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Lista de obras de William S Hlavacek

A network model of early events in epidermal growth factor receptor signaling that accounts for combinatorial complexity

artículo científico publicado en 2005

A quantitative approach for studying IgE-FcepsilonRI aggregation

artículo científico publicado en 2002

Allergen Valency, Dose, and FcεRI Occupancy Set Thresholds for Secretory Responses to Pen a 1 and Motivate Design of Hypoallergens.

artículo científico publicado en 2016

An Interaction Library for the FcεRI Signaling Network

artículo científico publicado en 2014

Binding of nucleoid-associated protein fis to DNA is regulated by DNA breathing dynamics

artículo científico publicado en 2013

BioNetFit: a fitting tool compatible with BioNetGen, NFsim and distributed computing environments.

artículo científico publicado en 2015

Carbon-fate maps for metabolic reactions.

artículo científico

Completely uncoupled and perfectly coupled gene expression in repressible systems

artículo científico publicado en 1997

Computational analysis of an autophagy/translation switch based on mutual inhibition of MTORC1 and ULK1

artículo científico publicado en 2015

Depicting signaling cascades

artículo científico publicado en 2006

Determinants of bistability in induction of the Escherichia coli lac operon.

artículo científico publicado en 2008

Dynamics of the nucleated polymerization model of prion replication

artículo científico publicado en 2006

Editorial: Selected papers from the Third q-bio Conference on Cellular Information Processing

artículo científico publicado en 2010

Enhanced dimerization drives ligand-independent activity of mutant epidermal growth factor receptor in lung cancer

artículo científico publicado en 2015

Generalizing Gillespie's Direct Method to Enable Network-Free Simulations.

artículo científico publicado en 2018

GetBonNie for building, analyzing and sharing rule-based models.

artículo científico publicado en 2009

Hierarchical graphs for rule-based modeling of biochemical systems

artículo científico publicado en 2011

How to deal with large models?

artículo científico publicado en 2009

Improved predictions of transcription factor binding sites using physicochemical features of DNA.

artículo científico publicado en 2012

Kinetic Monte Carlo method for rule-based modeling of biochemical networks.

artículo científico publicado en 2008

Kinetic proofreading model.

artículo científico publicado en 2008

Mitochondrial morphological features are associated with fission and fusion events

artículo científico publicado en 2014

Modeling biomolecular site dynamics in immunoreceptor signaling systems.

artículo científico publicado en 2014

Modeling cell line-specific recruitment of signaling proteins to the insulin-like growth factor 1 receptor

artículo científico publicado en 2019

Modeling for (physical) biologists: an introduction to the rule-based approach

artículo científico publicado en 2015

Modeling multivalent ligand-receptor interactions with steric constraints on configurations of cell-surface receptor aggregates

artículo científico publicado en 2010

Modeling the early signaling events mediated by FcepsilonRI.

artículo científico publicado en 2002

Modeling the effect of APC truncation on destruction complex function in colorectal cancer cells

artículo científico publicado en 2013

On imposing detailed balance in complex reaction mechanisms.

artículo científico publicado en 2006

Optimal aggregation of FcεRI with a structurally defined trivalent ligand overrides negative regulation driven by phosphatases.

artículo científico publicado en 2014

Phosphorylation site dynamics of early T-cell receptor signaling

artículo científico publicado en 2014

Prediction of Optimal Drug Schedules for Controlling Autophagy

scientific article published in Scientific Reports

Prediction of metabolic reactions based on atomic and molecular properties of small-molecule compounds.

artículo científico publicado en 2011

Prediction of oxidoreductase-catalyzed reactions based on atomic properties of metabolites

artículo científico publicado en 2006

PyBioNetFit and the Biological Property Specification Language

artículo científico publicado en 2019

Q-bio 2007: a watershed moment in modern biology

artículo científico publicado en 2007

Recruitment of the adaptor protein Grb2 to EGFR tetramers

artículo científico publicado en 2014

Relaxation oscillations and hierarchy of feedbacks in MAPK signaling

artículo científico publicado en 2017

Rule-based modeling of biochemical networks

article published in 2005

Rule-based modeling of biochemical systems with BioNetGen

artículo científico publicado en 2009

Rule-based modeling: a computational approach for studying biomolecular site dynamics in cell signaling systems.

artículo científico publicado en 2013

RuleMonkey: software for stochastic simulation of rule-based models

artículo científico publicado en 2010

Rules for coupled expression of regulator and effector genes in inducible circuits

artículo científico publicado en 1996

SPATKIN: a simulator for rule-based modeling of biomolecular site dynamics on surfaces.

artículo científico publicado en 2017

Scaffold-mediated nucleation of protein signaling complexes: elementary principles.

artículo científico publicado en 2011

Scaling methods for accelerating kinetic Monte Carlo simulations of chemical reaction networks

artículo científico publicado en 2019

Single-cell measurements of IgE-mediated FcεRI signaling using an integrated microfluidic platform

artículo científico publicado en 2013

Special section dedicated to The Sixth q-bio Conference: meeting report and preface

artículo científico publicado en 2013

Specification, annotation, visualization and simulation of a large rule-based model for ERBB receptor signaling.

artículo científico publicado en 2012

Subunit structure of regulator proteins influences the design of gene circuitry: analysis of perfectly coupled and completely uncoupled circuits.

artículo científico publicado en 1995

Systems biology markup language (SBML) level 3 package: multistate, multicomponent and multicompartment species, version 1, release 2

artículo científico publicado en 2020

The Brucella TIR-like protein TcpB interacts with the death domain of MyD88

scientific journal article

The Seventh q-bio Conference: meeting report and preface

artículo científico publicado en 2014

The complexity of cell signaling and the need for a new mechanics

artículo científico publicado en 2009

The complexity of complexes in signal transduction.

artículo científico publicado en 2003

The efficiency of reactant site sampling in network-free simulation of rule-based models for biochemical systems

artículo científico publicado en 2011

The eighth q-bio conference: meeting report and special issue preface

artículo científico publicado en 2015

Timescale Separation of Positive and Negative Signaling Creates History-Dependent Responses to IgE Receptor Stimulation

artículo científico publicado en 2017

Use of mechanistic models to integrate and analyze multiple proteomic datasets

artículo científico publicado en 2015

Using Equation-Free Computation to Accelerate Network-Free Stochastic Simulation of Chemical Kinetics

artículo científico publicado en 2018

Using both qualitative and quantitative data in parameter identification for systems biology models

artículo científico publicado en 2018

Using sequence-specific chemical and structural properties of DNA to predict transcription factor binding sites

artículo científico publicado en 2010

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