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Lista de obras de Yann Ponty

A global sampling approach to designing and reengineering RNA secondary structures

artículo científico publicado en 2012

A weighted sampling algorithm for the design of RNA sequences with targeted secondary structure and nucleotide distribution

artículo científico publicado en 2013

An unbiased adaptive sampling algorithm for the exploration of RNA mutational landscapes under evolutionary pressure

artículo científico publicado en 2011

Asymptotics of RNA shapes

artículo científico publicado en 2008

Combining structure probing data on RNA mutants with evolutionary information reveals RNA-binding interfaces

artículo científico publicado en 2016

Counting and sampling gene family evolutionary histories in the duplication-loss and duplication-loss-transfer models

artículo científico publicado en 2020

DIAL: a web server for the pairwise alignment of two RNA three-dimensional structures using nucleotide, dihedral angle and base-pairing similarities.

artículo científico publicado en 2007

DeCoSTAR: Reconstructing the Ancestral Organization of Genes or Genomes Using Reconciled Phylogenies

artículo científico publicado en 2017

Design of RNAs: comparing programs for inverse RNA folding

artículo científico publicado en 2017

Drawing and editing the secondary structure(s) of RNA.

artículo científico publicado en 2015

Efficient approximations of RNA kinetics landscape using non-redundant sampling.

artículo científico publicado en 2017

Efficient sampling of RNA secondary structures from the Boltzmann ensemble of low-energy: the boustrophedon method

artículo científico publicado en 2007

Estimating seed sensitivity on homogeneous alignments

article

Evolution of genes neighborhood within reconciled phylogenies: an ensemble approach

artículo científico publicado en 2015

Expected distance between terminal nucleotides of RNA secondary structures

artículo científico publicado en 2011

GenRGenS: software for generating random genomic sequences and structures

artículo científico publicado en 2006

IPANEMAP: integrative probing analysis of nucleic acids empowered by multiple accessibility profiles

scientific article published on 31 July 2020

Impact of the Energy Model on the Complexity of RNA Folding with Pseudoknots

Introduction to RNA secondary structure comparison

artículo científico publicado en 2014

LocalMove: computing on-lattice fits for biopolymers.

artículo científico publicado en 2008

Meet-U: Educating through research immersion.

artículo científico publicado en 2018

Protein-protein interactions in a crowded environment: an analysis via cross-docking simulations and evolutionary information

artículo científico publicado en 2013

SPARCS: a web server to analyze (un)structured regions in coding RNA sequences

artículo científico publicado en 2013

Small-World Networks and RNA Secondary Structures

artículo científico publicado en 2018

The BRaliBase dent-a tale of benchmark design and interpretation

artículo científico publicado en 2016

Two ribosome recruitment sites direct multiple translation events within HIV1 Gag open reading frame

artículo científico publicado en 2017

Using structural and evolutionary information to detect and correct pyrosequencing errors in noncoding RNAs

artículo científico publicado en 2013

Using the Fast Fourier Transform to Accelerate the Computational Search for RNA Conformational Switches ⬇️

artículo científico publicado el 19 de diciembre de 2012

VARNA: Interactive drawing and editing of the RNA secondary structure

artículo científico publicado en 2009

ecceTERA: comprehensive gene tree-species tree reconciliation using parsimony

artículo científico publicado en 2016

incaRNAfbinv: a web server for the fragment-based design of RNA sequences

artículo científico publicado en 2016

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