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Lista de obras de Karsten Rippe

A 'loop recapture' mechanism for ACF-dependent nucleosome remodeling

artículo científico publicado en 2005

A lattice model for transcription factor access to nucleosomal DNA.

artículo científico publicado en 2010

A spherical harmonics intensity model for 3D segmentation and 3D shape analysis of heterochromatin foci.

artículo científico publicado en 2016

A three-dimensional colocalization RNA interference screening platform to elucidate the alternative lengthening of telomeres pathway

artículo científico publicado en 2011

ALT-FISH quantifies alternative lengthening of telomeres activity by imaging of single-stranded repeats

artículo científico publicado en 2022

Action at a distance: DNA-looping and initiation of transcription

artículo científico publicado en 1995

Affinity, stoichiometry and cooperativity of heterochromatin protein 1 (HP1) binding to nucleosomal arrays

artículo científico publicado en 2015

Alternative lengthening of telomeres in childhood neuroblastoma from genome to proteome

artículo científico publicado en 2021

Analysis of protein mobilities and interactions in living cells by multifocal fluorescence fluctuation microscopy

artículo científico publicado en 2009

Assembly and mobility of exon-exon junction complexes in living cells

artículo científico publicado en 2009

Association states of nucleosome assembly protein 1 and its complexes with histones

artículo científico publicado en 2005

Association states of the transcription activator protein NtrC from E. coli determined by analytical ultracentrifugation.

artículo científico publicado en 1998

Aurora Kinase B Regulates Telomerase Activity via a Centromeric RNA in Stem Cells.

artículo científico publicado en 2015

Binding affinity of Escherichia coli RNA polymerase*sigma54 holoenzyme for the glnAp2, nifH and nifL promoters

artículo científico publicado en 2002

Biochemical characterization and mass spectrometric disulfide bond mapping of periplasmic alpha-amylase MalS of Escherichia coli.

artículo científico publicado en 1997

Calculating transcription factor binding maps for chromatin.

artículo científico publicado en 2011

Capturing chromosome conformation

artículo científico publicado en 2002

Changing chromatin fiber conformation by nucleosome repositioning

artículo científico publicado en 2014

Chromatin remodelling in mammalian cells by ISWI-type complexes--where, when and why?

artículo científico publicado en 2011

Coding RNAs with a non-coding function: maintenance of open chromatin structure

artículo científico publicado en 2011

DNA (de)methylation in embryonic stem cells controls CTCF-dependent chromatin boundaries

scientific article published on 04 April 2019

DNA binding and oligomerization of NtrC studied by fluorescence anisotropy and fluorescence correlation spectroscopy

artículo científico publicado en 1998

DNMT and HDAC inhibitors induce cryptic transcription start sites encoded in long terminal repeats.

artículo científico publicado en 2017

De novo assembly of a PML nuclear subcompartment occurs through multiple pathways and induces telomere elongation

artículo científico publicado en 2011

Defining the structural requirements for ribose 5-phosphate-binding and intersubunit cross-talk of the malarial pyridoxal 5-phosphate synthase

artículo científico publicado en 2010

Dissecting DNA-histone interactions in the nucleosome by molecular dynamics simulations of DNA unwrapping.

artículo científico publicado en 2011

Dissecting chromatin interactions in living cells from protein mobility maps.

artículo científico publicado en 2011

Dissecting intratumour heterogeneity of nodal B-cell lymphomas at the transcriptional, genetic and drug-response levels

artículo científico publicado en 2020

Dissecting the nascent human transcriptome by analysing the RNA content of transcription factories

artículo científico publicado en 2015

Dual color localization microscopy of cellular nanostructures.

artículo científico publicado en 2009

Dynamic organization of the cell nucleus.

artículo científico publicado en 2007

Dynamic properties of independent chromatin domains measured by correlation spectroscopy in living cells

artículo científico publicado en 2016

Dynamics of telomeres and promyelocytic leukemia nuclear bodies in a telomerase-negative human cell line

artículo científico publicado en 2009

Epigenetic upregulation of lncRNAs at 13q14.3 in leukemia is linked to the In Cis downregulation of a gene cluster that targets NF-kB.

artículo científico publicado en 2013

Establishing epigenetic domains via chromatin-bound histone modifiers

artículo científico publicado en 2013

Evolutionary dynamics and information hierarchies in biological systems

artículo científico publicado en 2013

Exploring the conformational space of chromatin fibers and their stability by numerical dynamic phase diagrams

artículo científico publicado en 2010

Expression of CCCTC-binding factor (CTCF) is linked to poor prognosis in prostate cancer

scientific article published on 29 November 2019

Force spectroscopy of chromatin fibers: extracting energetics and structural information from Monte Carlo simulations

artículo científico publicado en 2011

Genome organization: balancing stability and plasticity.

artículo científico publicado en 2008

Genome-wide nucleosome positioning during embryonic stem cell development

artículo científico publicado en 2012

Genomic footprints of activated telomere maintenance mechanisms in cancer

artículo científico publicado en 2020

Glioblastoma initiating cells are sensitive to histone demethylase inhibition due to epigenetic deregulation

scientific article published on 11 October 2019

HP1 is involved in regulating the global impact of DNA methylation on alternative splicing

artículo científico publicado en 2015

Helix-coil transition of parallel-stranded DNA. Thermodynamics of hairpin and linear duplex oligonucleotides

artículo científico publicado en 1989

Heterochromatin Protein 1β (HP1β) has distinct functions and distinct nuclear distribution in pluripotent versus differentiated cells

artículo científico publicado en 2015

High-precision structural analysis of subnuclear complexes in fixed and live cells via spatially modulated illumination (SMI) microscopy

artículo científico publicado en 2008

Histone H2A C-terminus regulates chromatin dynamics, remodeling, and histone H1 binding

artículo científico publicado en 2010

Histone acetylation increases chromatin accessibility

artículo científico publicado en 2005

Human ISWI chromatin-remodeling complexes sample nucleosomes via transient binding reactions and become immobilized at active sites

artículo científico publicado en 2010

Hypermutation of the inactive X chromosome is a frequent event in cancer

artículo científico publicado en 2013

IgE type multiple myeloma exhibits hypermutated phenotype and tumor reactive T cells

scientific article published in 2022

Increased vitamin D levels at birth and in early infancy increase offspring allergy risk—evidence for involvement of epigenetic mechanisms

article

Integrative genomic and transcriptomic analysis of leiomyosarcoma.

artículo científico publicado en 2018

Isolation of the protein and RNA content of active sites of transcription from mammalian cells ⬇️

artículo científico publicado en 2016

Linking aberrant chromatin features in chronic lymphocytic leukemia to transcription factor networks

artículo científico publicado en 2019

Loss of CCAAT-enhancer-binding protein alpha (CEBPA) is linked to poor prognosis in PTEN deleted and TMPRSS2:ERG fusion type prostate cancers

artículo científico publicado en 2018

Loss of cooperativity of secreted CD40L and increased dose-response to IL4 on CLL cell viability correlates with enhanced activation of NF-kB and STAT6

scientific article published on 27 May 2014

Loss of the abundant nuclear non-coding RNA MALAT1 is compatible with life and development

artículo científico publicado en 2012

Mobility of multi-subunit complexes in the nucleus: accessibility and dynamics of chromatin subcompartments.

artículo científico publicado en 2005

Modeling nucleosome position distributions from experimental nucleosome positioning maps

artículo científico publicado en 2013

Multiscale analysis of dynamics and interactions of heterochromatin protein 1 by fluorescence fluctuation microscopy

artículo científico publicado en 2009

NAP1 modulates binding of linker histone H1 to chromatin and induces an extended chromatin fiber conformation

scientific article published on 16 August 2005

NUDT9, a member of the Nudix hydrolase family, is an evolutionarily conserved mitochondrial ADP-ribose pyrophosphatase.

artículo científico publicado en 2002

NucTools: analysis of chromatin feature occupancy profiles from high-throughput sequencing data

artículo científico publicado en 2017

Nuclear architecture by RNA.

artículo científico

Nucleosome geometry and internucleosomal interactions control the chromatin fiber conformation

artículo científico publicado en 2008

Nucleosome repositioning during differentiation of a human myeloid leukemia cell line

artículo científico publicado en 2017

Nucleosome repositioning links DNA (de)methylation and differential CTCF binding during stem cell development.

artículo científico publicado en 2014

On the significance of Toc-GTPase homodimers

artículo científico publicado en 2008

PML induces compaction, TRF2 depletion and DNA damage signaling at telomeres and promotes their alternative lengthening

artículo científico publicado en 2015

Parallel-stranded DNA under topological stress: rearrangement of (dA)15.(dT)15 to a d(A.A.T)n triplex

artículo científico publicado en 1991

Parallel-stranded duplex DNA containing blocks of trans purine-purine and purine-pyrimidine base pairs

artículo científico publicado en 1994

Pheno-seq - linking visual features and gene expression in 3D cell culture systems

scientific article published on 26 August 2019

Quantification of telomere features in tumor tissue sections by an automated 3D imaging-based workflow

artículo científico publicado en 2016

RNA: Networks & Imaging

artículo científico publicado en 2006

Rational design and molecular characterization of a chimaeric response regulator protein.

artículo científico publicado en 2001

Reactivity of parallel-stranded DNA to chemical modification reagents

scientific article published on 01 October 1990

Real-time observation of light-controlled transcription in living cells.

artículo científico publicado en 2017

Regulation of nucleolus assembly by non-coding RNA polymerase II transcripts ⬇️

artículo científico publicado en 2016

Retrieving Chromatin Patterns from Deep Sequencing Data Using Correlation Functions.

artículo científico publicado en 2017

Retrieving the intracellular topology from multi-scale protein mobility mapping in living cells.

artículo científico publicado en 2014

SIRT6 recruits SNF2H to DNA break sites, preventing genomic instability through chromatin remodeling

artículo científico publicado en 2013

Scanning force microscopy of Escherichia coli RNA polymerase.sigma54 holoenzyme complexes with DNA in buffer and in air

artículo científico publicado en 1998

Simultaneous binding of two DNA duplexes to the NtrC-enhancer complex studied by two-color fluorescence cross-correlation spectroscopy.

artículo científico

Single-cell transcriptomes of the human skin reveal age-related loss of fibroblast priming

scientific article published on 23 April 2020

Specificity mechanisms in the control of transcription

artículo científico publicado en 1996

Spectroscopic properties and helical stabilities of 25-nt parallel-stranded linear DNA duplexes

artículo científico publicado en 1989

Statistical–mechanical lattice models for protein–DNA binding in chromatin ⬇️

artículo científico publicado el 30 de septiembre de 2010

Structure and function of the hetero-oligomeric cysteine synthase complex in plants

artículo científico publicado en 2010

Substrate properties of 25-nt parallel-stranded linear DNA duplexes

artículo científico publicado en 1989

Superhelix dimensions of a 1868 base pair plasmid determined by scanning force microscopy in air and in aqueous solution.

artículo científico

Suv4-20h2 mediates chromatin compaction and is important for cohesin recruitment to heterochromatin.

artículo científico publicado en 2013

TERRA and the state of the telomere.

artículo científico publicado en 2015

Targeting chromatin remodelers: signals and search mechanisms.

artículo científico publicado en 2011

TelNet - a database for human and yeast genes involved in telomere maintenance.

artículo científico publicado en 2018

Telomere dysfunction and chromothripsis

artículo científico publicado en 2016

TelomereHunter - in silico estimation of telomere content and composition from cancer genomes

artículo científico publicado en 2019

Tethering RNA to chromatin for fluorescence microscopy based analysis of nuclear organization

artículo científico publicado en 2017

The 4D nucleome: Evidence for a dynamic nuclear landscape based on co-aligned active and inactive nuclear compartments

artículo científico publicado en 2015

The effect of internucleosomal interaction on folding of the chromatin fiber

artículo científico publicado en 2008

The effect of the DNA conformation on the rate of NtrC activated transcription of Escherichia coli RNA polymerase.sigma(54) holoenzyme

artículo científico publicado en 2000

The hydrogen-bonding structure in parallel-stranded duplex DNA is reverse Watson-Crick

artículo científico publicado en 1991

The viscoelastic properties of chromatin and the nucleoplasm revealed by scale-dependent protein mobility.

artículo científico publicado en 2015

Three-dimensional organization of promyelocytic leukemia nuclear bodies.

artículo científico publicado en 2010

Transcriptional activation via DNA-looping: visualization of intermediates in the activation pathway of E. coli RNA polymerase x sigma 54 holoenzyme by scanning force microscopy.

artículo científico publicado en 1997

X-ray crystal structure of Saccharomyces cerevisiae Pdx1 provides insights into the oligomeric nature of PLP synthases

artículo científico publicado en 2009

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