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Lista de obras de Simon J. Hubbard

A Functional Role for Protein Cavities in Domain:Domain Motions

artículo científico publicado en 1996

A comprehensive collection of chicken cDNAs

artículo científico publicado en 2002

A critical appraisal of techniques, software packages, and standards for quantitative proteomic analysis

artículo científico publicado en 2012

A critical assessment of the secondary structure alpha-helices and their termini in proteins.

artículo científico publicado en 2002

A genetic variation map for chicken with 2.8 million single-nucleotide polymorphisms

artículo científico publicado en 2004

A kingdom-specific protein domain HMM library for improved annotation of fungal genomes

artículo científico publicado en 2007

A proteome-integrated, carbon source dependent genetic regulatory network in Saccharomyces cerevisiae

scientific article published on 01 February 2020

A quantitative and temporal map of proteostasis during heat shock in Saccharomyces cerevisiae

artículo científico publicado en 2018

A systematic approach to modeling, capturing, and disseminating proteomics experimental data

artículo científico publicado en 2003

Absolute protein quantification of the yeast chaperome under conditions of heat shock

artículo científico publicado en 2016

Addressing statistical biases in nucleotide-derived protein databases for proteogenomic search strategies

artículo científico publicado en 2012

An Introduction to Proteome Bioinformatics

artículo científico publicado en 2010

An informatic pipeline for the data capture and submission of quantitative proteomic data using iTRAQ

artículo científico publicado en 2007

Analysis of Intrinsic Peptide Detectability via Integrated Label-Free and SRM-Based Absolute Quantitative Proteomics.

artículo científico

Analysis of the trypanosome flagellar proteome using a combined electron transfer/collisionally activated dissociation strategy

artículo científico publicado en 2008

Archetypal transcriptional blocks underpin yeast gene regulation in response to changes in growth conditions.

artículo científico publicado en 2018

Assessment of conformational parameters as predictors of limited proteolytic sites in native protein structures.

artículo científico publicado en 1998

BioMart Central Portal: an open database network for the biological community

artículo científico publicado en 2011

CONSeQuence: prediction of reference peptides for absolute quantitative proteomics using consensus machine learning approaches

artículo científico publicado en 2011

Capture and analysis of quantitative proteomic data

artículo científico publicado en 2007

Cavities and packing at protein interfaces

artículo científico publicado en 1994

Characterising alternate splicing and tissue specific expression in the chicken from ESTs

artículo científico publicado en 2007

Comparative bioinformatic analysis of complete proteomes and protein parameters for cross-species identification in proteomics

artículo científico publicado en 2002

Comparative genome analysis across a kingdom of eukaryotic organisms: specialization and diversification in the fungi

artículo científico publicado en 2007

Comparative genome analysis of filamentous fungi reveals gene family expansions associated with fungal pathogenesis

artículo científico publicado en 2008

Computational approaches to peptide identification via tandem MS.

artículo científico publicado en 2010

Computational phosphoproteomics: from identification to localization

artículo científico publicado en 2015

Conceptual modelling of genomic information

artículo científico publicado en 2000

Conservation of Orientation and Sequence in Protein Domain–Domain Interactions

artículo científico publicado en 2004

Cross species proteomics.

artículo científico publicado en 2010

Data Access and Integration in the ISPIDER Proteomics Grid

Detection of internal cavities in globular proteins.

artículo científico publicado en 1995

Differential Expression of Ion Channel Transcripts in Atrial Muscle and Sinoatrial Node in Rabbit

artículo científico publicado en 2006

Direct and Absolute Quantification of over 1800 Yeast Proteins via Selected Reaction Monitoring.

artículo científico publicado en 2016

Disease modeling of core pre-mRNA splicing factor haploinsufficiency

scientific article published on 01 November 2019

Distributions of ion series in ETD and CID spectra: making a comparison

artículo científico publicado en 2011

Dynamic Acclimation to High Light in Arabidopsis thaliana Involves Widespread Reengineering of the Leaf Proteome

artículo científico publicado en 2017

Dynamic changes in eIF4F-mRNA interactions revealed by global analyses of environmental stress responses

artículo científico publicado en 2017

Effect of polymorphisms on ligand binding by mouse major urinary proteins

artículo científico publicado en 2001

Evidence on close packing and cavities in proteins.

artículo científico publicado en 1995

Exploiting proteomic data for genome annotation and gene model validation in Aspergillus niger

artículo científico publicado en 2009

Expression screening and annotation of a zebrafish myoblast cDNA library

artículo científico publicado en 2008

FDRAnalysis: a tool for the integrated analysis of tandem mass spectrometry identification results from multiple search engines

artículo científico publicado en 2011

Focus on Quantitative Proteomics

article

Getting a grip on proteomics data - Proteomics Data Collection (ProDaC).

artículo científico publicado en 2009

Global absolute quantification of a proteome: Challenges in the deployment of a QconCAT strategy.

artículo científico publicado en 2011

Global gene expression profiling reveals widespread yet distinctive translational responses to different eukaryotic translation initiation factor 2B-targeting stress pathways

artículo científico publicado en 2005

Global mRNA selection mechanisms for translation initiation.

artículo científico publicado en 2015

Global translational responses to oxidative stress impact upon multiple levels of protein synthesis.

artículo científico publicado en 2006

Glycolytic flux in is dependent on RNA polymerase III and its negative regulator Maf1

artículo científico publicado en 2019

Human and mouse homo-oligomeric meprin A metalloendopeptidase: substrate and inhibitor specificities

artículo científico publicado en 2007

ISPIDER Central: an integrated database web-server for proteomics

artículo científico

Identifying eIF4E-binding protein translationally-controlled transcripts reveals links to mRNAs bound by specific PUF proteins

artículo científico publicado en 2010

Improving sensitivity in proteome studies by analysis of false discovery rates for multiple search engines

artículo científico publicado en 2009

Integrated multi-omics analyses reveal the pleiotropic nature of the control of gene expression by Puf3p

artículo científico publicado en 2015

Investigating protein isoforms via proteomics: a feasibility study

artículo científico publicado en 2010

Observations on the detection of b- and y-type ions in the collisionally activated decomposition spectra of protonated peptides

artículo científico publicado en 2009

PEDRo: a database for storing, searching and disseminating experimental proteomics data

artículo científico publicado en 2004

PepSeeker: a database of proteome peptide identifications for investigating fragmentation patterns

artículo científico publicado en 2006

PepSeeker: mining information from proteomic data

artículo científico publicado en 2008

Peptide detectability following ESI mass spectrometry

Predicted transcription factor binding sites as predictors of operons in Escherichia coli and Streptomyces coelicolor

artículo científico publicado en 2008

Prediction of missed cleavage sites in tryptic peptides aids protein identification in proteomics

artículo científico publicado en 2007

Prediction of missed proteolytic cleavages for the selection of surrogate peptides for quantitative proteomics

artículo científico publicado en 2012

Proteolysis of Native Proteins

artículo científico publicado en 1999

Puf3p induces translational repression of genes linked to oxidative stress

artículo científico publicado en 2013

Quantitative analysis of chaperone network throughput in budding yeast.

artículo científico publicado en 2013

Quantitative proteomics and network analysis of SSA1 and SSB1 deletion mutants reveals robustness of chaperone HSP70 network in Saccharomyces cerevisiae

artículo científico publicado en 2015

Recent developments in proteome informatics for mass spectrometry analysis

artículo científico publicado en 2009

Representation of selected-reaction monitoring data in the mzQuantML data standard

artículo científico publicado en 2015

Ribosomal flavours: an acquired taste for specific mRNAs?

scientific article published on 12 November 2018

Sequence and comparative analysis of the chicken genome provide unique perspectives on vertebrate evolution

artículo científico publicado en 2004

Sequence search algorithms for single pass sequence identification: does one size fit all?

artículo científico publicado en 2001

SiteSeer: Visualisation and analysis of transcription factor binding sites in nucleotide sequences

artículo científico publicado en 2003

Stable isotope labelling in vivo as an aid to protein identification in peptide mass fingerprinting

artículo científico publicado en 2002

The 4E-BP Caf20p Mediates Both eIF4E-Dependent and Independent Repression of Translation

artículo científico publicado en 2015

The Functional Genomics Experiment model (FuGE): an extensible framework for standards in functional genomics

article

The chicken as a model for large-scale analysis of vertebrate gene function.

artículo científico publicado en 2003

The mzIdentML data standard for mass spectrometry-based proteomics results

artículo científico publicado en 2012

The mzqLibrary--An open source Java library supporting the HUPO-PSI quantitative proteomics standard.

artículo científico publicado en 2015

The structural aspects of limited proteolysis of native proteins

artículo científico publicado el 17 de febrero de 1998

The yeast La related protein Slf1p is a key activator of translation during the oxidative stress response.

artículo científico publicado en 2015

Transcriptome analysis for the chicken based on 19,626 finished cDNA sequences and 485,337 expressed sequence tags

artículo científico publicado en 2004

UKPMC: a full text article resource for the life sciences

artículo científico publicado en 2011

Upstream sequence elements direct post-transcriptional regulation of gene expression under stress conditions in yeast.

artículo científico publicado en 2009

Use of fortuitous in vitro mutations in a synthetic Cu-Zn superoxide dismutase gene to illuminate protein structure-function relationships.

artículo científico publicado en 1998

Whole-cell modeling in yeast predicts compartment-specific proteome constraints that drive metabolic strategies

artículo científico publicado en 2022

e-Fungi: a data resource for comparative analysis of fungal genomes

artículo científico publicado en 2007