonding scoring function for protein-ligand interactions

artículo científico publicado en 2015

ABangle: characterising the VH-VL orientation in antibodies

artículo científico publicado en 2013

Accelerating Mobile-Cloud Computing

scholarly article

Analysis and modeling of the variable region of camelid single-domain antibodies

artículo científico publicado en 2011

Antibody i-Patch prediction of the antibody binding site improves rigid local antibody-antigen docking

artículo científico publicado en 2013

Characterization of the interaction of sclerostin with the low density lipoprotein receptor-related protein (LRP) family of Wnt co-receptors.

artículo científico publicado en 2012

Combining modelling and mutagenesis studies of synaptic vesicle protein 2A to identify a series of residues involved in racetam binding

artículo científico publicado en 2011

Conjugation of dexamethasone to C60 for the design of an anti-inflammatory nanomedicine with reduced cellular apoptosis

artículo científico publicado en 2013

Constructing Higher-Order DNA Nanoarchitectures with Highly Purified DNA Nanocages

Cotranscriptionally Folded RNA Nanostructures Pave the Way to Intracellular Nanofabrication

artículo científico publicado en 2014

Crowdsourcing yields a new standard for kinks in protein helices.

artículo científico publicado en 2014

DDBASE2.0: updated domain database with improved identification of structural domains

artículo científico publicado en 2003

DNA Hydrogel with Aptamer-Toehold-Based Recognition, Cloaking, and Decloaking of Circulating Tumor Cells for Live Cell Analysis.

artículo científico publicado en 2017

DNA origami cryptography for secure communication

scientific article published on 29 November 2019

DNA-directed assembly of gold nanohalo for quantitative plasmonic imaging of single-particle catalysis

artículo científico publicado en 2015

Discovery of N-substituted 3-arylisoquinolone derivatives as antitumor agents originating from O-substituted 3-arylisoquinolines via [2,3] or [3,3] rearrangement.

artículo científico publicado en 2014

Effects of drug-resistant mutations on the dynamic properties of HIV-1 protease and inhibition by Amprenavir and Darunavir.

artículo científico publicado en 2015

Electrochemical detection of nucleic acids, proteins, small molecules and cells using a DNA-nanostructure-based universal biosensing platform.

artículo científico publicado en 2016

Enhanced sampling molecular dynamics simulation captures experimentally suggested intermediate and unfolded states in the folding pathway of Trp-cage miniprotein.

artículo científico publicado en 2012

Environment specific substitution tables improve membrane protein alignment

artículo científico publicado en 2011

Evolutionary trace analysis of TGF-beta and related growth factors: implications for site-directed mutagenesis.

artículo científico publicado en 2000

Examining variable domain orientations in antigen receptors gives insight into TCR-like antibody design

artículo científico publicado en 2014

Exploring transition pathway and free-energy profile of large-scale protein conformational change by combining normal mode analysis and umbrella sampling molecular dynamics.

artículo científico publicado en 2013

Five computational developability guidelines for therapeutic antibody profiling

artículo científico publicado en 2019

Force fields and scoring functions for carbohydrate simulation.

artículo científico publicado en 2014

Fragment-based modeling of membrane protein loops: successes, failures, and prospects for the future

artículo científico publicado en 2013

Gold-nanoparticle-mediated jigsaw-puzzle-like assembly of supersized plasmonic DNA origami

artículo científico publicado en 2015

Graphene oxide-based antibacterial cotton fabrics.

artículo científico publicado en 2013

HOMSTRAD: adding sequence information to structure-based alignments of homologous protein families.

artículo científico publicado en 2001

Helix kinks are equally prevalent in soluble and membrane proteins.

artículo científico publicado en 2014

High Resolution NMR-based Model for the Structure of a scFv-IL-1  Complex: POTENTIAL FOR NMR AS A KEY TOOL IN THERAPEUTIC ANTIBODY DESIGN AND DEVELOPMENT

artículo científico publicado en 2009

Hybridization chain reaction amplification of microRNA detection with a tetrahedral DNA nanostructure-based electrochemical biosensor

artículo científico publicado en 2014

Implementing digital computing with DNA-based switching circuits

scientific article published on 08 January 2020

Improving B-cell epitope prediction and its application to global antibody-antigen docking

artículo científico publicado en 2014

Increasing the sampling efficiency of protein conformational transition using velocity-scaling optimized hybrid explicit/implicit solvent REMD simulation

artículo científico publicado en 2015

Like-Charge Guanidinium Pairing between Ligand and Receptor: An Unusual Interaction for Drug Discovery and Design?

artículo científico publicado en 2015

MEDELLER: homology-based coordinate generation for membrane proteins

artículo científico publicado el 5 de octubre de 2010

Mapping central α-helix linker mediated conformational transition pathway of calmodulin via simple computational approach

artículo científico publicado en 2014

Memoir: template-based structure prediction for membrane proteins

artículo científico publicado en 2013

Mobile computing - A green computing resource

Molecular dynamics simulation indicating cold denaturation of β-hairpins

artículo científico publicado en 2013

Multi-algorithm and multi-model based drug target prediction and web server

artículo científico publicado en 2014

Nanoplasmonic imaging of latent fingerprints with explosive RDX residues

artículo científico publicado en 2015

Nanoscale optical probes for cellular imaging

artículo científico

Pattern recognition analysis of proteins using DNA-decorated catalytic gold nanoparticles

artículo científico publicado en 2013

Programmable engineering of a biosensing interface with tetrahedral DNA nanostructures for ultrasensitive DNA detection.

artículo científico publicado en 2014

Programming Cell Adhesion for On-Chip Sequential Boolean Logic Functions.

artículo científico publicado en 2017

Programming bulk enzyme heterojunctions for biosensor development with tetrahedral DNA framework

scientific article published on 11 February 2020

Programming chain-growth copolymerization of DNA hairpin tiles for in-vitro hierarchical supramolecular organization

scientific article published on 01 March 2019

Real time in vitro regulation of DNA methylation using a 5-fluorouracil conjugated DNA-based stimuli-responsive platform

artículo científico publicado en 2013

Real-time visualization of clustering and intracellular transport of gold nanoparticles by correlative imaging

artículo científico publicado en 2017

Recent progress in natural products as DPP-4 inhibitors.

artículo científico

SAbDab: the structural antibody database

artículo científico publicado en 2013

Scaffolded biosensors with designed DNA nanostructures

Self-assembly of poly-adenine-tailed CpG oligonucleotide-gold nanoparticle nanoconjugates with immunostimulatory activity

artículo científico publicado en 2013

Separation and peroxisome proliferator-activated receptor-γ agonist activity evaluation of synthetic racemic bavachinin enantiomers

artículo científico publicado en 2015

Sequence-structure homology recognition by iterative alignment refinement and comparative modeling.

artículo científico publicado en 2001

Single-particle tracking and modulation of cell entry pathways of a tetrahedral DNA nanostructure in live cells

artículo científico publicado en 2014

Size-dependent programming of the dynamic range of graphene oxide-DNA interaction-based ion sensors

artículo científico publicado en 2014

Smart drug delivery nanocarriers with self-assembled DNA nanostructures

artículo científico

The universality of β-hairpin misfolding indicated by molecular dynamics simulations

artículo científico publicado en 2013

Thermodynamics calculation of protein-ligand interactions by QM/MM polarizable charge parameters

artículo científico publicado en 2015

Unraveling the Role of Hydrogen Peroxide in α-Synuclein Aggregation Using an Ultrasensitive Nanoplasmonic Probe

artículo científico publicado en 2015

Unstable, metastable, or stable halogen bonding interaction involving negatively charged donors? A statistical and computational chemistry study

artículo científico publicado en 2014

Valency-Controlled Framework Nucleic Acid Signal Amplifiers

artículo científico publicado en 2018

iMembrane: homology-based membrane-insertion of proteins.

artículo científico publicado en 2009