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Lista de obras de Rafael Irizarry

A Guide to Teaching Data Science

artículo científico publicado en 2018

A Model-Based Background Adjustment for Oligonucleotide Expression Arrays

A benchmark for Affymetrix GeneChip expression measures

artículo científico publicado en 2004

A benchmark for RNA-seq quantification pipelines

artículo científico publicado en 2016

A framework for oligonucleotide microarray preprocessing.

artículo científico publicado en 2010

A gene expression atlas of embryonic neurogenesis in reveals complex spatiotemporal regulation of lncRNAs

article

A gene expression bar code for microarray data

artículo científico publicado en 2007

A multi-omic analysis of human naïve CD4+ T cells

artículo científico publicado en 2015

A multilevel model to address batch effects in copy number estimation using SNP arrays.

artículo científico publicado en 2010

A simple spreadsheet-based, MIAME-supportive format for microarray data: MAGE-TAB

artículo científico publicado en 2006

A species-generalized probabilistic model-based definition of CpG islands

artículo científico publicado en 2009

A statistical framework for the analysis of microarray probe-level data

A summarization approach for Affymetrix GeneChip data using a reference training set from a large, biologically diverse database

artículo científico publicado en 2006

Accounting for GC-content bias reduces systematic errors and batch effects in ChIP-seq data

artículo científico publicado en 2017

Accounting for cellular heterogeneity is critical in epigenome-wide association studies

artículo científico publicado en 2014

Accurate genome-scale percentage DNA methylation estimates from microarray data

artículo científico publicado en 2010

Age and sun exposure-related widespread genomic blocks of hypomethylation in nonmalignant skin

artículo científico publicado en 2015

Air pollution sources and childhood asthma attacks in Catano, Puerto Rico

artículo científico publicado en 2007

Analysis of Affymetrix GeneChip data using amplified RNA.

artículo científico publicado en 2006

Analysis of genetic interactions on a genome-wide scale in budding yeast: diploid-based synthetic lethality analysis by microarray.

artículo científico publicado en 2008

Assessing affymetrix GeneChip microarray quality

artículo científico publicado en 2011

Author Correction: Detection of renal cell carcinoma using plasma and urine cell-free DNA methylomes

artículo científico publicado en 2020

Author Correction: Feature selection and dimension reduction for single-cell RNA-Seq based on a multinomial model

artículo científico publicado en 2020

BSmooth: from whole genome bisulfite sequencing reads to differentially methylated regions

artículo científico publicado en 2012

Bioconductor: open software development for computational biology and bioinformatics

artículo científico publicado en 2004

Bisulfite-independent analysis of CpG island methylation enables genome-scale stratification of single cells

artículo científico publicado en 2017

Bump hunting to identify differentially methylated regions in epigenetic epidemiology studies.

artículo científico publicado en 2012

ChIP-PED enhances the analysis of ChIP-seq and ChIP-chip data ⬇️

artículo científico publicado el 1 de mayo de 2013

Challenges and emerging directions in single-cell analysis

artículo científico publicado en 2017

Chromosome-wide mapping of DNA methylation patterns in normal and malignant prostate cells reveals pervasive methylation of gene-associated and conserved intergenic sequences

artículo científico publicado en 2011

Circadian rhythm variation in activity, body temperature, and heart rate between C3H/HeJ and C57BL/6J inbred strains

scientific article published on 01 February 2002

Comparing genotyping algorithms for Illumina's Infinium whole-genome SNP BeadChips

artículo científico publicado en 2011

Comparison of Affymetrix GeneChip expression measures.

artículo científico publicado en 2006

Comprehensive high-throughput arrays for relative methylation (CHARM).

artículo científico publicado en 2008

Comprehensive methylome map of lineage commitment from haematopoietic progenitors

artículo científico publicado en 2010

Consolidated strategy for the analysis of microarray spike-in data

artículo científico publicado en 2008

Correcting for cell-type heterogeneity in epigenome-wide association studies: revisiting previous analyses

artículo científico publicado en 2017

DNA hypomethylation arises later in prostate cancer progression than CpG island hypermethylation and contributes to metastatic tumor heterogeneity.

artículo científico publicado en 2008

DNA methylation alterations exhibit intraindividual stability and interindividual heterogeneity in prostate cancer metastases

artículo científico publicado en 2013

DNA methylation shows genome-wide association of NFIX, RAPGEF2 and MSRB3 with gestational age at birth

artículo científico publicado en 2012

Deficiency of different nitric oxide synthase isoforms activates divergent transcriptional programs in cardiac hypertrophy ⬇️

artículo científico publicado el 24 de junio de 2003

Detection and accurate false discovery rate control of differentially methylated regions from whole genome bisulfite sequencing

artículo científico publicado en 2018

Detection of renal cell carcinoma using plasma and urine cell-free DNA methylomes

artículo científico publicado en 2020

Differential expression analysis of RNA-seq data at single-base resolution

artículo científico publicado en 2014

Differential methylation of tissue- and cancer-specific CpG island shores distinguishes human induced pluripotent stem cells, embryonic stem cells and fibroblasts

artículo científico publicado en 2009

Editor's note on Zheng et al. and Rahmani et al

artículo científico publicado en 2017

Effective detection of rare variants in pooled DNA samples using Cross-pool tailcurve analysis ⬇️

artículo científico publicado el 28 de septiembre de 2011

Effective detection of rare variants in pooled DNA samples using cross-pool tail-curve analysis.

artículo científico publicado en 2011

Erratum to: A benchmark for RNA-seq quantification pipelines.

artículo científico publicado en 2016

Erratum to: A benchmark for RNA-seq quantification pipelines.

artículo científico publicado en 2016

Estimating genome-wide copy number using allele-specific mixture models

artículo científico publicado en 2008

Every Body Counts: Measuring Mortality From the COVID-19 Pandemic

scientific article published on 11 September 2020

Evolution in health and medicine Sackler colloquium: Stochastic epigenetic variation as a driving force of development, evolutionary adaptation, and disease

artículo científico publicado en 2009

Excess deaths associated with covid-19 pandemic in 2020: age and sex disaggregated time series analysis in 29 high income countries

scholarly article by Nazrul Islam published in 2021

Exploration, normalization, and genotype calls of high-density oligonucleotide SNP array data

artículo científico publicado en 2006

Exploration, normalization, and summaries of high density oligonucleotide array probe level data

artículo científico publicado en 2003

Fast Wavelet Based Functional Models for Transcriptome Analysis with Tiling Arrays ⬇️

artículo científico publicado el 6 de enero de 2012

Feature selection and dimension reduction for single-cell RNA-Seq based on a multinomial model

artículo científico publicado en 2019

Feature-level exploration of a published Affymetrix GeneChip control dataset

artículo científico publicado en 2006

Flexible expressed region analysis for RNA-seq with derfinder

artículo científico publicado en 2016

Flexible expressed region analysis for RNA-seq with derfinder

scholarly article published 19 February 2015

Frozen robust multiarray analysis (fRMA).

artículo científico publicado en 2010

Functional dissection of lysine deacetylases reveals that HDAC1 and p300 regulate AMPK

artículo científico publicado en 2012

Gene expression analysis of ischemic and nonischemic cardiomyopathy: shared and distinct genes in the development of heart failure

artículo científico publicado en 2005

Gene expression anti-profiles as a basis for accurate universal cancer signatures

artículo científico publicado en 2012

Gene expression in giant cell myocarditis: Altered expression of immune response genes

artículo científico publicado en 2005

Gene set enrichment analysis made simple

artículo científico publicado en 2009

Generalized Additive Selection Models for the Analysis of Studies with Potentially Nonignorable Missing Outcome Data ⬇️

artículo científico publicado el 1 de septiembre de 2003

Genome-Wide DNA Methylation Scan in Major Depressive Disorder ⬇️

artículo científico publicado el 12 de abril de 2012

Genome-wide methylation profiling reveals Zinc finger protein 516 (ZNF516) and FK-506-binding protein 6 (FKBP6) promoters frequently methylated in cervical neoplasia, associated with HPV status and ethnicity in a Chilean population

artículo científico publicado en 2013

Global mRNA expression analysis in myosin II deficient strains of Saccharomyces cerevisiae reveals an impairment of cell integrity functions

artículo científico publicado en 2008

Global synthetic-lethality analysis and yeast functional profiling

artículo científico publicado en 2005

High-resolution spatial normalization for microarrays containing embedded technical replicates

artículo científico publicado en 2006

High-throughput identification of RNA nuclear enrichment sequences

artículo científico publicado en 2018

IVT-seq reveals extreme bias in RNA sequencing

artículo científico publicado en 2014

Identification of a gene expression profile that differentiates between ischemic and nonischemic cardiomyopathy

artículo científico publicado en 2004

Improved base-calling and quality scores for 454 sequencing based on a Hurdle Poisson model

artículo científico publicado en 2012

Improved microarray methods for profiling the Yeast Knockout strain collection

artículo científico publicado en 2005

Improved statistical analysis of budding yeast TAG microarrays revealed by defined spike-in pools

artículo científico publicado en 2005

In vitro identification and in silico utilization of interspecies sequence similarities using GeneChip technology

artículo científico publicado en 2005

Increased methylation variation in epigenetic domains across cancer types

artículo científico publicado en 2011

Influence of host gene transcription level and orientation on HIV-1 latency in a primary-cell model

artículo científico publicado en 2011

Intensity normalization improves color calling in SOLiD sequencing

artículo científico publicado en 2010

Intra-individual change over time in DNA methylation with familial clustering

artículo científico publicado en 2008

KRLMM: an adaptive genotype calling method for common and low frequency variants

artículo científico publicado en 2014

Large histone H3 lysine 9 dimethylated chromatin blocks distinguish differentiated from embryonic stem cells

artículo científico publicado en 2009

Large hypomethylated blocks as a universal defining epigenetic alteration in human solid tumors

artículo científico publicado en 2014

Large-Scale Topological Changes Restrain Malignant Progression in Colorectal Cancer

scientific article published on 18 August 2020

Leydig cell gene expression: effects of age and caloric restriction

artículo científico publicado en 2004

Local Regression With Meaningful Parameters

MAGeCK enables robust identification of essential genes from genome-scale CRISPR/Cas9 knockout screens

artículo científico publicado en 2014

Measuring cell-type specific differential methylation in human brain tissue

artículo científico publicado en 2013

Meta-analysis of gut microbiome studies identifies disease-specific and shared responses

artículo científico publicado en 2017

Minfi: a flexible and comprehensive Bioconductor package for the analysis of Infinium DNA methylation microarrays

artículo científico publicado en 2014

Missing data and technical variability in single-cell RNA-sequencing experiments

artículo científico publicado en 2017

Model-based quality assessment and base-calling for second-generation sequencing data

artículo científico publicado en 2010

Modeling of RNA-seq fragment sequence bias reduces systematic errors in transcript abundance estimation

article

Modeling of RNA-seq fragment sequence bias reduces systematic errors in transcript abundance estimation.

artículo científico publicado en 2016

Mortality in Puerto Rico after Hurricane Maria

Multiple-laboratory comparison of microarray platforms

article

Nucleocytosolic acetyl-coenzyme a synthetase is required for histone acetylation and global transcription

artículo científico publicado en 2006

Oligonucleotide-microarray analysis of peripheral-blood lymphocytes in severe asthma

artículo científico publicado en 2005

On time series analysis of public health and biomedical data

artículo científico publicado en 2006

Orchestrating high-throughput genomic analysis with Bioconductor

artículo científico publicado en 2015

Orthologous gene-expression profiling in multi-species models: search for candidate genes

artículo científico publicado en 2004

Outcomes of adults with cystic fibrosis infected with antibiotic-resistant Pseudomonas aeruginosa

artículo científico publicado en 2005

Overcoming bias and systematic errors in next generation sequencing data

artículo científico publicado en 2010

Overlapping euchromatin/heterochromatin- associated marks are enriched in imprinted gene regions and predict allele-specific modification

artículo científico publicado en 2008

Performance assessment of copy number microarray platforms using a spike-in experiment.

artículo científico publicado en 2011

Performance evaluation of commercial miRNA expression array platforms

artículo científico publicado en 2010

Personalized epigenomic signatures that are stable over time and covary with body mass index

artículo científico publicado en 2010

Prenatal development of intrafetal and maternal-fetal synchrony

artículo científico publicado en 2006

Preprocessing of oligonucleotide array data

artículo científico publicado en 2004

Probabilistic gene expression signatures identify cell-types from single cell RNA-seq data ⬇️

journal article from 'bioRxiv' published in 2020

Proceedings of the second international molecular pathological epidemiology (MPE) meeting

artículo científico publicado en 2015

Proceedings of the third international molecular pathological epidemiology (MPE) meeting

artículo científico publicado en 2017

Processing of Agilent microRNA array data

artículo científico publicado en 2010

Progressive immune dysfunction with advancing disease stage in renal cell carcinoma

artículo científico publicado en 2021

Promoter hypermethylation in MLL-r infant acute lymphoblastic leukemia: biology and therapeutic targeting.

artículo científico publicado en 2010

Quantifying the dynamics of migration after Hurricane Maria in Puerto Rico

scientific article published on 08 December 2020

Quantifying uncertainty in genotype calls

artículo científico publicado en 2009

Quantile normalization of single-cell RNA-seq read counts without unique molecular identifiers

artículo científico publicado en 2020

R/Bioconductor software for Illumina's Infinium whole-genome genotyping BeadChips.

artículo científico publicado en 2009

Recommendations for the design and analysis of epigenome-wide association studies

artículo científico publicado en 2013

Redefining CpG islands using hidden Markov models

artículo científico publicado en 2010

Removing technical variability in RNA-seq data using conditional quantile normalization

artículo científico publicado en 2012

Response to Shields: ‘MIAME, we have a problem’

article

Reversible switching between epigenetic states in honeybee behavioral subcastes

artículo científico publicado en 2012

S-phase checkpoint genes safeguard high-fidelity sister chromatid cohesion

artículo científico publicado en 2004

SMARCB1 is required for widespread BAF complex-mediated activation of enhancers and bivalent promoters

artículo científico publicado en 2017

SNP-specific array-based allele-specific expression analysis

artículo científico publicado en 2008

Salmon provides fast and bias-aware quantification of transcript expression

artículo científico publicado en 2017

Sequencing technology does not eliminate biological variability

artículo científico publicado en 2011

Serum protein MALDI profiling to distinguish upper aerodigestive tract cancer patients from control subjects

artículo científico publicado en 2003

Significance analysis and statistical dissection of variably methylated regions

artículo científico publicado en 2011

Significance analysis for clustering with single-cell RNA-sequencing data

Smooth quantile normalization

artículo científico publicado en 2017

Stacking the deck: double-tiled DNA microarrays

artículo científico publicado en 2006

Statistical analysis of fitness data determined by TAG hybridization on microarrays.

artículo científico publicado en 2008

Stochastic models inspired by hybridization theory for short oligonucleotide arrays.

artículo científico publicado en 2005

Summaries of Affymetrix GeneChip probe level data

artículo científico publicado en 2003

Tackling the widespread and critical impact of batch effects in high-throughput data

artículo científico publicado en 2010

Thawing Frozen Robust Multi-array Analysis (fRMA) ⬇️

artículo científico publicado el 16 de septiembre de 2011

The External RNA Controls Consortium: a progress report.

artículo científico publicado en 2005

The Gene Expression Barcode 3.0: improved data processing and mining tools

artículo científico publicado en 2013

The Gene Expression Barcode: leveraging public data repositories to begin cataloging the human and murine transcriptomes ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2011

The MicroArray Quality Control (MAQC)-II study of common practices for the development and validation of microarray-based predictive models

artículo científico publicado en 2010

The human colon cancer methylome shows similar hypo- and hypermethylation at conserved tissue-specific CpG island shores

artículo científico publicado en 2009

The partitioned LASSO-patternsearch algorithm with application to gene expression data ⬇️

artículo científico publicado el 15 de mayo de 2012

The psychophysiology of the maternal-fetal relationship.

artículo científico publicado en 2004

Top-down standards will not serve systems biology

artículo científico publicado en 2006

Transposon insertion site profiling chip (TIP-chip).

artículo científico publicado en 2006

Travelling waves in the occurrence of dengue haemorrhagic fever in Thailand

artículo científico publicado en 2004

Unstable heart rate and temperature regulation predict mortality in AKR/J mice

artículo científico publicado en 2002

Use of mixture models in a microarray-based screening procedure for detecting differentially represented yeast mutants

artículo científico publicado en 2003

Using the R Package crlmm for Genotyping and Copy Number Estimation.

artículo científico publicado en 2011

Vaginal microbiome topic modeling of laboring Ugandan women with and without fever

artículo científico publicado en 2021

Validation and extension of an empirical Bayes method for SNP calling on Affymetrix microarrays

artículo científico publicado en 2008

Visualization and probability-based scoring of structural variants within repetitive sequences

artículo científico publicado en 2014

fRMA ST: frozen robust multiarray analysis for Affymetrix Exon and Gene ST arrays

artículo científico publicado en 2012

methylCC: technology-independent estimation of cell type composition using differentially methylated regions

scientific article published on 29 November 2019

mirTarRnaSeq: An R/Bioconductor Statistical Package for miRNA-mRNA Target Identification and Interaction Analysis

artículo científico publicado en 2022

quantro: a data-driven approach to guide the choice of an appropriate normalization method

artículo científico publicado en 2015

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