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Lista de obras de Sanne Abeln

A simple lattice model that captures protein folding, aggregation and amyloid formation

artículo científico publicado en 2014

Accounting for Protein-Solvent Contacts Facilitates Design of Nonaggregating Lattice Proteins ⬇️

artículo científico publicado el 2 de febrero de 2011

Aurora kinase A (AURKA) interaction with Wnt and Ras-MAPK signalling pathways in colorectal cancer.

artículo científico publicado en 2018

BioASF: a framework for automatically generating executable pathway models specified in BioPAX.

artículo científico publicado en 2016

Bioinformatics and systems biology: bridging the gap between heterogeneous student backgrounds

artículo científico publicado en 2013

Coarse-grained versus atomistic simulations: realistic interaction free energies for real proteins

artículo científico publicado en 2013

Comparing clustering and pre-processing in taxonomy analysis

artículo científico publicado en 2012

Competition between surface adsorption and folding of fibril-forming polypeptides ⬇️

article

Consistent Treatment of Hydrophobicity in Protein Lattice Models Accounts for Cold Denaturation ⬇️

artículo científico publicado en 2016

Correction

Biophysical Journal; August 2011

Disordered flanks prevent peptide aggregation

artículo científico publicado en 2008

ECCB 2016: The 15th European Conference on Computational Biology

artículo científico publicado en 2016

Explaining disease using big data: How valid is your pathway?

artículo científico publicado en 2015

Exploring fold space preferences of new-born and ancient protein superfamilies

artículo científico publicado en 2013

Fold usage on genomes and protein fold evolution.

artículo científico publicado en 2005

GeneBreak: detection of recurrent DNA copy number aberration-associated chromosomal breakpoints within genes.

artículo científico

High Prevalence and Clinical Relevance of Genes Affected by Chromosomal Breaks in Colorectal Cancer

artículo científico publicado en 2015

How old is your fold?

artículo científico publicado en 2005

Integrating Candida albicans metabolism with biofilm heterogeneity by transcriptome mapping

artículo científico publicado en 2016

Integration of EGA secure data access into Galaxy

artículo científico publicado en 2016

Interplay between Folding and Assembly of Fibril-Forming Polypeptides

artículo científico publicado en 2013

Linking evolution of protein structures through fragments

Mapping the Protein Fold Universe Using the CamTube Force Field in Molecular Dynamics Simulations

artículo científico publicado en 2015

Mechanical Unfolding of an Autotransporter Passenger Protein Reveals the Secretion Starting Point and Processive Transport Intermediates

artículo científico publicado en 2016

Methods included: Standardizing computational reuse and portability with the Common Workflow Language

artículo científico publicado en 2022

Motif-Aware PRALINE: Improving the alignment of motif regions

artículo científico publicado en 2018

Multiple Sequence Alignment

artículo científico publicado en 2017

Multiple alignment of transmembrane protein sequences

NGS-eval: NGS Error analysis and novel sequence VAriant detection tooL.

artículo científico publicado en 2015

Protein fold evolution on completed genomes: distinguishing between young and old folds ⬇️

doctoral thesis by Sanne Abeln

Quantifying the displacement of mismatches in multiple sequence alignment benchmarks

artículo científico publicado en 2015

SCRY: Extending SPARQL with Custom Data Processing Methods for the Life Sciences ⬇️

SeRenDIP: SEquential REmasteriNg to DerIve profiles for fast and accurate predictions of PPI interface positions

artículo científico publicado en 2019

Systematically linking tranSMART, Galaxy and EGA for reusing human translational research data. ⬇️

artículo científico publicado en 2017

Tailor-made multiple sequence alignments using the PRALINE 2 alignment toolkit

artículo científico publicado en 2019

The hydrophobic effect characterises the thermodynamic signature of amyloid fibril growth

scientific article published on 04 May 2020

The hydrophobic temperature dependence of amino acids directly calculated from protein structures

artículo científico publicado en 2015

Training for translation between disciplines: a philosophy for life and data sciences curricula.

artículo científico publicado en 2018

Unraveling the outcome of 16S rDNA-based taxonomy analysis through mock data and simulations

artículo científico publicado en 2014

Using phylogeny to improve genome wide distant homology recognition

scholarly article by Sanne Abeln published in January 2005

Using phylogeny to improve genome-wide distant homology recognition

artículo científico publicado en 2006

metaModules identifies key functional subnetworks in microbiome-related disease

artículo científico publicado en 2015

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