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Lista de obras de David Baker

A "solvated rotamer" approach to modeling water-mediated hydrogen bonds at protein-protein interfaces

artículo científico publicado en 2005

A Computationally Designed Hemagglutinin Stem-Binding Protein Provides In Vivo Protection from Influenza Independent of a Host Immune Response

artículo científico publicado en 2016

A Computationally Designed Inhibitor of an Epstein-Barr Viral Bcl-2 Protein Induces Apoptosis in Infected Cells

artículo científico publicado en 2014

A De Novo Protein Binding Pair By Computational Design and Directed Evolution

artículo científico publicado en 2011

A Double S Shape Provides the Structural Basis for the Extraordinary Binding Specificity of Dscam Isoforms

artículo científico publicado en 2008

A General Expression for Bimolecular Association Rates with Orientational Constraints

article

A New Twist in TCR Diversity Revealed by a Forbidden αβ TCR

artículo científico publicado en 2008

A Pareto-optimal refinement method for protein design scaffolds

artículo científico publicado en 2013

A breakdown of symmetry in the folding transition state of protein L

A cell-free platform for the prenylation of natural products and application to cannabinoid production

artículo científico publicado en 2019

A computational method for design of connected catalytic networks in proteins

artículo científico publicado en 2019

A conserved structural motif mediates formation of the periplasmic rings in the type III secretion system

artículo científico publicado en 2009

A general computational approach for repeat protein design

artículo científico publicado en 2014

A general strategy to construct small molecule biosensors in eukaryotes

artículo científico publicado en 2015

A hybrid NMR/SAXS-based approach for discriminating oligomeric protein interfaces using Rosetta

artículo científico publicado en 2014

A large scale test of computational protein design: folding and stability of nine completely redesigned globular proteins

artículo científico publicado en 2003

A new hydrogen-bonding potential for the design of protein-RNA interactions predicts specific contacts and discriminates decoys

artículo científico publicado en 2004

A novel semi-biosynthetic route for artemisinin production using engineered substrate-promiscuous P450(BM3).

artículo científico publicado en 2009

A phage display system for studying the sequence determinants of protein folding

artículo científico publicado en 1995

A protein-folding reaction under kinetic control

artículo científico publicado en 1992

A putative Src homology 3 domain binding motif but not the C-terminal dystrophin WW domain binding motif is required for dystroglycan function in cellular polarity in Drosophila

artículo científico publicado en 2007

A refined model of the prototypical Salmonella SPI-1 T3SS basal body reveals the molecular basis for its assembly

artículo científico publicado en 2013

A simple physical model for binding energy hot spots in protein-protein complexes

artículo científico publicado en 2002

A simple physical model for the prediction and design of protein-DNA interactions

artículo científico publicado en 2004

A synthetic homing endonuclease-based gene drive system in the human malaria mosquito

artículo científico publicado en 2011

A vast repertoire of Dscam binding specificities arises from modular interactions of variable Ig domains.

artículo científico publicado en 2007

APOBEC2 is a monomer in solution: implications for APOBEC3G models

artículo científico publicado en 2012

Accurate automated protein NMR structure determination using unassigned NOESY data

artículo científico publicado en 2010

Accurate computational design of multipass transmembrane proteins.

artículo científico publicado en 2018

Accurate computer-based design of a new backbone conformation in the second turn of protein L

artículo científico publicado en 2002

Accurate de novo design of hyperstable constrained peptides

artículo científico publicado en 2016

Accurate design of co-assembling multi-component protein nanomaterials

artículo científico publicado en 2014

Accurate design of megadalton-scale two-component icosahedral protein complexes

artículo científico publicado en 2016

Accurate prediction of protein structures and interactions using a three-track neural network

artículo científico publicado en 2021

Accurate protein structure modeling using sparse NMR data and homologous structure information

artículo científico publicado en 2012

Advances, interactions, and future developments in the CNS, Phenix, and Rosetta structural biology software systems

artículo científico publicado en 2013

Algorithm discovery by protein folding game players

artículo científico publicado en 2011

Alteration of enzyme specificity by computational loop remodeling and design

artículo científico publicado en 2009

Alternate states of proteins revealed by detailed energy landscape mapping

artículo científico publicado en 2010

Amyloid β peptide cleavage by kallikrein 7 attenuates fibril growth and rescues neurons from Aβ-mediated toxicity in vitro

artículo científico publicado en 2014

An alpha-helical burst in the src SH3 folding pathway

artículo científico publicado en 2007

An engineered microbial platform for direct biofuel production from brown macroalgae.

artículo científico publicado en 2012

An enumerative algorithm for de novo design of proteins with diverse pocket structures

artículo científico publicado en 2020

An exciting but challenging road ahead for computational enzyme design

artículo científico publicado en 2010

An improved protein decoy set for testing energy functions for protein structure prediction.

artículo científico publicado en 2003

An orientation-dependent hydrogen bonding potential improves prediction of specificity and structure for proteins and protein-protein complexes

artículo científico publicado en 2003

Analysis of anisotropic side-chain packing in proteins and application to high-resolution structure prediction.

artículo científico publicado en 2004

Assembly of protein tertiary structures from fragments with similar local sequences using simulated annealing and Bayesian scoring functions

artículo científico publicado en 1997

Assessing the utility of coevolution-based residue-residue contact predictions in a sequence- and structure-rich era.

artículo científico publicado en 2013

Assessment of predictions submitted for the CASP7 domain prediction category.

artículo científico publicado en 2007

Assessment of the optimization of affinity and specificity at protein-DNA interfaces

artículo científico publicado en 2009

Assigning function to yeast proteins by integration of technologies.

artículo científico publicado en 2003

Atomic accuracy in predicting and designing noncanonical RNA structure

artículo científico publicado en 2010

Atomic model of the type III secretion system needle

artículo científico publicado en 2012

Atomic-accuracy models from 4.5-Å cryo-electron microscopy data with density-guided iterative local refinement

artículo científico publicado en 2015

Author Correction: A cell-free platform for the prenylation of natural products and application to cannabinoid production

scholarly article published in Nature Communications

Automated de novo prediction of native-like RNA tertiary structures

artículo científico publicado en 2007

Automated prediction of CASP-5 structures using the Robetta server.

artículo científico publicado en 2003

Automated prediction of domain boundaries in CASP6 targets using Ginzu and RosettaDOM.

artículo científico publicado en 2005

Automating human intuition for protein design

artículo científico publicado en 2013

Bioluminescent sensor proteins for point-of-care therapeutic drug monitoring.

artículo científico publicado en 2014

Blind docking of pharmaceutically relevant compounds using RosettaLigand

artículo científico publicado en 2009

Blind testing of routine, fully automated determination of protein structures from NMR data

artículo científico publicado en 2012

Bridging the gaps in design methodologies by evolutionary optimization of the stability and proficiency of designed Kemp eliminase KE59

artículo científico publicado en 2012

CASD-NMR: critical assessment of automated structure determination by NMR

artículo científico publicado en 2009

CASP6 assessment of contact prediction.

artículo científico publicado en 2005

CSAR Benchmark Exercise 2013: Evaluation of Results from a Combined Computational Protein Design, Docking, and Scoring/Ranking Challenge

artículo científico publicado en 2016

Ca2+ indicators based on computationally redesigned calmodulin-peptide pairs

artículo científico publicado en 2006

Catalytic efficiencies of directly evolved phosphotriesterase variants with structurally different organophosphorus compounds in vitro

artículo científico publicado en 2015

Catalytic mechanism and performance of computationally designed enzymes for Kemp elimination

artículo científico publicado en 2008

Centenary Award and Sir Frederick Gowland Hopkins Memorial Lecture. Protein folding, structure prediction and design.

artículo científico publicado en 2014

Chapter 7 Reconstitution of Protein Transport Using Broken Yeast Spheroplasts

article by David Baker & Randy Schekman published 1989 in Methods in Cell Biology

Characterization of the folding energy landscapes of computer generated proteins suggests high folding free energy barriers and cooperativity may be consequences of natural selection

artículo científico publicado en 2004

Characterization of the free energy spectrum of peptostreptococcal protein L

artículo científico publicado en 1997

Cloning, expression, purification, crystallization and preliminary X-ray diffraction data of the Pyrococcus horikoshii RadA intein

artículo científico publicado en 2011

Close agreement between the orientation dependence of hydrogen bonds observed in protein structures and quantum mechanical calculations

artículo científico publicado en 2004

Clustering of low-energy conformations near the native structures of small proteins

artículo científico publicado en 1998

Combined covalent-electrostatic model of hydrogen bonding improves structure prediction with Rosetta

artículo científico publicado en 2015

Community-wide assessment of protein-interface modeling suggests improvements to design methodology

artículo científico publicado en 2011

Community-wide evaluation of methods for predicting the effect of mutations on protein-protein interactions

artículo científico publicado en 2013

Comparative Analysis of Mutant Tyrosine Kinase Chemical Rescue † ‡

artículo científico publicado en 2009

Comparison of Quantum Mechanics and Molecular Mechanics Dimerization Energy Landscapes for Pairs of Ring-Containing Amino Acids in Proteins

scholarly article by Alexandre V. Morozov et al published June 2004 in Journal of Physical Chemistry

Comparison of designed and randomly generated catalysts for simple chemical reactions

artículo científico publicado en 2012

Complementary Chimeric Isoforms Reveal Dscam1 Binding Specificity In Vivo

Complementary chimeric isoforms reveal Dscam1 binding specificity in vivo

artículo científico publicado en 2012

Comprehensive computational design of mCreI homing endonuclease cleavage specificity for genome engineering

artículo científico publicado en 2011

Comprehensive computational design of ordered peptide macrocycles.

artículo científico publicado en 2017

Computation and Functional Studies Provide a Model for the Structure of the Zinc Transporter hZIP4.

artículo científico publicado en 2015

Computation of conformational coupling in allosteric proteins

artículo científico publicado en 2009

Computation-guided backbone grafting of a discontinuous motif onto a protein scaffold

artículo científico publicado en 2011

Computational Design of Catalytic Dyads and Oxyanion Holes for Ester Hydrolysis

artículo científico publicado en 2012

Computational Design of Proteins Targeting the Conserved Stem Region of Influenza Hemagglutinin

artículo científico publicado en 2011

Computational Design of Self-Assembling Protein Nanomaterials with Atomic Level Accuracy

artículo científico publicado en 2012

Computational Design of a Protein-Based Enzyme Inhibitor

artículo científico publicado en 2013

Computational Design of an Enzyme Catalyst for a Stereoselective Bimolecular Diels-Alder Reaction

artículo científico publicado en 2010

Computational Design of an Unnatural Amino Acid Dependent Metalloprotein with Atomic Level Accuracy

artículo científico publicado en 2013

Computational design of a homotrimeric metalloprotein with a trisbipyridyl core

scientific article published on 08 December 2016

Computational design of a new hydrogen bond network and at least a 300-fold specificity switch at a protein-protein interface

artículo científico publicado en 2006

Computational design of a pH-sensitive IgG binding protein

artículo científico publicado en 2013

Computational design of a red fluorophore ligase for site-specific protein labeling in living cells

artículo científico publicado en 2014

Computational design of closely related proteins that adopt two well-defined but structurally divergent folds

artículo científico publicado en 2020

Computational design of enone-binding proteins with catalytic activity for the Morita-Baylis-Hillman reaction

artículo científico publicado en 2013

Computational design of environmental sensors for the potent opioid fentanyl.

artículo científico publicado en 2017

Computational design of epitope-scaffolds allows induction of antibodies specific for a poorly immunogenic HIV vaccine epitope

artículo científico publicado en 2010

Computational design of high-affinity epitope scaffolds by backbone grafting of a linear epitope

artículo científico publicado en 2012

Computational design of ligand-binding proteins with high affinity and selectivity

artículo científico publicado en 2013

Computational design of novel protein binders and experimental affinity maturation

artículo científico publicado en 2013

Computational design of orthogonal nucleoside kinases

artículo científico publicado en 2010

Computational design of self-assembling cyclic protein homo-oligomers

artículo científico publicado en 2016

Computational design of transmembrane pores

artículo científico publicado en 2020

Computational enzyme design

artículo científico

Computational protein design enables a novel one-carbon assimilation pathway.

artículo científico publicado en 2015

Computational redesign of a mononuclear zinc metalloenzyme for organophosphate hydrolysis

artículo científico publicado en 2012

Computational redesign of endonuclease DNA binding and cleavage specificity

artículo científico publicado en 2006

Computational redesign of protein-protein interaction specificity

artículo científico publicado en 2004

Computational reprogramming of homing endonuclease specificity at multiple adjacent base pairs

artículo científico publicado en 2010

Computational thermostabilization of an enzyme

artículo científico publicado en 2005

Computationally Designed Armadillo Repeat Proteins for Modular Peptide Recognition

artículo científico publicado en 2016

Computationally designed high specificity inhibitors delineate the roles of BCL2 family proteins in cancer

artículo científico publicado en 2016

Computationally designed libraries for rapid enzyme stabilization

artículo científico publicado en 2014

Computer-based redesign of a protein folding pathway

artículo científico publicado en 2001

Confirmation of intersubunit connectivity and topology of designed protein complexes by native MS.

artículo científico publicado en 2018

Conserved residue clustering and protein structure prediction.

artículo científico publicado en 2003

Consistent blind protein structure generation from NMR chemical shift data

artículo científico publicado en 2008

Contact order and ab initio protein structure prediction

artículo científico publicado en 2002

Contact order revisited: influence of protein size on the folding rate

artículo científico publicado en 2003

Contact order, transition state placement and the refolding rates of single domain proteins.

artículo científico publicado en 1998

Contrasting roles for symmetrically disposed beta-turns in the folding of a small protein.

artículo científico publicado en 1997

Contributions of amino acid side chains to the kinetics and thermodynamics of the bivalent binding of protein L to Ig kappa light chain

artículo científico publicado en 2004

Contributions of solvent–solvent hydrogen bonding and van der Waals interactions to the attraction between methane molecules in water

scientific article published on 01 April 1998

Control of repeat-protein curvature by computational protein design

artículo científico publicado en 2015

Control over overall shape and size in de novo designed proteins

artículo científico publicado en 2015

Convergent mechanisms for recognition of divergent cytokines by the shared signaling receptor gp130

artículo científico publicado en 2003

Conversion of monomeric protein L to an obligate dimer by computational protein design

artículo científico publicado en 2001

Cooperative hydrogen bonding in amyloid formation

artículo científico publicado en 2007

Critical role of beta-hairpin formation in protein G folding

artículo científico publicado en 2000

Cryo-EM model validation using independent map reconstructions

artículo científico publicado en 2013

Cryo-EM structure of a group II chaperonin in the prehydrolysis ATP-bound state leading to lid closure

artículo científico publicado en 2011

Crystal structure of Toll-like receptor adaptor MAL/TIRAP reveals the molecular basis for signal transduction and disease protection

artículo científico publicado en 2011

Crystal structure of XMRV protease differs from the structures of other retropepsins

artículo científico publicado en 2011

Crystal structure of a monomeric retroviral protease solved by protein folding game players

artículo científico publicado en 2011

Crystal structure of the HSV-1 Fc receptor bound to Fc reveals a mechanism for antibody bipolar bridging

artículo científico publicado en 2006

Crystal structures and increased stabilization of the protein G variants with switched folding pathways NuG1 and NuG2

artículo científico publicado en 2002

Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of mutants of B1 IgG-binding domain of protein L from Peptostreptococcus magnus

artículo científico publicado en 2000

De Novo Prediction of Three-dimensional Structures for Major Protein Families

artículo científico publicado en 2002

De novo computational design of retro-aldol enzymes

artículo científico publicado en 2008

De novo design of a four-fold symmetric TIM-barrel protein with atomic-level accuracy

artículo científico publicado en 2016

De novo design of a homo-trimeric amantadine-binding protein

artículo científico publicado en 2019

De novo design of a non-local β-sheet protein with high stability and accuracy

scientific article published on 29 October 2018

De novo design of immunoglobulin-like domains

artículo científico publicado en 2022

De novo design of modular and tunable allosteric biosensors

artículo científico publicado en 2020

De novo design of modular and tunable protein biosensors

artículo científico publicado en 2021

De novo design of picomolar SARS-CoV-2 miniprotein inhibitors

artículo científico publicado en 2020

De novo design of protein homo-oligomers with modular hydrogen-bond network-mediated specificity

artículo científico publicado en 2016

De novo design of protein logic gates

scientific article published on 01 April 2020

De novo design of self-assembling helical protein filaments

scientific article published in Science

De novo design of tunable, pH-driven conformational changes.

artículo científico publicado en 2019

De novo design of tyrosine and serine kinase-driven protein switches

artículo científico publicado en 2021

De novo designed proteins neutralize lethal snake venom toxins

artículo científico publicado en 2025

De novo protein structure determination from near-atomic-resolution cryo-EM maps

artículo científico publicado en 2015

De novo protein structure generation from incomplete chemical shift assignments.

artículo científico publicado en 2008

De novo structure generation using chemical shifts for proteins with high-sequence identity but different folds

artículo científico publicado en 2010

De novo-designed enzymes as small-molecule-regulated fluorescence imaging tags and fluorescent reporters

artículo científico publicado en 2014

Deciphering a novel thioredoxin-like fold family

scholarly article by Lisa N. Kinch published in June 2003

Design and Characterization of Stabilized Derivatives of Human CD4D12 and CD4D1

article

Design of a Novel Globular Protein Fold with Atomic-Level Accuracy

artículo científico publicado en 2003

Design of a hyperstable 60-subunit protein dodecahedron. [corrected]

artículo científico publicado en 2016

Design of activated serine–containing catalytic triads with atomic-level accuracy

artículo científico publicado en 2014

Design of ordered two-dimensional arrays mediated by noncovalent protein-protein interfaces

artículo científico publicado en 2015

Design of protein-binding proteins from the target structure alone

artículo científico publicado en 2022

Design of stimulus-responsive two-state hinge proteins

artículo científico publicado en 2023

Design, activity, and structure of a highly specific artificial endonuclease

artículo científico publicado en 2002

Designed protein aggregates entrapping carbon nanotubes for bioelectrochemical oxygen reduction

artículo científico publicado en 2016

Designed protein logic to target cells with precise combinations of surface antigens

artículo científico publicado en 2020

Designed proteins assemble antibodies into modular nanocages

scientific article published on 01 December 2020

Designing Two-Dimensional Protein Arrays through Fusion of Multimers and Interface Mutations

artículo científico publicado en 2015

Detection of protein coding sequences using a mixture model for local protein amino acid sequence

artículo científico publicado en 2000

Determination of solution structures of proteins up to 40 kDa using CS-Rosetta with sparse NMR data from deuterated samples

artículo científico publicado en 2012

Determination of the structures of symmetric protein oligomers from NMR chemical shifts and residual dipolar couplings

artículo científico publicado en 2011

Determining crystal structures through crowdsourcing and coursework

artículo científico publicado en 2016

Dissecting muscle and neuronal disorders in a Drosophila model of muscular dystrophy

artículo científico publicado en 2007

Distributions of beta sheets in proteins with application to structure prediction.

artículo científico publicado en 2002

Efficient minimization of angle-dependent potentials for polypeptides in internal coordinates

article

Efficient sampling of protein conformational space using fast loop building and batch minimization on highly parallel computers

artículo científico publicado en 2012

Electron density redistribution accounts for half the cooperativity of alpha helix formation

artículo científico publicado en 2006

Elicitation of structure-specific antibodies by epitope scaffolds

artículo científico publicado en 2010

Emergence of a catalytic tetrad during evolution of a highly active artificial aldolase

artículo científico publicado en 2016

Emergence of symmetry in homooligomeric biological assemblies.

artículo científico publicado en 2008

Enantioselective enzymes by computational design and in silico screening

artículo científico publicado en 2015

Engineering V-type nerve agents detoxifying enzymes using computationally focused libraries

artículo científico publicado en 2013

Engineering an allosteric transcription factor to respond to new ligands

scientific article published on 21 December 2015

Engineering and design

scientific article published on 01 August 1999

Engineering domain fusion chimeras from I-OnuI family LAGLIDADG homing endonucleases

artículo científico publicado en 2012

Engineering of Kuma030: A Gliadin Peptidase That Rapidly Degrades Immunogenic Gliadin Peptides in Gastric Conditions

artículo científico publicado en 2015

Enhancing and shaping the immunogenicity of native-like HIV-1 envelope trimers with a two-component protein nanoparticle

scientific article published on 19 September 2019

Ensuring scientific reproducibility in bio-macromolecular modeling via extensive, automated benchmarks

artículo científico publicado en 2021

Evaluation and optimization of discrete state models of protein folding

artículo científico publicado en 2012

Evaluation and ranking of enzyme designs

artículo científico publicado en 2010

Evaluation of Models of Electrostatic Interactions in Proteins

article

Evaluation of structural and evolutionary contributions to deleterious mutation prediction

artículo científico publicado en 2002

Evolution of a designed retro-aldolase leads to complete active site remodeling

artículo científico publicado en 2013

Evolutionary conservation in protein folding kinetics

artículo científico publicado en 2000

Evolutionary optimization of computationally designed enzymes: Kemp eliminases of the KE07 series

artículo científico publicado en 2010

Expanding the product profile of a microbial alkane biosynthetic pathway

artículo científico

Expansive discovery of chemically diverse structured macrocyclic oligoamides

artículo científico publicado en 2024

Experimental and computational analyses of the energetic basis for dual recognition of immunity proteins by colicin endonucleases

artículo científico publicado en 2008

Exploitation of binding energy for catalysis and design

artículo científico publicado en 2009

Exploration of Alternate Catalytic Mechanisms and Optimization Strategies for Retroaldolase Design

artículo científico publicado en 2014

Exploring folding free energy landscapes using computational protein design.

artículo científico publicado en 2004

Exploring the repeat protein universe through computational protein design

artículo científico publicado en 2015

Extreme stability in de novo-designed repeat arrays is determined by unusually stable short-range interactions

article published in the Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

Feature space resampling for protein conformational search.

artículo científico publicado en 2010

FireProt: Energy- and Evolution-Based Computational Design of Thermostable Multiple-Point Mutants

artículo científico publicado en 2015

Folding Dynamics of the src SH3 Domain ⬇️

artículo científico publicado el 16 de diciembre de 1997

Folding of the C-terminal bacterial binding domain in statherin upon adsorption onto hydroxyapatite crystals

artículo científico publicado en 2006

Force Field Optimization Guided by Small Molecule Crystal Lattice Data Enables Consistent Sub-Angstrom Protein–Ligand Docking

artículo científico publicado en 2021

Free modeling with Rosetta in CASP6

artículo científico publicado en 2005

Functional inferences from blind ab initio protein structure predictions.

artículo científico publicado en 2001

Functional rapidly folding proteins from simplified amino acid sequences.

artículo científico publicado en 1997

GTP-binding Ypt1 protein and Ca2+ function independently in a cell-free protein transport reaction

artículo científico publicado en 1990

Generalized biomolecular modeling and design with RoseTTAFold All-Atom

artículo científico publicado en 2024

Global analysis of protein folding using massively parallel design, synthesis, and testing

artículo científico

HMMSTR: a hidden Markov model for local sequence-structure correlations in proteins.

artículo científico publicado en 2000

Hallucinating symmetric protein assemblies ⬇️

artículo científico publicado en 2022

Heterologous epitope-scaffold prime:boosting immuno-focuses B cell responses to the HIV-1 gp41 2F5 neutralization determinant

artículo científico publicado en 2011

Hierarchy of structure loss in MD simulations of src SH3 domain unfolding.

artículo científico publicado en 1999

High thermodynamic stability of parametrically designed helical bundles

artículo científico publicado en 2014

High-Resolution Microtubule Structures Reveal the Structural Transitions in αβ-Tubulin upon GTP Hydrolysis

artículo científico publicado en 2014

High-Throughput Characterization of Protein-Protein Interactions by Reprogramming Yeast Mating

High-accuracy refinement using Rosetta in CASP13

scientific article published on 05 August 2019

High-resolution comparative modeling with RosettaCM.

artículo científico publicado en 2013

High-resolution mapping of protein sequence-function relationships

artículo científico publicado en 2010

High-resolution structural and thermodynamic analysis of extreme stabilization of human procarboxypeptidase by computational protein design

artículo científico publicado en 2007

High-resolution structural validation of the computational redesign of human U1A protein.

artículo científico publicado en 2006

High-resolution structure of a retroviral protease folded as a monomer

artículo científico publicado en 2011

High-resolution structure of the Shigella type-III secretion needle by solid-state NMR and cryo-electron microscopy

artículo científico publicado en 2014

High-resolution structure prediction and the crystallographic phase problem

artículo científico publicado en 2007

Homology modeling using parametric alignment ensemble generation with consensus and energy-based model selection

artículo científico publicado en 2006

Hotspot-centric de novo design of protein binders

artículo científico publicado en 2011

Immobilizing affinity proteins to nitrocellulose: a toolbox for paper-based assay developers

artículo científico publicado en 2015

Important role of hydrogen bonds in the structurally polarized transition state for folding of the src SH3 domain

artículo científico publicado el 1 de agosto de 1998

Improved beta-protein structure prediction by multilevel optimization of nonlocal strand pairings and local backbone conformation.

artículo científico publicado en 2006

Improved chemical shift based fragment selection for CS-Rosetta using Rosetta3 fragment picker

artículo científico publicado en 2013

Improved low-resolution crystallographic refinement with Phenix and Rosetta

artículo científico publicado en 2013

Improved modeling of side-chain--base interactions and plasticity in protein--DNA interface design

artículo científico publicado en 2012

Improved molecular replacement by density- and energy-guided protein structure optimization

artículo científico publicado en 2011

Improved protein structure prediction using predicted interresidue orientations

scientific article published on 02 January 2020

Improved recognition of native-like protein structures using a combination of sequence-dependent and sequence-independent features of proteins

artículo científico publicado en 1999

Improved side-chain modeling for protein-protein docking

artículo científico publicado en 2005

Improvement in protein functional site prediction by distinguishing structural and functional constraints on protein family evolution using computational design

artículo científico publicado en 2005

Improvement of a potential anthrax therapeutic by computational protein design

artículo científico

Improving 3D structure prediction from chemical shift data

artículo científico publicado en 2013

Improving NMR protein structure quality by Rosetta refinement: A molecular replacement study

artículo científico publicado en 2009

Improving physical realism, stereochemistry, and side-chain accuracy in homology modeling: Four approaches that performed well in CASP8.

artículo científico publicado en 2009

Improving the Catalytic Performance of an Artificial Metalloenzyme by Computational Design

artículo científico publicado en 2015

Incorporation of evolutionary information into Rosetta comparative modeling

artículo científico publicado en 2011

Increased Diels-Alderase activity through backbone remodeling guided by Foldit players

artículo científico publicado en 2012

Influenza hemagglutinin: kinetic control of protein function.

artículo científico publicado en 1994

Insights from the crystal structure of the sixth BRCT domain of topoisomerase IIβ binding protein 1

artículo científico publicado en 2010

Integrative genomic mining for enzyme function to enable engineering of a non-natural biosynthetic pathway

artículo científico publicado en 2015

Interactions of the transmembrane polymeric rings of the Salmonella enterica serovar Typhimurium type III secretion system

artículo científico publicado en 2010

Intratumoral activation of the necroptotic pathway components RIPK1 and RIPK3 potentiates antitumor immunity

artículo científico publicado en 2019

Intrinsic disorder drives N-terminal ubiquitination by Ube2w

artículo científico publicado en 2014

Introduction of a polar core into the de novo designed protein Top7.

artículo científico publicado en 2016

Kemp elimination catalysts by computational enzyme design

artículo científico publicado en 2008

Kinetics of Folding of the IgG Binding Domain of Peptostreptoccocal Protein L

article

Large-scale determination of previously unsolved protein structures using evolutionary information

artículo científico publicado en 2015

Local interactions and the optimization of protein folding ⬇️

artículo científico publicado el 1 de noviembre de 1997

Long-range order in the src SH3 folding transition state

artículo científico publicado en 2000

Low free energy cost of very long loop insertions in proteins

artículo científico publicado en 2003

Macromolecular modeling and design in Rosetta: recent methods and frameworks

artículo científico publicado en 2020

Massively parallel determination and modeling of endonuclease substrate specificity

artículo científico publicado en 2014

Mechanistic Analysis of an Engineered Enzyme that Catalyzes the Formose Reaction.

artículo científico publicado en 2015

Metastable states and folding free energy barriers

Mining endonuclease cleavage determinants in genomic sequence data.

artículo científico publicado en 2011

Mis-translation of a computationally designed protein yields an exceptionally stable homodimer: implications for protein engineering and evolution

artículo científico publicado en 2006

Modeling symmetric macromolecular structures in Rosetta3

artículo científico publicado en 2011

Modular repeat protein sculpting using rigid helical junctions

scientific article published on 03 April 2020

Modulation of integrin activation by an entropic spring in the {beta}-knee

artículo científico publicado en 2010

Motif-directed flexible backbone design of functional interactions

artículo científico publicado en 2009

Multipass membrane protein structure prediction using Rosetta

artículo científico publicado en 2006

Multiplex pairwise assembly of array-derived DNA oligonucleotides

artículo científico publicado en 2015

Multivalent Display of Antifreeze Proteins by Fusion to Self-Assembling Protein Cages Enhances Ice-Binding Activities

artículo científico publicado en 2016

Mutations designed to destabilize the receptor-bound conformation increase MICA-NKG2D association rate and affinity

artículo científico publicado en 2007

NMR characterization of residual structure in the denatured state of protein L

NMR structure determination for larger proteins using backbone-only data

artículo científico publicado en 2010

Native protein sequences are close to optimal for their structures

artículo científico publicado en 2000

Networks of electrostatic and hydrophobic interactions modulate the complex folding free energy surface of a designed βα protein

artículo científico publicado en 2019

New algorithms and an in silico benchmark for computational enzyme design

artículo científico publicado en 2006

Nonnative Interactions in the FF Domain Folding Pathway from an Atomic Resolution Structure of a Sparsely Populated Intermediate: An NMR Relaxation Dispersion Study

artículo científico publicado en 2011

On the role of a conserved, potentially helix-breaking residue in the tRNA-binding alpha-helix of archaeal CCA-adding enzymes

artículo científico publicado en 2008

One contact for every twelve residues allows robust and accurate topology-level protein structure modeling

artículo científico publicado en 2013

Optimization of affinity, specificity and function of designed influenza inhibitors using deep sequencing

artículo científico publicado en 2012

Optimization of the In-Silico-Designed Kemp Eliminase KE70 by Computational Design and Directed Evolution

artículo científico publicado en 2011

P05-09. 4e10 epitope-scaffolds mimic the antibody-bound epitope conformation and block neutralization by sera from rare HIV+ individuals

artículo científico publicado en 2009

PRISM: topologically constrained phased refinement for macromolecular crystallography

artículo científico publicado en 1993

Physically realistic homology models built with ROSETTA can be more accurate than their templates

artículo científico publicado en 2006

Post-translational modification of the N-terminal His tag interferes with the crystallization of the wild-type and mutant SH3 domains from chicken src tyrosine kinase.

artículo científico publicado en 2001

Precise assembly of complex beta sheet topologies from de novo designed building blocks

artículo científico publicado en 2015

Predicting protein structures with a multiplayer online game

artículo científico publicado en 2010

Prediction and design of macromolecular structures and interactions

artículo científico publicado en 2006

Prediction and structural characterization of an independently folding substructure in the src SH3 domain.

artículo científico publicado en 1998

Prediction of CASP6 structures using automated Robetta protocols

artículo científico publicado en 2005

Prediction of local structure in proteins using a library of sequence-structure motifs ⬇️

artículo científico publicado el 21 de agosto de 1998

Prediction of membrane protein structures with complex topologies using limited constraints

artículo científico publicado en 2009

Prediction of structures of multidomain proteins from structures of the individual domains

artículo científico publicado en 2006

Prediction of structures of zinc-binding proteins through explicit modeling of metal coordination geometry.

artículo científico publicado en 2010

Prediction of the structure of symmetrical protein assemblies

artículo científico publicado en 2007

Principles for designing ideal protein structures

artículo científico publicado en 2012

Principles for designing proteins with cavities formed by curved β sheets

artículo científico publicado en 2017

Profile-profile comparisons by COMPASS predict intricate homologies between protein families

artículo científico publicado en 2003

Progress and challenges in high-resolution refinement of protein structure models.

artículo científico publicado en 2005

Progress in protein-protein docking: atomic resolution predictions in the CAPRI experiment using RosettaDock with an improved treatment of side-chain flexibility

artículo científico publicado en 2005

Progressive engineering of a homing endonuclease genome editing reagent for the murine X-linked immunodeficiency locus

artículo científico publicado en 2014

Proof of principle for epitope-focused vaccine design

artículo científico publicado en 2014

Prospects for de novo phasing with de novo protein models

artículo científico publicado en 2009

Protease pro region required for folding is a potent inhibitor of the mature enzyme.

artículo científico publicado en 1992

Protein NMR structures refined with Rosetta have higher accuracy relative to corresponding X-ray crystal structures

artículo científico publicado en 2014

Protein Nanocontainers from Nonviral Origin: Testing the Mechanics of Artificial and Natural Protein Cages by AFM.

artículo científico publicado en 2016

Protein homology model refinement by large-scale energy optimization.

artículo científico publicado en 2018

Protein interaction networks revealed by proteome coevolution

artículo científico publicado en 2019

Protein structure determination from pseudocontact shifts using ROSETTA.

artículo científico publicado en 2012

Protein structure determination using metagenome sequence data

artículo científico publicado en 2017

Protein structure prediction and analysis using the Robetta server.

artículo científico publicado en 2004

Protein structure prediction in 2002.

artículo científico publicado en 2002

Protein transport to the vacuole and receptor-mediated endocytosis by clathrin heavy chain-deficient yeast

artículo científico publicado en 1988

Protein-DNA binding specificity predictions with structural models

artículo científico publicado en 2005

Protein-protein docking predictions for the CAPRI experiment

artículo científico publicado en 2003

Protein-protein docking with backbone flexibility

artículo científico publicado en 2007

Protein-protein docking with simultaneous optimization of rigid-body displacement and side-chain conformations

artículo científico publicado en 2003

Quantitative reactivity profiling predicts functional cysteines in proteomes

artículo científico publicado en 2010

ROSETTALIGAND: protein-small molecule docking with full side-chain flexibility

artículo científico publicado en 2006

Ranking predicted protein structures with support vector regression.

artículo científico publicado en 2008

Rational HIV Immunogen Design to Target Specific Germline B Cell Receptors

artículo científico publicado en 2013

Rational design of α-helical tandem repeat proteins with closed architectures

artículo científico publicado en 2015

Rationally designed integrin beta3 mutants stabilized in the high affinity conformation

artículo científico publicado en 2008

Realistic protein-protein association rates from a simple diffusional model neglecting long-range interactions, free energy barriers, and landscape ruggedness

artículo científico publicado en 2004

Recapitulation and design of protein binding peptide structures and sequences

artículo científico publicado en 2006

Recapitulation of protein family divergence using flexible backbone protein design

artículo científico publicado en 2005

Receptor subtype discrimination using extensive shape complementary designed interfaces

scientific article published on 13 May 2019

Recombinant immunotoxin for cancer treatment with low immunogenicity by identification and silencing of human T-cell epitopes

artículo científico publicado en 2014

Reconstitution of SEC gene product-dependent intercompartmental protein transport

artículo científico publicado en 1988

Reconstitution of intercompartmental protein transport in yeast extracts

PhD thesis by David Baker

Recurring local sequence motifs in proteins.

artículo científico publicado en 1995

Redesigning the specificity of protein-DNA interactions with Rosetta

artículo científico publicado en 2014

Refinement of protein structures into low-resolution density maps using rosetta

artículo científico publicado en 2009

Relaxation of backbone bond geometry improves protein energy landscape modeling

scientific article published on January 2014

Remodeling a β-peptide bundle

article

Removing T-cell epitopes with computational protein design.

artículo científico publicado en 2014

Reprogramming homing endonuclease specificity through computational design and directed evolution

artículo científico publicado en 2013

Rescue of Degradation-Prone Mutants of the FK506-Rapamycin Binding (FRB) Protein with Chemical Ligands

scholarly article by Kryn Stankunas published in July 2007

Residues participating in the protein folding nucleus do not exhibit preferential evolutionary conservation

artículo científico publicado en 2002

Resolution-adapted recombination of structural features significantly improves sampling in restraint-guided structure calculation

artículo científico publicado en 2012

Restricted sidechain plasticity in the structures of native proteins and complexes

artículo científico publicado en 2011

Robust deep learning–based protein sequence design using ProteinMPNN ⬇️

artículo científico publicado en 2022

Robust design and optimization of retroaldol enzymes.

artículo científico publicado en 2012

Role of conformational sampling in computing mutation-induced changes in protein structure and stability

artículo científico publicado en 2010

Role of the Biomolecular Energy Gap in Protein Design, Structure, and Evolution ⬇️

artículo científico publicado el 13 de abril de 2012

Rosetta in CAPRI rounds 13-19. ⬇️

artículo científico publicado en 2010

Rosetta predictions in CASP5: successes, failures, and prospects for complete automation.

artículo científico publicado en 2003

RosettaDock in CAPRI rounds 6-12

artículo científico publicado en 2007

RosettaHoles2: a volumetric packing measure for protein structure refinement and validation

artículo científico publicado en 2010

RosettaHoles: rapid assessment of protein core packing for structure prediction, refinement, design, and validation

artículo científico publicado en 2009

RosettaLigand docking with full ligand and receptor flexibility

artículo científico publicado en 2008

RosettaRemodel: a generalized framework for flexible backbone protein design.

artículo científico publicado en 2011

RosettaScripts: a scripting language interface to the Rosetta macromolecular modeling suite

artículo científico publicado en 2011

Sampling bottlenecks in de novo protein structure prediction

artículo científico publicado en 2009

Scaffolding protein functional sites using deep learning ⬇️

artículo científico publicado en 2022

Scientific benchmarks for guiding macromolecular energy function improvement

artículo científico publicado en 2013

Selective targeting of engineered T cells using orthogonal IL-2 cytokine-receptor complexes.

artículo científico publicado en 2018

Self-assembly-based posttranslational protein oscillators

artículo científico publicado en 2020

Simple physical models connect theory and experiment in protein folding kinetics

artículo científico publicado en 2002

Simple yet functional phosphate-loop proteins

artículo científico publicado en 2018

Simplified proteins: minimalist solutions to the 'protein folding problem'.

artículo científico publicado en 1998

Simultaneous Optimization of Biomolecular Energy Functions on Features from Small Molecules and Macromolecules

artículo científico publicado en 2016

Simultaneous prediction of protein folding and docking at high resolution

artículo científico publicado en 2009

Single-site mutations induce 3D domain swapping in the B1 domain of protein L from Peptostreptococcus magnus

artículo científico publicado en 2001

Small molecule probes to quantify the functional fraction of a specific protein in a cell with minimal folding equilibrium shifts

artículo científico publicado en 2014

Solution structure of a minor and transiently formed state of a T4 lysozyme mutant

artículo científico publicado en 2011

Strand-loop-strand motifs: prediction of hairpins and diverging turns in proteins

artículo científico publicado en 2004

Structural Analyses of Covalent Enzyme–Substrate Analog Complexes Reveal Strengths and Limitations of De Novo Enzyme Design

artículo científico publicado en 2012

Structural Transitions in the Protein L Denatured State Ensemble

artículo científico publicado en 1999

Structural and energetic basis of folded-protein transport by the FimD usher

artículo científico publicado en 2013

Structural and functional evaluation of de novo-designed, two-component nanoparticle carriers for HIV Env trimer immunogens

artículo científico publicado en 2020

Structural and kinetic characterization of the simplified SH3 domain FP1.

artículo científico publicado en 2003

Structural basis for gating charge movement in the voltage sensor of a sodium channel

artículo científico publicado en 2011

Structural basis for scaffolding-mediated assembly and maturation of a dsDNA virus

artículo científico publicado en 2011

Structural inference of native and partially folded RNA by high-throughput contact mapping

artículo científico publicado en 2008

Structural plasticity of helical nanotubes based on coiled-coil assemblies

artículo científico publicado en 2015

Structure of Lmaj006129AAA, a hypothetical protein from Leishmania major

artículo científico publicado en 2006

Structure of a designed tetrahedral protein assembly variant engineered to have improved soluble expression

artículo científico publicado en 2015

Structure of a putative BenF-like porin from Pseudomonas fluorescens Pf-5 at 2.6 Å resolution

artículo científico publicado en 2010

Structure of the BamC Two-Domain Protein Obtained by Rosetta with a Limited NMR Data Set

artículo científico publicado en 2011

Structure of the type VI secretion system contractile sheath

artículo científico publicado en 2015

Structure of the ultra-high-affinity colicin E2 DNase--Im2 complex

artículo científico publicado en 2012

Structure prediction for CASP7 targets using extensive all-atom refinement with Rosetta@home

artículo científico publicado en 2007

Structure prediction for CASP8 with all-atom refinement using Rosetta.

artículo científico publicado en 2009

Structure similarity measure with penalty for close non-equivalent residues

artículo científico publicado en 2009

Structure-based design of non-natural amino-acid inhibitors of amyloid fibril formation

artículo científico publicado en 2011

Structure-guided forcefield optimization

artículo científico publicado en 2011

Structures of the B1 domain of protein L from Peptostreptococcus magnus with a tyrosine to tryptophan substitution

artículo científico publicado en 2001

Superfamily assignments for the yeast proteome through integration of structure prediction with the gene ontology

artículo científico publicado en 2007

Tailored design of protein nanoparticle scaffolds for multivalent presentation of viral glycoprotein antigens

artículo científico publicado en 2020

The Acidic Transcription Activator Gcn4 Binds the Mediator Subunit Gal11/Med15 Using a Simple Protein Interface Forming a Fuzzy Complex

artículo científico publicado en 2011

The Effects of Mutations on Motions of Side-chains in Protein L Studied by 2H NMR Dynamics and Scalar Couplings

article

The Highly Cooperative Folding of Small Naturally Occurring Proteins Is Likely the Result of Natural Selection

article by Alexander L. Watters et al published February 2007 in Cell

The NMR-Rosetta capsid model of M13 bacteriophage reveals a quadrupled hydrophobic packing epitope

artículo científico publicado en 2015

The coming of age of de novo protein design

artículo científico publicado en 2016

The common structural architecture of Shigella flexneri and Salmonella typhimurium type three secretion needles

artículo científico publicado en 2013

The dual role of fragments in fragment-assembly methods for de novo protein structure prediction

artículo científico publicado en 2011

The dynamic disulphide relay of quiescin sulphydryl oxidase

artículo científico publicado en 2012

The effect of ultrasound-induced hyperthermia and X irradiation on skin

scientific article published on 01 November 1983

The modular structure of the inner-membrane ring component PrgK facilitates assembly of the type III secretion system basal body

artículo científico publicado en 2015

The origin of consistent protein structure refinement from structural averaging.

artículo científico publicado en 2015

The role of pro regions in protein folding.

artículo científico publicado en 1993

The sequences of small proteins are not extensively optimized for rapid folding by natural selection

artículo científico publicado en 1998

The single helix in protein L is largely disrupted at the rate-limiting step in folding

artículo científico publicado en 1998

The structural and energetic basis for high selectivity in a high-affinity protein-protein interaction

artículo científico publicado en 2010

The structure of a receptor with two associating transmembrane domains on the cell surface: integrin alphaIIbbeta3.

artículo científico publicado en 2009

The structure, dynamics, and energetics of protein adsorption-lessons learned from adsorption of statherin to hydroxyapatite

scientific article published on December 2007

Thermodynamically coupled biosensors for detecting neutralizing antibodies against SARS-CoV-2 variants

artículo científico publicado en 2022

Tight and specific lanthanide binding in a de novo TIM barrel with a large internal cavity designed by symmetric domain fusion

artículo científico publicado en 2020

Top-down design of protein architectures with reinforcement learning

scientific article published on 20 April 2023

Topological control of cytokine receptor signaling induces differential effects in hematopoiesis

artículo científico publicado en 2019

Toward high-resolution prediction and design of transmembrane helical protein structures

artículo científico publicado en 2007

Transition states. Trapping a transition state in a computationally designed protein bottle

artículo científico publicado en 2015

Two common structural motifs for TCR recognition by staphylococcal enterotoxins

artículo científico publicado en 2016

Two-Component Sensor RhpS Promotes Induction of Pseudomonas syringae Type III Secretion System by Repressing Negative Regulator RhpR

artículo científico publicado en 2007

Understanding protein hydrogen bond formation with kinetic H/D amide isotope effects

artículo científico publicado en 2002

Unique double-ring structure of the peroxisomal Pex1/Pex6 ATPase complex revealed by cryo-electron microscopy

artículo científico publicado en 2015

Uniqueness and the ab initio phase problem in macromolecular crystallography.

artículo científico publicado en 1993

WeFold: a coopetition for protein structure prediction

artículo científico publicado en 2014

megaTALs: a rare-cleaving nuclease architecture for therapeutic genome engineering

artículo científico publicado en 2013

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