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Lista de obras de Berend Snel

A Domain-Centric Analysis of Oomycete Plant Pathogen Genomes Reveals Unique Protein Organization ⬇️

artículo científico publicado el 30 de noviembre de 2010

A TPR domain–containing N-terminal module of MPS1 is required for its kinetochore localization by Aurora B

artículo científico publicado en 2013

A global definition of expression context is conserved between orthologs, but does not correlate with sequence conservation

artículo científico publicado en 2006

A high-resolution gene expression atlas of epistasis between gene-specific transcription factors exposes potential mechanisms for genetic interactions.

artículo científico publicado en 2015

A predicted functional gene network for the plant pathogen Phytophthora infestans as a framework for genomic biology

artículo científico publicado en 2013

A subfamily of putative cytokinin receptors is revealed by an analysis of the evolution of the two-component signaling system of plants

artículo científico publicado en 2014

ABI4: versatile activator and repressor

artículo científico publicado en 2012

Arabidopsis PLETHORA transcription factors control phyllotaxis.

artículo científico publicado en 2011

Arrayed BUB recruitment modules in the kinetochore scaffold KNL1 promote accurate chromosome segregation

artículo científico publicado en 2013

Assessment of phylogenomic and orthology approaches for phylogenetic inference

artículo científico publicado en 2007

Bioinformatic inference of specific and general transcription factor binding sites in the plant pathogen Phytophthora infestans

artículo científico publicado en 2012

Coevolution of gene families in prokaryotes

artículo científico publicado en 2008

Cohesive versus flexible evolution of functional modules in eukaryotes

artículo científico publicado en 2009

Combining data from genomes, Y2H and 3D structure indicates that BolA is a reductase interacting with a glutaredoxin

artículo científico publicado en 2005

Comparative Genome Analysis of the Mollicutes

Comparative Genome Analysis: Exploiting the Context of Genes to Infer Evolution and Predict Function

article

Comparative genomics for reliable protein-function prediction from genomic data

artículo científico publicado en 2004

Comparative phosphoproteomics reveals evolutionary and functional conservation of phosphorylation across eukaryotes

artículo científico publicado en 2008

Complex fate of paralogs

artículo científico publicado en 2008

Conflicting phylogenetic position of Schizosaccharomyces pombe

artículo científico publicado en 2006

Conservation of gene order: a fingerprint of proteins that physically interact

artículo científico publicado en 1998

Contribution of the epigenetic mark H3K27me3 to functional divergence after whole genome duplication in Arabidopsis ⬇️

artículo científico publicado el 3 de octubre de 2012

Correlation between sequence conservation and the genomic context after gene duplication

artículo científico publicado en 2005

Correlation between sequence conservation and the genomic context after gene duplication.

artículo científico publicado en 2005

DOWNY MILDEW RESISTANT 6 and DMR6-LIKE OXYGENASE 1 are partially redundant but distinct suppressors of immunity in Arabidopsis.

artículo científico publicado en 2014

Database independent proteomics analysis of the ostrich and human proteome.

artículo científico publicado en 2011

Deciphering the evolution and metabolism of an anammox bacterium from a community genome

artículo científico publicado en 2006

Distinctive expansion of potential virulence genes in the genome of the oomycete fish pathogen Saprolegnia parasitica

artículo científico publicado en 2013

Domains in plexins: links to integrins and transcription factors

artículo científico publicado en 1999

Domestication of self-splicing introns during eukaryogenesis: the rise of the complex spliceosomal machinery

artículo científico publicado en 2017

Effector identification in the lettuce downy mildew Bremia lactucae by massively parallel transcriptome sequencing.

artículo científico publicado en 2012

Enrichment of homologs in insignificant BLAST hits by co-complex network alignment

artículo científico publicado en 2010

Evaluating experimental bias and completeness in comparative phosphoproteomics analysis.

artículo científico publicado en 2011

Evolution and function of the mitotic checkpoint

artículo científico

Evolution of the Ras-like small GTPases and their regulators

artículo científico publicado en 2011

Evolution of the TOR pathway

artículo científico publicado en 2011

Evolutionary acquisition of cysteines determines FOXO paralog-specific redox signaling

artículo científico publicado en 2015

Evolutionary dynamics of the kinetochore network in eukaryotes as revealed by comparative genomics.

artículo científico publicado en 2017

Exploitation of gene context

artículo científico publicado en 2000

Exploration of the omics evidence landscape: adding qualitative labels to predicted protein-protein interactions

artículo científico publicado en 2007

Extensive translational regulation during seed germination revealed by polysomal profiling.

artículo científico publicado en 2016

Function prediction and protein networks

artículo científico publicado en 2003

Functional overlap and regulatory links shape genetic interactions between signaling pathways.

artículo científico publicado en 2010

Gene co-regulation is highly conserved in the evolution of eukaryotes and prokaryotes

artículo científico publicado en 2004

Gene context conservation of a higher order than operons.

artículo científico publicado en 2000

Gene duplications contribute to the overrepresentation of interactions between proteins of a similar age.

artículo científico publicado en 2012

Genesis of chromatin and transcription dynamics in the origin of species

artículo científico publicado en 2015

Genome evolution

artículo científico publicado en 2000

Genome phylogeny based on gene content

artículo científico publicado en 1999

Genome trees and the nature of genome evolution

artículo científico publicado en 2005

Genomes in Flux: The Evolution of Archaeal and Proteobacterial Gene Content ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2002

Identification of homologs in insignificant blast hits by exploiting extrinsic gene properties

artículo científico publicado en 2007

In-depth qualitative and quantitative profiling of tyrosine phosphorylation using a combination of phosphopeptide immunoaffinity purification and stable isotope dimethyl labeling

artículo científico publicado en 2009

Increased sucrose levels mediate selective mRNA translation in Arabidopsis

artículo científico publicado en 2014

Inferring the Evolutionary History of Your Favorite Protein: A Guide for Molecular Biologists

artículo científico publicado en 2019

Integrating Phylogenetics With Intron Positions Illuminates the Origin of the Complex Spliceosome

artículo científico publicado en 2023

Large-scale genetic perturbations reveal regulatory networks and an abundance of gene-specific repressors.

artículo científico publicado en 2014

Measuring the impact of gene prediction on gene loss estimates in Eukaryotes by quantifying falsely inferred absences

scientific article published on 28 August 2019

Mosaic origin of the eukaryotic kinetochore

Mosaic origin of the eukaryotic kinetochore

artículo científico publicado en 2019

Novel pipeline identifies new upstream ORFs and non-AUG initiating main ORFs with conserved amino acid sequences in the 5' leader of mRNAs in

artículo científico publicado en 2018

Origin and evolution of the peroxisomal proteome

artículo científico publicado en 2006

Orthology prediction at scalable resolution by phylogenetic tree analysis

artículo científico publicado en 2007

Pathway alignment: application to the comparative analysis of glycolytic enzymes

artículo científico publicado en 1999

Pathway alignment: application to the comparative analysis of glycolytic enzymes

scientific article published in 1999

Phylogenomics reveal a robust fungal tree of life

artículo científico publicado en 2006

Phylogenomics-guided discovery of a novel conserved cassette of short linear motifs in BubR1 essential for the spindle checkpoint.

artículo científico publicado en 2016

Phylogeny of the CDC25 homology domain reveals rapid differentiation of Ras pathways between early animals and fungi.

artículo científico publicado en 2009

Predicting disease genes using protein-protein interactions.

artículo científico publicado en 2006

Predicting gene function by conserved co-expression

artículo científico publicado en 2003

Predicting protein function by genomic context: quantitative evaluation and qualitative inferences

artículo científico publicado en 2000

Protein complex evolution does not involve extensive network rewiring.

artículo científico publicado en 2008

Quantifying modularity in the evolution of biomolecular systems

artículo científico publicado en 2004

Quantitative label-free phosphoproteomics of six different life stages of the late blight pathogen Phytophthora infestans reveals abundant phosphorylation of members of the CRN effector family.

artículo científico

Re-annotating the Mycoplasma pneumoniae genome sequence: adding value, function and reading frames.

artículo científico publicado en 2000

Reconstruction of Oomycete Genome Evolution Identifies Differences in Evolutionary Trajectories Leading to Present-Day Large Gene Families ⬇️

artículo científico publicado el 9 de enero de 2012

SHOT: a web server for the construction of genome phylogenies

artículo científico publicado en 2002

SOMBRERO, BEARSKIN1, and BEARSKIN2 regulate root cap maturation in Arabidopsis

artículo científico publicado en 2010

STRING 7--recent developments in the integration and prediction of protein interactions

artículo científico publicado en 2007

STRING: a database of predicted functional associations between proteins

artículo científico publicado en 2003

STRING: a web-server to retrieve and display the repeatedly occurring neighbourhood of a gene

artículo científico publicado en 2000

STRING: known and predicted protein-protein associations, integrated and transferred across organisms

artículo científico publicado en 2005

Shared protein complex subunits contribute to explaining disrupted co-occurrence

artículo científico publicado en 2013

Signature genes as a phylogenomic tool

artículo científico publicado en 2008

Small homologous blocks in phytophthora genomes do not point to an ancient whole-genome duplication.

artículo científico publicado en 2014

Spatial Organization in Protein Kinase A Signaling Emerged at the Base of Animal Evolution.

artículo científico publicado en 2015

Systematic discovery of analogous enzymes in thiamin biosynthesis

artículo científico publicado en 2003

Targeted quantitative phosphoproteomics approach for the detection of phospho-tyrosine signaling in plants

artículo científico publicado en 2011

The Arabidopsis bZIP transcription factor family-an update

scientific article published on 01 June 2018

The PLETHORA Gene Regulatory Network Guides Growth and Cell Differentiation in Arabidopsis Roots

artículo científico publicado en 2016

The R-spondin protein family

artículo científico publicado en 2012

The consistent phylogenetic signal in genome trees revealed by reducing the impact of noise

artículo científico publicado en 2004

The genome sequence of Bifidobacterium longum reflects its adaptation to the human gastrointestinal tract

artículo científico publicado en 2002

The histone modification H3K27me3 is retained after gene duplication and correlates with conserved noncoding sequences in Arabidopsis.

artículo científico

The identification of functional modules from the genomic association of genes

artículo científico publicado en 2002

The molecular basis of monopolin recruitment to the kinetochore

scientific article published on 30 April 2019

The phylogenetic distribution of frataxin indicates a role in iron-sulfur cluster protein assembly

artículo científico publicado en 2001

The phylogeny of C/S1 bZIP transcription factors reveals a shared algal ancestry and the pre-angiosperm translational regulation of S1 transcripts

artículo científico publicado en 2016

The plant Polycomb repressive complex 1 (PRC1) existed in the ancestor of seed plants and has a complex duplication history

artículo científico publicado en 2015

The spread of the first introns in proto-eukaryotic paralogs

artículo científico publicado en 2022

The vertebrate mitotic checkpoint protein BUBR1 is an unusual pseudokinase.

artículo científico publicado en 2012

The yeast coexpression network has a small-world, scale-free architecture and can be explained by a simple model

artículo científico publicado en 2004

Timing the origin of eukaryotic cellular complexity with ancient duplications

artículo científico publicado en 2020

Toward Automatic Reconstruction of a Highly Resolved Tree of Life

artículo científico publicado en 2006

Tyrosine phosphorylation profiling in FGF-2 stimulated human embryonic stem cells.

artículo científico publicado en 2011

Unique Phylogenetic Distributions of the Ska and Dam1 Complexes Support Functional Analogy and Suggest Multiple Parallel Displacements of Ska by Dam1.

artículo científico publicado en 2017

Variation and evolution of biomolecular systems: searching for functional relevance

artículo científico publicado en 2005

Widespread Recurrent Patterns of Rapid Repeat Evolution in the Kinetochore Scaffold KNL1.

artículo científico publicado en 2015

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